Nucleotide Global Alignment

Description

Query:
ccsbBroadEn_13970
Subject:
NM_001081111.2
Aligned Length:
3295
Identities:
2818
Gaps:
37

Alignment

Query    1  ATGAGTTGGTTCAACGCCTCCCAGCTCTCCAGCTTCGCTAAGCAGGCCCTGTCCCAGGCCCAGAAGTCTATTGA  74
            |||||.||||||||.|||||.|||.|.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||.||
Sbjct    1  ATGAGCTGGTTCAATGCCTCGCAGTTGTCCAGCTTCGCCAAGCAGGCCCTGTCCCAGGCCCAGAAGTCCATCGA  74

Query   75  CAGGGTTCTGGACATCCAGGAAGAGGAGCCGAGCATCTGGGCCGAGACCATTCCGTATGGAGAGCCGGGAATAA  148
            ||||||.||||||||||||||.||||||||||||..||||||||||.||||.|||||.||.|||||||||||||
Sbjct   75  CAGGGTCCTGGACATCCAGGAGGAGGAGCCGAGCGCCTGGGCCGAGGCCATCCCGTACGGCGAGCCGGGAATAA  148

Query  149  GTTCCCCTGTCAGTGGAGGATGGGATACTTCAACCTGGGGGTTGAA---ATCAAACACTGAACCTCAGAGTCCA  219
            ||.|||||||.||||||||||||||.||||||||||||||.|||||   |.|||.||..||||||||||||||.
Sbjct  149  GTCCCCCTGTGAGTGGAGGATGGGACACTTCAACCTGGGGATTGAACTCAACAAGCAGCGAACCTCAGAGTCCC  222

Query  220  CCAATAGCCTCTCCTAAAGCAATCACAAAGCCAGTTCGGAGGACTGTGGTCGATGAATCTGAAAATTTCTTCAG  293
            ||||.||||||||   |||||||.||||||||||||||.||||||||.||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  CCAACAGCCTCTC---AAGCAATTACAAAGCCAGTTCGAAGGACTGTAGTAGATGAATCTGAAAATTTCTTCAG  293

Query  294  TGCCTTTCTCTCGCCAACTGATGTCCAGACCATTCAGAAGAGTCCAGTGGTATCAAAACCTCCAGCAAAATCAC  367
            ||||||||||||.||..|.||||.|||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||.|.|||||.|
Sbjct  294  TGCCTTTCTCTCTCCGTCGGATGCCCATACCATTCAGAAGAGCCCAGTGGTATCAAAACCTCCATCTAAATCCC  367

Query  368  AACGACCAGAAGAAGAAGTGAAAAGCAGCTTACATGAATCCTTGCACAT----TGGCCAGTCAAGAACTCCTGA  437
            |.||.|||||.|||||||||||||||||||||||.|||||.|    |||    |||||||||.|||..|.||||
Sbjct  368  AGCGGCCAGAGGAAGAAGTGAAAAGCAGCTTACAAGAATCGT----CATCTCCTGGCCAGTCCAGAGTTTCTGA  437

Query  438  AACAACTGAATCACAAGTAAAAGACTCTTCTTTGTGTGTTTCAGGGGAAACTCTGGCAGCAGGTACTTCATCAC  511
            .|||.|||      ||||.|.||||   ||..||||||||||.||.||.|||...||.|..||.|||.|.||||
Sbjct  438  GACAGCTG------AAGTGAGAGAC---TCCGTGTGTGTTTCTGGAGAGACTTCAGCCGTGGGCACTCCCTCAC  502

Query  512  CTAAAACTGAAGGCAAGCACGAAGAAACTGTTAATAAAGAATCGGATATGAAGGTGCCAACTGTAAGTTTGAAA  585
            ||..|.||||||.||||||.||||||||.|....|.||||.||.||..||||||||||.|||||.||.|||||.
Sbjct  503  CTGTACCTGAAGACAAGCATGAAGAAACGGCAGGTGAAGAGTCTGAGGTGAAGGTGCCCACTGTGAGATTGAAG  576

Query  586  GTATCTGAAAGTGTAATTGATGTGAAAACAACTATGGAAAGTATATCTAATACGTCTACGCAGTCTCTCACAGC  659
            |..|||||||..|||.||.||||.||.|||||   .|||..|.||||||..||.||.||.|||||||||||.||
Sbjct  577  GCGTCTGAAAACGTAGTTAATGTAAACACAAC---AGAAGATGTATCTACCACATCCACTCAGTCTCTCACGGC  647

Query  660  AGAAACAAAGGACATAGCTTTGGAACCTAAGGAACAAAAACATGAAGACAGGCAGAGCAATACACCTTCTCCTC  733
            ||||||.|||||.||.||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.||||||||.|||||||||||||
Sbjct  648  AGAAACGAAGGATATGGCTTTGGAACCTAAAGAACAAAAACACGAAGACAGACAGAGCAACACACCTTCTCCTC  721

Query  734  CTGTTAGTACCTTTTCATCAGGTACTTCTACCACCAGTGATATTGAAGTTTTAGATCATGAAAGTGTAATAAGT  807
            |||||||..||||.||.||.||.||.||.|||||.|||||.|||||||||||||||||.||.||||||||.|||
Sbjct  722  CTGTTAGCTCCTTCTCGTCGGGCACCTCCACCACTAGTGACATTGAAGTTTTAGATCACGAGAGTGTAATCAGT  795

Query  808  GAGAGCTCAGCGAGCTCGAGACAAGAGACTACAGATTCAAAATCAAGTCTTCACTTGATGCAGACATCTTTTCA  881
            ||||||||.||.||.|||||.|||||||||.|.|||.||||.||.|||||||||.|.||||||||.||.|||||
Sbjct  796  GAGAGCTCGGCCAGTTCGAGGCAAGAGACTTCGGATGCAAAGTCGAGTCTTCACCTCATGCAGACGTCATTTCA  869

Query  882  GCTTCTCTCTGCATCTGCTTGTCCTGAATATAATCGTTTAGATGATTTCCAAAAACTCACTGAGAGTTGCTGTT  955
            |||.||||||||.|||||||||||.||.||||..||.||||||||.|||||.||.||||.||||||||||||.|
Sbjct  870  GCTCCTCTCTGCGTCTGCTTGTCCCGAGTATAGCCGCTTAGATGACTTCCAGAAGCTCAATGAGAGTTGCTGCT  943

Query  956  CATCTGATGCTTTTGAAAGAATAGACTCATTTAGTGTACAGTCATTAGATAGCCGGAGTGTAAGTGAAATCAAT  1029
            ||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||..|||||||||||||.||||||||||||||.
Sbjct  944  CATCGGATGCTTTTGAAAGAATAGACTCATTTAGCGTGCAGTCTCTAGATAGCCGGAGCGTAAGTGAAATCAAC  1017

Query 1030  TCAGATGATGAATTGTCAGGCAAGGGATATGCTTTAGTGCCTATTATAGTTAATTCTTCAACTCCAAAGTCTAA  1103
            |||||.||.|||.||.|||||||.||.|||||||||||.||.||.|||||.|.|.|||||||.||||||.||||
Sbjct 1018  TCAGACGACGAACTGCCAGGCAAAGGCTATGCTTTAGTACCCATAATAGTGAGTCCTTCAACCCCAAAGACTAA  1091

Query 1104  AACAGTTGAATCTGCTGAAGGAAAAT-CTGAA------GAAGTAAATGAAACATTAGTTATACCCACTGAGGAA  1170
            |..|||.||||||.||||| ||.||| |||||      ||||.|||.||.|||||||||...||..||||||||
Sbjct 1092  AGTAGTAGAATCTACTGAA-GAGAATGCTGAAGAAGAGGAAGGAAACGAGACATTAGTTGCGCCGTCTGAGGAA  1164

Query 1171  GCAGAAATGGAAGAAAGTGGACGAAGTGCAACTCCTGTTAACTGTGAACAGCCTGATATCTTGGTTTCTTCTAC  1244
            ||||||.|.||.||||||||.||||||||.|||||.||.||||||||.|||||.|||||.||||.||||.|.||
Sbjct 1165  GCAGAATTAGAGGAAAGTGGCCGAAGTGCTACTCCAGTGAACTGTGACCAGCCAGATATATTGGCTTCTCCCAC  1238

Query 1245  ACCAATAAATGAAGGACAGACTGTGT-TAGACAAGGTGGCTGAGCAGTGTGAACCTGCTGAAAGTCAGCCAGAA  1317
            |.||..||.||..||.||..|||..| |.||| .||...||||||||||||||.|||.|||||..||||||.||
Sbjct 1239  AGCAGGAAGTGGCGGGCACTCTGCCTCTGGAC-CGGCCACTGAGCAGTGTGAAGCTGTTGAAAACCAGCCAAAA  1311

Query 1318  GCACTTTCTGAGAAGGAAGATGTTTGCAAGACAGTTGAATTTCTGAATGAAAAGCTGGAAAAAAGGGAGGCTCA  1391
            ||||...|.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.||||||.||||
Sbjct 1312  GCACCGCCAGAGAAAGAAGATGTTTGCAAGACAGTTGAATTTCTGAATGAGAAGCTAGAAAAGAGGGAGACTCA  1385

Query 1392  GTTATTATCTCTTAGTAAGGAAAAAGCACTTCTAGAAGAAGCTTTTGATAACCTGAAAGATGAAATGTTCAGAG  1465
            ||||||.||.||||||||.|||||.||||||||.||.|||||.|.||||||||||||.||||||||||||||||
Sbjct 1386  GTTATTGTCCCTTAGTAAAGAAAAGGCACTTCTGGAGGAAGCGTATGATAACCTGAAGGATGAAATGTTCAGAG  1459

Query 1466  TGAAAGAAGAAAGCAGTAGCATTTCTTCCTTGAAAGATGAGTTTACTCAAAGAATTGCAGAAGCAGAAAAGAAA  1539
            |.|||||||||||.|||||||||||||||.||||||||||.|||||.||.||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1460  TAAAAGAAGAAAGTAGTAGCATTTCTTCCCTGAAAGATGAATTTACCCAGAGAATTGCAGAAGCAGAAAAGAAA  1533

Query 1540  GTTCAACTAGCCTGCAAAGAGAGAGATGCTGCTAAAAAGGAAATCAAAAACATAAAAGAAGAACTTGCCACTAG  1613
            |||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||.||||.||||||.|||||||||||||||||
Sbjct 1534  GTTCAACTAGCCTGCAAGGAGAGAGATGCTGCTAAGAAGGAAATGAAAACCATAAAGGAAGAACTTGCCACTAG  1607

Query 1614  ATTAAATAGTAGTGAAACTGCAGACCTTTTGAAAGAGAAAGATGAGCAGATCCGAGGGTTAATGGAAGAAGGAG  1687
            |||||||||||||.|||||||||||||.|||||.||.||||||||.|||||.|.|||.||||||||||||||||
Sbjct 1608  ATTAAATAGTAGTCAAACTGCAGACCTGTTGAAGGAAAAAGATGAACAGATTCAAGGTTTAATGGAAGAAGGAG  1681

Query 1688  AAAAACTTTCAAAACAGCAGCTGCACAATTCTAACATCATCAAGAAATTAAGAGCTAAAGACAAGGAGAATGAA  1761
            |||||||||||||.|||||||||||.|||||.||.|||||.||||||||||||||||||||.||.||.||||||
Sbjct 1682  AAAAACTTTCAAAGCAGCAGCTGCATAATTCCAATATCATTAAGAAATTAAGAGCTAAAGATAAAGACAATGAA  1755

Query 1762  AATATGGTTGCAAAGCATGAACAAAAAAGTTAAAGAGCTAGAAGAGGAGTTGCAGCATTTGAAACAGGTCCTTG  1835
            |||.|..||||||||| ||||||.|||||.|||.|||||.|||||||||||.|||||.||.|.|||||||||||
Sbjct 1756  AATGTAATTGCAAAGC-TGAACAGAAAAGCTAAGGAGCTGGAAGAGGAGTTACAGCACTTAAGACAGGTCCTTG  1828

Query 1836  ATGGCAAAGAAGAGGTTGAGAAACAACATAGAGAAAATATTAAAAAACTAAATTCCATGGTAGAACGCCAAGAG  1909
            ||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||..|||||||||||||.|||
Sbjct 1829  ATGGCAAAGAGGAGGTTGAGAAACAACATAGAGAAAATATTAAAAAACTAAATTCTGTGGTAGAACGCCAGGAG  1902

Query 1910  AAAGATCTTGGCCGTCTTCAGGTAGACATGGATGAACTTGAAGAAAAGAACCGAAGTATTCAGGCTGCCCTGGA  1983
            ||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||.||||||||.||||||||||||.||
Sbjct 1903  AAAGATCTTGGCCGACTTCAGGTAGACATGGATGAACTTGAAGAGAAGAGCCGAAGTACTCAGGCTGCCCTAGA  1976

Query 1984  TAGTGCATACAAAGAACTTACTGATCTTCACAAAGCCAATGCTGCAAAGGATAGTGAGGCACAGGAAGCTGCTC  2057
            ||||||.||||.|||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||.||||||||||||||
Sbjct 1977  TAGTGCGTACAGAGAACTTACCGATCTTCACAAAGCCAATGCTGCTAAGGACAGTGAGGTACAGGAAGCTGCTC  2050

Query 2058  TGAGCCGTGAAATGAAAGCTAAAGAAGAACTTTCTGCAGCATTAGAGAAGGCCCAAGAAGAAGCCCGTCAGCAG  2131
            ||||.|||||.|||||.|||||||||||||||||||..|||.|.|||||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct 2051  TGAGGCGTGAGATGAAGGCTAAAGAAGAACTTTCTGGGGCACTGGAGAAGGCCCAGGAAGAAGCCCGTCAGCAG  2124

Query 2132  CAAGAAACATTAGCCATTCAAGTGGGGGACCTTAGGCTTGCATTGCAGCGTACAGAACAAGCGGCTGCCAGAAA  2205
            |||||..||||||...||||.|||||||||||.|||||.||..|||||||..|.||.|||||.|||||||||||
Sbjct 2125  CAAGAGGCATTAGTGCTTCAGGTGGGGGACCTCAGGCTAGCGCTGCAGCGGGCGGAGCAAGCAGCTGCCAGAAA  2198

Query 2206  GGAGGATTATTTACGCCATGAGATCGGTGAACTTCAGCAGAGACTCCAGGAAGCAGAGAATCGAAACCAGGAAC  2279
            .||||||||.|||||||||||||||.||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||.|
Sbjct 2199  AGAGGATTACTTACGCCATGAGATCAGTGAACTTCAGCAGAGACTCCAAGAAGCAGAGAATCGAAACCAAGAGC  2272

Query 2280  TGAGTCAAAGTGTTTCATCAACAACAAGACCATTGCTTCGACAAATAGAAAATTTGCAAGCAACCCTGGGATCC  2353
            |||||||||||||||||||||||.|.|||||.|||||.|||||.||||||||.||.||||||||.|||||.|||
Sbjct 2273  TGAGTCAAAGTGTTTCATCAACAGCCAGACCGTTGCTGCGACAGATAGAAAACTTACAAGCAACTCTGGGGTCC  2346

Query 2354  CAGACATCGTCGTGGGAGAAATTAGAGAAGAATCTTTCTGATAGGCTTGGTGAATCCCAGACCTTGCTGGCAGC  2427
            |||||.||.||||||||||.|.|.|||||||.||||||||||||||||||||||||.|||||||||.||||.||
Sbjct 2347  CAGACGTCCTCGTGGGAGACACTGGAGAAGAGTCTTTCTGATAGGCTTGGTGAATCACAGACCTTGTTGGCTGC  2420

Query 2428  AGCAGTTGAGAGAGAACGTGCAGCTACAGAAGAACTCCTTGCTAACAAAATTCAGATGTCTTCCATGGAGTCAC  2501
            |||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||.|||||||||||..|||||||||
Sbjct 2421  AGCAGTTGAAAGAGAACGTGCAGCTACAGAAGAACTCCTGGCCAACAAAATCCAGATGTCTTCAGTGGAGTCAC  2494

Query 2502  AGAATTCTCTTTTAAGACAGGAAAACAGTAGATTTCAAGCCCAGCTAGAATCAGAGAAAAATAGGCTGTGTAAA  2575
            |||||.|..|.|||.|||||||||||||||||.||||.|||||||||||.|||||||||||||..||..|.|||
Sbjct 2495  AGAATACGTTATTACGACAGGAAAACAGTAGACTTCAGGCCCAGCTAGAGTCAGAGAAAAATAAACTAAGAAAA  2568

Query 2576  CTGGAGGATGAGAACAATAGGTACCAGGTTGAATTGGAAAACCTAAAAGATGAATATGTAAGAACACTTGAAGA  2649
            ||.||||||||.||.|.|.|||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct 2569  CTAGAGGATGAAAATAGTCGGTACCAAGTTGAATTAGAAAACCTAAAAGATGAATATGTAAGAACGCTTGAAGA  2642

Query 2650  GACGAGGAAAGAAAAGACATTGTTGAATAGTCAGTTAGAAATGGAAAGAATGAAAGTTGAACAAGAAAGGAAGA  2723
            |.|.||||||||.||||||.|.||||..||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2643  GTCAAGGAAAGAGAAGACACTTTTGAGCAGTCAGTTAGAAATGGAAAGAATGAAAGTTGAACAAGAAAGGAAGA  2716

Query 2724  AAGCCATTTTTACTCAAGAAACAATAAAAGAAAAGGAACGCAAGCCATTTTCTGTTTCTAGCACTCCCACCATG  2797
            ||.|||||||.|||||||||.||.|||||||||||||.|.|||||..||||||||||.||||||||||||||||
Sbjct 2717  AAACCATTTTCACTCAAGAAGCACTAAAAGAAAAGGACCACAAGCTGTTTTCTGTTTGTAGCACTCCCACCATG  2790

Query 2798  TCACGCTCAAGTTCAATAAGTGGTGTTGATATGGCAGGACTACAGACATCTTTTCTGTCTCAGGATGAGTCTCA  2871
            |||||.||.||.||.||||||||.||.|||...|||||.||.||..|.||.||.||||||||||||||||||||
Sbjct 2791  TCACGTTCCAGCTCTATAAGTGGAGTCGATGCTGCAGGGCTGCAAGCGTCCTTCCTGTCTCAGGATGAGTCTCA  2864

Query 2872  TGATCACTCATTTGGACCAATGCCTATATCAGCAAATGGAAGCAATCTTTATGATGCTGTAAGGATGGGAGCAG  2945
            |||.||.||||||||.||.|||.|||.||||||.|.|||||||||.||||||||.|||||||||||||||||.|
Sbjct 2865  TGACCATTCATTTGGGCCGATGTCTACATCAGCCAGTGGAAGCAACCTTTATGAAGCTGTAAGGATGGGAGCTG  2938

Query 2946  GATCAAGCATAATTGAAAACCTACAGTCTCAGCTAAAGCTAAGGGAAGGGGAAATCACTCATTTACAGCTAGAA  3019
            ||||.|||||.||||||||.||.|||||||||||||||||.||||||||.|||||.|.||||||||||||.|||
Sbjct 2939  GATCGAGCATTATTGAAAATCTGCAGTCTCAGCTAAAGCTGAGGGAAGGAGAAATTAGTCATTTACAGCTGGAA  3012

Query 3020  ATTGGCAATCTAGAAAAAACTCGATCAATAATGGCTGAAGAACTAGTTAAATTAACAAATCAAAATGATGAACT  3093
            |||.|.||.|||||||||||||||||.||||||.|.|||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct 3013  ATTAGTAACCTAGAAAAAACTCGATCCATAATGTCCGAAGAGCTAGTTAAATTAACAAATCAGAATGATGAACT  3086

Query 3094  TGAAGAGAAGGTGAAGGAGATACCCAAACTTAGAACTCAGCTAAGAGATTTGGATCAAAGGTACAACACTATTC  3167
            |||.|||||.|||||.|||||||||||.|||.||..||||||..||||||||||||||||.|||||||||||||
Sbjct 3087  TGAGGAGAAAGTGAAAGAGATACCCAAGCTTCGAGTTCAGCTGCGAGATTTGGATCAAAGATACAACACTATTC  3160

Query 3168  TGCAGATGTATGGAGAAAAAGCAGAAGAGGCAGAAGAACTTCGATTAGATCTCGAAGATGTAAAAAATATGTAC  3241
            ||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||.||.|||||.||||||||||||||||||||.
Sbjct 3161  TGCAGATGTATGGAGAAAAAGCAGAAGAAGCAGAGGAACTTCGCTTGGATCTTGAAGATGTAAAAAATATGTAT  3234

Query 3242  AAAACTCAAATAGATGAACTTTTAAGACAAAGTCTCAGT  3280
            |||||||||||||||||||||.||||||||||.||||||
Sbjct 3235  AAAACTCAAATAGATGAACTTCTAAGACAAAGGCTCAGT  3273