Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_13547
• Subject: NR_148378.1
• Aligned Length: 3171
• Identities: 2719
• Gaps: 449

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  AATTGGCGTAGCGCTTGCTGAGCGGCGGCGGCAACCGACGTACACAAGGGGCTTGAGCGTTCTGTGGAGAGAGT  74

Query    1  -------------ATGAACTTGGGAGATGGTTTAAAGCTTGAAACTGAATTACTGGATGGAAAAACCAAGCTAA  61
                         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  GCGAGGTCAGGCCATGAACTTGGGAGATGGTTTAAAGCTTGAAACTGAATTACTGGATGGAAAAACCAAGCTAA  148

Query   62  TATTGTCTCCATATGAACATAAATCAAAAATTTCTGTGAAGATGGGAAATAAGGCCAAGATTGCAAAATGTCCT  135
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  TATTGTCTCCATATGAACATAAATCAAAAATTTCTGTGAAGATGGGAAATAAGGCCAAGATTGCAAAATGTCCT  222

Query  136  TTAAGAACAAAAACTGGGCACATTCTAAAATCAACACAAGATACTTGTATTGGGAGTGAAAAACTTTTGCAAAA  209
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  TTAAGAACAAAAACTGGGCACATTCTAAAATCAACACAAGATACTTGTATTGGGAGTGAAAAACTTTTGCAAAA  296

Query  210  GAAGCCAGTTGGTTCAGAAACATCACAGGCAAAAGGTGAAAAAAATGGAATGACTTTTTCATCCACTAAGGATT  283
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  GAAGCCAGTTGGTTCAGAAACATCACAGGCAAAAGGTGAAAAAAATGGAATGACTTTTTCATCCACTAAGGATT  370

Query  284  TATGTAAACAATGTATAGATAAAGACTGTCTTCATATCCAGAAAGAGATTTCACCTGCAACTCCTAATATGCAG  357
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
Sbjct  371  TATGTAAACAATGTATAGATAAAGACTGTCTTCATATCCAGAAAGAGATTTCACCTGCAACCCCTAATATGCAG  444

Query  358  AAGACTAGAAACACCGTAAATACATCTCTAGTAGGTAAACAGAAGCCTCACAAAAAACACATCACAGCTGAAAA  431
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  AAGACTAGAAACACCGTAAATACATCTCTAGTAGGTAAACAGAAGCCTCACAAAAAACACATCACAGCTGAAAA  518

Query  432  CATGAAGAGCAGTTTGGTGTGTCTAACACAAGACCAACTACAACAGATTTTGATGACTGTAAACCAAGGAAATA  505
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  CATGAAGAGCAGTTTGGTGTGTCTAACACAAGACCAACTACAACAGATTTTGATGACTGTAAACCAAGGAAATA  592

Query  506  GATCTCTTTCCCTGACTGAGAATGGAAAGGAGGCAAAAAGTCAATATAGTCTATATTTAAACAGTATTTCTAAT  579
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  GATCTCTTTCCCTGACTGAGAATGGAAAGGAGGCAAAAAGTCAATATAGTCTATATTTAAACAGTATTTCTAAT  666

Query  580  CAGCCAAAGGATGAGAACATTATGGGATTATTCAAAAAAACTGAAATGGTTTCATCTGTCCCAGCTGAAAATAA  653
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  CAGCCAAAGGATGAGAACATTATGGGATTATTCAAAAAAACTGAAATGGTTTCATCTGTCCCAGCTGAAAATAA  740

Query  654  ATCTGTCTTAAATGAACATCAGGAGACATCTAAACAGTGTGAGCAAAAAATTGCCATAGAGAATGAATGGAAAC  727
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  ATCTGTCTTAAATGAACATCAGGAGACATCTAAACAGTGTGAGCAAAAAATTGCCATAGAGAATGAATGGAAAC  814

Query  728  CAGCTGATATATTCAGTACTCTGGGGGAAAGGGAATGTGATAGAAGTTCGTTGGAAGCAAAAAAAGCCCAGTGG  801
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  CAGCTGATATATTCAGTACTCTGGGGGAAAGGGAATGTGATAGAAGTTCGTTGGAAGCAAAAAAAGCCCAGTGG  888

Query  802  AGGAAAGAGCTAGATGAACAGGTTGCTTTAAAGAAGAAAGAAAAAGAAGTTTCTGAAAAATGGAATGATCCTTG  875
            ||||||||||||                                                              
Sbjct  889  AGGAAAGAGCTA--------------------------------------------------------------  900

Query  876  GAAAAAATCTGAAAGTGATAAAATAATATGGGAAAAACATCAAATTCTTGACCAATCTAGGGAAACAGTACTGC  949
                                                                        ||||||||||||||
Sbjct  901  ------------------------------------------------------------GGAAACAGTACTGC  914

Query  950  TGGAGCACCCTTTCAGTGCTGTGAAACAAGAACTGCAGAGAAAATGGATTGAAGAGTTGAATAAGCAAATAGAA  1023
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  915  TGGAGCACCCTTTCAGTGCTGTGAAACAAGAACTGCAAAGAAAATGGATTGAAGAGTTGAATAAGCAAATAGAA  988

Query 1024  GATGACCGTCAAAGAAAAATAGAGGAAAAAATTATATATTCAAAGGGTGAGGAACATGACAGATGGGCAATGCA  1097
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  989  GATGACCGTCAAAGAAAAATAGAGGAAAAAATTATATATTCAAAGGGTGAGGAACATGACAGATGGGCAATGCA  1062

Query 1098  CTTTGATTCATTAAAGAGTTATCCTGGTTCTCAATCTCAGCTGTTCTCTCGGTCAACACACAAACAACCTGAGT  1171
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct 1063  CTTTGATTCATTAAAGAGTTATCCTGGTTCTCAATCTCAGCTGTTCTCTCAGTCAACACACAAACAACCTGAGT  1136

Query 1172  ACTTCTGTGTCTCTCCTGACACTCAGGAGCTGGCTGATGTCAGCAGTGTTTGTACACCTACAACCGGAAGCCAG  1245
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1137  ACTTCTGTGTCTCTCCTGACACTCAGGAGCTGGCTGATGTCAGCAGTGTTTGTACACCTACAACCGGAAGCCAG  1210

Query 1246  GTTGAACCTTCAGAGGAGGAGCATATAGCAAAACCTATTAAGGATGTGGTTATGGCAAACAGTAAGAAAACAAA  1319
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1211  GTTGAACCTTCAGAGGAGGAGCATATAGCAAAACCTATTAAGGATGTGGTTATGGCAAACAGTAAGAAAACAAA  1284

Query 1320  CTTTCTCCGTTCTATGACTGCTCTCTTGGACCCAGCTCAGATTGAGGAACGAGACAGACGACGACAAAAACAAT  1393
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1285  CTTTCTCCGTTCTATGACTGCTCTCTTGGACCCAGCTCAGATTGAGGAACGAGACAGACGACGACAAAAACAAT  1358

Query 1394  TAGAGCATCAGAAAGCCATCACTGCCCAGGTAGAAGAGAAGCGCAGGAAGAAACAACTGGAGGAAGAGCAAAGA  1467
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1359  TAGAGCATCAGAAAGCCATCACTGCCCAGGTAGAAGAGAAGCGCAGGAAGAAACAACTGGAGGAAGAGCAAAGA  1432

Query 1468  AAGAAGGAAGAACAAGAAGAGGAGCTTCGCTTAGCACAGGAACGTGAAGAGATGCAGAAACAGTATGAAGAAGA  1541
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1433  AAGAAGGAAGAACAAGAAGAGGAGCTTCGCTTAGCACAGGAACGTGAAGAGATGCAGAAACAGTATGAAGAAGA  1506

Query 1542  CATACTTAAGCAAAAACAAAAGGAA----GAAATCATGACTCTCAAGACAAATGAGCTATTCCAGACAATGCAG  1611
            |||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1507  CATACTTAAGCAAAAACAAAAGGAAGTAGGAAATCATGACTCTCAAGACAAATGAGCTATTCCAGACAATGCAG  1580

Query 1612  CGAGCACAGGAACTGGCACAGAGACTAAAACAAGAACAAAGAATCCGAGAATTGGCGCAAAAGGGACATGACAC  1685
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1581  CGAGCACAGGAACTGGCACAGAGACTAAAACAAGAACAAAGAATCCGAGAATTGGCGCAAAAGGGACATGACAC  1654

Query 1686  TTCTAGACTGATTAAAAATCTTGGTGTTGATACAATACAAATGGAATATAATGCATCTAACATTTCAAATTCAA  1759
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1655  TTCTAGACTGATTAAAAATCTTGGTGTTGATACAATACAAATGGAATATAATGCATCTAACATTTCAAATTCAA  1728

Query 1760  GACATGATTCTGATGAAATCAGTGGTAAAATGAATACATATATGAATTCTACGACTTCTTCTAAGAAGGATACT  1833
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||
Sbjct 1729  GACATGATTCTGATGAAATCAGTGGTAAAATGAATACATATATGAATTCTACGA---CTTCTAAGAAGGATACT  1799

Query 1834  GGTGTGCAAACAGATGACTTAAATATAGGAATATTCACCAATGCAGAATCACATTGTGGATCATTAATGGAGAG  1907
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800  GGTGTGCAAACAGATGACTTAAATATAGGAATATTCACCAATGCAGAATCACATTGTGGATCATTAATGGAGAG  1873

Query 1908  GGACATCACAAATTGTTCATCTCCTGAGATTTCGGCAGAACTTATTGGACAGTTTAGCACCAAGAAAAACAAGC  1981
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1874  GGACATCACAAATTGTTCATCTCCTGAGATTTCGGCAGAACTTATTGGACAGTTTAGCACCAAGAAAAACAAGC  1947

Query 1982  AAGAACTAACTCAGGATAAAGGAGCCAGCTTAGAAAAAGAAAACAATCGGTGTAATGACCAGTGTAATCAGTTC  2055
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1948  AAGAACTAACTCAGGATAAAGGAGCCAGCTTAGAAAAAGAAAACAATCGGTGTAATGACCAGTGTAATCAGTTC  2021

Query 2056  ACAAGAATAGAGAAACAAACAAAACACATGAAGAAATATCCTAAAAGGCCTGATTGGAATATAAATAAGCCACC  2129
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2022  ACAAGAATAGAGAAACAAACAAAACACATGAAGAAATATCCTAAAAGGCCTGATTGGAATATAAATAAGCCACC  2095

Query 2130  TAAAAGGTATATTCCAGCATCAGAAAAGTACCCTAAACAGCTTCAAAAGCAGAGAGAAGAAAAAAAAGTAAGGA  2203
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2096  TAAAAGGTATATTCCAGCATCAGAAAAGTACCCTAAACAGCTTCAAAAGCAGAGAGAAGAAAAAAAAGTAAGGA  2169

Query 2204  GGCAGATGGAATTGCTTCATTTGGTAGAAAAAAATAATCCTGGGCACCTCTCTCAAAACAGAGGCATTTCACCA  2277
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2170  GGCAGATGGAATTGCTTCATTTGGTAGAAAAAAATAATCCTGGGCACCTCTCTCAAAACAGAGGCATTTCACCA  2243

Query 2278  GAAATTTTTCATTCATCTCATCAAGAAACGGAGTCAAAGTTGAGGTGGCATCTAGTCAAAAAGGAAGAAGAGCC  2351
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2244  GAAATTTTTCATTCATCTCATCAAGAAACGGAGTCAAAGTTGAGGTGGCATCTAGTCAAAAAGGAAGAAGAGCC  2317

Query 2352  TCTGAATATTCATTCATTCAGCAAGGAAAGGTCTCCATCATCACCAGTTCCAGTAGTGAAAAACAGAACCCAAC  2425
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2318  TCTGAATATTCATTCATTCAGCAAGGAAAGGTCTCCATCATCACCAGTTCCAGTAGTGAAAAACAGAACCCAAC  2391

Query 2426  AAACTCAAAATACATTACATTTACCACTAAAAAACAGTAGCTATGAGAGAGAGAATTTGATCTCAGGAAGTAAT  2499
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2392  AAACTCAAAATACATTACATTTACCACTAAAAAACAGTAGCTATGAGAGAGAGAATTTGATCTCAGGAAGTAAT  2465

Query 2500  CAAACAGAATTATCATCTGGGATTTCTGAATCATCCCATTTTATTCCGTATGTTCGAACAAATGAGATCTATTA  2573
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2466  CAAACAGAATTATCATCTGGGATTTCTGAATCATCCCATTTTATTCCGTATGTTCGAACAAATGAGATCTATTA  2539

Query 2574  CCTTGATCCCGATGCACCATTGTCTGGGCCTTCAACCCAGGACCCTCAGTACCAAAATTCACAAGACTGTGGCC  2647
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2540  CCTTGATCCCGATGCACCATTGTCTGGGCCTTCAACCCAGGACCCTCAGTACCAAAATTCACAAGACTGTGGCC  2613

Query 2648  AAAAACGACAGCTATTTGATTCTGACTGTGTCAGGGATCCACTTCTTAATCCTAACATGGTGAAAAATAGGGAT  2721
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2614  AAAAACGACAGCTATTTGATTCTGACTGTGTCAGGGATCCACTTCTTAATCCTAACATGGTGAAAAATAGGGAT  2687

Query 2722  CGACAGCAAGCAATCCTTAAGGGACTTTCAGAACTGAGACAGGGCCTTCTCCAGAAGCAAAAGGAGTTGGAAAG  2795
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2688  CGACAGCAAGCAATCCTTAAGGGACTTTCAGAACTGAGACAGGGCCTTCTCCAGAAGCAAAAGGAGTTGGAAAG  2761

Query 2796  TAGTCTCCTGCCTTTAGCTGAAAATCAAGAAGAGAGTTTTGGTTCTTCATTT----------------------  2847
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                      
Sbjct 2762  TAGTCTCCTGCCTTTAGCTGAAAATCAAGAAGAGAGTTTTGGTTCTTCATTTTAAATGTAGAAAATCAAATCCT  2835

Query 2848  --------------------------------------------------------------------------  2847
                                                                                      
Sbjct 2836  TCACATTTGATTTGTGTCTTCCAAATTATAAAATGTGCTCACTGGCTCAACTGTATTTTTCAAATAGCCTAGAT  2909

Query 2848  --------------------------------------------------------------------------  2847
                                                                                      
Sbjct 2910  TTACTTATTTTTTTAAATGCTCATTAAAAACTTGTATACTATGTAGTAAAATGCTGTACTTGTTCTATACAATA  2983

Query 2848  ---------------------------------------------------------------  2847
                                                                           
Sbjct 2984  AAACAGATACTTCTTTTGTAAAAGCTTAGTAGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA  3046