Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_14553
- Subject:
- XM_006505358.3
- Aligned Length:
- 2598
- Identities:
- 1994
- Gaps:
- 441
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 ATGCGGGTGACGCCGTTGCCGCGGCGACTCCTCGTCGTCTCCGCCCCCTCCCCCCCCCAAATCCCCTCAGGCTC 74
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 75 GGCTGCGCCGGGGCCGCCGGCGGGTTCCAGAGGTGGCCTCCGCCCCGGCCGCTCCGCCCACGCCCCCCGCGCCT 148
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 149 CCGCGCCCGCCTCCGCCCGCCCTGCGCCTCCCTTCCCCCTCCCCGCCCCGCGGCGGCCGCTCGGCCCGGCTCGC 222
Query 1 ---------ATGGCGGCGCTGA------------------------------------------------GCGG 17
||||||||||||| ||||
Sbjct 223 GCTTCGAAGATGGCGGCGCTGAGTGGCGGCGGTGGCAGCAGCAGCGGTGGCGGCGGCGGCGGTGGCGGCGGCGG 296
Query 18 TGGCGGT---------GGTGGCGGCGCGGAGCCGGGCCAGGCTCTGTTCAACGGGGACATGGAGCCCGAGGCCG 82
||||||| ||.||||||||.||||.||||||||||||||||||.||.|||||||||||.|||
Sbjct 297 TGGCGGTGGCGACGGCGGCGGCGGCGCCGAGCAGGGCCAGGCTCTGTTCAATGGCGACATGGAGCCGGAG---- 366
Query 83 GCGCCGGCGCCGGCGCCGCGGCCTCTTCGGCTGCGGACCCTGCCATTCCGGAGGAGGTGTGGAATATCAAACAA 156
||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||.|||||.|||||||||||.|||
Sbjct 367 --GCCGGCGCTGGCGCCGCGGCCTCTTCGGCTGCGGACCCGGCCATTCCTGAAGAGGTATGGAATATCAAGCAA 438
Query 157 ATGATTAAGTTGACACAGGAACATATAGAGGCCCTATTGGACAAATTTGGTGGGGAGCATAATCCACCATCAAT 230
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||
Sbjct 439 ATGATTAAGTTGACACAGGAACATATAGAGGCCCTATTGGACAAATTTGGTGGAGAGCATAACCCACCATCAAT 512
Query 231 ATATCTGGAGGCCTATGAAGAATACACCAGCAAGCTAGATGCACTCCAACAAAGAGAACAACAGTTATTGGAAT 304
|||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||.||.|||||||||||.|||.|.|||||||
Sbjct 513 ATACCTGGAGGCCTATGAAGAGTACACCAGCAAGCTAGATGCCCTTCAGCAAAGAGAACAGCAGCTTTTGGAAT 586
Query 305 CTCTGGGGAACGGAACTGATTTTTCTGTTTCTAGCTCTGCATCAATGGATACCGTTACATCTTCTTCCTCTTCT 378
|.|||||.||.|||.|.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||.|||||||||
Sbjct 587 CCCTGGGTAATGGAGCAGATTTTTCTGTTTCTAGCTCTGCATCAATGGACACCGTTACATCCTCCTCCTCTTCT 660
Query 379 AGCCTTTCAGTGCTACCTTCATCTCTTTCAGTTTTTCAAAATCCCACAGATGTGGCACGGAGCAACCCCAAGTC 452
|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||.|||||||||||...||||||.||||||||||||
Sbjct 661 AGCCTTTCAGTGCTACCATCATCTCTTTCAGTTTTTCAAACTCCCACAGATGCATCACGGAACAACCCCAAGTC 734
Query 453 ACCACAAAAACCTATCGTTAGAGTCTTCCTGCCCAACAAACAGAGGACAGTGGTACCTGCAAGGTGTGGAGTTA 526
||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.||||
Sbjct 735 ACCACAGAAACCTATCGTTAGAGTCTTCCTGCCCAACAAACAGAGGACAGTGGTACCCGCAAGATGTGGTGTTA 808
Query 527 CAGTCCGAGACAGTCTAAAGAAAGCACTGATGATGAGAGGTCTAATCCCAGAGTGCTGTGCTGTTTACAGAATT 600
||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct 809 CAGTTCGAGACAGTCTAAAGAAAGCACTGATGATGAGAGGTCTCATCCCAGAATGCTGTGCTGTTTACAGAATT 882
Query 601 CATGATGG----------------GTCT---------------------TTTCTGGAGCTGA-------CTTGA 630
||.||||| |.|| ||.||||||..|| .||||
Sbjct 883 CAGGATGGAGAGAAGAAACCAATTGGCTGGGACACGGACATTTCCTGGCTTACTGGAGAGGAGTTACATGTTGA 956
Query 631 AGAA---AAGAGT----------------ACATCT------------CTTT----ACC---------------- 653
||.| .|||.| |||.|| |||| |||
Sbjct 957 AGTACTGGAGAATGTCCCACTTACAACACACAACTTTGTACGGAAAACTTTTTTCACCTTAGCATTTTGTGACT 1030
Query 654 -----------CTGCTGT-------------TTGTCCAAGA----GTGATACATTT--------ATTTGGGAGA 691
|||||.| |||||.||.| ||.|||.|||| .|.|.|.|.|
Sbjct 1031 TTTGCCGAAAGCTGCTTTTCCAGGGTTTCCGTTGTCAAACATGTGGTTATAAATTTCACCAGCGTTGTAGTACA 1104
Query 692 GAAGTTCCACTGATGTGTGTTAATTATGACCAACTTGATTTGCTGTTTGTCTCCAAGTTCTTTGAACACCACCC 765
||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||
Sbjct 1105 GAGGTTCCACTGATGTGTGTAAATTATGACCAACTTGATTTGCTGTTTGTCTCCAAGTTCTTTGAGCATCACCC 1178
Query 766 AATACCACAGGAAGAGGCGTCCTTAGCAGAGACTGCCCTAACATCTGGATCATCCCCTTCCGCACCCGCCTCGG 839
|.||||||||||.|||||.|||||..|||||||||||||..||||||| ||||.|||||||||||.||||.|
Sbjct 1179 AGTACCACAGGAGGAGGCCTCCTTCCCAGAGACTGCCCTTCCATCTGG---ATCCTCTTCCGCACCCCCCTCAG 1249
Query 840 ACTCTATTGGGCCCCAAATTCTCACCAGTCCGTCTCCTTCAAAATCCATTCCAATTCCACAGCCCTTCCGACCA 913
||||||.||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1250 ACTCTACTGGGCCCCAAATCCTCACCAGTCCATCTCCTTCAAAATCCATTCCAATTCCACAGCCCTTCCGACCA 1323
Query 914 GCAGATGAAGATCATCGAAATCAATTTGGGCAACGAGACCGATCCTCATCAGCTCCCAATGTGCATATAAACAC 987
|||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct 1324 GCAGATGAAGATCATCGCAATCAGTTTGGGCAACGAGACCGGTCCTCCTCAGCTCCCAATGTTCATATAAACAC 1397
Query 988 AATAGAACCTGTCAATATTGATGACTTGATTAGAGACCAAGGATTTCGTGGTGATGGAGGATCAACCACAGGTT 1061
|||.||.|||||.|||||.|||||.||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.|||||||||||.|
Sbjct 1398 AATTGAGCCTGTGAATATCGATGATTTGATTAGAGACCAGGGGTTTCGTGGTGATGGAGGGTCAACCACAGGCT 1471
Query 1062 TGTCTGCTACCCCCCCTGCCTCATTACCTGGCTCACTAACTAACGTGAAAGCCTTACAGAAATCTCCAGGACCT 1135
||||.||.|||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct 1472 TGTCCGCCACCCCGCCTGCCTCATTACCTGGCTCACTCACTAACGTGAAAGCCTTACAGAAATCTCCAGGTCCT 1545
Query 1136 CAGCGAGAAAGGAAGTCATCT------TCATCCTCAGAAGACAGGAATCGAATGAAAACACTTGGTAGACGGGA 1203
|||||.||||||||||||||| ||||||||.||.|||||.|.|||.||||||||||||||||||.|.||
Sbjct 1546 CAGCGGGAAAGGAAGTCATCTTCTTCCTCATCCTCGGAGGACAGAAGTCGGATGAAAACACTTGGTAGAAGAGA 1619
Query 1204 CTCGAGTGATGATTGGGAGATTCCTGATGGGCAGATTACAGTGGGACAAAGAATTGGATCTGGATCATTTGGAA 1277
.||.||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||
Sbjct 1620 TTCAAGTGATGACTGGGAGATTCCTGATGGACAGATTACAGTGGGACAGAGAATTGGATCTGGGTCATTTGGAA 1693
Query 1278 CAGTCTACAAGGGAAAGTGGCATGGTGATGTGGCAGTGAAAATGTTGAATGTGACAGCACCTACACCTCAGCAG 1351
|.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||
Sbjct 1694 CTGTCTACAAGGGAAAGTGGCATGGTGATGTGGCAGTGAAAATGTTGAATGTGACAGCACCCACACCTCAACAG 1767
Query 1352 TTACAAGCCTTCAAAAATGAAGTAGGAGTACTCAGGAAAACACGACATGTGAATATCCTACTCTTCATGGGCTA 1425
.||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||.||.|||||||||||
Sbjct 1768 CTACAGGCCTTCAAAAATGAAGTAGGAGTGCTCAGGAAAACTCGACATGTGAATATCCTCCTTTTCATGGGCTA 1841
Query 1426 TTCCACAAAGCCACAACTGGCTATTGTTACCCAGTCGTGTGAAGGACTCCCAGCTTGTATCACCATCTCCATAT 1499
|||.|||||||||||||||||.||||||||.||||.||||| |||.|| |||||||.||||||||||||||.||
Sbjct 1842 TTCTACAAAGCCACAACTGGCAATTGTTACACAGTGGTGTG-AGGGCT-CCAGCTTATATCACCATCTCCACAT 1913
Query 1500 CATTGAGACCAAATTTGAGATGATCAAACTTATAGATATTGCACGACAGACTGCACAGGGCATGGATTACTTAC 1573
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1914 CATTGAGACCAAATTTGAGATGATCAAACTTATAGATATTGCTCGGCAGACTGCACAGGGCATGGATTACTTAC 1987
Query 1574 ACGCCAAGTCAATCATCCACAGAGACCTCAAGAGTAATAATATATTTCTTCATGAAGACCTCACAGTAAAAATA 1647
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
Sbjct 1988 ACGCCAAGTCAATCATCCACAGAGACCTCAAGAGTAATAATATATTTCTTCATGAAGACCTCACGGTAAAAATA 2061
Query 1648 GGTGATTTTGGTCTAGCTACAGTGAAATCTCGATGGAGTGGGTCCCATCAGTTTGAACAGTTGTCTGGATCCAT 1721
|||||.|||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct 2062 GGTGACTTTGGTCTAGCCACAGTGAAATCTCGGTGGAGTGGGTCCCATCAGTTTGAACAGTTGTCTGGATCTAT 2135
Query 1722 TTTGTGGATGGCACCAGAAGTCATCAGAATGCAAGATAAAAATCCATACAGCTTTCAGTCAGATGTATATGCAT 1795
|||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||.||.||||||||||||||.||.|||||.|
Sbjct 2136 TTTGTGGATGGCACCAGAAGTAATCAGAATGCAAGATAAAAACCCGTATAGCTTTCAGTCAGACGTGTATGCGT 2209
Query 1796 TTGGAATTGTTCTGTATGAATTGATGACTGGACAGTTACCTTATTCAAACATCAACAACAGGGACCAGATAATT 1869
||||.|||||||||||.|||.|||||||.||.|||.||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
Sbjct 2210 TTGGGATTGTTCTGTACGAACTGATGACCGGCCAGCTACCTTATTCAAACATCAACAACAGGGATCAGATAATT 2283
Query 1870 TTTATGGTGGGACGAGGATACCTGTCTCCAGATCTCAGTAAGGTACGGAGTAACTGTCCAAAAGCCATGAAGAG 1943
|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2284 TTTATGGTGGGACGAGGATACCTATCTCCAGATCTCAGTAAGGTACGGAGTAACTGTCCAAAAGCCATGAAGAG 2357
Query 1944 ATTAATGGCAGAGTGCCTCAAAAAGAAAAGAGATGAGAGACCACTCTTTCCCCAAATTCTCGCCTCTATTGAGC 2017
|||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct 2358 ATTAATGGCAGAGTGCCTCAAAAAGAAAAGAGACGAGAGACCACTCTTTCCCCAAATTCTCGCCTCCATTGAGC 2431
Query 2018 TGCTGGCCCGCTCATTGCCAAAAATTCACCGCAGTGCATCAGAACCCTCCTTGAATCGGGCTGGTTTCCAAACA 2091
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2432 TGCTGGCCCGCTCATTGCCAAAAATTCACCGCAGTGCATCAGAACCTTCCTTGAATCGGGCTGGTTTCCAAACA 2505
Query 2092 GAGGATTTTAGTCTATATGCTTGTGCTTCTCCAAAAACACCCATCCAGGCAGGGGGATATGGTGCGTTT----C 2161
||.|||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||.|..||| |
Sbjct 2506 GAAGATTTTAGTCTGTATGCTTGTGCTTCTCCGAAAACACCCATCCAAGCAGGGGGATATGGAGAATTTGCAGC 2579
Query 2162 CTGTCCAC 2169
|| ||.|.
Sbjct 2580 CT-TCAAG 2586