Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_13499
- Subject:
- NM_001312914.1
- Aligned Length:
- 2853
- Identities:
- 2212
- Gaps:
- 366
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 ATGGATGAGGAAAACATGACGAAAAGCGAAGAGCAGCAACCTCTGAGTTTGCAAAAAGCCTTGCAGCAGTGCGA 74
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 75 GTTGGTTCAGAACATGATCGACCTGAGCATCTCCAATCTGGAAGGGCTTAGGACCAAGTGTGCAGCTTCCAACG 148
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 149 ACCTCACGCAGAAGGAGATCAGGACCCTGGAGAGCAAGCTGGTGAAGTACTTCAGCCGACAGCTGTCCTGCAAG 222
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 223 AAGAAGGTGGCTCTGCAGGAACGCAATGCTGAACTGGACGGCTTCCCCCAGCTCCGCCACTGGTTCCGGATCGT 296
Query 1 -------------------------------------------------------------------ATGACGG 7
|||||.|
Sbjct 297 GGATGTCCGAAAGGAAGTCCTGGAGGAGATCTCCCCTGACCAGCTGAGCTTGGAGGACCTCCTGGAGATGACCG 370
Query 8 ATGAACAGGTGTGCGAGACTGTGGAGAAATACGGAGCCAACCGGGAGGAGTGTGCCCGCCTCAACGCCTCCCTC 81
|.||.||||||||.|||||.||||||||.||.||||||||||.|||.|||||.|||||.|||||||||||.|||
Sbjct 371 ACGAGCAGGTGTGTGAGACCGTGGAGAAGTATGGAGCCAACCAGGAAGAGTGCGCCCGGCTCAACGCCTCACTC 444
Query 82 TCCTGCCTCAGGAATGTCCACATGTCAGGAGGCAACCTTTCCAAACAAGACTGGACCATCCAGTGGCCCACCAC 155
|||||||||||||||||.||||..||||||||.||.||.|||||||||||.||||.||||||||||||||||||
Sbjct 445 TCCTGCCTCAGGAATGTGCACAAATCAGGAGGGAATCTCTCCAAACAAGATTGGATCATCCAGTGGCCCACCAC 518
Query 156 AGAGACGGGGAAGGAGAACAATCCCGTGTGCCCCCCGGAGCCCACCCCGTGGATCCGCACCCATCTCTCCCAGA 229
.|||.|.|||.||||||.|||.||.|||||||||||||||||||.||||||||||||.|||||.||||||||||
Sbjct 519 GGAGCCAGGGCAGGAGAGCAACCCTGTGTGCCCCCCGGAGCCCAGCCCGTGGATCCGAACCCACCTCTCCCAGA 592
Query 230 GCCCCAGGGTCCCGTCCAAGTGCGTCCAGCACTATTGTCACACCAGCCCCACTCCCGGGGCCCCTGTGTACACC 303
||||||||||||.|.|||||||...||||||||..||||..||||||||.||.||.|||.||||||||||||||
Sbjct 593 GCCCCAGGGTCCAGACCAAGTGTCCCCAGCACTTCTGTCCTACCAGCCCTACGCCTGGGACCCCTGTGTACACC 666
Query 304 CACGTGGACAGGCTTACCGTGGACGCCTACCCGGGCTTGTGCCCGCCCCCGCCA---CTGGAGTCGGGCCACCG 374
||.||||||||.||.||.||.||.|||||||||..||||||||||||.|||||| |||||.||.||||||||
Sbjct 667 CAAGTGGACAGACTCACTGTAGATGCCTACCCGAACTTGTGCCCGCCGCCGCCACCCCTGGAATCAGGCCACCG 740
Query 375 TTCCCTGCCCCCATCGCCCCGGCAGCGGCACGCGGTCCGCACCCCGCCGCGCACCCCCAACATCGTCACCACCG 448
.||.||||||||.||.||||||||||||||||..|||||||||||.||.||||||||.||.||.||||||||||
Sbjct 741 CTCTCTGCCCCCGTCTCCCCGGCAGCGGCACGTAGTCCGCACCCCACCTCGCACCCCAAATATTGTCACCACCG 814
Query 449 TGACCCCGCCGGGCACGCCGCCCATGAGGAAGAAGAACAAGCTGAAGCCCCCGGGGACCCCACCGCCCTCCTCC 522
|||||||.||.||||||||.||||||||||..||.||||||||||||||.||.|||||.|||||.||||||||.
Sbjct 815 TGACCCCACCTGGCACGCCACCCATGAGGAGAAAAAACAAGCTGAAGCCTCCCGGGACGCCACCCCCCTCCTCT 888
Query 523 CGAAAACTGATACACTTGATCCCGGGATTCACCGCGCTGCATCGGAGCAAATCCCACGAGTTCCAGCTGGGGCA 596
||.||.||.||.||..|||||||.||.|||||.||||||||..|||||||||||||||||||||||||.|||.|
Sbjct 889 CGGAAGCTCATCCATCTGATCCCTGGCTTCACAGCGCTGCACAGGAGCAAATCCCACGAGTTCCAGCTCGGGAA 962
Query 597 CCGCGTGGACGAGGCCCACACGCCCAAAGCCAAGAAGAAGAGCAAACCCTTGAACCTCAAGATCCACAGCAGCG 670
|||.||.|||||||||.||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct 963 CCGTGTAGACGAGGCCAACACACCCAAAGCCAAGAAGAAGAGCAAACCCTTGAACCTCAAGATCCACAGCGGCG 1036
Query 671 TAGGCAGCTGCGAGAACATCCCCTCTCAGCAGCGCTCCCCGCTGCTGTCCGAGCGCTCCCTCCGCTCCTTCTTT 744
|.|||||||||||||||||||||.|.|||||.|||||.|||||.|||||||||||||||.|.||.|||||||||
Sbjct 1037 TGGGCAGCTGCGAGAACATCCCCGCCCAGCAACGCTCTCCGCTCCTGTCCGAGCGCTCCTTGCGGTCCTTCTTT 1110
Query 745 GTGGGACACGCACCTTTCCTGCCTTCCACCCCTCCTGTTCACACTGAGGCCAACTTCTCTGCAAACACACTGTC 818
|||||.||||..||.||||||||.||||||||.|||||.||||||||.|||||.|||||||||||||||||.||
Sbjct 1111 GTGGGCCACGGGCCCTTCCTGCCCTCCACCCCACCTGTCCACACTGAAGCCAATTTCTCTGCAAACACACTCTC 1184
Query 819 AGTGCCACGCTGGTCCCCGCAGATCCCTCGCAGAGATCTTGGCAACTCCATCAAGCACAGGTTTTCCACCAAGT 892
.||.||.||||||||.||.||||||||.||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185 TGTACCTCGCTGGTCACCACAGATCCCACGCAGAGACCTTGGCAATTCCATCAAGCACAGGTTTTCCACCAAGT 1258
Query 893 ACTGGATGTCTCAGACGTGCACAGTCTGTGGGAAAGGGATGCTTTTTGGCCTCAAGTGTAAAAACTGCAAGTTA 966
||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 ACTGGATGTCTCAGACGTGCACGGTCTGCGGGAAAGGGATGCTTTTTGGCCTCAAGTGTAAAAACTGCAAGTTA 1332
Query 967 AAGTGCCACAACAAATGCACCAAAGAAGCCCCACCCTGTCATCTTCTGATCATCCACCGAGGAGATCCAGCAAG 1040
|||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||.||.|||||.||||||||||||||.||||||||
Sbjct 1333 AAGTGCCACAATAAATGCACCAAAGAAGCCCCGCCCTGTCACCTCCTGATTATCCACCGAGGAGACCCAGCAAG 1406
Query 1041 GTTAGTCCGGACAGAGTCCGTTCCGTGTGACATCAACAACCCTCTACGGAAGCCACCTCGCTATTCAGACCTGC 1114
||||||.||.||.|||||.||.||.|||||||||||||||||..|.||||||||..|.||.||||||||.||.|
Sbjct 1407 GTTAGTGCGAACGGAGTCGGTGCCCTGTGACATCAACAACCCGGTCCGGAAGCCTGCCCGATATTCAGATCTCC 1480
Query 1115 ACATCAGTCAGACGCTCCCCAAAACCAACAAAATCAACAAGGACCACATCCCTGTCCCTTACCAGCCAGACTCC 1188
|||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481 ACATCAGTCAGACTCTCCCCAAAACCAACAAAATCAACAAGGACCACATCCCTGTCCCTTACCAGCCAGACTCC 1554
Query 1189 AGCAGCAACCCCTCCTCCACGACGTCCTCCACGCCCTCCTCGCCAGCACCCCCCCTCCCTCCTAGTGCCACGCC 1262
||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.||.||||||||
Sbjct 1555 AGCAGCAATCCCTCCTCCACGACGTCCTCCACGCCCTCCTCACCGGCACCCCCCCTCCCTCCCAGCGCCACGCC 1628
Query 1263 GCCTTCTCCCCTACACCCTTCCCCACAGTGCACACGGCAGCAGAAGAACTTCAACCTGCCAGCATCCCACTACT 1336
||||||||||||.|||||.|||||.||||||.|..|.|||.|.||||||||||||||||||||.||||||||||
Sbjct 1629 GCCTTCTCCCCTGCACCCCTCCCCGCAGTGCCCGAGACAGAAAAAGAACTTCAACCTGCCAGCTTCCCACTACT 1702
Query 1337 ACAAATACAAGCAGCAGTTCATCTTCCCAGATGTGGTGCCGGTGCCGGAGACGCCGACCCGGGCGCCCCAGGTC 1410
|||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||.||.|||||.||.||||||||.|||||.|||
Sbjct 1703 ACAAATACAAGCAACAGTTCATCTTCCCAGATGTGGTGCCTGTACCAGAGACACCCACCCGGGCACCCCAAGTC 1776
Query 1411 ATCCTGCATCCGGTGACCTCGAATCCAATCTTGGAAGGAAATCCATTACTTCAAATTGAAGTGGAGCCAACGTC 1484
|||||||||||.||.|||||.|||.||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||.||
Sbjct 1777 ATCCTGCATCCTGTCACCTCAAATACAATCTTGGAAGGAAACCCATTACTTCAAATTGAAGTGGAACCAACCTC 1850
Query 1485 GGAGAATGAAGAGGTCCATGATGAGGCCGAAGAGTCAGAGGATGACTTCGAGGAGATGAACCTGTCCCTCCTCT 1558
.|||||.||||||..|||..||||.||.||.|||||.|||||.||.||.||.|||||||||||.||||||||||
Sbjct 1851 CGAGAACGAAGAGAGCCACAATGAAGCAGAGGAGTCCGAGGACGAGTTTGAAGAGATGAACCTATCCCTCCTCT 1924
Query 1559 CGGCCCGGAGCTTCCCACGCAAGGCCAGCCAGACCAGCATCTTCCTTCAGGAGTGGGACATCCCCTTTGAGCAG 1632
|.||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||
Sbjct 1925 CAGCCCGGAGCTTCCCACGCAAAGCCAGCCAGACCAGCATCTTCCTTCAGGAGTGGGACATCCCGTTTGAACAG 1998
Query 1633 CTGGAGATCGGCGAGCTCATTGGAAAGGGCCGCTTTGGGCAAGTGTACCACGGCCGCTGGCATGGCGAGGTGGC 1706
||.|||||.|||||||||||.||.|||||.|||||.|||||.||.||||||||.||||||||.|||||||||||
Sbjct 1999 CTAGAGATTGGCGAGCTCATCGGGAAGGGTCGCTTCGGGCAGGTTTACCACGGACGCTGGCACGGCGAGGTGGC 2072
Query 1707 CATCCGGCTGATTGACATTGAGAGGGACAACGAGGACCAGCTCAAGGCCTTCAAGCGGGAGGTGATGGCCTACA 1780
|||||||.||||||||||.|||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||
Sbjct 2073 CATCCGGTTGATTGACATAGAGAGGGACAATGAGGACCAGCTTAAGGCCTTCAAGCGGGAAGTGATGGCCTACA 2146
Query 1781 GGCAGACACGGCATGAGAACGTGGTGCTTTTCATGGGTGCCTGCATGAGCCCGCCTCACCTGGCCATCATCACC 1854
|||||||..||||.||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||.||.|||.||||||||||||||
Sbjct 2147 GGCAGACGAGGCACGAGAACGTGGTGCTCTTCATGGGAGCCTGCATGAGCCCACCCCACTTGGCCATCATCACC 2220
Query 1855 AGCCTCTGTAAGGGACGGACGCTCTATTCCGTTGTGAGGGATGCCAAAATCGTTTTGGATGTCAACAAAACCAG 1928
||||||||||||||||||||.|||||.||.||.||||||||.|||||.||.||.||||||||||||||||||||
Sbjct 2221 AGCCTCTGTAAGGGACGGACACTCTACTCTGTGGTGAGGGACGCCAAGATTGTCTTGGATGTCAACAAAACCAG 2294
Query 1929 GCAGATTGCTCAAGAAATTGTGAAGGGCATGGGCTACCTCCACGCCAAGGGAATCCTACACAAGGACCTCAAGT 2002
||||||.||.|||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||.|
Sbjct 2295 GCAGATCGCGCAAGAGATTGTAAAGGGCATGGGCTACCTCCACGCCAAGGGGATCCTTCATAAGGACCTCAAAT 2368
Query 2003 CAAAGAACGTCTTCTATGACAACGGCAAAGTGGTCATCACGGACTTTGGACTCTTCAGCATTTCTGGGGTGCTG 2076
|.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||.|||||||||
Sbjct 2369 CGAAGAACGTCTTCTATGACAACGGCAAAGTGGTCATCACAGACTTTGGGCTCTTCAGCATTTCCGGGGTGCTG 2442
Query 2077 CAGGCTGGCAGGCGGGAGGACAAACTGCGCATCCAGAATGGCTGGCTATGCCACCTGGCACCAGAGATCATCCG 2150
|||||||||.|||||||.|||||||||||.||||||||.||||||||.||.||||||||.|||||.||||||||
Sbjct 2443 CAGGCTGGCCGGCGGGACGACAAACTGCGGATCCAGAACGGCTGGCTGTGTCACCTGGCCCCAGAAATCATCCG 2516
Query 2151 CCAGCTGTCCCCCGACACAGAGGAGGATAAGCTCCCCTTCTCCAAGCACTCTGACGTCTTTGCCCTTGGCACAA 2224
||||||||||||.||||||||.|||||.||||||||.||||||||||||||.||.||||||||.||||||||.|
Sbjct 2517 CCAGCTGTCCCCTGACACAGAAGAGGACAAGCTCCCATTCTCCAAGCACTCGGATGTCTTTGCGCTTGGCACCA 2590
Query 2225 TCTGGTATGAACTCCACGCCAGGGAATGGCCTTTCAAGACCCAACCAGCAGAGGCAATAATCTGGCAAATGGGC 2298
||||||||||.||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.||||||
Sbjct 2591 TCTGGTATGAGCTCCACGCCAGGGAGTGGCCATTCAAGACCCAACCAGCAGAGGCAATCATTTGGCAGATGGGC 2664
Query 2299 ACAGGCATGAAACCCAACCTCAGCCAGATTGGCATGGGAAAAGAAATCTCGGACATTCTTCTCTTCTGCTGGGC 2372
||.||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||
Sbjct 2665 ACGGGAATGAAGCCCAACCTCAGCCAGATTGGCATGGGAAAAGAAATCTCGGACATACTGCTCTTCTGCTGGGC 2738
Query 2373 CTTTGAACAAGAAGAGAGACCTACCTTCACCAAGCTCATGGACATGCTGGAGAAACTGCCAAAGCGAAACCGTC 2446
|||.||.||.||||||.|.||.|||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 2739 CTTCGAGCAGGAAGAGCGGCCCACCTTTACCAAGCTCATGGACATGCTAGAGAAACTGCCAAAGCGAAACCGCC 2812
Query 2447 GCCTGTCTCACCCTGGACATTTCTGGAAGTCTGCAGAGCTG 2487
|||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813 GCCTGTCGCACCCCGGACATTTCTGGAAGTCTGCAGAGCTG 2853