Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_13039
• Subject: XM_006498088.3
• Aligned Length: 1839
• Identities: 1493
• Gaps: 201

Alignment

Query    1  ATGAGGAGATTTGTCTACTGCAAGGTGGTTCTAGCCACTTCGCTGATGTGGGTTCTTGTTGATGTCTTCTTACT  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGAGGAGATTTGTCTACTGCAAGGTGGTTCTGGCCACTTCTCTGATGTGGGTGCTTGTTGATGTCTTCTTACT  74

Query   75  GCTGTACTTCAGTGAATGTAACAAATGTGATGACAAGAAGGAGAGATCTCTGCTGCCTGCATTGAGGGCTGTTA  148
            .|||||||||||.||.||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||..||||||||||||
Sbjct   75  CCTGTACTTCAGCGAGTGTAACAAGTGTGATGACAAGAAGGAGAGATCCCTGCTGCCTGCGCTGAGGGCTGTTA  148

Query  149  TTTCAAGAAACCAAGAAGGGCCAGGAGAAATGGGAAAAGCTGTGTTGATTCCTAAAGATGACCAGGAGAAAATG  222
            |||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||.|.|||||.|||||||||||.|||||||||
Sbjct  149  TTTCAAGAAACCAAGAAGGTCCAGGAGAAATGGGAAAGGCTGTGCTTATTCCAAAAGATGACCAAGAGAAAATG  222

Query  223  AAAGAGCTGTTTAAAATCAATCAGTTTAACCTTATGGCCAGTGATTTGATTGCCCTTAATAGAAGTCTGCCAGA  296
            ||||||.|||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.||.|||||..||||||||||.||
Sbjct  223  AAAGAGTTGTTTAAAATCAATCAGTTTAACCTCATGGCCAGTGACTTGATCGCACTTAACCGAAGTCTGCCGGA  296

Query  297  TGTAAGATTAGAAG------------------------------------------------------------  310
            |||.||||||||||                                                            
Sbjct  297  TGTGAGATTAGAAGGACAGTACTGTTGTGGTAGATGTGAAGAACTTCAAACAATGCAGCAAGAAAGATATGCTA  370

Query  311  ------------------------------------------------------------------GATGTAAG  318
                                                                              ||||.|||
Sbjct  371  GAGTTTACATCTCTACCAACTTCTGCTCCAGTATCCTCTTCTGGTTGAAATGTAACACTGAGTTGAGATGCAAG  444

Query  319  ACAAAAGTCTACCCTGATGAACTTCCAAACACAAGTGTAGTCATTGTGTTTCATAATGAAGCTTGGAGCACTCT  392
            ||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  ACTAAAGTCTACCCTGATGAACTTCCAAACACAAGTGTAGTCATTGTGTTCCATAATGAAGCTTGGAGCACTCT  518

Query  393  CCTTAGAACTGTTTACAGTGTGATAAATCGTTCCCCACACTATCTACTCTCAGAGGTCATCTTGGTAGATGATG  466
            .|||||||||||.||.|||||.||||||||.|||||||||||.||.|||||.||||||||||||||.|||||||
Sbjct  519  ACTTAGAACTGTCTATAGTGTCATAAATCGCTCCCCACACTACCTGCTCTCTGAGGTCATCTTGGTTGATGATG  592

Query  467  CCAGTGAAAGAGATTTTCTCAAGTTGACATTAGAGAATTACGTGAAAAATTTAGAAGTGCCAGTAAAAATTATT  540
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||.|||||||||||||||.||.|||||.
Sbjct  593  CCAGTGAAAGAGATTTTCTCAAGTTGACATTAGAGAACTACGTGAAAACTTTAGAAGTGCCAGTGAAGATTATC  666

Query  541  AGGATGGAAGAACGCTCTGGGTTAATACGTGCCCGTCTTCGAGGAGCAGCTGCTTCAAAAGGGCAGGTCATAAC  614
            |||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||.|||||||||||.|||||||||||
Sbjct  667  AGGATGGAAGAGCGCTCTGGGTTAATACGCGCCCGTCTCCGAGGAGCAGCAGCTTCAAAAGGACAGGTCATAAC  740

Query  615  TTTTCTTGATGCACACTGTGAATGCACGTTAGGATGGCTGGAGCCTTTGCTGGCAAGAATAAAGGAAGACAGGA  688
            ||||||.|||||||||||.||.|||||.|||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||
Sbjct  741  TTTTCTGGATGCACACTGCGAGTGCACCTTAGGATGGCTGGAGCCCTTGCTGGCGAGAATAAAGGAAGACAGGA  814

Query  689  AAACGGTTGTCTGCCCTATCATTGATGTGATTAGTGATGATACTTTTGAATATATGGCTGGGTCAGACATGACT  762
            ||||.|||||.|||||.|||||||||||.||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||||||||||||
Sbjct  815  AAACAGTTGTGTGCCCGATCATTGATGTTATTAGTGATGATACGTTTGAGTACATGGCTGGGTCAGACATGACT  888

Query  763  TATGGGGGTTTTAACTGGAAACTGAATTTCCGCTGGTATCCTGTTCCCCAAAGAGAAATGGACAGGAGGAAAGG  836
            |||||.|||||.||||||||.||.||||||||.|||||||||||.||.||||||||||||||.|||||.|||||
Sbjct  889  TATGGTGGTTTCAACTGGAAGCTAAATTTCCGATGGTATCCTGTCCCTCAAAGAGAAATGGATAGGAGAAAAGG  962

Query  837  AGACAGAACATTACCTGTCAGGACCCCTACTATGGCTGGTGGCCTATTTTCTATTGACAGAAACTACTTTGAAG  910
            ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  AGACAGGACATTACCTGTCAGGACCCCTACTATGGCTGGTGGCCTATTTTCTATTGACAGAAACTACTTTGAAG  1036

Query  911  AGATAGGAACTTACGATGCAGGAATGGATATCTGGGGTGGAGAGAATCTTGAAATGTCTTTTAGGATTTGGCAA  984
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||
Sbjct 1037  AGATAGGAACTTACGATGCAGGAATGGATATCTGGGGTGGAGAGAATCTTGAAATGTCTTTTAGGATCTGGCAA  1110

Query  985  TGTGGAGGCTCCTTGGAGATTGTTACTTGCTCCCATGTTGGTCATGTTTTTCGGAAGGCAACTCCATACACTTT  1058
            ||||||||.||.|||||||||||.||||||||.|||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||.||
Sbjct 1111  TGTGGAGGTTCTTTGGAGATTGTGACTTGCTCTCATGTCGGTCATGTTTTTCGAAAGGCAACTCCATACACATT  1184

Query 1059  TCCTGGTGGCACTGGTCATGTCATCAACAAGAACAACAGGAGACTGGCAGAAGTTTGGATGGATGAATTTAAAG  1132
            .||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||.||||
Sbjct 1185  CCCTGGTGGCACTGGCCATGTCATTAACAAGAACAACAGAAGACTGGCAGAAGTGTGGATGGATGAATTCAAAG  1258

Query 1133  ATTTCTTCTACATCATATCCCCAGGTGTTGTCAAAGTGGATTATGGAGATGTGTCAGTCAGAAAAACACTAAGA  1206
            ||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.
Sbjct 1259  ATTTCTTCTATATCATATCCCCAGGTGTTGTCAAAGTGGATTATGGAGATGTGTCAGTCAGAAAAACACTGAGG  1332

Query 1207  GAAAATCTGAAGTGTAAGCCCTTTTCTTGGTACCTAGAAAACATCTATCCGGACTCCCAGATCCCAAGACGTTA  1280
            ||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  GAAAATCTGAAGTGTAAGCCTTTTTCTTGGTACCTGGAAAACATCTATCCGGACTCCCAGATCCCAAGACGTTA  1406

Query 1281  TTACTCACTTGGTGAGATAAGAAATGTTGAAACCAATCAGTGTTTAGACAACATGGGCCGCAAGGAAAATGAAA  1354
            |||||||||||||||||||.||||||||||.||||||||.||.|||||.||||||||||||||.||||||||||
Sbjct 1407  TTACTCACTTGGTGAGATACGAAATGTTGAGACCAATCAATGCTTAGATAACATGGGCCGCAAAGAAAATGAAA  1480

Query 1355  AAGTGGGTATATTCAACTGTCATGGTATGGGAGGAAATCAGGTATTTTCTTACACTGCTGACAAAGAAATCCGA  1428
            ||||||||||.|||||||||||.||.||||||||.||.|||||.||||||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  AAGTGGGTATCTTCAACTGTCACGGCATGGGAGGTAACCAGGTGTTTTCTTATACTGCTGACAAAGAAATCCGA  1554

Query 1429  ACCGATGACTTGTGCTTGGATGTTTCTAGACTCAATGGACCTGTAATCATGTTAAAATGCCACCATATGAGAGG  1502
            ||.||.|||||||||.|||||||.||.|||||||.|||.||||||||||||.|||||||||||||.||||||||
Sbjct 1555  ACTGACGACTTGTGCCTGGATGTATCCAGACTCAGTGGCCCTGTAATCATGCTAAAATGCCACCACATGAGAGG  1628

Query 1503  AAATCAGTTATGGGAATATGATGCTGAG----TC---TTG------TCTCTCAGTGAACAAAGTAGC-TGATG-  1561
            |||||||.|.|||||||||||.||||||    ||   |||      .||..||||.|.|||.||  | ||||| 
Sbjct 1629  AAATCAGCTGTGGGAATATGACGCTGAGAGACTCACTTTGAGACATGCTAACAGTAACCAATGT--CTTGATGA  1700

Query 1562  -GCTCC---------CAGCAT----CCTACTGTGGAAACCTGTAATGATAGCACTTTGCAAAAATGGCTACTAA  1621
             .||.|         ||..||    |||||..||.|...|||.|.||..||||..|..|||.|||||||.||.|
Sbjct 1701  ACCTTCTGAAGAAGACAAAATGGTGCCTACCATGCAGGACTGCAGTGGCAGCAGATCCCAACAATGGCTGCTGA  1774

Query 1622  GAAACTATACAAGAATGGAAATTTTTAGAAATATTTTTGGGA-ATTCTACTGATTACATTCTC  1683
            |.|||         |||               |..||.|||| |                   
Sbjct 1775  GGAAC---------ATG---------------ACCTTGGGGACA-------------------  1794