Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_12439
• Subject: NM_001040424.2
• Aligned Length: 3534
• Identities: 3418
• Gaps: 111

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGCCCCGCCGCCGCCCCCCGGCTTCCGGTGCTGCGCAGTTTCCGGAGCGGATCGCAACCCGGAGTCCGGATCC  74

Query    1  -------------------------------------ATGGCTGAAGATGGGAGCGAAGAGATCATGTTCATCT  37
                                                 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  GATCCCGCTCTGCACATTCCAAAGGCAGGTGTCAGAGATGGCTGAAGATGGGAGCGAAGAGATCATGTTCATCT  148

Query   38  GGTGTGAAGACTGCAGCCAGTACCACGACTCCGAATGTCCCGAGCTGGGCCCAGTGGTCATGGTCAAAGACTCC  111
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  GGTGTGAAGACTGCAGCCAGTACCACGACTCCGAATGTCCCGAGCTGGGCCCAGTGGTCATGGTCAAAGACTCC  222

Query  112  TTTGTGTTAAGCAGGGCAAGGTCATCCCTTCCTCCCAACTTGGAGATCAGACGACTGGAAGATGGAGCCGAGGG  185
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  TTTGTGTTAAGCAGGGCAAGGTCATCCCTTCCTCCCAACTTGGAGATCAGACGACTGGAAGATGGAGCCGAGGG  296

Query  186  GGTGTTCGCCATCACTCAGCTCGTCAAGCGGACACAGTTCGGTCCCTTTGAGTCCAGGAGGGTCGCCAAATGGG  259
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  GGTGTTCGCCATCACTCAGCTCGTCAAGCGGACACAGTTCGGTCCCTTTGAGTCCAGGAGGGTCGCCAAATGGG  370

Query  260  AAAAGGAGTCTGCATTTCCCCTGAAGGTGTTCCAGAAGGACGGGCACCCCGTGTGCTTCGACACCTCCAACGAG  333
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  AAAAGGAGTCTGCATTTCCCCTGAAGGTGTTCCAGAAGGACGGGCACCCCGTGTGCTTCGACACCTCCAACGAG  444

Query  334  GATGACTGCAACTGGATGATGCTGGTGCGGCCAGCGGCGGAGGCCGAGCACCAGAACCTGACGGCCTACCAGCA  407
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GATGACTGCAACTGGATGATGCTGGTGCGGCCAGCGGCGGAGGCCGAGCACCAGAACCTGACGGCCTACCAGCA  518

Query  408  CGGCAGCGACGTGTACTTCACCACCTCCAGAGACATCCCCCCGGGTACCGAGCTGCGCGTGTGGTATGCGGCCT  481
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  CGGCAGCGACGTGTACTTCACCACCTCCAGAGACATCCCCCCGGGTACCGAGCTGCGCGTGTGGTATGCGGCCT  592

Query  482  TCTATGCCAAGAAGATGGACAAGCCCATGCTGAAGCAGGCCGGCTCTGGCGTCCACGCTGCAGGCACCCCAGAA  555
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  TCTATGCCAAGAAGATGGACAAGCCCATGCTGAAGCAGGCCGGCTCTGGCGTCCACGCTGCAGGCACCCCAGAA  666

Query  556  AACAGCGCCCCCGTGGAGTCGGAACCCAGCCAGTGGGCGTGTAAAGTGTGTTCTGCCACCTTCCTGGAGCTGCA  629
            |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  AACAGCGCCCCCGTGGAGTCGGAGCCCAGCCAGTGGGCGTGTAAAGTGTGTTCTGCCACCTTCCTGGAGCTGCA  740

Query  630  GCTCCTCAATGAACATCTGTTGGGCCACTTAGAACAAGCCAAAAGCCTTCCTCCAGGCAGCCAAAGCGAGGCAG  703
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  GCTCCTCAATGAACATCTGTTGGGCCACTTAGAACAAGCCAAAAGCCTTCCTCCAGGCAGCCAAAGCGAGGCAG  814

Query  704  CAGCTCCCGAGAAGGAGCAGGACACACCCCGGGGGGAACCCCCTGCAGTGCCCGAGAGCGAGAATGTTGCCACC  777
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  CAGCTCCCGAGAAGGAGCAGGACACACCCCGGGGGGAACCCCCTGCAGTGCCCGAGAGCGAGAATGTTGCCACC  888

Query  778  AAAGAACAGAAGAAAAAGCCTCGAAGGGGGAGAAAACCCAAAGTGTCCAAAGCTGAGCAGCCTCTAGTCATCGT  851
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  AAAGAACAGAAGAAAAAGCCTCGAAGGGGGAGAAAACCCAAAGTGTCCAAAGCTGAGCAGCCTCTAGTCATCGT  962

Query  852  GGAAGACAAGGAACCCACAGAGCAAGTGGCAGAGATCATTACCGAGGTCCCTCCGGATGAGCCTGTGAGTGCAA  925
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  GGAAGACAAGGAACCCACAGAGCAAGTGGCAGAGATCATTACCGAGGTCCCTCCGGATGAGCCTGTGAGTGCAA  1036

Query  926  CGCCAGATGAGCGGATCATGGAGCTGGTTCTGGGGAAGCTGGCCACCACCACCACTGACACCAGCTCGGTTCCA  999
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  CGCCAGATGAGCGGATCATGGAGCTGGTTCTGGGGAAGCTGGCCACCACCACCACTGACACCAGCTCGGTTCCA  1110

Query 1000  AAGTTCACCCATCATCAGAATAACACCATCACGCTCAAGAGGAGCTTAATTCTCTCAAGCAGACACGGCATCCG  1073
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  AAGTTCACCCATCATCAGAATAACACCATCACGCTCAAGAGGAGCTTAATTCTCTCAAGCAGACACGGCATCCG  1184

Query 1074  GCGCAAGGTCATCAAACAGCTCGGGGAGCACAAGCGGGTTTACCAGTGCAATATCTGCAGCAAGATCTTCCAGA  1147
            |||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  GCGCAAGCTCATCAAACAGCTCGGGGAGCACAAGCGGGTTTACCAGTGCAATATCTGCAGCAAGATCTTCCAGA  1258

Query 1148  ACAGCAGCAACCTGAGCAGGCACGTGCGCTCGCATGGTGACAAGCTGTTTAAGTGCGAAGAGTGTGCAAAATTG  1221
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  ACAGCAGCAACCTGAGCAGGCACGTGCGCTCGCATGGTGACAAGCTGTTTAAGTGCGAAGAGTGTGCAAAATTG  1332

Query 1222  TTCAGCCGCAAAGAGAGCCTAAAGCAGCACGTTTCCTACAAGCACAGCAGGAACGAGGTGGACGGCGAGTACAG  1295
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  TTCAGCCGCAAAGAGAGCCTAAAGCAGCACGTTTCCTACAAGCACAGCAGGAACGAGGTGGACGGCGAGTACAG  1406

Query 1296  GTACCGCTGCGGCACTTGTGAGAAGACCTTCCGCATCGAGAGCGCGCTGGAGTTCCACAACTGCAGGACAGATG  1369
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GTACCGCTGCGGCACTTGTGAGAAGACCTTCCGCATCGAGAGCGCGCTGGAGTTCCACAACTGCAGGACAGATG  1480

Query 1370  ACAAGACGTTCCAATGTGAGATGTGTTTCAGATTCTTCTCCACCAACAGCAACCTCTCCAAGCACAAGAAGAAG  1443
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  ACAAGACGTTCCAATGTGAGATGTGTTTCAGATTCTTCTCCACCAACAGCAACCTCTCCAAGCACAAGAAGAAG  1554

Query 1444  CACGGCGACAAGAAGTTTGCCTGTGAGGTCTGCAGCAAGATGTTCTACCGCAAGGACGTCATGCTGGACCACCA  1517
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  CACGGCGACAAGAAGTTTGCCTGTGAGGTCTGCAGCAAGATGTTCTACCGCAAGGACGTCATGCTGGACCACCA  1628

Query 1518  GCGCCGGCACCTGGAAGGAGTGCGGCGAGTGAAGCGAGAGGACCTGGAGGCCGGTGGGGAGAACCTGGTCCGTT  1591
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  GCGCCGGCACCTGGAAGGAGTGCGGCGAGTGAAGCGAGAGGACCTGGAGGCCGGTGGGGAGAACCTGGTCCGTT  1702

Query 1592  ACAAGAAGGAGCCTTCCGGGTGCCCGGTGTGTGGCAAGGTGTTCTCCTGCCGGAGCAATATGAACAAGCACCTG  1665
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  ACAAGAAGGAGCCTTCCGGGTGCCCGGTGTGTGGCAAGGTGTTCTCCTGCCGGAGCAATATGAACAAGCACCTG  1776

Query 1666  CTCACCCACGGCGACAAGAAGTACACCTGCGAGATCTGCGGGCGCAAGTTCTTCCGCGTGGATGTGCTCAGGGA  1739
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  CTCACCCACGGCGACAAGAAGTACACCTGCGAGATCTGCGGGCGCAAGTTCTTCCGCGTGGATGTGCTCAGGGA  1850

Query 1740  CCACATCCATGTCCACTTCAAGGACATCGCGTTGATGGATGACCACCAGAGGGAAGAGTTTATCGGCAAGATCG  1813
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  CCACATCCATGTCCACTTCAAGGACATCGCGTTGATGGATGACCACCAGAGGGAAGAGTTTATCGGCAAGATCG  1924

Query 1814  GGATCTCCTCGGAAGAAAACGATGACAATTCTGACGAGAGCGCAGACTCGGAGCCTCACAAGTACAGCTGCAAG  1887
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  GGATCTCCTCGGAAGAAAACGATGACAATTCTGACGAGAGCGCAGACTCGGAGCCTCACAAGTACAGCTGCAAG  1998

Query 1888  CGGTGCCAGCTCACCTTCGGCCGGGGGAAGGAGTACCTGAAGCACATCATGGAGGTGCACAAGGAGAAGGGCTA  1961
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  CGGTGCCAGCTCACCTTCGGCCGGGGGAAGGAGTACCTGAAGCACATCATGGAGGTGCACAAGGAGAAGGGCTA  2072

Query 1962  TGGCTGCAGCATCTGCAACCGGCGCTTTGCACTGAAGGCCACCTACCACGCCCACATGGTCATCCACCGTGAAA  2035
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  TGGCTGCAGCATCTGCAACCGGCGCTTTGCACTGAAGGCCACCTACCACGCCCACATGGTCATCCACCGTGAAA  2146

Query 2036  ACCTGCCGGACCCCAACGTGCAGAAGTACATCCACCCCTGCGAGATCTGCGGGCGGATCTTCAACAGCATCGGG  2109
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  ACCTGCCGGACCCCAACGTGCAGAAGTACATCCACCCCTGCGAGATCTGCGGGCGGATCTTCAACAGCATCGGG  2220

Query 2110  AACCTGGAGCGCCACAAGCTCATCCACACAGGTGTGAAGAGCCACGCCTGCGAGCAGTGTGGGAAGTCCTTTGC  2183
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  AACCTGGAGCGCCACAAGCTCATCCACACAGGTGTGAAGAGCCACGCCTGCGAGCAGTGTGGGAAGTCCTTTGC  2294

Query 2184  CAGGAAGGACATGCTGAAGGAGCACATGCGTGTGCACGACAACGTCCGCGAGTACCTGTGTGCCGAGTGTGGGA  2257
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  CAGGAAGGACATGCTGAAGGAGCACATGCGTGTGCACGACAATGTCCGCGAGTACCTGTGTGCCGAGTGTGGGA  2368

Query 2258  AAGGCATGAAGACCAAGCACGCGCTGCGCCACCACATGAAGCTGCACAAGGGCATCAAGGAGTACGAGTGCAAG  2331
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  AAGGCATGAAGACCAAGCACGCGCTGCGCCACCACATGAAGCTGCACAAGGGCATCAAGGAGTACGAGTGCAAG  2442

Query 2332  GAGTGCCACCGCAGGTTCGCGCAGAAGGTCAACATGCTCAAGCACTGCAAGCGGCACACGGGGATTAAAGATTT  2405
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  GAGTGCCACCGCAGGTTCGCGCAGAAGGTCAACATGCTCAAGCACTGCAAGCGGCACACGGGGATTAAAGATTT  2516

Query 2406  CATGTGTGAATTGTGTGGGAAGACATTCAGCGAGAGGAACACCATGGAGACCCACAAGCTCATCCACACAGTGG  2479
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517  CATGTGTGAATTGTGTGGGAAGACATTCAGCGAGAGGAACACCATGGAGACCCACAAGCTCATCCACACAGTGG  2590

Query 2480  GCAAGCAGTGGACGTGCTCCGTGTGCGACAAGAAGTACGTGACCGAGTACATGCTGCAGAAGCACGTTCAGCTC  2553
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591  GCAAGCAGTGGACGTGCTCCGTGTGCGACAAGAAGTACGTGACCGAGTACATGCTGCAGAAGCACGTTCAGCTC  2664

Query 2554  ACACACGACAAGGTGGAGGCGCAGAGCTGCCAGCTGTGCGGGACCAAGGTGTCCACCAGGGCCTCCATGAGCCG  2627
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665  ACACACGACAAGGTGGAGGCGCAGAGCTGCCAGCTGTGCGGGACCAAGGTGTCCACCAGGGCCTCCATGAGCCG  2738

Query 2628  ACACATGCGGCGCAAGCACCCCGAGGTGCTCGCGGTGAGGATCGATGACCTGGACCACCTCCCGGAGACCACCA  2701
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2739  ACACATGCGGCGCAAGCACCCCGAGGTGCTCGCGGTGAGGATCGATGACCTGGACCACCTCCCGGAGACCACCA  2812

Query 2702  CCATCGACGCCTCCTCCATTGGCATCGTCCAGCCTGAGCTGACTCTGGAGCAGGAGGATTTGGCCGAAGGGAAG  2775
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813  CCATCGACGCCTCCTCCATTGGCATCGTCCAGCCTGAGCTGACTCTGGAGCAGGAGGATTTGGCCGAAGGGAAG  2886

Query 2776  CACGGGAAAGCTGCCAAGCGAAGTCACAAGAGAAAGCAGAAGCCAGAAGAGGAGGCGGGTGCTCCGGTGCCCGA  2849
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2887  CACGGGAAAGCTGCCAAGCGAAGTCACAAGAGAAAGCAGAAGCCAGAAGAGGAGGCGGGTGCTCCGGTGCCCGA  2960

Query 2850  GGACGCCACCTTCAGCGAATACTCAGAGAAAGAGACGGAGTTCACAGGCAGTGTAGGCGACGAGACCAATTCCG  2923
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2961  GGACGCCACCTTCAGCGAATACTCAGAGAAAGAGACGGAGTTCACAGGCAGTGTAGGCGACGAGACCAATTCCG  3034

Query 2924  CAGTACAGAGCATTCAGCAGGTAGTGGTGACCCTGGGTGACCCAAATGTGACCACACCATCGAGCTCAGTCGGC  2997
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3035  CAGTACAGAGCATTCAGCAGGTAGTGGTGACCCTGGGTGACCCAAATGTGACCACACCATCGAGCTCAGTCGGC  3108

Query 2998  TTGACCAACATCACCGTGACCCCCATCACCACTGCGGCCGCGACTCAGTTTACCAATCTCCAGCCGGTGGCCGT  3071
            ||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3109  TTAACCAACATCACCGTGACCCCCATCACCACTGCGGCCGCGACTCAGTTTACCAATCTCCAGCCGGTGGCCGT  3182

Query 3072  GGGGCACCTTACCACCCCTGAACGCCAGTTACAGCTGGACAACTCAATCCTGACCGTGACCTTTGATACCGTCA  3145
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3183  GGGGCACCTTACCACCCCTGAACGCCAGTTACAGCTGGACAACTCAATCCTGACCGTGACCTTTGATACCGTCA  3256

Query 3146  GCGGCTCTGCCATGTTGCACAACCGCCAAAATGACGTCCAGATCCACCCCCAGCCGGAAGCCTCGAACCCACAG  3219
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3257  GCGGCTCTGCCATGTTGCACAACCGCCAAAATGACGTCCAGATCCACCCCCAGCCGGAAGCCTCGAACCCACAG  3330

Query 3220  TCTGTGGCCCATTTCATCAACCTGACGACCCTGGTCAACTCCATCACGCCCCTGGGGAGCCAGCTTAGTGACCA  3293
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3331  TCTGTGGCCCATTTCATCAACCTGACGACCCTGGTCAACTCCATCACGCCCCTGGGGAGCCAGCTTAGTGACCA  3404

Query 3294  GCACCCGCTCACGTGGCGGGCAGTGCCCCAGACTGACGTCTTGCCACCCCCGCAGCCGCAGGCACCCCCACAGC  3367
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3405  GCACCCGCTCACGTGGCGGGCAGTGCCCCAGACTGACGTCTTGCCACCCTCGCAGCCGCAGGCACCCCCACAGC  3478

Query 3368  AGGCGGCCCAGCCCCAGGTGCAGGCGGAGCAGCAGCAGCAGCAGATGTACAGCTAC  3423
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3479  AGGCGGCCCAGCCCCAGGTGCAGGCGGAGCAGCAGCAGCAGCAGATGTACAGCTAC  3534