Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_12306
• Subject: NM_001353715.2
• Aligned Length: 1557
• Identities: 1377
• Gaps: 168

Alignment

Query    1  ATGTATATAAAGATGGCCACGTTAGCAAACGGACAGGCTGACAACGCAAGCCTCAGTACCAACGGGCTCGGCAG  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGTATATAAAGATGGCCACGTTAGCAAACGGACAGGCTGACAACGCAAGCCTCAGTACCAACGGGCTCGGCAG  74

Query   75  CAGCCCGGGCAGTGCCGGGCACATGAACGGATTAAGCCACAGCCCGGGGAACCCGTCGACCATTCCCATGAAGG  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  CAGCCCGGGCAGTGCCGGGCACATGAACGGATTAAGCCACAGCCCGGGGAACCCGTCGACCATTCCCATGAAGG  148

Query  149  ACCATGATGCCATCAAGCTGTTCATTGGGCAGATCCCCCGCAACCTGGATGAGAAGGACCTCAAGCCCCTCTTC  222
            ||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  ACCACGATGCCATCAAGCTGTTCATTGGGCAGATCCCCCGCAACCTGGATGAGAAGGACCTCAAGCCCCTCTTC  222

Query  223  GAGGAGTTTGGCAAAATCTACGAGCTTACGGTTCTGAAGGACAGGTTCACAGGCATGCACAAAGGCTGCGCCTT  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GAGGAGTTTGGCAAAATCTACGAGCTTACGGTTCTGAAGGACAGGTTCACAGGCATGCACAAAGGCTGCGCCTT  296

Query  297  CCTCACCTACTGCGAGCGTGAGTCAGCGCTGAAGGCCCAGAGCGCGCTGCACGAGCAGAAGACTCTGCCCGGGA  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  CCTCACCTACTGCGAGCGTGAGTCAGCGCTGAAGGCCCAGAGCGCGCTGCACGAGCAGAAGACTCTGCCCGGGA  370

Query  371  TGAACCGGCCGATCCAGGTGAAGCCTGCGGACAGCGAGAGCCGAGGAGGTAGTAGCTGCCTGCGCCAGCCCCCT  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                          
Sbjct  371  TGAACCGGCCGATCCAGGTGAAGCCTGCGGACAGCGAGAGCCGAGGAG--------------------------  418

Query  445  TCACATAGAAAACTCTTCGTGGGCATGCTCAACAAGCAACAGTCCGAGGACGACGTGCGCCGCCTTTTCGAGGC  518
             .|.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  419  -AAGATAGAAAACTCTTCGTGGGCATGCTCAACAAGCAACAGTCCGAGGACGACGTGCGCCGCCTTTTCGAGGC  491

Query  519  CTTTGGGAACATCGAGGAGTGCACCATCCTGCGCGGGCCCGACGGCAACAGCAAGGGGTGCGCCTTTGTGAAGT  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  492  CTTTGGGAACATCGAGGAGTGCACCATCCTGCGCGGGCCCGACGGCAACAGCAAGGGGTGCGCCTTTGTGAAGT  565

Query  593  ACTCCTCCCACGCCGAGGCGCAGGCCGCCATCAACGCGCTACACGGCAGCCAGACCATGCCGGGAGCCTCGTCC  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  566  ACTCCTCCCACGCCGAGGCGCAGGCCGCCATCAACGCGCTACACGGCAGCCAGACCATGCCGGGAGCCTCGTCC  639

Query  667  AGTCTGGTGGTCAAGTTCGCCGACACCGACAAGGAGCGCACGATGCGGCGAATGCAGCAGATGGCTGGCCAGAT  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  640  AGTCTGGTGGTCAAGTTCGCCGACACCGACAAGGAGCGCACGATGCGGCGAATGCAGCAGATGGCTGGCCAGAT  713

Query  741  GGGCATGTTCAACCCCATGGCCATCCCTTTCGGGGCCTACGGCGCCTACGCTCAGGCACTGATGCAGCAGCAAG  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  714  GGGCATGTTCAACCCCATGGCCATCCCTTTCGGGGCCTACGGCGCCTACGCTCAGGCACTGATGCAGCAGCAAG  787

Query  815  CGGCCCTGATGGCATCAGTCGCGCAGGGCGGCTACCTGAACCCCATGGCTGCCTTCGCTGCCGCCCAGATGCAG  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  788  CGGCCCTGATGGCATCAGTCGCGCAGGGCGGCTACCTGAACCCCATGGCTGCCTTCGCTGCCGCCCAGATGCAG  861

Query  889  CAGATGGCGGCCCTCAACATGAATGGCCTGGCGGCCGCACCTATGACCCCAACCTCAGGTGGCAGCACCCCTCC  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  862  CAGATGGCGGCCCTCAACATGAATGGCCTGGCGGCCGCACCTATGACCCCAACCTCAGGTGGCAGCACCCCTCC  935

Query  963  GGGCATCACTGCACCAGCCGTGCCTAGCATCCCATCCCCCATTGGGGTGAATGGCTTCACCGGCCTCCCCCCAC  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  936  GGGCATCACTGCACCAGCCGTGCCTAGCATCCCATCCCCCATTGGGGTGAATGGCTTCACCGGCCTCCCCCCAC  1009

Query 1037  AGGCCAATGGGCAACCTGCTGCGGAAGCTGTGTTCGCCAATGGCATCCACCCCTACCCAGCACAGAGCCCCACC  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1010  AGGCCAATGGGCAACCTGCTGCGGAAGCTGTGTTCGCCAATGGCATCCACCCCTACCCAGCACAGAGCCCCACC  1083

Query 1111  GCCGCGGACCCCCTGCAGCAGGCCTACGCCGGAGTGCAGCAGTATGCAG---CAGCTGCCTACCCTGCTGCCTA  1181
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1084  GCCGCGGACCCCCTGCAGCAGGCCTACGCCGGAGTGCAGCAGTATGCAGGTCCAGCTGCCTACCCTGCTGCCTA  1157

Query 1182  TGGTCAGATAAGCCAGGCCTTTCCTCAGCCGCCTCCAATGATCCCCCAGCAGCAGAGAGAAGG-----------  1244
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           
Sbjct 1158  TGGTCAGATAAGCCAGGCCTTTCCTCAGCCGCCTCCAATGATCCCCCAGCAGCAGAGAGAAGGCCGGCACCCTG  1231

Query 1245  -GCCCGAGGGCTGTAA--------CCTGTTCATCTACCATCTGCCCCAGGAGTTTGGGGACGCTGAGCTGATGC  1309
             |||||.|.||||..|        |||||                 ||||     |.||||    ||       
Sbjct 1232  TGCCCGCGCGCTGCCAGGCCCCCTCCTGT-----------------CAGG-----GAGGAC----AG-------  1272

Query 1310  AGATGT---------TCCTC--CCTTTCGGCTTCGTGAGCTTCGACAACCCGGCCAGCGCGCAGACCGCCATCC  1372
               |||         |||||  ||....||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1273  ---TGTCCAATAAACTCCTCCACCCGCAGGCTTCGTGAGCTTCGACAACCCGGCCAGCGCGCAGACCGCCATCC  1343

Query 1373  AGGCCATGAACGGCTTCCAGATCGGCATGAAGAGGCTCAAGGTGCAGCTGAAGCGGCCCAAAGACGCCAATCGC  1446
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1344  AGGCCATGAACGGCTTCCAGATCGGCATGAAGAGGCTCAAGGTGCAGCTGAAGCGGCCCAAAGACGCCAATCGC  1417

Query 1447  CCGTAC--------------------------------------------------------------------  1452
            ||||||                                                                    
Sbjct 1418  CCGTACTGAGCGCCGGCGGGAGCGTCCCCCGGGGGAGACCAGGACTCGCACAGGGCAGGATGCTGAACGGGCTA  1491

Query 1453  ---  1452
               
Sbjct 1492  CAT  1494