Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_13606
- Subject:
- XR_001784491.1
- Aligned Length:
- 4230
- Identities:
- 2632
- Gaps:
- 1322
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 TGAGAGCCGGAGCCCACCGCCTTCGCCCCCGCCTTCGTCCGGCTGAGCCCAGTGCTTGCACTCCCTGCGAGGGA 74
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 75 GCTGTGGCCGGGGATGCCCTAGTGGGAGGCTCTGGTCCTTGCCTTTCAGGAAAGTGCCTAGCCATCACGCGGTG 148
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 149 CTCACACCCACCACCTACCCTCTTTCTAGGCACCGCGCGAATTTTCTTTTCCTTTTCTTTTCTTTCTTTTTTAA 222
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 223 ATTTTTCCTTTTCCTTTTTTTTTTTTTTCTGTCCGTGAAGTAACTTTTGCATTCCCGCCTCCCCCCGGTCCCAG 296
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 297 GGACCAGAGGCGGTGCCGAGCCTGGGGGCGGTTCCTTGGCAGCGCTGGTTCGAGTCGCAGCCAGACTTTTGCTC 370
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 371 CTGGGCTCGGTTTGCATCATCCCCATCACACCCTTGGGGAAGAGGAGCCACCCCTTTCCAGCCTCAGCTTCCGG 444
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 445 CCGAACGACCCCTCCCCCTCCGGGTCCCCCAAGCCCTTCTCCCACCCTCCCCAGCACGGCACCCCCTCCGCAGT 518
Query 1 -----------------------------------------------------------------------ATG 3
|||
Sbjct 519 GCTTGCTACCCCTCTTTGCCCTCCTCCATCCCTCCATCCCTTGTTGGATGTTGCCCACTCCTTAAGGAAGGATG 592
Query 4 GTTGATTTGGAGAGCGAAGTGCCCCCTCTGCCTCCCAGGTACAGGTTTCGAGATTTGCTGCTAGGGGACCAAGG 77
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct 593 GTTGATTTGGAGAGCGAAGTGCCCCCTCTGCCTCCCAGGTACAGATTCCGGGATTTGCTGCTAGGGGACCAAGG 666
Query 78 ATGGCAAAACGACGACAGGGTACAAGTTGAATTCTATATGAATGAAAATACATTTAAAGAAAGACTAAAATTAT 151
.||||||||.||.||||||||.||||||||||||||.|||||.|||||.|||||||||||.|||.|||||.|.|
Sbjct 667 CTGGCAAAATGATGACAGGGTCCAAGTTGAATTCTACATGAACGAAAACACATTTAAAGAGAGATTAAAACTGT 740
Query 152 TTTTCATAAAAAACCAGAGATCAAGTCTAAGGATACGCCTGTTCAATTTTTCTCTCAAATTACTAAGCTGCTTA 225
|||||||||||||||||.|||||||||||||.||.|||.|||||||.|||||.||.||.||..|||||||||||
Sbjct 741 TTTTCATAAAAAACCAGCGATCAAGTCTAAGAATCCGCTTGTTCAACTTTTCCCTGAAGTTGTTAAGCTGCTTA 814
Query 226 TTATACATAATCCGAGTACTACTAGAAAACCCTTCACAAGGAAATGAATGGTCTCATATCTTTTGGGTGAACAG 299
|||||.||.|||||.||..|.||.||.||.||.|||||.||||.||||||||||||.||.||||||||.|||.|
Sbjct 815 TTATATATTATCCGTGTGTTGCTTGAGAAACCGTCACAGGGAAGTGAATGGTCTCACATATTTTGGGTTAACCG 888
Query 300 AAGTCTACCTTTGTGGGGCTTACAGGTTTCAGTGGCATTGATAAGTCTGTTTGAAACAATATTACTTGGTTATC 373
||||||||||||.|||||.||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||.|.||||||||||
Sbjct 889 AAGTCTACCTTTATGGGGTTTACAGGTCTCAGTGGCATTGATAAGTCTATTTGAAACAATACTCCTTGGTTATC 962
Query 374 TTAGTTATAAGGGAAACATCTGGGAACAGATTTTACGAATACCCTTCATCTTGGAAATAATTAATGCAGTTCCC 447
|.||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.||||||||.|||
Sbjct 963 TCAGTTATAAGGGAAATATCTGGGAGCAGATTTTACGAATTCCATTCATCTTGGAAATAATCAATGCAGTCCCC 1036
Query 448 TTCATTATCTCAATATTCTGGCCTTCCTTAAGGAATCTATTTGTCCCAGTCTTTCTGAACTGTTGGCTTGCCAA 521
|||||.|||||||||||||||||..|||||||.|||||||||||.|||||.|||||.||.||||||||||||||
Sbjct 1037 TTCATCATCTCAATATTCTGGCCCACCTTAAGAAATCTATTTGTTCCAGTTTTTCTAAATTGTTGGCTTGCCAA 1110
Query 522 ACATGCCTTGGAAAATATGATTAATGATCTACACAGAGCCATTCAGCGTACACAGTCTGCAATGTTTAATCAAG 595
||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111 ACATGCCTTGGAAAATATGATTAATGATCTCCATAGAGCCATTCAGCGTACACAGTCTGCAATGTTTAATCAAG 1184
Query 596 TTTTGATTTTAATATCTACATTACTATGCCTTATCTTCACCT-------------------------------- 637
||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||.|
Sbjct 1185 TTTTGATTTTGATATCTACTTTACTATGCCTTATCTTCACTTGTTTTACAGACAAAACAAGAAAGCACATGTAT 1258
Query 638 -------------------------------------------GCATTTGTGGGATCCAACATCTGGAACGAAT 668
|||||||||||||.||.|||||.||||||||
Sbjct 1259 CATGTGACTTTGGGATTTACTGAAACTTTGACATTTTCTCAAAGCATTTGTGGGATTCAGCATCTAGAACGAAT 1332
Query 669 AGGAAAGAAGCTGAATCTCTTTGACTCCCTTTATTTCTGCATTGTGACGTTTTCTACTGTGGGCTTCGGGGATG 742
.||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||||
Sbjct 1333 TGGCAAGAAGCTCAATCTCTTTGACTCCCTTTATTTCTGCATTGTGACATTTTCTACTGTGGGCTTTGGGGATG 1406
Query 743 TCACTCCTGAAACATGGTCCTCCAAGCTTTTTGTAGTTGCTATGATTTGTGTTGCTCTTGTGGTTCTACCCATA 816
||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||.||.|||||.|||||.||.||.||.|||
Sbjct 1407 TCACTCCTGAAACATGGTCCTCCAAGCTCTTTGTCGTTGCTATGATCTGCGTTGCCCTTGTAGTACTCCCTATA 1480
Query 817 CAGTTTGAACAGCTGGCTTATTTGTGGATGGAGAGACAAAAGTCAGGAGGAAACTATAGTCGACATAGAGCTCA 890
||||||||||||.||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||
Sbjct 1481 CAGTTTGAACAGTTGGCCTATTTGTGGATGGAGAGACAAAAGTCAGGAGGAAACTACAGTCGACACAGAGCTCA 1554
Query 891 AACTGAAAAGCATGTCGTCCTGTGTGTCAGCTCACTGAAGATTGATTTACTTATGGATTTTTTAAATGAATTCT 964
.||.||.||||||||.|||||||||||||||||..||||||||||.|||||||||||||||.|||||||.||||
Sbjct 1555 GACAGAGAAGCATGTTGTCCTGTGTGTCAGCTCCTTGAAGATTGACTTACTTATGGATTTTCTAAATGAGTTCT 1628
Query 965 ATGCTCATCCTAGGCTCCAGGATTATTATGTGGTGATTTTGTGTCCTACTGAAATGGATGTACAGGTTCGAAGG 1038
||||.|||||.||.||.|||||||||||.|||||||||||||||||.||.||.||||||||.||.|||||.||.
Sbjct 1629 ATGCGCATCCAAGACTACAGGATTATTACGTGGTGATTTTGTGTCCCACGGAGATGGATGTGCAAGTTCGGAGA 1702
Query 1039 GTACTGCAGATTCCAATGTGGTCCCAACGAGTTATCTACCTTCAAGGTTCAGCCCTTAAAGATCAAGACCTATT 1112
|||||.||||||||||||||||||||..||||.||||||||||||||.||.|||||||||||.||.||.||..|
Sbjct 1703 GTACTACAGATTCCAATGTGGTCCCAGAGAGTGATCTACCTTCAAGGCTCTGCCCTTAAAGACCAGGATCTCCT 1776
Query 1113 GAGAGCAAAGATGGATGACGCTGAGGCCTGTTTTATTCTCAGTAGCCGTTGTGAAGTGGATAGGACATCATCTG 1186
|||||||||||||||..|.||||||||||||||.|||.|.||||||||.||.|||||||||||.||.|||||||
Sbjct 1777 GAGAGCAAAGATGGACAATGCTGAGGCCTGTTTCATTTTGAGTAGCCGCTGCGAAGTGGATAGAACCTCATCTG 1850
Query 1187 ATCACCAAACAATTTTGAGAGCATGGGCTGTGAAAGATTTTGCTCCAAATTGTCCTTTGTATGTCCAGATATTA 1260
|||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||.|||||||.|||||||||
Sbjct 1851 ATCACCAAACAATCTTGAGAGCATGGGCTGTGAAAGATTTTGCCCCAAATTGTCCTCTGTATGTTCAGATATTA 1924
Query 1261 AAGCCTGAAAATAAATTTCACATCAAATTTGCTGATCATGTTGTTTGTGAAGAAGAGTTTAAATACGCCATGTT 1334
||.||.|||||.|||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct 1925 AAACCAGAAAACAAATTCCACATCAAATTTGCAGATCATGTTGTTTGTGAAGAAGAGTTTAAGTACGCCATGTT 1998
Query 1335 AGCTTTAAACTGTATATGCCCAGCAACATCTACACTTATTACACTACTGGTTCATACCTCTAGAGGGCA----- 1403
||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999 AGCTTTAAACTGTATATGCCCAGCAACATCTACACTCATTACACTACTGGTTCATACCTCTAGAGGGCAGTGTG 2072
Query 1404 ----------------AGAAGGCCAGCAATCGCCAGAACAATGGCAGAAGATGTACGGTAGATGCTCCGGGAAT 1461
||||||.|||||.||.||.|||||.||||||||||..|||||.||.|||||.||.||.
Sbjct 2073 TGTGCTTGTGTTGCAGAGAAGGGCAGCAGTCACCTGAACAGTGGCAGAAGACTTACGGGAGGTGCTCAGGAAAC 2146
Query 1462 GAAGTCTACCACATTGTTTTGGAAGAAAGTACATTTTTTGCTGAATATGAAGGAAAGAGTTTTACATATGCCTC 1535
||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.||
Sbjct 2147 GAAGTCTATCACATCGTTTTGGAAGAAAGTACATTTTTTGCTGAATATGAAGGGAAGAGTTTTACCTATGCTTC 2220
Query 1536 TTTCCATGCACACAAAAAGTTTGGCGTCTGCTTGATTGGTGTTAGGAGGGAGGATAATAAAAACATTTTGCTGA 1609
|||.|||||.||||||||||||||.|||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221 TTTTCATGCCCACAAAAAGTTTGGTGTCTGCTTGGTTGGTGTTAGGAGGGAGGATAATAAAAACATTTTGCTGA 2294
Query 1610 ATCCAGGTCCTCGATACATTATGAATTCTACAGACATATGCTTTTATATTAATATTACCAAAGAAGAGAATTCA 1683
||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||
Sbjct 2295 ATCCAGGTCCTCGATACATTATGAATGCTTCAGACATATGTTTTTATATTAATATTACCAAAGAAGAAAATTCA 2368
Query 1684 GCATTTAAAAACCAAGACCAGCAGAGAAAAAGCAATGTGTCCAGGTCGTTTTATCATGGACCTTCCAGATTACC 1757
||||||||.||.||||||||.|||||||||||.||||||||.|||||.|||||||||||.|||||||||||.||
Sbjct 2369 GCATTTAAGAATCAAGACCAACAGAGAAAAAGTAATGTGTCAAGGTCATTTTATCATGGGCCTTCCAGATTGCC 2442
Query 1758 TGTACATAGCATAATTGCCAGCATGGGTACTGTGGCTATAGACTTGCAAGATACAAGCTGTAGATCAGCAAGTG 1831
|||.||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||.||.||||||
Sbjct 2443 TGTCCACAGCATCATTGCCAGCATGGGTACTGTGGCTATAGACTTGCAAGACACAAGCTGCAGAGCAACAAGTG 2516
Query 1832 GCCCTACCCTGTCTCTTCCTACAGAGGGAAGCAAAGAAATAAGAAGACCTAGCATTGCTCCTGTTTTAGAGGTT 1905
||||.||||||.||||||||.||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct 2517 GCCCCACCCTGGCTCTTCCTTCAGAGGGAGGCAAAGAATTAAGAAGACCTAGCATTGCTCCTGTTTTAGAGGTG 2590
Query 1906 GCAGATACATCATCGATTCAAACATGTGATCTTCTAAGTGACCAATCAGAAGATGAAACTACACCAGATGAAGA 1979
||||||||||||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591 GCAGATACATCATCAATTCAAACATGCGATCTCCTAAGTGACCAGTCCGAAGATGAAACTACACCAGATGAAGA 2664
Query 1980 AATGTCTTCAAACTTAGAGTATGCTAAAGGTTACCCACCTTATTCTCCATATATAGGAAGTTCACCCACTTTTT 2053
||..||||||||.|||||||||||.|||||.||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.|||||||
Sbjct 2665 AACATCTTCAAATTTAGAGTATGCCAAAGGCTACCCACCTTATTCCCCATACATAGGAAGTTCACCTACTTTTT 2738
Query 2054 GTCATCTCCTTCATGAAAAAGTACCATTTTGCTGCTTAAGATTAGACAAGAGTTGCCAACATAACTACTATGAG 2127
||||.||.|||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
Sbjct 2739 GTCACCTACTTCAAGAAAAAGTGCCATTTTGCTGCTTAAGATTAGACAAGAGTTGCCAGCATAACTACTATGAG 2812
Query 2128 GATGCAAAAGCCTATGGATTCAAAAATAAACTAATTATAGTTGCAGCTGAAACAGCTGGAAATGGATTATATAA 2201
||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct 2813 GACGCAAAAGCCTATGGATTCAAAAATAAACTAATTATAGTTGCAGCTGAAACAGCTGGAAATGGACTATATAA 2886
Query 2202 CTTTATTGTTCCTCTCAGGGCATATTATAGACCAAAGAAAGAACTTAATCCCATAGTACTGCTATTGGATAACC 2275
.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||.|.|||||||||||.||||||||||||||||
Sbjct 2887 TTTTATTGTACCTCTCAGGGCATATTATAGACCAAAGAAAGAATTAAATCCCATAGTTCTGCTATTGGATAACC 2960
Query 2276 C------------------------------------------------------------------------C 2277
| |
Sbjct 2961 CGCCAGATATGCATTTTCTGGATGCAATCTGTTGGTTTCCAATGGTTTACTACATGGTGGGCTCTATTGACAAC 3034
Query 2278 CTAGATGACTTACTCAGGTGTGGAGTGACTTTTGCTGCTAATATGGTGGTTGTGGATAAAGAGAGCACCATGAG 2351
||||||||.||.|||||||||||||||||.||||||||.||.||||||||.|||||.|||||.|||||||||||
Sbjct 3035 CTAGATGATTTGCTCAGGTGTGGAGTGACCTTTGCTGCCAACATGGTGGTGGTGGACAAAGAAAGCACCATGAG 3108
Query 2352 TGCCGAGGAAGACTACATGGCAGATGCCAAAACCATTGTGAACGTGCAGACACTCTTCAGGTTGTTTTCCAGTC 2425
|||.||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||.||||||||.||.||||||||||||||.||||
Sbjct 3109 TGCAGAGGAAGACTACATGGCAGATGCCAAGACGATTGTGAATGTGCAGACTCTGTTCAGGTTGTTTTCAAGTC 3182
Query 2426 TCAGTATTATCACAGAGCTAACTCACCCCGCCAACATGAGATTCATGCAATTCAGAGCCAAAGACTGTTACTCT 2499
|||||||.|||||.|||||.||.||.||.||.||.||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||
Sbjct 3183 TCAGTATCATCACTGAGCTTACGCATCCAGCAAATATGAGATTCATGCAATTCAGAGCCAAGGATTGTTACTCT 3256
Query 2500 CTTGCTCTTTCAAAACTGGAAAAGAAAGAACGGGAGAGAGGCTCTAACTTGGCCTTTATGTTTCGACTGCCTTT 2573
||.||.||||||||||||||||||||||||.|.||..||||.||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3257 CTCGCGCTTTCAAAACTGGAAAAGAAAGAAAGAGAACGAGGTTCTAACTTGGCCTTTATGTTTCGACTGCCTTT 3330
Query 2574 TGCTGCTGGGAGGGTGTTTAGCATCAGTATGTTGGACACTCTGCTGTATCAGTCATTTGTGAAGGATTATATGA 2647
||||||.||.||.|||||.||||||||||||||.|||||.||.||.|||||||||||||||||.||||||||||
Sbjct 3331 TGCTGCGGGAAGAGTGTTCAGCATCAGTATGTTAGACACCCTTCTTTATCAGTCATTTGTGAAAGATTATATGA 3404
Query 2648 TTTCTATCACGAGACTTCTGTTGGGACTGGACACTACACCAGGATCTGGGTTTCTTTGTTCTATGAAAATCACT 2721
||||||||||.||||||||.||||||||||||||.|.|||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3405 TTTCTATCACCAGACTTCTTTTGGGACTGGACACCATACCAGGATCGGGGTTTCTTTGTTCTATGAAAATCACT 3478
Query 2722 GCAGATGACTTATGGATCAGAACTTATGCCAGACTTTATCAGAAGTTGTGTTCTTCTACTGGAGATGTTCCCAT 2795
|.|||||||||.|||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3479 GAAGATGACTTGTGGATCAGAACGTATGCCAGACTCTATCAGAAGTTGTGTTCTTCTACTGGAGATGTTCCCAT 3552
Query 2796 TGGAATCTACAGGACTGAGTCTCAGAAACTTACTACATCTGAG------------------------------- 2838
.||.||||||||.||.||.|||||||||||.||.|||||||||
Sbjct 3553 CGGGATCTACAGAACAGAATCTCAGAAACTAACGACATCTGAGAAAAAATGGAGTAATTTTATTGGGAGCTAGA 3626
Query 2839 -------------------------------------------------------------------------- 2838
Sbjct 3627 TCCTATTGATACAGAAGGAAGAATTTTGATGACCACCTACAACTGAGAATACATCTGTGTTTTAACTTTATCAC 3700
Query 2839 -----------------------------------TCTCAAATATCTATCAGTGTAGAAGAGTGGGAAGACACC 2877
|||||||||||.||.|||||.||||||||||||||||||
Sbjct 3701 CTCTGTGGTTGCAGTCTCGAGAAATAGGATCTCAATCTCAAATATCCATTAGTGTGGAAGAGTGGGAAGACACC 3774
Query 2878 AAAGACTCCAAAGAACAAGGGCACCACCGCAGCAACCACCGCAACTCAACATCCAGTGACCAGTCGGACCATCC 2951
|||||...||||||.|.||||||||||||||
Sbjct 3775 AAAGATGTCAAAGACCCAGGGCACCACCGCA------------------------------------------- 3805
Query 2952 CTTGCTGCGGAGAAAAAGCATGCAGTGGGCCCGAAGACTGAGCAGAAAAGGCCCAAAACACTCTGGTAAAACAG 3025
Sbjct 3806 -------------------------------------------------------------------------- 3805
Query 3026 CTGAAAAAATAACCCAGCAGCGACTGAACCTCTACAGGAGGTCAGAAAGACAAGAGCTTGCTGAACTTGTGAAA 3099
Sbjct 3806 -------------------------------------------------------------------------- 3805
Query 3100 AATAGAATGAAACACTTGGGTCTTTCTACAGTGGGATATGATGAAATGAATGATCATCAAAGTACCCTCTCCTA 3173
Sbjct 3806 -------------------------------------------------------------------------- 3805
Query 3174 CATCCTGATTAACCCATCTCCAGATACCAGAATAGAGCTGAATGATGTTGTATACTTAATTCGACCAGATCCAC 3247
Sbjct 3806 -------------------------------------------------------------------------- 3805
Query 3248 TGGCCTACCTTCCAAACAGTGAGCCCAGTCGAAGAAACAGCATCTGCAATGTCACTGGTCAAGATTCTCGGGAG 3321
Sbjct 3806 -------------------------------------------------------------------------- 3805
Query 3322 GAAACTCAACTC 3333
Sbjct 3806 ------------ 3805
