Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_12439
• Subject: XR_937542.1
• Aligned Length: 3619
• Identities: 2771
• Gaps: 844

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  CCGCCCGCGGACTACAAGTCCCGCCATGCCCCGCCGCCGCCCCCCGGCTTCCGGTGCTGCGCAGTTTCCGGAGC  74

Query    1  --------------------------------------------------------------ATGGCTGAAGAT  12
                                                                          ||||||||||||
Sbjct   75  GGATCGCAACCCGGAGTCCGGATCCGATCCCGCTCTGCACATTCCAAAGGCAGGTGTCAGAGATGGCTGAAGAT  148

Query   13  GGGAGCGAAGAGATCATGTTCATCTGGTGTGAAGACTGCAGCCAGTACCACGACTCCGAATGTCCCGAGCTGGG  86
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  GGGAGCGAAGAGATCATGTTCATCTGGTGTGAAGACTGCAGCCAGTACCACGACTCCGAATGTCCCGAGCTGGG  222

Query   87  CCCAGTGGTCATGGTCAAAGACTCCTTTGTGTTAAGCAGGGCAAGGTCATCCCTTCCTCCCAACTTGGAGATCA  160
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  CCCAGTGGTCATGGTCAAAGACTCCTTTGTGTTAAGCAGGGCAAGGTCATCCCTTCCTCCCAACTTGGAGATCA  296

Query  161  GACGACTGGAAGATGGAGCCGAGGGGGTGTTCGCCATCACTCAGCTCGTCAAGCGGACACAGTTCGGTCCCTTT  234
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  GACGACTGGAAGATGGAGCCGAGGGGGTGTTCGCCATCACTCAGCTCGTCAAGCGGACACAGTTCGGTCCCTTT  370

Query  235  GAGTCCAGGAGGGTCGCCAAATGGGAAAAGGAGTCTGCATTTCCCCTGAAGGTGTTCCAGAAGGACGGGCACCC  308
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  GAGTCCAGGAGGGTCGCCAAATGGGAAAAGGAGTCTGCATTTCCCCTGAAGGTGTTCCAGAAGGACGGGCACCC  444

Query  309  CGTGTGCTTCGACACCTCCAACGAGGATGACTGCAACTGGATGATGCTGGTGCGGCCAGCGGCGGAGGCCGAGC  382
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  CGTGTGCTTCGACACCTCCAACGAGGATGACTGCAACTGGATGATGCTGGTGCGGCCAGCGGCGGAGGCCGAGC  518

Query  383  ACCAGAACCTGACGGCCTACCAGCACGGCAGCGACGTGTACTTCACCACCTCCAGAGACATCCCCCCGGGTACC  456
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  ACCAGAACCTGACGGCCTACCAGCACGGCAGCGACGTGTACTTCACCACCTCCAGAGACATCCCCCCGGGTACC  592

Query  457  GAGCTGCGCGTGTGGTATGCGGCCTTCTATGCCAAGAAGATGGACAAGCCCATGCTGAAGCAGGCCGGCTCTGG  530
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  GAGCTGCGCGTGTGGTATGCGGCCTTCTATGCCAAGAAGATGGACAAGCCCATGCTGAAGCAGGCCGGCTCTGG  666

Query  531  CGTCCACGCTGCAGGCACCCCAGAAAACAGCGCCCCCGTGGAGTCGGAACCCAGCCAGTGGGCGTGTAAAGTGT  604
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  CGTCCACGCTGCAGGCACCCCAGAAAACAGCGCCCCCGTGGAGTCGGAGCCCAGCCAGTGGGCGTGTAAAGTGT  740

Query  605  GTTCTGCCACCTTCCTGGAGCTGCAGCTCCTCAATGAACATCTGTTGGGCCACTTAGAACAAGCCAAAAGCCTT  678
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  GTTCTGCCACCTTCCTGGAGCTGCAGCTCCTCAATGAACATCTGTTGGGCCACTTAGAACAAGCCAAAAGCCTT  814

Query  679  CCTCCAGGCAGCCAAAGCGAGGCAGCAGCTCCCGAGAAGGAGCAGGACACACCCCGGGGGGAACCCCCTGCAGT  752
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  CCTCCAGGCAGCCAAAGCGAGGCAGCAGCTCCCGAGAAGGAGCAGGACACACCCCGGGGGGAACCCCCTGCAGT  888

Query  753  GCCCGAGAGCGAGAATGTTGCCACCAAAGAACAGAAGAAAAAGCCTCGAAGGGGGAGAAAACCCAAAGTGTCCA  826
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  GCCCGAGAGCGAGAATGTTGCCACCAAAGAACAGAAGAAAAAGCCTCGAAGGGGGAGAAAACCCAAAGTGTCCA  962

Query  827  AAGCTGAGCAGCCTCTAGTCATCGTGGAAGACAAGGAACCCACAGAGCAAGTGGCAGAGATCATTACCGAGGTC  900
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  AAGCTGAGCAGCCTCTAGTCATCGTGGAAGACAAGGAACCCACAGAGCAAGTGGCAGAGATCATTACCGAGGTC  1036

Query  901  CCTCCGGATGAGCCTGTGAGTGCAACGCCAGATGAGCGGATCATGGAGCTGGTTCTGGGGAAGCTGGCCACCAC  974
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  CCTCCGGATGAGCCTGTGAGTGCAACGCCAGATGAGCGGATCATGGAGCTGGTTCTGGGGAAGCTGGCCACCAC  1110

Query  975  CACCACTGACACCAGCTCGGTTCCAAAGTTCACCCATCATCAGAATAACACCATCACGCTCAAGAGGAGCTTAA  1048
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  CACCACTGACACCAGCTCGGTTCCAAAGTTCACCCATCATCAGAATAACACCATCACGCTCAAGAGGAGCTTAA  1184

Query 1049  TTCTCTCAAGCAGACACGGCATCCGGCGCAAGGTCATCAAACAGCTCGGGGAGCACAAGCGGGTTTACCAGTGC  1122
            ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  TTCTCTCAAGCAGACACGGCATCCGGCGCAAGCTCATCAAACAGCTCGGGGAGCACAAGCGGGTTTACCAGTGC  1258

Query 1123  AATATCTGCAGCAAGATCTTCCAGAACAGCAGCAACCTGAGCAGGCACGTGCGCTCGCATGGTGACAAGCTGTT  1196
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  AATATCTGCAGCAAGATCTTCCAGAACAGCAGCAACCTGAGCAGGCACGTGCGCTCGCATGGTGACAAGCTGTT  1332

Query 1197  TAAGTGCGAAGAGTGTGCAAAATTGTTCAGCCGCAAAGAGAGCCTAAAGCAGCACGTTTCCTACAAGCACAGCA  1270
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  TAAGTGCGAAGAGTGTGCAAAATTGTTCAGCCGCAAAGAGAGCCTAAAGCAGCACGTTTCCTACAAGCACAGCA  1406

Query 1271  GGAACGAGGTGGACGGCGAGTACAGGTACCGCTGCGGCACTTGTGAGAAGACCTTCCGCATCGAGAGCGCGCTG  1344
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GGAACGAGGTGGACGGCGAGTACAGGTACCGCTGCGGCACTTGTGAGAAGACCTTCCGCATCGAGAGCGCGCTG  1480

Query 1345  GAGTTCCACAACTGCAGGA-------------------------------------------------------  1363
            |||||||||||||||||||                                                       
Sbjct 1481  GAGTTCCACAACTGCAGGACAGGACTCATAGCACACCCTGGAGAGGGGGGGCCCGGCGGCAGTCGGCTTAGAGA  1554

Query 1364  -----CAGATGACAAGACGTTCCAATGTGAGATGTGTTTCAGATTCTTCTCCACCAACAGCAACCTCTCCAAGC  1432
                 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  CCTACCAGATGACAAGACGTTCCAATGTGAGATGTGTTTCAGATTCTTCTCCACCAACAGCAACCTCTCCAAGC  1628

Query 1433  ACAAGAAGAAGCACGGCGACAAGAAGTTTGCCTGTGAGGTCTGCAGCAAGATGTTCTACCGCAAGGACGTCATG  1506
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  ACAAGAAGAAGCACGGCGACAAGAAGTTTGCCTGTGAGGTCTGCAGCAAGATGTTCTACCGCAAGGACGTCATG  1702

Query 1507  CTGGACCACCAGCGCCGGCACCTGGAAGGAGTGCGGCGAGTGAAGCGAGAGGACCTGGAGGCCGGTGGGGAGAA  1580
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  CTGGACCACCAGCGCCGGCACCTGGAAGGAGTGCGGCGAGTGAAGCGAGAGGACCTGGAGGCCGGTGGGGAGAA  1776

Query 1581  CCTGGTCCGTTACAAGAAGGAGCCTTCCGGGTGCCCGGTGTGTGGCAAGGTGTTCTCCTGCCGGAGCAATATGA  1654
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  CCTGGTCCGTTACAAGAAGGAGCCTTCCGGGTGCCCGGTGTGTGGCAAGGTGTTCTCCTGCCGGAGCAATATGA  1850

Query 1655  ACAAGCACCTGCTCACCCACGGCGACAAGAAGTACACCTGCGAGATCTGCGGGCGCAAGTTCTTCCGCGTGGAT  1728
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  ACAAGCACCTGCTCACCCACGGCGACAAGAAGTACACCTGCGAGATCTGCGGGCGCAAGTTCTTCCGCGTGGAT  1924

Query 1729  GTGCTCAGGGACCACATCCATGTCCACTTCAAGGACATCGCGTTGATGGATGACCACCAGAGGGAAGAGTTTAT  1802
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  GTGCTCAGGGACCACATCCATGTCCACTTCAAGGACATCGCGTTGATGGATGACCACCAGAGGGAAGAGTTTAT  1998

Query 1803  CGGCAAGATCGGGATCTCCTCGGAAGAAAACGATGACAATTCTGACGAGAGCGCAGACTCGGAGCCTCACAAGT  1876
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  CGGCAAGATCGGGATCTCCTCGGAAGAAAACGATGACAATTCTGACGAGAGCGCAGACTCGGAGCCTCACAAGT  2072

Query 1877  ACAGCTGCAAGCGGTGCCAGCTCACCTTCGGCCGGGGGAAGGAGTACCTGAAGCACATCATGGAGGTGCACAAG  1950
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  ACAGCTGCAAGCGGTGCCAGCTCACCTTCGGCCGGGGGAAGGAGTACCTGAAGCACATCATGGAGGTGCACAAG  2146

Query 1951  GAGAAGGGCTATGGCTGCAGCATCTGCAACCGGCGCTTTGCACTGAAGGCCACCTACCACGCCCACATGGTCAT  2024
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  GAGAAGGGCTATGGCTGCAGCATCTGCAACCGGCGCTTTGCACTGAAGGCCACCTACCACGCCCACATGGTCAT  2220

Query 2025  CCACCGTGAAAACCTGCCGGACCCCAACGTGCAGAAGTACATCCACCCCTGCGAGATCTGCGGGCGGATCTTCA  2098
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  CCACCGTGAAAACCTGCCGGACCCCAACGTGCAGAAGTACATCCACCCCTGCGAGATCTGCGGGCGGATCTTCA  2294

Query 2099  ACAGCATCGGGAACCTGGAGCGCCACAAGCTCATCCACACAGGTGTGAAGAGCCACGCCTGCGAGCAGTGTGGG  2172
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  ACAGCATCGGGAACCTGGAGCGCCACAAGCTCATCCACACAGGTGTGAAGAGCCACGCCTGCGAGCAGTGTGGG  2368

Query 2173  AAGTCCTTTGCCAGGAAGGACATGCTGAAGGAGCACATGCGTGTGCACGACAACGTCCGCGAGTACCTGTGTGC  2246
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  AAGTCCTTTGCCAGGAAGGACATGCTGAAGGAGCACATGCGTGTGCACGACAATGTCCGCGAGTACCTGTGTGC  2442

Query 2247  CGAGTGTGGGAAAGGCATGAAGACCAAGCACGCGCTGCGCCACCACATGAAGCTGCACAAGGGCATCAAGGAGT  2320
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  CGAGTGTGGGAAAGGCATGAAGACCAAGCACGCGCTGCGCCACCACATGAAGCTGCACAAGGGCATCAAGGAGT  2516

Query 2321  ACGAGTGCAAGGAGTGCCACCGCAGGTTCGCGCAGAAGGTCAACATGCTCAAGCACTGCAAGCGGCACACGGGG  2394
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   
Sbjct 2517  ACGAGTGCAAGGAGTGCCACCGCAGGTTCGCGCAGAAGGTCAACATGCTCAAGCACTGCAAGCGGCACACG---  2587

Query 2395  ATTAAAGATTTCATGTGTGAATTGTGTGGGAAGACATTCAGCGAGAGGAACACCATGGAGACCCACAAGCTCAT  2468
                                                                                      
Sbjct 2588  --------------------------------------------------------------------------  2587

Query 2469  CCACACAGTGGGCAAGCAGTGGACGTGCTCCGTGTGCGACAAGAAGTACGTGACCGAGTACATGCTGCAGAAGC  2542
                                                                                      
Sbjct 2588  --------------------------------------------------------------------------  2587

Query 2543  ACGTTCAGCTCACACACGACAAGGTGGAGGCGCAGAGCTGCCAGCTGTGCGGGACCAAGGTGTCCACCAGGGCC  2616
                                                                                      
Sbjct 2588  --------------------------------------------------------------------------  2587

Query 2617  TCCATGAGCCGACACATGCGGCGCAAGCACCCCGAGGTGCTCGCGGTGAGGATCGATGACCTGGACCACCTCCC  2690
                                               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2588  -----------------------------------GGTGCTCGCGGTGAGGATCGATGACCTGGACCACCTCCC  2626

Query 2691  GGAGACCACCACCATCGACGCCTCCTCCATTGGCATCGTCCAGCCTGAGCTGACTCTGGAGCAGGAGGATTTGG  2764
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2627  GGAGACCACCACCATCGACGCCTCCTCCATTGGCATCGTCCAGCCTGAGCTGACTCTGGAGCAGGAGGATTTGG  2700

Query 2765  CCGAAGGGAAGCACGGGAAAGCTGCCAAGCGAAGTCACAAGAGAAAGCAGAAGCCAGAAGAGGAGGCGGGTGCT  2838
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2701  CCGAAGGGAAGCACGGGAAAGCTGCCAAGCGAAGTCACAAGAGAAAGCAGAAGCCAGAAGAGGAGGCGGGTGCT  2774

Query 2839  CCGGTGCCCGAGGACGCCACCTTCAGCGAATACTCAGAGAAAGAGACGGAGTTCACAGGCAGTGTAGGCGACGA  2912
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2775  CCGGTGCCCGAGGACGCCACCTTCAGCGAATACTCAGAGAAAGAGACGGAGTTCACAGGCAGTGTAGGCGACGA  2848

Query 2913  GACCAATTCCGCAGTACAGAGCATTCAGCAGGTAGTGGTGACCCTGGGTGACCCAAATGTGACCACACCATCGA  2986
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2849  GACCAATTCCGCAGTACAGAGCATTCAGCAGGTAGTGGTGACCCTGGGTGACCCAAATGTGACCACACCATCGA  2922

Query 2987  GCTCAGTCGGCTTGACCAACATCACCGTGACCCCCATCACCACTGCGGCCGCGACTCAGTTTACCAATCTCCAG  3060
            |||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||                         
Sbjct 2923  GCTCAGTCGGCTTAACCAACATCACCGTGACCCCCATCACCACTGCGGC-------------------------  2971

Query 3061  CCGGTGGCCGTGGGGCACCTTACCACCCCTGAACGCCAGTTACAGCTGGACAACTCAATCCTGACCGTGACCTT  3134
                                                                                      
Sbjct 2972  --------------------------------------------------------------------------  2971

Query 3135  TGATACCGTCAGCGGCTCTGCCATGTTGCACAACCGCCAAAATGACGTCCAGATCCACCCCCAGCCGGAAGCCT  3208
                                                                                      
Sbjct 2972  --------------------------------------------------------------------------  2971

Query 3209  CGAACCCACAGTCTGTGGCCCATTTCATCAACCTGACGACCCTGGTCAACTCCATCACGCCCCTGGGGAGCCAG  3282
                                                                                      
Sbjct 2972  --------------------------------------------------------------------------  2971

Query 3283  CTTAGTGACCAGCACCCGCTCACGTGGCGGGCAGTGCCCCAGACTGACGTCTTGCCACCCCCGCAGCCGCAGGC  3356
                                                                                      
Sbjct 2972  --------------------------------------------------------------------------  2971

Query 3357  ACCCCCACAGCAGGCGGCCCAGCCCCAGGTGCAGGCGGAGCAGCAGCAGCAGCAGATGTACAGCTAC  3423
                                                                               
Sbjct 2972  -------------------------------------------------------------------  2971