Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_14553
• Subject: XM_006505355.3
• Aligned Length: 2718
• Identities: 1994
• Gaps: 561

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGCGGGTGACGCCGTTGCCGCGGCGACTCCTCGTCGTCTCCGCCCCCTCCCCCCCCCAAATCCCCTCAGGCTC  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  GGCTGCGCCGGGGCCGCCGGCGGGTTCCAGAGGTGGCCTCCGCCCCGGCCGCTCCGCCCACGCCCCCCGCGCCT  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  CCGCGCCCGCCTCCGCCCGCCCTGCGCCTCCCTTCCCCCTCCCCGCCCCGCGGCGGCCGCTCGGCCCGGCTCGC  222

Query    1  ---------ATGGCGGCGCTGA------------------------------------------------GCGG  17
                     |||||||||||||                                                ||||
Sbjct  223  GCTTCGAAGATGGCGGCGCTGAGTGGCGGCGGTGGCAGCAGCAGCGGTGGCGGCGGCGGCGGTGGCGGCGGCGG  296

Query   18  TGGCGGT---------GGTGGCGGCGCGGAGCCGGGCCAGGCTCTGTTCAACGGGGACATGGAGCCCGAGGCCG  82
            |||||||         ||.||||||||.||||.||||||||||||||||||.||.|||||||||||.|||    
Sbjct  297  TGGCGGTGGCGACGGCGGCGGCGGCGCCGAGCAGGGCCAGGCTCTGTTCAATGGCGACATGGAGCCGGAG----  366

Query   83  GCGCCGGCGCCGGCGCCGCGGCCTCTTCGGCTGCGGACCCTGCCATTCCGGAGGAGGTGTGGAATATCAAACAA  156
              ||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||.|||||.|||||||||||.|||
Sbjct  367  --GCCGGCGCTGGCGCCGCGGCCTCTTCGGCTGCGGACCCGGCCATTCCTGAAGAGGTATGGAATATCAAGCAA  438

Query  157  ATGATTAAGTTGACACAGGAACATATAGAGGCCCTATTGGACAAATTTGGTGGGGAGCATAATCCACCATCAAT  230
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||
Sbjct  439  ATGATTAAGTTGACACAGGAACATATAGAGGCCCTATTGGACAAATTTGGTGGAGAGCATAACCCACCATCAAT  512

Query  231  ATATCTGGAGGCCTATGAAGAATACACCAGCAAGCTAGATGCACTCCAACAAAGAGAACAACAGTTATTGGAAT  304
            |||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||.||.|||||||||||.|||.|.|||||||
Sbjct  513  ATACCTGGAGGCCTATGAAGAGTACACCAGCAAGCTAGATGCCCTTCAGCAAAGAGAACAGCAGCTTTTGGAAT  586

Query  305  CTCTGGGGAACGGAACTGATTTTTCTGTTTCTAGCTCTGCATCAATGGATACCGTTACATCTTCTTCCTCTTCT  378
            |.|||||.||.|||.|.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||.|||||||||
Sbjct  587  CCCTGGGTAATGGAGCAGATTTTTCTGTTTCTAGCTCTGCATCAATGGACACCGTTACATCCTCCTCCTCTTCT  660

Query  379  AGCCTTTCAGTGCTACCTTCATCTCTTTCAGTTTTTCAAAATCCCACAGATGTGGCACGGAGCAACCCCAAGTC  452
            |||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||.|||||||||||...||||||.||||||||||||
Sbjct  661  AGCCTTTCAGTGCTACCATCATCTCTTTCAGTTTTTCAAACTCCCACAGATGCATCACGGAACAACCCCAAGTC  734

Query  453  ACCACAAAAACCTATCGTTAGAGTCTTCCTGCCCAACAAACAGAGGACAGTGGTACCTGCAAGGTGTGGAGTTA  526
            ||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.||||
Sbjct  735  ACCACAGAAACCTATCGTTAGAGTCTTCCTGCCCAACAAACAGAGGACAGTGGTACCCGCAAGATGTGGTGTTA  808

Query  527  CAGTCCGAGACAGTCTAAAGAAAGCACTGATGATGAGAGGTCTAATCCCAGAGTGCTGTGCTGTTTACAGAATT  600
            ||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct  809  CAGTTCGAGACAGTCTAAAGAAAGCACTGATGATGAGAGGTCTCATCCCAGAATGCTGTGCTGTTTACAGAATT  882

Query  601  CATGATGG----------------GTCT---------------------TTTCTGGAGCTGA-------CTTGA  630
            ||.|||||                |.||                     ||.||||||..||       .||||
Sbjct  883  CAGGATGGAGAGAAGAAACCAATTGGCTGGGACACGGACATTTCCTGGCTTACTGGAGAGGAGTTACATGTTGA  956

Query  631  AGAA---AAGAGT----------------ACATCT------------CTTT----ACC----------------  653
            ||.|   .|||.|                |||.||            ||||    |||                
Sbjct  957  AGTACTGGAGAATGTCCCACTTACAACACACAACTTTGTACGGAAAACTTTTTTCACCTTAGCATTTTGTGACT  1030

Query  654  -----------CTGCTGT-------------TTGTCCAAGA----GTGATACATTT--------ATTTGGGAGA  691
                       |||||.|             |||||.||.|    ||.|||.||||        .|.|.|.|.|
Sbjct 1031  TTTGCCGAAAGCTGCTTTTCCAGGGTTTCCGTTGTCAAACATGTGGTTATAAATTTCACCAGCGTTGTAGTACA  1104

Query  692  GAAGTTCCACTGATGTGTGTTAATTATGACCAACTTGATTTGCTGTTTGTCTCCAAGTTCTTTGAACACCACCC  765
            ||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||
Sbjct 1105  GAGGTTCCACTGATGTGTGTAAATTATGACCAACTTGATTTGCTGTTTGTCTCCAAGTTCTTTGAGCATCACCC  1178

Query  766  AATACCACAGGAAGAGGCGTCCTTAGCAGAGACTGCCCTAACATCTGGATCATCCCCTTCCGCACCCGCCTCGG  839
            |.||||||||||.|||||.|||||..|||||||||||||..|||||||   ||||.|||||||||||.||||.|
Sbjct 1179  AGTACCACAGGAGGAGGCCTCCTTCCCAGAGACTGCCCTTCCATCTGG---ATCCTCTTCCGCACCCCCCTCAG  1249

Query  840  ACTCTATTGGGCCCCAAATTCTCACCAGTCCGTCTCCTTCAAAATCCATTCCAATTCCACAGCCCTTCCGACCA  913
            ||||||.||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1250  ACTCTACTGGGCCCCAAATCCTCACCAGTCCATCTCCTTCAAAATCCATTCCAATTCCACAGCCCTTCCGACCA  1323

Query  914  GCAGATGAAGATCATCGAAATCAATTTGGGCAACGAGACCGATCCTCATCAGCTCCCAATGTGCATATAAACAC  987
            |||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct 1324  GCAGATGAAGATCATCGCAATCAGTTTGGGCAACGAGACCGGTCCTCCTCAGCTCCCAATGTTCATATAAACAC  1397

Query  988  AATAGAACCTGTCAATATTGATGACTTGATTAGAGACCAAGGATTTCGTGGTGATG------------------  1043
            |||.||.|||||.|||||.|||||.||||||||||||||.||.|||||||||||||                  
Sbjct 1398  AATTGAGCCTGTGAATATCGATGATTTGATTAGAGACCAGGGGTTTCGTGGTGATGGAGCCCCCTTGAACCAAC  1471

Query 1044  --------------------------------------------------------------------------  1043
                                                                                      
Sbjct 1472  TGATGCGCTGTCTTCGGAAATACCAATCCCGGACTCCCAGCCCCCTCCTCCATTCTGTCCCCAGTGAAATAGTG  1545

Query 1044  ----------------------------GAGGATCAACCACAGGTTTGTCTGCTACCCCCCCTGCCTCATTACC  1089
                                        ||||.|||||||||||.|||||.||.|||||.||||||||||||||
Sbjct 1546  TTTGATTTTGAGCCTGGCCCAGTGTTCAGAGGGTCAACCACAGGCTTGTCCGCCACCCCGCCTGCCTCATTACC  1619

Query 1090  TGGCTCACTAACTAACGTGAAAGCCTTACAGAAATCTCCAGGACCTCAGCGAGAAAGGAAGTCATCT------T  1157
            |||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||      |
Sbjct 1620  TGGCTCACTCACTAACGTGAAAGCCTTACAGAAATCTCCAGGTCCTCAGCGGGAAAGGAAGTCATCTTCTTCCT  1693

Query 1158  CATCCTCAGAAGACAGGAATCGAATGAAAACACTTGGTAGACGGGACTCGAGTGATGATTGGGAGATTCCTGAT  1231
            |||||||.||.|||||.|.|||.||||||||||||||||||.|.||.||.||||||||.|||||||||||||||
Sbjct 1694  CATCCTCGGAGGACAGAAGTCGGATGAAAACACTTGGTAGAAGAGATTCAAGTGATGACTGGGAGATTCCTGAT  1767

Query 1232  GGGCAGATTACAGTGGGACAAAGAATTGGATCTGGATCATTTGGAACAGTCTACAAGGGAAAGTGGCATGGTGA  1305
            ||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1768  GGACAGATTACAGTGGGACAGAGAATTGGATCTGGGTCATTTGGAACTGTCTACAAGGGAAAGTGGCATGGTGA  1841

Query 1306  TGTGGCAGTGAAAATGTTGAATGTGACAGCACCTACACCTCAGCAGTTACAAGCCTTCAAAAATGAAGTAGGAG  1379
            |||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||.||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct 1842  TGTGGCAGTGAAAATGTTGAATGTGACAGCACCCACACCTCAACAGCTACAGGCCTTCAAAAATGAAGTAGGAG  1915

Query 1380  TACTCAGGAAAACACGACATGTGAATATCCTACTCTTCATGGGCTATTCCACAAAGCCACAACTGGCTATTGTT  1453
            |.|||||||||||.|||||||||||||||||.||.||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||
Sbjct 1916  TGCTCAGGAAAACTCGACATGTGAATATCCTCCTTTTCATGGGCTATTCTACAAAGCCACAACTGGCAATTGTT  1989

Query 1454  ACCCAGTCGTGTGAAGGACTCCCAGCTTGTATCACCATCTCCATATCATTGAGACCAAATTTGAGATGATCAAA  1527
            ||.||||.||||| |||.|| |||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1990  ACACAGTGGTGTG-AGGGCT-CCAGCTTATATCACCATCTCCACATCATTGAGACCAAATTTGAGATGATCAAA  2061

Query 1528  CTTATAGATATTGCACGACAGACTGCACAGGGCATGGATTACTTACACGCCAAGTCAATCATCCACAGAGACCT  1601
            ||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2062  CTTATAGATATTGCTCGGCAGACTGCACAGGGCATGGATTACTTACACGCCAAGTCAATCATCCACAGAGACCT  2135

Query 1602  CAAGAGTAATAATATATTTCTTCATGAAGACCTCACAGTAAAAATAGGTGATTTTGGTCTAGCTACAGTGAAAT  1675
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||
Sbjct 2136  CAAGAGTAATAATATATTTCTTCATGAAGACCTCACGGTAAAAATAGGTGACTTTGGTCTAGCCACAGTGAAAT  2209

Query 1676  CTCGATGGAGTGGGTCCCATCAGTTTGAACAGTTGTCTGGATCCATTTTGTGGATGGCACCAGAAGTCATCAGA  1749
            ||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||
Sbjct 2210  CTCGGTGGAGTGGGTCCCATCAGTTTGAACAGTTGTCTGGATCTATTTTGTGGATGGCACCAGAAGTAATCAGA  2283

Query 1750  ATGCAAGATAAAAATCCATACAGCTTTCAGTCAGATGTATATGCATTTGGAATTGTTCTGTATGAATTGATGAC  1823
            ||||||||||||||.||.||.||||||||||||||.||.|||||.|||||.|||||||||||.|||.|||||||
Sbjct 2284  ATGCAAGATAAAAACCCGTATAGCTTTCAGTCAGACGTGTATGCGTTTGGGATTGTTCTGTACGAACTGATGAC  2357

Query 1824  TGGACAGTTACCTTATTCAAACATCAACAACAGGGACCAGATAATTTTTATGGTGGGACGAGGATACCTGTCTC  1897
            .||.|||.||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct 2358  CGGCCAGCTACCTTATTCAAACATCAACAACAGGGATCAGATAATTTTTATGGTGGGACGAGGATACCTATCTC  2431

Query 1898  CAGATCTCAGTAAGGTACGGAGTAACTGTCCAAAAGCCATGAAGAGATTAATGGCAGAGTGCCTCAAAAAGAAA  1971
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2432  CAGATCTCAGTAAGGTACGGAGTAACTGTCCAAAAGCCATGAAGAGATTAATGGCAGAGTGCCTCAAAAAGAAA  2505

Query 1972  AGAGATGAGAGACCACTCTTTCCCCAAATTCTCGCCTCTATTGAGCTGCTGGCCCGCTCATTGCCAAAAATTCA  2045
            |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2506  AGAGACGAGAGACCACTCTTTCCCCAAATTCTCGCCTCCATTGAGCTGCTGGCCCGCTCATTGCCAAAAATTCA  2579

Query 2046  CCGCAGTGCATCAGAACCCTCCTTGAATCGGGCTGGTTTCCAAACAGAGGATTTTAGTCTATATGCTTGTGCTT  2119
            ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||
Sbjct 2580  CCGCAGTGCATCAGAACCTTCCTTGAATCGGGCTGGTTTCCAAACAGAAGATTTTAGTCTGTATGCTTGTGCTT  2653

Query 2120  CTCCAAAAACACCCATCCAGGCAGGGGGATATGGTGCGTTT----CCTGTCCAC  2169
            ||||.||||||||||||||.||||||||||||||.|..|||    ||| ||.|.
Sbjct 2654  CTCCGAAAACACCCATCCAAGCAGGGGGATATGGAGAATTTGCAGCCT-TCAAG  2706