Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_14553
• Subject: XM_011241136.2
• Aligned Length: 2532
• Identities: 1903
• Gaps: 474

Alignment

Query    1  ATGGCGGCGCTGA------------------------------------------------GCGGTGGCGGT--  24
            |||||||||||||                                                |||||||||||  
Sbjct    1  ATGGCGGCGCTGAGTGGCGGCGGTGGCAGCAGCAGCGGTGGCGGCGGCGGCGGTGGCGGCGGCGGTGGCGGTGG  74

Query   25  -------GGTGGCGGCGCGGAGCCGGGCCAGGCTCTGTTCAACGGGGACATGGAGCCCGAGGCCGGCGCCGGCG  91
                   ||.||||||||.||||.||||||||||||||||||.||.|||||||||||.|||      |||||||
Sbjct   75  CGACGGCGGCGGCGGCGCCGAGCAGGGCCAGGCTCTGTTCAATGGCGACATGGAGCCGGAG------GCCGGCG  142

Query   92  CCGGCGCCGCGGCCTCTTCGGCTGCGGACCCTGCCATTCCGGAGGAGGTGTGGAATATCAAACAAATGATTAAG  165
            |.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||.|||||.|||||||||||.||||||||||||
Sbjct  143  CTGGCGCCGCGGCCTCTTCGGCTGCGGACCCGGCCATTCCTGAAGAGGTATGGAATATCAAGCAAATGATTAAG  216

Query  166  TTGACACAGGAACATATAGAGGCCCTATTGGACAAATTTGGTGGGGAGCATAATCCACCATCAATATATCTGGA  239
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||.|||||
Sbjct  217  TTGACACAGGAACATATAGAGGCCCTATTGGACAAATTTGGTGGAGAGCATAACCCACCATCAATATACCTGGA  290

Query  240  GGCCTATGAAGAATACACCAGCAAGCTAGATGCACTCCAACAAAGAGAACAACAGTTATTGGAATCTCTGGGGA  313
            ||||||||||||.||||||||||||||||||||.||.||.|||||||||||.|||.|.||||||||.|||    
Sbjct  291  GGCCTATGAAGAGTACACCAGCAAGCTAGATGCCCTTCAGCAAAGAGAACAGCAGCTTTTGGAATCCCTG----  360

Query  314  ACGGAACTGATTTTTCTGTTTCTAGCTCTGCATCAATGGATACCGTTACATCTTCTTCCTCTTCTAGCCTTTCA  387
                                                                                      
Sbjct  361  --------------------------------------------------------------------------  360

Query  388  GTGCTACCTTCATCTCTTTCAGTTTTTCAAAATCCCACAGATGTGGCACGGAGCAACCCCAAGTCACCACAAAA  461
                                 ||||||||||.|||||||||||...||||||.||||||||||||||||||.||
Sbjct  361  ---------------------GTTTTTCAAACTCCCACAGATGCATCACGGAACAACCCCAAGTCACCACAGAA  413

Query  462  ACCTATCGTTAGAGTCTTCCTGCCCAACAAACAGAGGACAGTGGTACCTGCAAGGTGTGGAGTTACAGTCCGAG  535
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.||||||||.||||
Sbjct  414  ACCTATCGTTAGAGTCTTCCTGCCCAACAAACAGAGGACAGTGGTACCCGCAAGATGTGGTGTTACAGTTCGAG  487

Query  536  ACAGTCTAAAGAAAGCACTGATGATGAGAGGTCTAATCCCAGAGTGCTGTGCTGTTTACAGAATTCATGATGGG  609
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||
Sbjct  488  ACAGTCTAAAGAAAGCACTGATGATGAGAGGTCTCATCCCAGAATGCTGTGCTGTTTACAGAATTCAGGATGGG  561

Query  610  TCT----------------------------------------------TTTCTGGAGCTGA-------CTTGA  630
            |.|                                              ||.||||||..||       .||||
Sbjct  562  TATGGTTTAGAGAAGAAACCAATTGGCTGGGACACGGACATTTCCTGGCTTACTGGAGAGGAGTTACATGTTGA  635

Query  631  AGAA---AAGAGT----------------ACATCT------------CTTT----ACC----------------  653
            ||.|   .|||.|                |||.||            ||||    |||                
Sbjct  636  AGTACTGGAGAATGTCCCACTTACAACACACAACTTTGTACGGAAAACTTTTTTCACCTTAGCATTTTGTGACT  709

Query  654  -----------CTGCTGT-------------TTGTCCAAGA----GTGATACATTT--------ATTTGGGAGA  691
                       |||||.|             |||||.||.|    ||.|||.||||        .|.|.|.|.|
Sbjct  710  TTTGCCGAAAGCTGCTTTTCCAGGGTTTCCGTTGTCAAACATGTGGTTATAAATTTCACCAGCGTTGTAGTACA  783

Query  692  GAAGTTCCACTGATGTGTGTTAATTATGACCAACTTGATTTGCTGTTTGTCTCCAAGTTCTTTGAACACCACCC  765
            ||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||
Sbjct  784  GAGGTTCCACTGATGTGTGTAAATTATGACCAACTTGATTTGCTGTTTGTCTCCAAGTTCTTTGAGCATCACCC  857

Query  766  AATACCACAGGAAGAGGCGTCCTTAGCAGAGACTGCCCTAACATCTGGATCATCCCCTTCCGCACCCGCCTCGG  839
            |.||||||||||.|||||.|||||..|||||||||||||..|||||||   ||||.|||||||||||.||||.|
Sbjct  858  AGTACCACAGGAGGAGGCCTCCTTCCCAGAGACTGCCCTTCCATCTGG---ATCCTCTTCCGCACCCCCCTCAG  928

Query  840  ACTCTATTGGGCCCCAAATTCTCACCAGTCCGTCTCCTTCAAAATCCATTCCAATTCCACAGCCCTTCCGACCA  913
            ||||||.||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  929  ACTCTACTGGGCCCCAAATCCTCACCAGTCCATCTCCTTCAAAATCCATTCCAATTCCACAGCCCTTCCGACCA  1002

Query  914  GCAGATGAAGATCATCGAAATCAATTTGGGCAACGAGACCGATCCTCATCAGCTCCCAATGTGCATATAAACAC  987
            |||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct 1003  GCAGATGAAGATCATCGCAATCAGTTTGGGCAACGAGACCGGTCCTCCTCAGCTCCCAATGTTCATATAAACAC  1076

Query  988  AATAGAACCTGTCAATATTGAT------------------------------------GACTTGATTAGAGACC  1025
            |||.||.|||||.|||||.|||                                    ||.|||||||||||||
Sbjct 1077  AATTGAGCCTGTGAATATCGATGAAAAATTCCCAGAAGTGGAATTACAGGATCAAAGGGATTTGATTAGAGACC  1150

Query 1026  AAGGATTTCGTGGTGATG--------------------------------------------------------  1043
            |.||.|||||||||||||                                                        
Sbjct 1151  AGGGGTTTCGTGGTGATGGAGCCCCCTTGAACCAACTGATGCGCTGTCTTCGGAAATACCAATCCCGGACTCCC  1224

Query 1044  ----------------------------------------------------------------GAGGATCAAC  1053
                                                                            ||||.|||||
Sbjct 1225  AGCCCCCTCCTCCATTCTGTCCCCAGTGAAATAGTGTTTGATTTTGAGCCTGGCCCAGTGTTCAGAGGGTCAAC  1298

Query 1054  CACAGGTTTGTCTGCTACCCCCCCTGCCTCATTACCTGGCTCACTAACTAACGTGAAAGCCTTACAGAAATCTC  1127
            ||||||.|||||.||.|||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1299  CACAGGCTTGTCCGCCACCCCGCCTGCCTCATTACCTGGCTCACTCACTAACGTGAAAGCCTTACAGAAATCTC  1372

Query 1128  CAGGACCTCAGCGAGAAAGGAAGTCATCT------TCATCCTCAGAAGACAGGAATCGAATGAAAACACTTGGT  1195
            ||||.||||||||.|||||||||||||||      ||||||||.||.|||||.|.|||.|||||||||||||||
Sbjct 1373  CAGGTCCTCAGCGGGAAAGGAAGTCATCTTCTTCCTCATCCTCGGAGGACAGAAGTCGGATGAAAACACTTGGT  1446

Query 1196  AGACGGGACTCGAGTGATGATTGGGAGATTCCTGATGGGCAGATTACAGTGGGACAAAGAATTGGATCTGGATC  1269
            |||.|.||.||.||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.||
Sbjct 1447  AGAAGAGATTCAAGTGATGACTGGGAGATTCCTGATGGACAGATTACAGTGGGACAGAGAATTGGATCTGGGTC  1520

Query 1270  ATTTGGAACAGTCTACAAGGGAAAGTGGCATGGTGATGTGGCAGTGAAAATGTTGAATGTGACAGCACCTACAC  1343
            |||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct 1521  ATTTGGAACTGTCTACAAGGGAAAGTGGCATGGTGATGTGGCAGTGAAAATGTTGAATGTGACAGCACCCACAC  1594

Query 1344  CTCAGCAGTTACAAGCCTTCAAAAATGAAGTAGGAGTACTCAGGAAAACACGACATGTGAATATCCTACTCTTC  1417
            ||||.|||.||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||.||.|||
Sbjct 1595  CTCAACAGCTACAGGCCTTCAAAAATGAAGTAGGAGTGCTCAGGAAAACTCGACATGTGAATATCCTCCTTTTC  1668

Query 1418  ATGGGCTATTCCACAAAGCCACAACTGGCTATTGTTACCCAGTCGTGTGAAGGACTCCCAGCTTGTATCACCAT  1491
            |||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||.||||.||||| |||.|| |||||||.|||||||||
Sbjct 1669  ATGGGCTATTCTACAAAGCCACAACTGGCAATTGTTACACAGTGGTGTG-AGGGCT-CCAGCTTATATCACCAT  1740

Query 1492  CTCCATATCATTGAGACCAAATTTGAGATGATCAAACTTATAGATATTGCACGACAGACTGCACAGGGCATGGA  1565
            |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||
Sbjct 1741  CTCCACATCATTGAGACCAAATTTGAGATGATCAAACTTATAGATATTGCTCGGCAGACTGCACAGGGCATGGA  1814

Query 1566  TTACTTACACGCCAAGTCAATCATCCACAGAGACCTCAAGAGTAATAATATATTTCTTCATGAAGACCTCACAG  1639
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 1815  TTACTTACACGCCAAGTCAATCATCCACAGAGACCTCAAGAGTAATAATATATTTCTTCATGAAGACCTCACGG  1888

Query 1640  TAAAAATAGGTGATTTTGGTCTAGCTACAGTGAAATCTCGATGGAGTGGGTCCCATCAGTTTGAACAGTTGTCT  1713
            |||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1889  TAAAAATAGGTGACTTTGGTCTAGCCACAGTGAAATCTCGGTGGAGTGGGTCCCATCAGTTTGAACAGTTGTCT  1962

Query 1714  GGATCCATTTTGTGGATGGCACCAGAAGTCATCAGAATGCAAGATAAAAATCCATACAGCTTTCAGTCAGATGT  1787
            |||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||.||.||||||||||||||.||
Sbjct 1963  GGATCTATTTTGTGGATGGCACCAGAAGTAATCAGAATGCAAGATAAAAACCCGTATAGCTTTCAGTCAGACGT  2036

Query 1788  ATATGCATTTGGAATTGTTCTGTATGAATTGATGACTGGACAGTTACCTTATTCAAACATCAACAACAGGGACC  1861
            .|||||.|||||.|||||||||||.|||.|||||||.||.|||.||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 2037  GTATGCGTTTGGGATTGTTCTGTACGAACTGATGACCGGCCAGCTACCTTATTCAAACATCAACAACAGGGATC  2110

Query 1862  AGATAATTTTTATGGTGGGACGAGGATACCTGTCTCCAGATCTCAGTAAGGTACGGAGTAACTGTCCAAAAGCC  1935
            |||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2111  AGATAATTTTTATGGTGGGACGAGGATACCTATCTCCAGATCTCAGTAAGGTACGGAGTAACTGTCCAAAAGCC  2184

Query 1936  ATGAAGAGATTAATGGCAGAGTGCCTCAAAAAGAAAAGAGATGAGAGACCACTCTTTCCCCAAATTCTCGCCTC  2009
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2185  ATGAAGAGATTAATGGCAGAGTGCCTCAAAAAGAAAAGAGACGAGAGACCACTCTTTCCCCAAATTCTCGCCTC  2258

Query 2010  TATTGAGCTGCTGGCCCGCTCATTGCCAAAAATTCACCGCAGTGCATCAGAACCCTCCTTGAATCGGGCTGGTT  2083
            .|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
Sbjct 2259  CATTGAGCTGCTGGCCCGCTCATTGCCAAAAATTCACCGCAGTGCATCAGAACCTTCCTTGAATCGGGCTGGTT  2332

Query 2084  TCCAAACAGAGGATTTTAGTCTATATGCTTGTGCTTCTCCAAAAACACCCATCCAGGCAGGGGGATATGGTGCG  2157
            ||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||.|..
Sbjct 2333  TCCAAACAGAAGATTTTAGTCTGTATGCTTGTGCTTCTCCGAAAACACCCATCCAAGCAGGGGGATATGGAGAA  2406

Query 2158  TTT----CCTGTCCAC  2169
            |||    ||| ||.|.
Sbjct 2407  TTTGCAGCCT-TCAAG  2421