Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_13970
- Subject:
- NM_001081111.2
- Aligned Length:
- 3295
- Identities:
- 2818
- Gaps:
- 37
Alignment
Query 1 ATGAGTTGGTTCAACGCCTCCCAGCTCTCCAGCTTCGCTAAGCAGGCCCTGTCCCAGGCCCAGAAGTCTATTGA 74
|||||.||||||||.|||||.|||.|.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||.||
Sbjct 1 ATGAGCTGGTTCAATGCCTCGCAGTTGTCCAGCTTCGCCAAGCAGGCCCTGTCCCAGGCCCAGAAGTCCATCGA 74
Query 75 CAGGGTTCTGGACATCCAGGAAGAGGAGCCGAGCATCTGGGCCGAGACCATTCCGTATGGAGAGCCGGGAATAA 148
||||||.||||||||||||||.||||||||||||..||||||||||.||||.|||||.||.|||||||||||||
Sbjct 75 CAGGGTCCTGGACATCCAGGAGGAGGAGCCGAGCGCCTGGGCCGAGGCCATCCCGTACGGCGAGCCGGGAATAA 148
Query 149 GTTCCCCTGTCAGTGGAGGATGGGATACTTCAACCTGGGGGTTGAA---ATCAAACACTGAACCTCAGAGTCCA 219
||.|||||||.||||||||||||||.||||||||||||||.||||| |.|||.||..||||||||||||||.
Sbjct 149 GTCCCCCTGTGAGTGGAGGATGGGACACTTCAACCTGGGGATTGAACTCAACAAGCAGCGAACCTCAGAGTCCC 222
Query 220 CCAATAGCCTCTCCTAAAGCAATCACAAAGCCAGTTCGGAGGACTGTGGTCGATGAATCTGAAAATTTCTTCAG 293
||||.|||||||| |||||||.||||||||||||||.||||||||.||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct 223 CCAACAGCCTCTC---AAGCAATTACAAAGCCAGTTCGAAGGACTGTAGTAGATGAATCTGAAAATTTCTTCAG 293
Query 294 TGCCTTTCTCTCGCCAACTGATGTCCAGACCATTCAGAAGAGTCCAGTGGTATCAAAACCTCCAGCAAAATCAC 367
||||||||||||.||..|.||||.|||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||.|.|||||.|
Sbjct 294 TGCCTTTCTCTCTCCGTCGGATGCCCATACCATTCAGAAGAGCCCAGTGGTATCAAAACCTCCATCTAAATCCC 367
Query 368 AACGACCAGAAGAAGAAGTGAAAAGCAGCTTACATGAATCCTTGCACAT----TGGCCAGTCAAGAACTCCTGA 437
|.||.|||||.|||||||||||||||||||||||.|||||.| ||| |||||||||.|||..|.||||
Sbjct 368 AGCGGCCAGAGGAAGAAGTGAAAAGCAGCTTACAAGAATCGT----CATCTCCTGGCCAGTCCAGAGTTTCTGA 437
Query 438 AACAACTGAATCACAAGTAAAAGACTCTTCTTTGTGTGTTTCAGGGGAAACTCTGGCAGCAGGTACTTCATCAC 511
.|||.||| ||||.|.|||| ||..||||||||||.||.||.|||...||.|..||.|||.|.||||
Sbjct 438 GACAGCTG------AAGTGAGAGAC---TCCGTGTGTGTTTCTGGAGAGACTTCAGCCGTGGGCACTCCCTCAC 502
Query 512 CTAAAACTGAAGGCAAGCACGAAGAAACTGTTAATAAAGAATCGGATATGAAGGTGCCAACTGTAAGTTTGAAA 585
||..|.||||||.||||||.||||||||.|....|.||||.||.||..||||||||||.|||||.||.|||||.
Sbjct 503 CTGTACCTGAAGACAAGCATGAAGAAACGGCAGGTGAAGAGTCTGAGGTGAAGGTGCCCACTGTGAGATTGAAG 576
Query 586 GTATCTGAAAGTGTAATTGATGTGAAAACAACTATGGAAAGTATATCTAATACGTCTACGCAGTCTCTCACAGC 659
|..|||||||..|||.||.||||.||.||||| .|||..|.||||||..||.||.||.|||||||||||.||
Sbjct 577 GCGTCTGAAAACGTAGTTAATGTAAACACAAC---AGAAGATGTATCTACCACATCCACTCAGTCTCTCACGGC 647
Query 660 AGAAACAAAGGACATAGCTTTGGAACCTAAGGAACAAAAACATGAAGACAGGCAGAGCAATACACCTTCTCCTC 733
||||||.|||||.||.||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.||||||||.|||||||||||||
Sbjct 648 AGAAACGAAGGATATGGCTTTGGAACCTAAAGAACAAAAACACGAAGACAGACAGAGCAACACACCTTCTCCTC 721
Query 734 CTGTTAGTACCTTTTCATCAGGTACTTCTACCACCAGTGATATTGAAGTTTTAGATCATGAAAGTGTAATAAGT 807
|||||||..||||.||.||.||.||.||.|||||.|||||.|||||||||||||||||.||.||||||||.|||
Sbjct 722 CTGTTAGCTCCTTCTCGTCGGGCACCTCCACCACTAGTGACATTGAAGTTTTAGATCACGAGAGTGTAATCAGT 795
Query 808 GAGAGCTCAGCGAGCTCGAGACAAGAGACTACAGATTCAAAATCAAGTCTTCACTTGATGCAGACATCTTTTCA 881
||||||||.||.||.|||||.|||||||||.|.|||.||||.||.|||||||||.|.||||||||.||.|||||
Sbjct 796 GAGAGCTCGGCCAGTTCGAGGCAAGAGACTTCGGATGCAAAGTCGAGTCTTCACCTCATGCAGACGTCATTTCA 869
Query 882 GCTTCTCTCTGCATCTGCTTGTCCTGAATATAATCGTTTAGATGATTTCCAAAAACTCACTGAGAGTTGCTGTT 955
|||.||||||||.|||||||||||.||.||||..||.||||||||.|||||.||.||||.||||||||||||.|
Sbjct 870 GCTCCTCTCTGCGTCTGCTTGTCCCGAGTATAGCCGCTTAGATGACTTCCAGAAGCTCAATGAGAGTTGCTGCT 943
Query 956 CATCTGATGCTTTTGAAAGAATAGACTCATTTAGTGTACAGTCATTAGATAGCCGGAGTGTAAGTGAAATCAAT 1029
||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||..|||||||||||||.||||||||||||||.
Sbjct 944 CATCGGATGCTTTTGAAAGAATAGACTCATTTAGCGTGCAGTCTCTAGATAGCCGGAGCGTAAGTGAAATCAAC 1017
Query 1030 TCAGATGATGAATTGTCAGGCAAGGGATATGCTTTAGTGCCTATTATAGTTAATTCTTCAACTCCAAAGTCTAA 1103
|||||.||.|||.||.|||||||.||.|||||||||||.||.||.|||||.|.|.|||||||.||||||.||||
Sbjct 1018 TCAGACGACGAACTGCCAGGCAAAGGCTATGCTTTAGTACCCATAATAGTGAGTCCTTCAACCCCAAAGACTAA 1091
Query 1104 AACAGTTGAATCTGCTGAAGGAAAAT-CTGAA------GAAGTAAATGAAACATTAGTTATACCCACTGAGGAA 1170
|..|||.||||||.||||| ||.||| ||||| ||||.|||.||.|||||||||...||..||||||||
Sbjct 1092 AGTAGTAGAATCTACTGAA-GAGAATGCTGAAGAAGAGGAAGGAAACGAGACATTAGTTGCGCCGTCTGAGGAA 1164
Query 1171 GCAGAAATGGAAGAAAGTGGACGAAGTGCAACTCCTGTTAACTGTGAACAGCCTGATATCTTGGTTTCTTCTAC 1244
||||||.|.||.||||||||.||||||||.|||||.||.||||||||.|||||.|||||.||||.||||.|.||
Sbjct 1165 GCAGAATTAGAGGAAAGTGGCCGAAGTGCTACTCCAGTGAACTGTGACCAGCCAGATATATTGGCTTCTCCCAC 1238
Query 1245 ACCAATAAATGAAGGACAGACTGTGT-TAGACAAGGTGGCTGAGCAGTGTGAACCTGCTGAAAGTCAGCCAGAA 1317
|.||..||.||..||.||..|||..| |.||| .||...||||||||||||||.|||.|||||..||||||.||
Sbjct 1239 AGCAGGAAGTGGCGGGCACTCTGCCTCTGGAC-CGGCCACTGAGCAGTGTGAAGCTGTTGAAAACCAGCCAAAA 1311
Query 1318 GCACTTTCTGAGAAGGAAGATGTTTGCAAGACAGTTGAATTTCTGAATGAAAAGCTGGAAAAAAGGGAGGCTCA 1391
||||...|.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.||||||.||||
Sbjct 1312 GCACCGCCAGAGAAAGAAGATGTTTGCAAGACAGTTGAATTTCTGAATGAGAAGCTAGAAAAGAGGGAGACTCA 1385
Query 1392 GTTATTATCTCTTAGTAAGGAAAAAGCACTTCTAGAAGAAGCTTTTGATAACCTGAAAGATGAAATGTTCAGAG 1465
||||||.||.||||||||.|||||.||||||||.||.|||||.|.||||||||||||.||||||||||||||||
Sbjct 1386 GTTATTGTCCCTTAGTAAAGAAAAGGCACTTCTGGAGGAAGCGTATGATAACCTGAAGGATGAAATGTTCAGAG 1459
Query 1466 TGAAAGAAGAAAGCAGTAGCATTTCTTCCTTGAAAGATGAGTTTACTCAAAGAATTGCAGAAGCAGAAAAGAAA 1539
|.|||||||||||.|||||||||||||||.||||||||||.|||||.||.||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1460 TAAAAGAAGAAAGTAGTAGCATTTCTTCCCTGAAAGATGAATTTACCCAGAGAATTGCAGAAGCAGAAAAGAAA 1533
Query 1540 GTTCAACTAGCCTGCAAAGAGAGAGATGCTGCTAAAAAGGAAATCAAAAACATAAAAGAAGAACTTGCCACTAG 1613
|||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||.||||.||||||.|||||||||||||||||
Sbjct 1534 GTTCAACTAGCCTGCAAGGAGAGAGATGCTGCTAAGAAGGAAATGAAAACCATAAAGGAAGAACTTGCCACTAG 1607
Query 1614 ATTAAATAGTAGTGAAACTGCAGACCTTTTGAAAGAGAAAGATGAGCAGATCCGAGGGTTAATGGAAGAAGGAG 1687
|||||||||||||.|||||||||||||.|||||.||.||||||||.|||||.|.|||.||||||||||||||||
Sbjct 1608 ATTAAATAGTAGTCAAACTGCAGACCTGTTGAAGGAAAAAGATGAACAGATTCAAGGTTTAATGGAAGAAGGAG 1681
Query 1688 AAAAACTTTCAAAACAGCAGCTGCACAATTCTAACATCATCAAGAAATTAAGAGCTAAAGACAAGGAGAATGAA 1761
|||||||||||||.|||||||||||.|||||.||.|||||.||||||||||||||||||||.||.||.||||||
Sbjct 1682 AAAAACTTTCAAAGCAGCAGCTGCATAATTCCAATATCATTAAGAAATTAAGAGCTAAAGATAAAGACAATGAA 1755
Query 1762 AATATGGTTGCAAAGCATGAACAAAAAAGTTAAAGAGCTAGAAGAGGAGTTGCAGCATTTGAAACAGGTCCTTG 1835
|||.|..||||||||| ||||||.|||||.|||.|||||.|||||||||||.|||||.||.|.|||||||||||
Sbjct 1756 AATGTAATTGCAAAGC-TGAACAGAAAAGCTAAGGAGCTGGAAGAGGAGTTACAGCACTTAAGACAGGTCCTTG 1828
Query 1836 ATGGCAAAGAAGAGGTTGAGAAACAACATAGAGAAAATATTAAAAAACTAAATTCCATGGTAGAACGCCAAGAG 1909
||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||..|||||||||||||.|||
Sbjct 1829 ATGGCAAAGAGGAGGTTGAGAAACAACATAGAGAAAATATTAAAAAACTAAATTCTGTGGTAGAACGCCAGGAG 1902
Query 1910 AAAGATCTTGGCCGTCTTCAGGTAGACATGGATGAACTTGAAGAAAAGAACCGAAGTATTCAGGCTGCCCTGGA 1983
||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||.||||||||.||||||||||||.||
Sbjct 1903 AAAGATCTTGGCCGACTTCAGGTAGACATGGATGAACTTGAAGAGAAGAGCCGAAGTACTCAGGCTGCCCTAGA 1976
Query 1984 TAGTGCATACAAAGAACTTACTGATCTTCACAAAGCCAATGCTGCAAAGGATAGTGAGGCACAGGAAGCTGCTC 2057
||||||.||||.|||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||.||||||||||||||
Sbjct 1977 TAGTGCGTACAGAGAACTTACCGATCTTCACAAAGCCAATGCTGCTAAGGACAGTGAGGTACAGGAAGCTGCTC 2050
Query 2058 TGAGCCGTGAAATGAAAGCTAAAGAAGAACTTTCTGCAGCATTAGAGAAGGCCCAAGAAGAAGCCCGTCAGCAG 2131
||||.|||||.|||||.|||||||||||||||||||..|||.|.|||||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct 2051 TGAGGCGTGAGATGAAGGCTAAAGAAGAACTTTCTGGGGCACTGGAGAAGGCCCAGGAAGAAGCCCGTCAGCAG 2124
Query 2132 CAAGAAACATTAGCCATTCAAGTGGGGGACCTTAGGCTTGCATTGCAGCGTACAGAACAAGCGGCTGCCAGAAA 2205
|||||..||||||...||||.|||||||||||.|||||.||..|||||||..|.||.|||||.|||||||||||
Sbjct 2125 CAAGAGGCATTAGTGCTTCAGGTGGGGGACCTCAGGCTAGCGCTGCAGCGGGCGGAGCAAGCAGCTGCCAGAAA 2198
Query 2206 GGAGGATTATTTACGCCATGAGATCGGTGAACTTCAGCAGAGACTCCAGGAAGCAGAGAATCGAAACCAGGAAC 2279
.||||||||.|||||||||||||||.||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||.|
Sbjct 2199 AGAGGATTACTTACGCCATGAGATCAGTGAACTTCAGCAGAGACTCCAAGAAGCAGAGAATCGAAACCAAGAGC 2272
Query 2280 TGAGTCAAAGTGTTTCATCAACAACAAGACCATTGCTTCGACAAATAGAAAATTTGCAAGCAACCCTGGGATCC 2353
|||||||||||||||||||||||.|.|||||.|||||.|||||.||||||||.||.||||||||.|||||.|||
Sbjct 2273 TGAGTCAAAGTGTTTCATCAACAGCCAGACCGTTGCTGCGACAGATAGAAAACTTACAAGCAACTCTGGGGTCC 2346
Query 2354 CAGACATCGTCGTGGGAGAAATTAGAGAAGAATCTTTCTGATAGGCTTGGTGAATCCCAGACCTTGCTGGCAGC 2427
|||||.||.||||||||||.|.|.|||||||.||||||||||||||||||||||||.|||||||||.||||.||
Sbjct 2347 CAGACGTCCTCGTGGGAGACACTGGAGAAGAGTCTTTCTGATAGGCTTGGTGAATCACAGACCTTGTTGGCTGC 2420
Query 2428 AGCAGTTGAGAGAGAACGTGCAGCTACAGAAGAACTCCTTGCTAACAAAATTCAGATGTCTTCCATGGAGTCAC 2501
|||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||.|||||||||||..|||||||||
Sbjct 2421 AGCAGTTGAAAGAGAACGTGCAGCTACAGAAGAACTCCTGGCCAACAAAATCCAGATGTCTTCAGTGGAGTCAC 2494
Query 2502 AGAATTCTCTTTTAAGACAGGAAAACAGTAGATTTCAAGCCCAGCTAGAATCAGAGAAAAATAGGCTGTGTAAA 2575
|||||.|..|.|||.|||||||||||||||||.||||.|||||||||||.|||||||||||||..||..|.|||
Sbjct 2495 AGAATACGTTATTACGACAGGAAAACAGTAGACTTCAGGCCCAGCTAGAGTCAGAGAAAAATAAACTAAGAAAA 2568
Query 2576 CTGGAGGATGAGAACAATAGGTACCAGGTTGAATTGGAAAACCTAAAAGATGAATATGTAAGAACACTTGAAGA 2649
||.||||||||.||.|.|.|||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct 2569 CTAGAGGATGAAAATAGTCGGTACCAAGTTGAATTAGAAAACCTAAAAGATGAATATGTAAGAACGCTTGAAGA 2642
Query 2650 GACGAGGAAAGAAAAGACATTGTTGAATAGTCAGTTAGAAATGGAAAGAATGAAAGTTGAACAAGAAAGGAAGA 2723
|.|.||||||||.||||||.|.||||..||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2643 GTCAAGGAAAGAGAAGACACTTTTGAGCAGTCAGTTAGAAATGGAAAGAATGAAAGTTGAACAAGAAAGGAAGA 2716
Query 2724 AAGCCATTTTTACTCAAGAAACAATAAAAGAAAAGGAACGCAAGCCATTTTCTGTTTCTAGCACTCCCACCATG 2797
||.|||||||.|||||||||.||.|||||||||||||.|.|||||..||||||||||.||||||||||||||||
Sbjct 2717 AAACCATTTTCACTCAAGAAGCACTAAAAGAAAAGGACCACAAGCTGTTTTCTGTTTGTAGCACTCCCACCATG 2790
Query 2798 TCACGCTCAAGTTCAATAAGTGGTGTTGATATGGCAGGACTACAGACATCTTTTCTGTCTCAGGATGAGTCTCA 2871
|||||.||.||.||.||||||||.||.|||...|||||.||.||..|.||.||.||||||||||||||||||||
Sbjct 2791 TCACGTTCCAGCTCTATAAGTGGAGTCGATGCTGCAGGGCTGCAAGCGTCCTTCCTGTCTCAGGATGAGTCTCA 2864
Query 2872 TGATCACTCATTTGGACCAATGCCTATATCAGCAAATGGAAGCAATCTTTATGATGCTGTAAGGATGGGAGCAG 2945
|||.||.||||||||.||.|||.|||.||||||.|.|||||||||.||||||||.|||||||||||||||||.|
Sbjct 2865 TGACCATTCATTTGGGCCGATGTCTACATCAGCCAGTGGAAGCAACCTTTATGAAGCTGTAAGGATGGGAGCTG 2938
Query 2946 GATCAAGCATAATTGAAAACCTACAGTCTCAGCTAAAGCTAAGGGAAGGGGAAATCACTCATTTACAGCTAGAA 3019
||||.|||||.||||||||.||.|||||||||||||||||.||||||||.|||||.|.||||||||||||.|||
Sbjct 2939 GATCGAGCATTATTGAAAATCTGCAGTCTCAGCTAAAGCTGAGGGAAGGAGAAATTAGTCATTTACAGCTGGAA 3012
Query 3020 ATTGGCAATCTAGAAAAAACTCGATCAATAATGGCTGAAGAACTAGTTAAATTAACAAATCAAAATGATGAACT 3093
|||.|.||.|||||||||||||||||.||||||.|.|||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct 3013 ATTAGTAACCTAGAAAAAACTCGATCCATAATGTCCGAAGAGCTAGTTAAATTAACAAATCAGAATGATGAACT 3086
Query 3094 TGAAGAGAAGGTGAAGGAGATACCCAAACTTAGAACTCAGCTAAGAGATTTGGATCAAAGGTACAACACTATTC 3167
|||.|||||.|||||.|||||||||||.|||.||..||||||..||||||||||||||||.|||||||||||||
Sbjct 3087 TGAGGAGAAAGTGAAAGAGATACCCAAGCTTCGAGTTCAGCTGCGAGATTTGGATCAAAGATACAACACTATTC 3160
Query 3168 TGCAGATGTATGGAGAAAAAGCAGAAGAGGCAGAAGAACTTCGATTAGATCTCGAAGATGTAAAAAATATGTAC 3241
||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||.||.|||||.||||||||||||||||||||.
Sbjct 3161 TGCAGATGTATGGAGAAAAAGCAGAAGAAGCAGAGGAACTTCGCTTGGATCTTGAAGATGTAAAAAATATGTAT 3234
Query 3242 AAAACTCAAATAGATGAACTTTTAAGACAAAGTCTCAGT 3280
|||||||||||||||||||||.||||||||||.||||||
Sbjct 3235 AAAACTCAAATAGATGAACTTCTAAGACAAAGGCTCAGT 3273