Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_14553
• Subject: XM_011241134.2
• Aligned Length: 2763
• Identities: 1994
• Gaps: 606

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGCGGGTGACGCCGTTGCCGCGGCGACTCCTCGTCGTCTCCGCCCCCTCCCCCCCCCAAATCCCCTCAGGCTC  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  GGCTGCGCCGGGGCCGCCGGCGGGTTCCAGAGGTGGCCTCCGCCCCGGCCGCTCCGCCCACGCCCCCCGCGCCT  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  CCGCGCCCGCCTCCGCCCGCCCTGCGCCTCCCTTCCCCCTCCCCGCCCCGCGGCGGCCGCTCGGCCCGGCTCGC  222

Query    1  ---------ATGGCGGCGCTGA------------------------------------------------GCGG  17
                     |||||||||||||                                                ||||
Sbjct  223  GCTTCGAAGATGGCGGCGCTGAGTGGCGGCGGTGGCAGCAGCAGCGGTGGCGGCGGCGGCGGTGGCGGCGGCGG  296

Query   18  TGGCGGT---------GGTGGCGGCGCGGAGCCGGGCCAGGCTCTGTTCAACGGGGACATGGAGCCCGAGGCCG  82
            |||||||         ||.||||||||.||||.||||||||||||||||||.||.|||||||||||.|||    
Sbjct  297  TGGCGGTGGCGACGGCGGCGGCGGCGCCGAGCAGGGCCAGGCTCTGTTCAATGGCGACATGGAGCCGGAG----  366

Query   83  GCGCCGGCGCCGGCGCCGCGGCCTCTTCGGCTGCGGACCCTGCCATTCCGGAGGAGGTGTGGAATATCAAACAA  156
              ||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||.|||||.|||||||||||.|||
Sbjct  367  --GCCGGCGCTGGCGCCGCGGCCTCTTCGGCTGCGGACCCGGCCATTCCTGAAGAGGTATGGAATATCAAGCAA  438

Query  157  ATGATTAAGTTGACACAGGAACATATAGAGGCCCTATTGGACAAATTTGGTGGGGAGCATAATCCACCATCAAT  230
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||
Sbjct  439  ATGATTAAGTTGACACAGGAACATATAGAGGCCCTATTGGACAAATTTGGTGGAGAGCATAACCCACCATCAAT  512

Query  231  ATATCTGGAGGCCTATGAAGAATACACCAGCAAGCTAGATGCACTCCAACAAAGAGAACAACAGTTATTGGAAT  304
            |||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||.||.|||||||||||.|||.|.|||||||
Sbjct  513  ATACCTGGAGGCCTATGAAGAGTACACCAGCAAGCTAGATGCCCTTCAGCAAAGAGAACAGCAGCTTTTGGAAT  586

Query  305  CTCTGGGGAACGGAACTGATTTTTCTGTTTCTAGCTCTGCATCAATGGATACCGTTACATCTTCTTCCTCTTCT  378
            |.|||||.||.|||.|.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||.|||||||||
Sbjct  587  CCCTGGGTAATGGAGCAGATTTTTCTGTTTCTAGCTCTGCATCAATGGACACCGTTACATCCTCCTCCTCTTCT  660

Query  379  AGCCTTTCAGTGCTACCTTCATCTCTTTCAGTTTTTCAAAATCCCACAGATGTGGCACGGAGCAACCCCAAGTC  452
            |||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||.|||||||||||...||||||.||||||||||||
Sbjct  661  AGCCTTTCAGTGCTACCATCATCTCTTTCAGTTTTTCAAACTCCCACAGATGCATCACGGAACAACCCCAAGTC  734

Query  453  ACCACAAAAACCTATCGTTAGAGTCTTCCTGCCCAACAAACAGAGGACAGTGGTACCTGCAAGGTGTGGAGTTA  526
            ||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.||||
Sbjct  735  ACCACAGAAACCTATCGTTAGAGTCTTCCTGCCCAACAAACAGAGGACAGTGGTACCCGCAAGATGTGGTGTTA  808

Query  527  CAGTCCGAGACAGTCTAAAGAAAGCACTGATGATGAGAGGTCTAATCCCAGAGTGCTGTGCTGTTTACAGAATT  600
            ||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct  809  CAGTTCGAGACAGTCTAAAGAAAGCACTGATGATGAGAGGTCTCATCCCAGAATGCTGTGCTGTTTACAGAATT  882

Query  601  CATGATGGGTCT----------------------------------------------TTTCTGGAGCTGA---  625
            ||.|||||||.|                                              ||.||||||..||   
Sbjct  883  CAGGATGGGTATGGTTTAGAGAAGAAACCAATTGGCTGGGACACGGACATTTCCTGGCTTACTGGAGAGGAGTT  956

Query  626  ----CTTGAAGAA---AAGAGT----------------ACATCT------------CTTT----ACC-------  653
                .||||||.|   .|||.|                |||.||            ||||    |||       
Sbjct  957  ACATGTTGAAGTACTGGAGAATGTCCCACTTACAACACACAACTTTGTACGGAAAACTTTTTTCACCTTAGCAT  1030

Query  654  --------------------CTGCTGT-------------TTGTCCAAGA----GTGATACATTT--------A  682
                                |||||.|             |||||.||.|    ||.|||.||||        .
Sbjct 1031  TTTGTGACTTTTGCCGAAAGCTGCTTTTCCAGGGTTTCCGTTGTCAAACATGTGGTTATAAATTTCACCAGCGT  1104

Query  683  TTTGGGAGAGAAGTTCCACTGATGTGTGTTAATTATGACCAACTTGATTTGCTGTTTGTCTCCAAGTTCTTTGA  756
            |.|.|.|.|||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1105  TGTAGTACAGAGGTTCCACTGATGTGTGTAAATTATGACCAACTTGATTTGCTGTTTGTCTCCAAGTTCTTTGA  1178

Query  757  ACACCACCCAATACCACAGGAAGAGGCGTCCTTAGCAGAGACTGCCCTAACATCTGGATCATCCCCTTCCGCAC  830
            .||.||||||.||||||||||.|||||.|||||..|||||||||||||..|||||||   ||||.|||||||||
Sbjct 1179  GCATCACCCAGTACCACAGGAGGAGGCCTCCTTCCCAGAGACTGCCCTTCCATCTGG---ATCCTCTTCCGCAC  1249

Query  831  CCGCCTCGGACTCTATTGGGCCCCAAATTCTCACCAGTCCGTCTCCTTCAAAATCCATTCCAATTCCACAGCCC  904
            ||.||||.|||||||.||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1250  CCCCCTCAGACTCTACTGGGCCCCAAATCCTCACCAGTCCATCTCCTTCAAAATCCATTCCAATTCCACAGCCC  1323

Query  905  TTCCGACCAGCAGATGAAGATCATCGAAATCAATTTGGGCAACGAGACCGATCCTCATCAGCTCCCAATGTGCA  978
            ||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.||
Sbjct 1324  TTCCGACCAGCAGATGAAGATCATCGCAATCAGTTTGGGCAACGAGACCGGTCCTCCTCAGCTCCCAATGTTCA  1397

Query  979  TATAAACACAATAGAACCTGTCAATATTGAT------------------------------------GACTTGA  1016
            ||||||||||||.||.|||||.|||||.|||                                    ||.||||
Sbjct 1398  TATAAACACAATTGAGCCTGTGAATATCGATGAAAAATTCCCAGAAGTGGAATTACAGGATCAAAGGGATTTGA  1471

Query 1017  TTAGAGACCAAGGATTTCGTGGTGATG-----------------------------------------------  1043
            ||||||||||.||.|||||||||||||                                               
Sbjct 1472  TTAGAGACCAGGGGTTTCGTGGTGATGGAGCCCCCTTGAACCAACTGATGCGCTGTCTTCGGAAATACCAATCC  1545

Query 1044  -------------------------------------------------------------------------G  1044
                                                                                     |
Sbjct 1546  CGGACTCCCAGCCCCCTCCTCCATTCTGTCCCCAGTGAAATAGTGTTTGATTTTGAGCCTGGCCCAGTGTTCAG  1619

Query 1045  AGGATCAACCACAGGTTTGTCTGCTACCCCCCCTGCCTCATTACCTGGCTCACTAACTAACGTGAAAGCCTTAC  1118
            |||.|||||||||||.|||||.||.|||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
Sbjct 1620  AGGGTCAACCACAGGCTTGTCCGCCACCCCGCCTGCCTCATTACCTGGCTCACTCACTAACGTGAAAGCCTTAC  1693

Query 1119  AGAAATCTCCAGGACCTCAGCGAGAAAGGAAGTCATCT------TCATCCTCAGAAGACAGGAATCGAATGAAA  1186
            |||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||      ||||||||.||.|||||.|.|||.||||||
Sbjct 1694  AGAAATCTCCAGGTCCTCAGCGGGAAAGGAAGTCATCTTCTTCCTCATCCTCGGAGGACAGAAGTCGGATGAAA  1767

Query 1187  ACACTTGGTAGACGGGACTCGAGTGATGATTGGGAGATTCCTGATGGGCAGATTACAGTGGGACAAAGAATTGG  1260
            ||||||||||||.|.||.||.||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||
Sbjct 1768  ACACTTGGTAGAAGAGATTCAAGTGATGACTGGGAGATTCCTGATGGACAGATTACAGTGGGACAGAGAATTGG  1841

Query 1261  ATCTGGATCATTTGGAACAGTCTACAAGGGAAAGTGGCATGGTGATGTGGCAGTGAAAATGTTGAATGTGACAG  1334
            ||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1842  ATCTGGGTCATTTGGAACTGTCTACAAGGGAAAGTGGCATGGTGATGTGGCAGTGAAAATGTTGAATGTGACAG  1915

Query 1335  CACCTACACCTCAGCAGTTACAAGCCTTCAAAAATGAAGTAGGAGTACTCAGGAAAACACGACATGTGAATATC  1408
            ||||.||||||||.|||.||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||
Sbjct 1916  CACCCACACCTCAACAGCTACAGGCCTTCAAAAATGAAGTAGGAGTGCTCAGGAAAACTCGACATGTGAATATC  1989

Query 1409  CTACTCTTCATGGGCTATTCCACAAAGCCACAACTGGCTATTGTTACCCAGTCGTGTGAAGGACTCCCAGCTTG  1482
            ||.||.||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||.||||.||||| |||.|| |||||||.
Sbjct 1990  CTCCTTTTCATGGGCTATTCTACAAAGCCACAACTGGCAATTGTTACACAGTGGTGTG-AGGGCT-CCAGCTTA  2061

Query 1483  TATCACCATCTCCATATCATTGAGACCAAATTTGAGATGATCAAACTTATAGATATTGCACGACAGACTGCACA  1556
            ||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||
Sbjct 2062  TATCACCATCTCCACATCATTGAGACCAAATTTGAGATGATCAAACTTATAGATATTGCTCGGCAGACTGCACA  2135

Query 1557  GGGCATGGATTACTTACACGCCAAGTCAATCATCCACAGAGACCTCAAGAGTAATAATATATTTCTTCATGAAG  1630
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2136  GGGCATGGATTACTTACACGCCAAGTCAATCATCCACAGAGACCTCAAGAGTAATAATATATTTCTTCATGAAG  2209

Query 1631  ACCTCACAGTAAAAATAGGTGATTTTGGTCTAGCTACAGTGAAATCTCGATGGAGTGGGTCCCATCAGTTTGAA  1704
            |||||||.||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2210  ACCTCACGGTAAAAATAGGTGACTTTGGTCTAGCCACAGTGAAATCTCGGTGGAGTGGGTCCCATCAGTTTGAA  2283

Query 1705  CAGTTGTCTGGATCCATTTTGTGGATGGCACCAGAAGTCATCAGAATGCAAGATAAAAATCCATACAGCTTTCA  1778
            ||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||.||.||||||||
Sbjct 2284  CAGTTGTCTGGATCTATTTTGTGGATGGCACCAGAAGTAATCAGAATGCAAGATAAAAACCCGTATAGCTTTCA  2357

Query 1779  GTCAGATGTATATGCATTTGGAATTGTTCTGTATGAATTGATGACTGGACAGTTACCTTATTCAAACATCAACA  1852
            ||||||.||.|||||.|||||.|||||||||||.|||.|||||||.||.|||.|||||||||||||||||||||
Sbjct 2358  GTCAGACGTGTATGCGTTTGGGATTGTTCTGTACGAACTGATGACCGGCCAGCTACCTTATTCAAACATCAACA  2431

Query 1853  ACAGGGACCAGATAATTTTTATGGTGGGACGAGGATACCTGTCTCCAGATCTCAGTAAGGTACGGAGTAACTGT  1926
            |||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2432  ACAGGGATCAGATAATTTTTATGGTGGGACGAGGATACCTATCTCCAGATCTCAGTAAGGTACGGAGTAACTGT  2505

Query 1927  CCAAAAGCCATGAAGAGATTAATGGCAGAGTGCCTCAAAAAGAAAAGAGATGAGAGACCACTCTTTCCCCAAAT  2000
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct 2506  CCAAAAGCCATGAAGAGATTAATGGCAGAGTGCCTCAAAAAGAAAAGAGACGAGAGACCACTCTTTCCCCAAAT  2579

Query 2001  TCTCGCCTCTATTGAGCTGCTGGCCCGCTCATTGCCAAAAATTCACCGCAGTGCATCAGAACCCTCCTTGAATC  2074
            |||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||
Sbjct 2580  TCTCGCCTCCATTGAGCTGCTGGCCCGCTCATTGCCAAAAATTCACCGCAGTGCATCAGAACCTTCCTTGAATC  2653

Query 2075  GGGCTGGTTTCCAAACAGAGGATTTTAGTCTATATGCTTGTGCTTCTCCAAAAACACCCATCCAGGCAGGGGGA  2148
            |||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||
Sbjct 2654  GGGCTGGTTTCCAAACAGAAGATTTTAGTCTGTATGCTTGTGCTTCTCCGAAAACACCCATCCAAGCAGGGGGA  2727

Query 2149  TATGGTGCGTTT----CCTGTCCAC  2169
            |||||.|..|||    ||| ||.|.
Sbjct 2728  TATGGAGAATTTGCAGCCT-TCAAG  2751