Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_12052
- Subject:
- NM_001184966.1
- Aligned Length:
- 2664
- Identities:
- 1674
- Gaps:
- 987
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 ATGGCGTCGGAAAGCGACACCGAGGAATTCTATGATGCCCCTGAAGATGTGCACCTAGGGGGCGGCTACCCCGT 74
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 75 GGGGTCTCCAGGAAAAGTTGGGCTTTCAACATTCAAGATTATTGAAAGTATTATTGAGGAGAGTCAGAAAGTAC 148
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 149 TACAGCTTGAAGATGACTCTTTGGATTCCAAAGGAAAAGAACTCTCTGATCAAGCTACTGCCAGTCCTATTGTG 222
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 223 GCTAGAACAGATCTGAGCAATATACCCGGACTGTTAGCCATAGATCAAGTACTACCGGAAGAATCCCAAAAGGC 296
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 297 AGAGAGTCAGAATACATTTGAAGAGACTGAATTAGAATTAAAAAAATGCTTTCCTTCTGATGAAACCTGTGAGA 370
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 371 AACCAGTAGATGAAACCACGAAGTTAACTCAAACAAGTTCAACTGAGCAGCTTAATGTGCTTGAAACTGAAACA 444
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 445 GAAGTATTGAACAAGGAAGCAGTGGAAGTCAAAGGAGGTGGTGATGTTTTAGAGCCTGTGTCCTCAGACTCCTT 518
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 519 ATCTACTAAAGATTTTGCCGCTGTGGAAGAAGTGGCCCCTGCCAAACCCCCAAGACACCTTACTCCAGAGCCTG 592
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 593 ATATAGTGGCTAGTACAAAGAAGCCTGTTCCAGCACGCCCACCTCCTCCAACTAATTTCCCACCTCCTAGACCC 666
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 667 CCACCTCCTTCTCGACCTGCTCCACCACCAAGAAAAAGGAAAAGCGAATTGGAATTTGAGACTCTGAAAACTCC 740
Query 1 -------------------------------------------------------ATGGCTTCAGAAAGTGCGG 19
|||||||||||||||.|||
Sbjct 741 TGATATAGATGTTCCCAAAGAGAATATTACGTCTGATTCTCTCCTAACCGCAAGCATGGCTTCAGAAAGTACGG 814
Query 20 TTAAGGATTCTCAGCCTTCTCTTGATTTGGCAAGTGCTACCAGTGGAGATAAAATAGTTACCGCCCAGGAAAAT 93
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 815 TTAAGGATTCTCAGCCTTCTCTTGATTTGGCAAGTGCTACCAGTGGAGATAAAATAGTTACCGCCCAGGAAAAT 888
Query 94 GGAAAAGCACCTGATGGGCAGACTGTAGCAGGTGAAGTGATGGGCCCTCAGAGACCTAGATCCAACTCTGGGAG 167
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 889 GGAAAAGCACCTGATGGGCAGACTGTAGCAGGTGAAGTGATGGGCCCTCAGAGACCTAGATCCAACTCTGGGAG 962
Query 168 AGAGCTTACTGATGAGGAAATTTTAGCCAGTGTAATGATTAAGAACCTGGATACTGGAGAAGAAATACCTTTGA 241
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 963 AGAGCTTACTGATGAGGAAATTTTAGCCAGTGTAATGATTAAGAACCTGGATACTGGAGAAGAAATACCTTTGA 1036
Query 242 GTCTTGCAGAAGAGAAACTACCAACAGGCATTAATCCTCTCACTCTACACATCATGAGAAGGACAAAAGAATAT 315
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037 GTCTTGCAGAAGAGAAACTACCAACAGGCATTAATCCTCTCACTCTACACATCATGAGAAGGACAAAAGAATAT 1110
Query 316 GTAAGTAATGACGCGGCACAGTCAGATGATGAAGAGAAGTTACAGTCTCAGCCAACAGATACTGATGGTGGAAG 389
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111 GTAAGTAATGACGCGGCACAGTCAGATGATGAAGAGAAGTTACAGTCTCAGCCAACAGATACTGATGGTGGAAG 1184
Query 390 GTTAAAACAGAAAACGACTCAACTAAAGAAGTTTCTTGGAAAATCAGTAAAGAGAGCAAAGCACCTTGCTGAGG 463
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185 GTTAAAACAGAAAACGACTCAACTAAAGAAGTTTCTTGGAAAATCAGTAAAGAGAGCAAAGCACCTTGCTGAGG 1258
Query 464 AATATGGTGAACGTGCTATAAATAAAGTTAAAAGTGTTAGAGATGAAGTGTTTCATACTGATCAAGATGATCCT 537
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 AATATGGTGAACGTGCTATAAATAAAGTTAAAAGTGTTAGAGATGAAGTGTTTCATACTGATCAAGATGATCCT 1332
Query 538 TCATCAAGTGATGATGAAGGAATGCCATACACAAGACCAGTTAAATTCAAAGCAGCACACGGTTTTAAAGGACC 611
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct 1333 TCATCAAGTGATGATGAAGGAATGCCATACACAAGACCAGTTAAATTCAAAGCAGCACACGGTTTCAAAGGACC 1406
Query 612 TTATGATTTTGATCAGATCAAAGTGGTGCAAGATCTTAGTGGTGAACATATGGGAGCTGTTTGGACCATGAAAT 685
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407 TTATGATTTTGATCAGATCAAAGTGGTGCAAGATCTTAGTGGTGAACATATGGGAGCTGTTTGGACCATGAAAT 1480
Query 686 TTTCTCACTGTGGCCGATTACTTGCCTCAGCTGGACAAGACAATGTAGTGAGAATATGGGCTTTAAAAAATGCT 759
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481 TTTCTCACTGTGGCCGATTACTTGCCTCAGCTGGACAAGACAATGTAGTGAGAATATGGGCTTTAAAAAATGCT 1554
Query 760 TTTGACTATTTCAACAATATGCGAATGAAATACAATACTGAAGGACGTGTGTCCCCATCACCCTCTCAGGAAAG 833
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 TTTGACTATTTCAACAATATGCGAATGAAATACAATACTGAAGGACGTGTGTCCCCATCACCCTCTCAGGAAAG 1628
Query 834 TCTAAGTTCATCAAAATCGGATACAGATACAGGGGTATGCAGTGGAACTGATGAAGACCCTGATGATAAAAACG 907
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629 TCTAAGTTCATCAAAATCGGATACAGATACAGGGGTATGCAGTGGAACTGATGAAGACCCTGATGATAAAAACG 1702
Query 908 CACCCTTTCGGCAACGGCCATTTTGCAAATATAAAGGACATACTGCTGATCTCCTTGATCTTTCATGGTCTAAA 981
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703 CACCCTTTCGGCAACGGCCATTTTGCAAATATAAAGGACATACTGCTGATCTCCTTGATCTTTCATGGTCTAAA 1776
Query 982 AACTACTTTCTTCTTTCTTCTTCAATGGATAAAACAGTCAGATTATGGCACATTTCTCGAAGAGAATGCCTTTG 1055
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777 AACTACTTTCTTCTTTCTTCTTCAATGGATAAAACAGTCAGATTATGGCACATTTCTCGAAGAGAATGCCTTTG 1850
Query 1056 CTGTTTTCAACATATAGATTTTGTCACTGCCATAGCTTTTCATCCAAGAGATGACAGGTATTTTCTAAGTGGGT 1129
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851 CTGTTTTCAACATATAGATTTTGTCACTGCCATAGCTTTTCATCCAAGA------------------------- 1899
Query 1130 CTTTGGATGGAAAGCTCCGCCTTTGGAACATACCTGACAAAAAAGTGGCTTTGTGGAATGAAGTAGATGGTCAG 1203
Sbjct 1900 -------------------------------------------------------------------------- 1899
Query 1204 ACAAAATTGATCACAGCTGCAAATTTCTGTCAGAATGGCAAATATGCAGTGATTGGGACATATGATGGCAGATG 1277
Sbjct 1900 -------------------------------------------------------------------------- 1899
Query 1278 TATTTTCTATGATACAGAGCATTTGAAATACCATACACAAATACATGTCCGATCTACTAGAGGGCGCAACAAGG 1351
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1900 -------------------CATTTGAAATACCATACACAAATACATGTCCGATCTACTAGAGGGCGCAACAAGG 1954
Query 1352 TTGGAAGAAAAATTACTGGCATTGAGCCTTTACCTGGAGAAAATAAGATATTGGTAACCTCAAATGACTCCAGA 1425
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1955 TTGGAAGAAAAATTACTGGCATTGAGCCTTTACCTGGAGAAAATAAGATATTGGTAACCTCAAATGACTCCAGA 2028
Query 1426 ATCAGACTATATGATTTGAGAGATTTGTCACTATCCATGAAGTATAAGGGTTACGTCAATAGCAGCAGCCAGAT 1499
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2029 ATCAGACTATATGATTTGAGAGATTTGTCACTATCCATGAAGTATAAGGGTTACGTCAATAGCAGCAGCCAGAT 2102
Query 1500 CAAAGCAAGTTTCAGCCATGATTTTACTTACCTCGTTAGTGGTTCAGAAGATAAGTATGTTTATATCTGGAGTA 1573
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2103 CAAAGCAAGTTTCAGCCATGATTTTACTTACCTCGTTAGTGGTTCAGAAGATAAGTATGTTTATATCTGGAGTA 2176
Query 1574 CCTACCATGACCTAAGCAAGTTTACTTCAGTCAGGAGAGATCGTAATGACTTCTGGGAAGGTATTAAAGCCCAC 1647
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2177 CCTACCATGACCTAAGCAAGTTTACTTCAGTCAGGAGAGATCGTAATGACTTCTGGGAAGGTATTAAAGCCCAC 2250
Query 1648 AATGCAGTTGTTACATCAGCCATCTTTGCACCAAACCCAAGTTTGATGTTATCTTTGGATGTGCAATCTGAAAA 1721
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2251 AATGCAGTTGTTACATCAGCCATCTTTGCACCAAACCCAAGTTTGATGTTATCTTTGGATGTGCAATCTGAAAA 2324
Query 1722 ATCAGAAGGGAACGAGAAAAGTGAAGATGCTGAAGTTTTGGATGCCACACCTTCTGGTATTATGAAGACAGATA 1795
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2325 ATCAGAAGGGAACGAGAAAAGTGAAGATGCTGAAGTTTTGGATGCCACACCTTCTGGTATTATGAAGACAGATA 2398
Query 1796 ACACAGAAGTTCTTCTCTCTGCTGACTTCACTGGAGCAATCAAAGTGTTTGTTAACAAAAGAAAAAATGTATCT 1869
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct 2399 ACACAGAAGTTCTTCTCTCTGCTGACTTCACTGGAGCAATCAAAGTGTTTGTTAATAAAAGAAAAAATGTATCT 2472