Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_14299
- Subject:
- NM_001317781.1
- Aligned Length:
- 2520
- Identities:
- 1666
- Gaps:
- 852
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 ATGGATAAAGCTCTGAAAGAAGTGTTCGACTACAGTTATAGAGATTACATTCTGTCCTGGTATGGAAACCTCAG 74
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 75 CAGAGATGAGGGACAACTTTACCATCTGCTCTTGGAAGACTTTTGGGAAATTGCCAGACAGCTGCACCACAGAC 148
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 149 TGAGTCACGTGGATGTGGTTAAAGTTGTCTGCAATGATGTTGTGAGGACTTTACTCACTCATTTCTGTGACCTG 222
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 223 AAAGCTGCCAATGCCAGACATGAAGAACAGCCAAGACCTTTTGTGTTGCACGCATGCTTGAGGAACTCAGATGA 296
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 297 TGAAGTAAGATTTCTACAAACGTGTTCTCGGGTTCTGGTGTTTTGTCTCCTCCCCTCAAAGGATGTGCAGTCTC 370
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 371 TCAGCTTACGTATAATGCTTGCAGAAATTCTCACAACAAAAGTCTTGAAGCCGGTAGTGGAGTTACTGAGTAAT 444
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 445 CCAGATTACATTAACCAAATGCTGCTTGCCCAGCTGGCGTACAGAGAGCAAATGAATGAGCATCACAAGAGAGC 518
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 519 CTACACCTATGCCCCCTCTTACGAGGACTTCATCAAGCTCATTAACAGCAACTCTGATGTGGAGTTCTTGAAGC 592
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 593 AACTAAGGTATCAAATTGTAGTGGAAATAATCCAGGCGACTACAATTAGCAGCTTTCCCCAACTGAAGAGGCAC 666
Query 1 ---------------------ATGAAAGCTGATCTCCTGAGGGCCAGGAACATGAAGAGGTACATCAACCAACT 53
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 667 AAAGGTAAAGAAACTGCGGCAATGAAAGCTGATCTCCTGAGGGCCAGGAACATGAAGAGGTACATCAACCAACT 740
Query 54 GACTGTGGCAAAGAAGCAGTGTGAGAAGAGAATCCGAATCCTGGGAGGCCCTGCCTATGACCAGCAAGAGGATG 127
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 741 GACTGTGGCAAAGAAGCAGTGTGAGAAGAGAATCCGAATCCTGGGAGGCCCTGCCTATGACCAGCAAGAGGATG 814
Query 128 GGGCCCTGGATGAGGGGGAAGGGCCTCAAAGCCAGAAGATTCTTCAGTTTGAAGATATCTTGGCCAATACGTTC 201
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 815 GGGCCCTGGATGAGGGGGAAGGGCCTCAAAGCCAGAAGATTCTTCAGTTTGAAGATATCTTGGCCAATACGTTC 888
Query 202 TACCGAGAGCACTTTGGAATGTACATGGAAAGGATGGACAAAAGAGCTCTGATTAGTTTTTGGGAATCTGTGGA 275
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 889 TACCGAGAGCACTTTGGAATGTACATGGAAAGGATGGACAAAAGAGCTCTGATTAGTTTTTGGGAATCTGTGGA 962
Query 276 ACATTTAAAGAATGCTAACAAGAATGAAATTCCACAATTAGTTGGTGAAATTTATCAGAATTTCTTTGTGGAGA 349
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 963 ACATTTAAAGAATGCTAACAAGAATGAAATTCCACAATTAGTTGGTGAAATTTATCAGAATTTCTTTGTGGAGA 1036
Query 350 GCAAAGAAATATCTGTGGAAAAATCACTTTACAAAGAAATTCAGCAGTGTCTTGTAGGAAATAAAGGTATTGAA 423
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037 GCAAAGAAATATCTGTGGAAAAATCACTTTACAAAGAAATTCAGCAGTGTCTTGTAGGAAATAAAGGTATTGAA 1110
Query 424 GTATTCTACAAAATCCAGGAAGATGTTTATGAGACCCTAAAGGACAGGTATTACCCTTCATTTATTGTCAGTGA 497
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111 GTATTCTACAAAATCCAGGAAGATGTTTATGAGACCCTAAAGGATAGGTATTACCCTTCATTTATTGTCAGTGA 1184
Query 498 CCTGTATGAGAAATTGTTGATAAAAGAGGAAGAAAAACATGCCTCACAGATGATTTCCAACAAGGATGAGATGG 571
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185 CCTGTATGAGAAATTGTTGATAAAAGAGGAAGAAAAACATGCCTCACAGATGATTTCCAACAAGGATGAGATGG 1258
Query 572 GCCCAAGAGATGAGGCTGGTGAGGAAGCCGTGGATGATGGTACCAATCAGATCAATGAACAAGCCAGTTTTGCT 645
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 GCCCAAGAGATGAGGCTGGTGAGGAAGCCGTGGATGATGGTACCAATCAGATCAATGAACAAGCCAGTTTTGCT 1332
Query 646 GTAAACAAACTGCGAGAACTAAATGAGAAACTTGAATATAAAAGGCAAGCTCTAAATTCTATTCAAAATGCACC 719
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333 GTAAACAAACTGCGAGAACTAAATGAGAAACTTGAATATAAAAGGCAAGCTCTAAATTCTATTCAAAATGCACC 1406
Query 720 AAAACCTGACAAGAAGATTGTTTCCAAGTTGAAGGATGAAATAATCCTAATAGAGAAAGAACGCACAGACCTTC 793
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407 AAAACCTGACAAGAAGATTGTTTCCAAGTTGAAGGATGAAATAATCCTAATAGAGAAAGAACGCACAGACCTTC 1480
Query 794 AGCTGCACATAGCAAGAACGGATTGGTGGTGTGAAAACCTTGGCATGTGGAAAGCCTCCATCACCAGTGGAGAG 867
||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481 AGCTGCACATGGCAAGAACGGATTGGTGGTGTGAAAACCTTGGCATGTGGAAAGCCTCCATCACCAGTGGAGAG 1554
Query 868 GTTACAGAAGAGAATGGTGAGCAATTGCCATGTTACTTTGTCATGGTAAGCCTACAAGAAGTTGGAGGAGTTGA 941
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 GTTACAGAAGAGAATGGTGAGCAATTGCCATGTTACTTTGTCATGGTAAGCCTACAAGAAGTTGGAGGAGTTGA 1628
Query 942 AACTAAGAACTGGACGGTCCCCAGAAGGCTCAGCGAGTTTCAGAATTTACACCGGAAACTCAGTGAGTGCGTCC 1015
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629 AACTAAGAACTGGACGGTCCCCAGAAGGCTCAGCGAGTTTCAGAATTTACACCGGAAACTCAGTGAGTGCGTCC 1702
Query 1016 CTTCTTTAAAAAAAGTCCAGTTGCCTTCTCTTAGCAAGCTGCCTTTCAAATCTATAGATCAAAAGTTTATGGAA 1089
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703 CTTCTTTAAAAAAAGTCCAGTTGCCTTCTCTTAGCAAGCTGCCTTTCAAATCTATAGATCAAAAGTTTATGGAA 1776
Query 1090 AAGTCGAAGAATCAATTAAATAAGTTTTTAC------------------------------------------- 1120
|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777 AAGTCGAAGAATCAATTAAATAAGTTTTTACAGAATCTGCTTTCAGATGAAAGACTGTGTCAGAGTGAAGCACT 1850
Query 1121 -------------------------------------------------------------------------- 1120
Sbjct 1851 TTATGCCTTCTTGAGCCCTTCTCCTGACTACCTCAAGGTTATCGACGTGCAGGGGAAAAAAAATTCTTTTTCAT 1924
Query 1121 ------------------------------------------------AGGAGGAGACAGAGGAGGACAGTGAC 1146
||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925 TATCCTCATTTTTGGAAAGACTTCCTCGCGACTTCTTCTCCCACCAGGAGGAGGAGACAGAGGAGGACAGTGAC 1998
Query 1147 CTGTCAGATTATGGTGATGATGTGGATGGGAGGAAAGACGCCTTGGCTGAACCATGTTTCATGTTGATTGGGGA 1220
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999 CTGTCAGATTATGGTGATGATGTGGATGGGAGGAAAGACGCCTTGGCTGAACCATGTTTCATGTTGATTGGGGA 2072
Query 1221 GATTTTTGAACTTCGAGGAATGTTTAAATGGGTGAGAAGAACATTAATTGCCCTCGTTCAGGTCACTTTTGGAA 1294
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073 GATTTTTGAACTTCGAGGAATGTTTAAATGGGTGAGAAGAACATTAATTGCCCTCGTTCAGGTCACTTTTGGAA 2146
Query 1295 GAACCATCAACAAACAAATCCGGGACACAGTCAGCTGGATTTTCAGTGAGCAAATGTTGGTTTACTACATCAAT 1368
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147 GAACCATCAACAAACAAATCCGGGACACAGTCAGCTGGATTTTCAGTGAGCAAATGTTGGTTTACTACATCAAT 2220
Query 1369 ATTTTCCGGGATGCTTTTTGGCCAAATGGGAAGTTGGCACCACCGACCACAATCAGAAGCAAAGAGCAAAGTCA 1442
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221 ATTTTCCGGGATGCTTTTTGGCCAAATGGGAAGTTGGCACCACCGACCACAATCAGAAGCAAAGAGCAAAGTCA 2294
Query 1443 GGAAACAAAACAGAGAGCACAGCAAAAGCTGCTTGAAAACATTCCAGATATGCTTCAGAGCCTTGTTGGACAGC 1516
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295 GGAAACAAAACAGAGAGCACAGCAAAAGCTGCTTGAAAACATTCCAGATATGCTTCAGAGCCTTGTTGGACAGC 2368
Query 1517 AAAATGCCCGCCACGGTATAATAAAAATATTCAATGCACTGCAAGAAACAAGAGCCAACAAGCATCTGTTATAT 1590
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369 AAAATGCCCGCCACGGTATAATAAAAATATTCAATGCACTGCAAGAAACAAGAGCCAACAAGCATCTGTTATAT 2442
Query 1591 GCGCTGATGGAACTGCTGCTAATTGAACTGTGTCCTGAGCTGAGAGTTCATTTAGATCAACTTAAAGCTGGCCA 1664
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443 GCGCTGATGGAACTGCTGCTAATTGAACTGTGTCCTGAGCTGAGAGTTCATTTAGATCAACTTAAAGCTGGCCA 2516
Query 1665 AGTT 1668
||||
Sbjct 2517 AGTT 2520