Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_13606
- Subject:
- NM_001081027.2
- Aligned Length:
- 3405
- Identities:
- 3010
- Gaps:
- 72
Alignment
Query 1 ATGGTTGATTTGGAGAGCGAAGTGCCCCCTCTGCCTCCCAGGTACAGGTTTCGAGATTTGCTGCTAGGGGACCA 74
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||.||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGTTGATTTGGAGAGCGAAGTGCCCCCTCTGCCTCCCAGGTACAGATTCCGGGATTTGCTGCTAGGGGACCA 74
Query 75 AGGATGGCAAAACGACGACAGGGTACAAGTTGAATTCTATATGAATGAAAATACATTTAAAGAAAGACTAAAAT 148
|||.||||||||.||.||||||||.||||||||||||||.|||||.|||||.|||||||||||.|||.|||||.
Sbjct 75 AGGCTGGCAAAATGATGACAGGGTCCAAGTTGAATTCTACATGAACGAAAACACATTTAAAGAGAGATTAAAAC 148
Query 149 TATTTTTCATAAAAAACCAGAGATCAAGTCTAAGGATACGCCTGTTCAATTTTTCTCTCAAATTACTAAGCTGC 222
|.||||||||||||||||||.|||||||||||||.||.|||.|||||||.|||||.||.||.||..||||||||
Sbjct 149 TGTTTTTCATAAAAAACCAGCGATCAAGTCTAAGAATCCGCTTGTTCAACTTTTCCCTGAAGTTGTTAAGCTGC 222
Query 223 TTATTATACATAATCCGAGTACTACTAGAAAACCCTTCACAAGGAAATGAATGGTCTCATATCTTTTGGGTGAA 296
||||||||.||.|||||.||..|.||.||.||.||.|||||.||||.||||||||||||.||.||||||||.||
Sbjct 223 TTATTATATATTATCCGTGTGTTGCTTGAGAAACCGTCACAGGGAAGTGAATGGTCTCACATATTTTGGGTTAA 296
Query 297 CAGAAGTCTACCTTTGTGGGGCTTACAGGTTTCAGTGGCATTGATAAGTCTGTTTGAAACAATATTACTTGGTT 370
|.|||||||||||||.|||||.||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||.|.|||||||
Sbjct 297 CCGAAGTCTACCTTTATGGGGTTTACAGGTCTCAGTGGCATTGATAAGTCTATTTGAAACAATACTCCTTGGTT 370
Query 371 ATCTTAGTTATAAGGGAAACATCTGGGAACAGATTTTACGAATACCCTTCATCTTGGAAATAATTAATGCAGTT 444
||||.||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.||||||||.
Sbjct 371 ATCTCAGTTATAAGGGAAATATCTGGGAGCAGATTTTACGAATTCCATTCATCTTGGAAATAATCAATGCAGTC 444
Query 445 CCCTTCATTATCTCAATATTCTGGCCTTCCTTAAGGAATCTATTTGTCCCAGTCTTTCTGAACTGTTGGCTTGC 518
||||||||.|||||||||||||||||..|||||||.|||||||||||.|||||.|||||.||.|||||||||||
Sbjct 445 CCCTTCATCATCTCAATATTCTGGCCCACCTTAAGAAATCTATTTGTTCCAGTTTTTCTAAATTGTTGGCTTGC 518
Query 519 CAAACATGCCTTGGAAAATATGATTAATGATCTACACAGAGCCATTCAGCGTACACAGTCTGCAATGTTTAATC 592
|||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 519 CAAACATGCCTTGGAAAATATGATTAATGATCTCCATAGAGCCATTCAGCGTACACAGTCTGCAATGTTTAATC 592
Query 593 AAGTTTTGATTTTAATATCTACATTACTATGCCTTATCTTCACCTGCATTTGTGGGATCCAACATCTGGAACGA 666
|||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||.|||||.||||||
Sbjct 593 AAGTTTTGATTTTGATATCTACTTTACTATGCCTTATCTTCACTTGCATTTGTGGGATTCAGCATCTAGAACGA 666
Query 667 ATAGGAAAGAAGCTGAATCTCTTTGACTCCCTTTATTTCTGCATTGTGACGTTTTCTACTGTGGGCTTCGGGGA 740
||.||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||
Sbjct 667 ATTGGCAAGAAGCTCAATCTCTTTGACTCCCTTTATTTCTGCATTGTGACATTTTCTACTGTGGGCTTTGGGGA 740
Query 741 TGTCACTCCTGAAACATGGTCCTCCAAGCTTTTTGTAGTTGCTATGATTTGTGTTGCTCTTGTGGTTCTACCCA 814
||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||.||.|||||.|||||.||.||.||.|
Sbjct 741 TGTCACTCCTGAAACATGGTCCTCCAAGCTCTTTGTCGTTGCTATGATCTGCGTTGCCCTTGTAGTACTCCCTA 814
Query 815 TACAGTTTGAACAGCTGGCTTATTTGTGGATGGAGAGACAAAAGTCAGGAGGAAACTATAGTCGACATAGAGCT 888
||||||||||||||.||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||
Sbjct 815 TACAGTTTGAACAGTTGGCCTATTTGTGGATGGAGAGACAAAAGTCAGGAGGAAACTACAGTCGACACAGAGCT 888
Query 889 CAAACTGAAAAGCATGTCGTCCTGTGTGTCAGCTCACTGAAGATTGATTTACTTATGGATTTTTTAAATGAATT 962
||.||.||.||||||||.|||||||||||||||||..||||||||||.|||||||||||||||.|||||||.||
Sbjct 889 CAGACAGAGAAGCATGTTGTCCTGTGTGTCAGCTCCTTGAAGATTGACTTACTTATGGATTTTCTAAATGAGTT 962
Query 963 CTATGCTCATCCTAGGCTCCAGGATTATTATGTGGTGATTTTGTGTCCTACTGAAATGGATGTACAGGTTCGAA 1036
||||||.|||||.||.||.|||||||||||.|||||||||||||||||.||.||.||||||||.||.|||||.|
Sbjct 963 CTATGCGCATCCAAGACTACAGGATTATTACGTGGTGATTTTGTGTCCCACGGAGATGGATGTGCAAGTTCGGA 1036
Query 1037 GGGTACTGCAGATTCCAATGTGGTCCCAACGAGTTATCTACCTTCAAGGTTCAGCCCTTAAAGATCAAGACCTA 1110
|.|||||.||||||||||||||||||||..||||.||||||||||||||.||.|||||||||||.||.||.||.
Sbjct 1037 GAGTACTACAGATTCCAATGTGGTCCCAGAGAGTGATCTACCTTCAAGGCTCTGCCCTTAAAGACCAGGATCTC 1110
Query 1111 TTGAGAGCAAAGATGGATGACGCTGAGGCCTGTTTTATTCTCAGTAGCCGTTGTGAAGTGGATAGGACATCATC 1184
.||||||||||||||||..|.||||||||||||||.|||.|.||||||||.||.|||||||||||.||.|||||
Sbjct 1111 CTGAGAGCAAAGATGGACAATGCTGAGGCCTGTTTCATTTTGAGTAGCCGCTGCGAAGTGGATAGAACCTCATC 1184
Query 1185 TGATCACCAAACAATTTTGAGAGCATGGGCTGTGAAAGATTTTGCTCCAAATTGTCCTTTGTATGTCCAGATAT 1258
|||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||.|||||||.|||||||
Sbjct 1185 TGATCACCAAACAATCTTGAGAGCATGGGCTGTGAAAGATTTTGCCCCAAATTGTCCTCTGTATGTTCAGATAT 1258
Query 1259 TAAAGCCTGAAAATAAATTTCACATCAAATTTGCTGATCATGTTGTTTGTGAAGAAGAGTTTAAATACGCCATG 1332
||||.||.|||||.|||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
Sbjct 1259 TAAAACCAGAAAACAAATTCCACATCAAATTTGCAGATCATGTTGTTTGTGAAGAAGAGTTTAAGTACGCCATG 1332
Query 1333 TTAGCTTTAAACTGTATATGCCCAGCAACATCTACACTTATTACACTACTGGTTCATACCTCTAGAGGGCAAGA 1406
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333 TTAGCTTTAAACTGTATATGCCCAGCAACATCTACACTCATTACACTACTGGTTCATACCTCTAGAGGGCAAGA 1406
Query 1407 AGGCCAGCAATCGCCAGAACAATGGCAGAAGATGTACGGTAGATGCTCCGGGAATGAAGTCTACCACATTGTTT 1480
|||.|||||.||.||.|||||.||||||||||..|||||.||.|||||.||.||.||||||||.|||||.||||
Sbjct 1407 AGGGCAGCAGTCACCTGAACAGTGGCAGAAGACTTACGGGAGGTGCTCAGGAAACGAAGTCTATCACATCGTTT 1480
Query 1481 TGGAAGAAAGTACATTTTTTGCTGAATATGAAGGAAAGAGTTTTACATATGCCTCTTTCCATGCACACAAAAAG 1554
||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.|||||.|||||.|||||||||
Sbjct 1481 TGGAAGAAAGTACATTTTTTGCTGAATATGAAGGGAAGAGTTTTACCTATGCTTCTTTTCATGCCCACAAAAAG 1554
Query 1555 TTTGGCGTCTGCTTGATTGGTGTTAGGAGGGAGGATAATAAAAACATTTTGCTGAATCCAGGTCCTCGATACAT 1628
|||||.|||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 TTTGGTGTCTGCTTGGTTGGTGTTAGGAGGGAGGATAATAAAAACATTTTGCTGAATCCAGGTCCTCGATACAT 1628
Query 1629 TATGAATTCTACAGACATATGCTTTTATATTAATATTACCAAAGAAGAGAATTCAGCATTTAAAAACCAAGACC 1702
|||||||.||.||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||.|||||||
Sbjct 1629 TATGAATGCTTCAGACATATGTTTTTATATTAATATTACCAAAGAAGAAAATTCAGCATTTAAGAATCAAGACC 1702
Query 1703 AGCAGAGAAAAAGCAATGTGTCCAGGTCGTTTTATCATGGACCTTCCAGATTACCTGTACATAGCATAATTGCC 1776
|.|||||||||||.||||||||.|||||.|||||||||||.|||||||||||.|||||.||.|||||.||||||
Sbjct 1703 AACAGAGAAAAAGTAATGTGTCAAGGTCATTTTATCATGGGCCTTCCAGATTGCCTGTCCACAGCATCATTGCC 1776
Query 1777 AGCATGGGTACTGTGGCTATAGACTTGCAAGATACAAGCTGTAGATCAGCAAGTGGCCCTACCCTGTCTCTTCC 1850
||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||.||.||||||||||.||||||.|||||||
Sbjct 1777 AGCATGGGTACTGTGGCTATAGACTTGCAAGACACAAGCTGCAGAGCAACAAGTGGCCCCACCCTGGCTCTTCC 1850
Query 1851 TACAGAGGGAAGCAAAGAAATAAGAAGACCTAGCATTGCTCCTGTTTTAGAGGTTGCAGATACATCATCGATTC 1924
|.||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||||
Sbjct 1851 TTCAGAGGGAGGCAAAGAATTAAGAAGACCTAGCATTGCTCCTGTTTTAGAGGTGGCAGATACATCATCAATTC 1924
Query 1925 AAACATGTGATCTTCTAAGTGACCAATCAGAAGATGAAACTACACCAGATGAAGAAATGTCTTCAAACTTAGAG 1998
|||||||.|||||.|||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||..||||||||.||||||
Sbjct 1925 AAACATGCGATCTCCTAAGTGACCAGTCCGAAGATGAAACTACACCAGATGAAGAAACATCTTCAAATTTAGAG 1998
Query 1999 TATGCTAAAGGTTACCCACCTTATTCTCCATATATAGGAAGTTCACCCACTTTTTGTCATCTCCTTCATGAAAA 2072
|||||.|||||.||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.|||||||||||.||.|||||.|||||
Sbjct 1999 TATGCCAAAGGCTACCCACCTTATTCCCCATACATAGGAAGTTCACCTACTTTTTGTCACCTACTTCAAGAAAA 2072
Query 2073 AGTACCATTTTGCTGCTTAAGATTAGACAAGAGTTGCCAACATAACTACTATGAGGATGCAAAAGCCTATGGAT 2146
|||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||
Sbjct 2073 AGTGCCATTTTGCTGCTTAAGATTAGACAAGAGTTGCCAGCATAACTACTATGAGGACGCAAAAGCCTATGGAT 2146
Query 2147 TCAAAAATAAACTAATTATAGTTGCAGCTGAAACAGCTGGAAATGGATTATATAACTTTATTGTTCCTCTCAGG 2220
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||.||||||||.|||||||||
Sbjct 2147 TCAAAAATAAACTAATTATAGTTGCAGCTGAAACAGCTGGAAATGGACTATATAATTTTATTGTACCTCTCAGG 2220
Query 2221 GCATATTATAGACCAAAGAAAGAACTTAATCCCATAGTACTGCTATTGGATAACCC------------------ 2276
||||||||||||||||||||||||.|.|||||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct 2221 GCATATTATAGACCAAAGAAAGAATTAAATCCCATAGTTCTGCTATTGGATAACCCGCCAGATATGCATTTTCT 2294
Query 2277 ------------------------------------------------------CCTAGATGACTTACTCAGGT 2296
|||||||||.||.|||||||
Sbjct 2295 GGATGCAATCTGTTGGTTTCCAATGGTTTACTACATGGTGGGCTCTATTGACAACCTAGATGATTTGCTCAGGT 2368
Query 2297 GTGGAGTGACTTTTGCTGCTAATATGGTGGTTGTGGATAAAGAGAGCACCATGAGTGCCGAGGAAGACTACATG 2370
||||||||||.||||||||.||.||||||||.|||||.|||||.||||||||||||||.|||||||||||||||
Sbjct 2369 GTGGAGTGACCTTTGCTGCCAACATGGTGGTGGTGGACAAAGAAAGCACCATGAGTGCAGAGGAAGACTACATG 2442
Query 2371 GCAGATGCCAAAACCATTGTGAACGTGCAGACACTCTTCAGGTTGTTTTCCAGTCTCAGTATTATCACAGAGCT 2444
|||||||||||.||.||||||||.||||||||.||.||||||||||||||.|||||||||||.|||||.|||||
Sbjct 2443 GCAGATGCCAAGACGATTGTGAATGTGCAGACTCTGTTCAGGTTGTTTTCAAGTCTCAGTATCATCACTGAGCT 2516
Query 2445 AACTCACCCCGCCAACATGAGATTCATGCAATTCAGAGCCAAAGACTGTTACTCTCTTGCTCTTTCAAAACTGG 2518
.||.||.||.||.||.||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||.||.|||||||||||||
Sbjct 2517 TACGCATCCAGCAAATATGAGATTCATGCAATTCAGAGCCAAGGATTGTTACTCTCTCGCGCTTTCAAAACTGG 2590
Query 2519 AAAAGAAAGAACGGGAGAGAGGCTCTAACTTGGCCTTTATGTTTCGACTGCCTTTTGCTGCTGGGAGGGTGTTT 2592
|||||||||||.|.||..||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||.|||||.
Sbjct 2591 AAAAGAAAGAAAGAGAACGAGGTTCTAACTTGGCCTTTATGTTTCGACTGCCTTTTGCTGCGGGAAGAGTGTTC 2664
Query 2593 AGCATCAGTATGTTGGACACTCTGCTGTATCAGTCATTTGTGAAGGATTATATGATTTCTATCACGAGACTTCT 2666
||||||||||||||.|||||.||.||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct 2665 AGCATCAGTATGTTAGACACCCTTCTTTATCAGTCATTTGTGAAAGATTATATGATTTCTATCACCAGACTTCT 2738
Query 2667 GTTGGGACTGGACACTACACCAGGATCTGGGTTTCTTTGTTCTATGAAAATCACTGCAGATGACTTATGGATCA 2740
.||||||||||||||.|.|||||||||.||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||.|||||||
Sbjct 2739 TTTGGGACTGGACACCATACCAGGATCGGGGTTTCTTTGTTCTATGAAAATCACTGAAGATGACTTGTGGATCA 2812
Query 2741 GAACTTATGCCAGACTTTATCAGAAGTTGTGTTCTTCTACTGGAGATGTTCCCATTGGAATCTACAGGACTGAG 2814
||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||.||.||.
Sbjct 2813 GAACGTATGCCAGACTCTATCAGAAGTTGTGTTCTTCTACTGGAGATGTTCCCATCGGGATCTACAGAACAGAA 2886
Query 2815 TCTCAGAAACTTACTACATCTGAGTCTCAAATATCTATCAGTGTAGAAGAGTGGGAAGACACCAAAGACTCCAA 2888
|||||||||||.||.||||||||||||||||||||.||.|||||.|||||||||||||||||||||||...|||
Sbjct 2887 TCTCAGAAACTAACGACATCTGAGTCTCAAATATCCATTAGTGTGGAAGAGTGGGAAGACACCAAAGATGTCAA 2960
Query 2889 AGAACAAGGGCACCACCGCAGCAACCACCGCAACTCAACATCCAGTGACCAGTCGGACCATCCCTTGCTGCGGA 2962
|||.|.||||||||||||||||...||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2961 AGACCCAGGGCACCACCGCAGCCTTCACCGCAACTCAACGTCTAGTGACCAGTCGGACCATCCCTTGCTGCGGA 3034
Query 2963 GAAAAAGCATGCAGTGGGCCCGAAGACTGAGCAGAAAAGGCCCAAAACACTCTGGTAAAACAGCTGAAAAAATA 3036
|.||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||.||.||||||||||||||.||.|||||||||
Sbjct 3035 GGAAGAGCATGCAGTGGGCCCGAAGGCTGAGCAGAAAAGGGCCGAAGCACTCTGGTAAAACTGCAGAAAAAATA 3108
Query 3037 ACCCAGCAGCGACTGAACCTCTACAGGAGGTCAGAAAGACAAGAGCTTGCTGAACTTGTGAAAAATAGAATGAA 3110
||.||.||||||||||||||||||.||||.||.||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct 3109 ACTCAACAGCGACTGAACCTCTACCGGAGATCCGAAAGACAGGAGCTTGCTGAACTTGTGAAAAACAGAATGAA 3182
Query 3111 ACACTTGGGTCTTTCTACAGTGGGATATGATGAAATGAATGATCATCAAAGTACCCTCTCCTACATCCTGATTA 3184
||||.||||.||.||.||.|||||.||.||||||||||||||||||||.||.|||||.||||||||||||||||
Sbjct 3183 ACACCTGGGCCTCTCGACGGTGGGCTACGATGAAATGAATGATCATCAGAGCACCCTGTCCTACATCCTGATTA 3256
Query 3185 ACCCATCTCCAGATACCAGAATAGAGCTGAATGATGTTGTATACTTAATTCGACCAGATCCACTGGCCTACCTT 3258
|.||.||||||||.|||||..|.||||||||||||||||||||.||.||.|||||||||||||||.||||||||
Sbjct 3257 ATCCGTCTCCAGACACCAGGCTTGAGCTGAATGATGTTGTATATTTGATCCGACCAGATCCACTGTCCTACCTT 3330
Query 3259 CCAAACAGTGAGCCCAGTCGAAGAAACAGCATCTGCAATGTCACTGGTCAAGATTCTCGGGAGGAAACTCAACT 3332
|||||||||||.||||||.|.|.|||||||||||||||||.|.|||.|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3331 CCAAACAGTGAACCCAGTAGGAAAAACAGCATCTGCAATGCCGCTGTTCAAGATTCTCGGGAGGAAACTCAACT 3404
Query 3333 C 3333
|
Sbjct 3405 C 3405