Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_14553
• Subject: XM_011241139.2
• Aligned Length: 2607
• Identities: 1994
• Gaps: 450

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGCGGGTGACGCCGTTGCCGCGGCGACTCCTCGTCGTCTCCGCCCCCTCCCCCCCCCAAATCCCCTCAGGCTC  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  GGCTGCGCCGGGGCCGCCGGCGGGTTCCAGAGGTGGCCTCCGCCCCGGCCGCTCCGCCCACGCCCCCCGCGCCT  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  CCGCGCCCGCCTCCGCCCGCCCTGCGCCTCCCTTCCCCCTCCCCGCCCCGCGGCGGCCGCTCGGCCCGGCTCGC  222

Query    1  ---------ATGGCGGCGCTGA------------------------------------------------GCGG  17
                     |||||||||||||                                                ||||
Sbjct  223  GCTTCGAAGATGGCGGCGCTGAGTGGCGGCGGTGGCAGCAGCAGCGGTGGCGGCGGCGGCGGTGGCGGCGGCGG  296

Query   18  TGGCGGT---------GGTGGCGGCGCGGAGCCGGGCCAGGCTCTGTTCAACGGGGACATGGAGCCCGAGGCCG  82
            |||||||         ||.||||||||.||||.||||||||||||||||||.||.|||||||||||.|||    
Sbjct  297  TGGCGGTGGCGACGGCGGCGGCGGCGCCGAGCAGGGCCAGGCTCTGTTCAATGGCGACATGGAGCCGGAG----  366

Query   83  GCGCCGGCGCCGGCGCCGCGGCCTCTTCGGCTGCGGACCCTGCCATTCCGGAGGAGGTGTGGAATATCAAACAA  156
              ||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||.|||||.|||||||||||.|||
Sbjct  367  --GCCGGCGCTGGCGCCGCGGCCTCTTCGGCTGCGGACCCGGCCATTCCTGAAGAGGTATGGAATATCAAGCAA  438

Query  157  ATGATTAAGTTGACACAGGAACATATAGAGGCCCTATTGGACAAATTTGGTGGGGAGCATAATCCACCATCAAT  230
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||
Sbjct  439  ATGATTAAGTTGACACAGGAACATATAGAGGCCCTATTGGACAAATTTGGTGGAGAGCATAACCCACCATCAAT  512

Query  231  ATATCTGGAGGCCTATGAAGAATACACCAGCAAGCTAGATGCACTCCAACAAAGAGAACAACAGTTATTGGAAT  304
            |||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||.||.|||||||||||.|||.|.|||||||
Sbjct  513  ATACCTGGAGGCCTATGAAGAGTACACCAGCAAGCTAGATGCCCTTCAGCAAAGAGAACAGCAGCTTTTGGAAT  586

Query  305  CTCTGGGGAACGGAACTGATTTTTCTGTTTCTAGCTCTGCATCAATGGATACCGTTACATCTTCTTCCTCTTCT  378
            |.|||||.||.|||.|.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||.|||||||||
Sbjct  587  CCCTGGGTAATGGAGCAGATTTTTCTGTTTCTAGCTCTGCATCAATGGACACCGTTACATCCTCCTCCTCTTCT  660

Query  379  AGCCTTTCAGTGCTACCTTCATCTCTTTCAGTTTTTCAAAATCCCACAGATGTGGCACGGAGCAACCCCAAGTC  452
            |||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||.|||||||||||...||||||.||||||||||||
Sbjct  661  AGCCTTTCAGTGCTACCATCATCTCTTTCAGTTTTTCAAACTCCCACAGATGCATCACGGAACAACCCCAAGTC  734

Query  453  ACCACAAAAACCTATCGTTAGAGTCTTCCTGCCCAACAAACAGAGGACAGTGGTACCTGCAAGGTGTGGAGTTA  526
            ||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.||||
Sbjct  735  ACCACAGAAACCTATCGTTAGAGTCTTCCTGCCCAACAAACAGAGGACAGTGGTACCCGCAAGATGTGGTGTTA  808

Query  527  CAGTCCGAGACAGTCTAAAGAAAGCACTGATGATGAGAGGTCTAATCCCAGAGTGCTGTGCTGTTTACAGAATT  600
            ||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct  809  CAGTTCGAGACAGTCTAAAGAAAGCACTGATGATGAGAGGTCTCATCCCAGAATGCTGTGCTGTTTACAGAATT  882

Query  601  CATGATGGGTCT----------------------------------------------TTTCTGGAGCTGA---  625
            ||.|||||||.|                                              ||.||||||..||   
Sbjct  883  CAGGATGGGTATGGTTTAGAGAAGAAACCAATTGGCTGGGACACGGACATTTCCTGGCTTACTGGAGAGGAGTT  956

Query  626  ----CTTGAAGAA---AAGAGT----------------ACATCT------------CTTT----ACC-------  653
                .||||||.|   .|||.|                |||.||            ||||    |||       
Sbjct  957  ACATGTTGAAGTACTGGAGAATGTCCCACTTACAACACACAACTTTGTACGGAAAACTTTTTTCACCTTAGCAT  1030

Query  654  --------------------CTGCTGT-------------TTGTCCAAGA----GTGATACATTT--------A  682
                                |||||.|             |||||.||.|    ||.|||.||||        .
Sbjct 1031  TTTGTGACTTTTGCCGAAAGCTGCTTTTCCAGGGTTTCCGTTGTCAAACATGTGGTTATAAATTTCACCAGCGT  1104

Query  683  TTTGGGAGAGAAGTTCCACTGATGTGTGTTAATTATGACCAACTTGATTTGCTGTTTGTCTCCAAGTTCTTTGA  756
            |.|.|.|.|||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1105  TGTAGTACAGAGGTTCCACTGATGTGTGTAAATTATGACCAACTTGATTTGCTGTTTGTCTCCAAGTTCTTTGA  1178

Query  757  ACACCACCCAATACCACAGGAAGAGGCGTCCTTAGCAGAGACTGCCCTAACATCTGGATCATCCCCTTCCGCAC  830
            .||.||||||.||||||||||.|||||.|||||..|||||||||||||..|||||||   ||||.|||||||||
Sbjct 1179  GCATCACCCAGTACCACAGGAGGAGGCCTCCTTCCCAGAGACTGCCCTTCCATCTGG---ATCCTCTTCCGCAC  1249

Query  831  CCGCCTCGGACTCTATTGGGCCCCAAATTCTCACCAGTCCGTCTCCTTCAAAATCCATTCCAATTCCACAGCCC  904
            ||.||||.|||||||.||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1250  CCCCCTCAGACTCTACTGGGCCCCAAATCCTCACCAGTCCATCTCCTTCAAAATCCATTCCAATTCCACAGCCC  1323

Query  905  TTCCGACCAGCAGATGAAGATCATCGAAATCAATTTGGGCAACGAGACCGATCCTCATCAGCTCCCAATGTGCA  978
            ||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.||
Sbjct 1324  TTCCGACCAGCAGATGAAGATCATCGCAATCAGTTTGGGCAACGAGACCGGTCCTCCTCAGCTCCCAATGTTCA  1397

Query  979  TATAAACACAATAGAACCTGTCAATATTGATGACTTGATTAGAGACCAAGGATTTCGTGGTGATGGAGGATCAA  1052
            ||||||||||||.||.|||||.|||||.|||||.||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.||||
Sbjct 1398  TATAAACACAATTGAGCCTGTGAATATCGATGATTTGATTAGAGACCAGGGGTTTCGTGGTGATGGAGGGTCAA  1471

Query 1053  CCACAGGTTTGTCTGCTACCCCCCCTGCCTCATTACCTGGCTCACTAACTAACGTGAAAGCCTTACAGAAATCT  1126
            |||||||.|||||.||.|||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1472  CCACAGGCTTGTCCGCCACCCCGCCTGCCTCATTACCTGGCTCACTCACTAACGTGAAAGCCTTACAGAAATCT  1545

Query 1127  CCAGGACCTCAGCGAGAAAGGAAGTCATCT------TCATCCTCAGAAGACAGGAATCGAATGAAAACACTTGG  1194
            |||||.||||||||.|||||||||||||||      ||||||||.||.|||||.|.|||.||||||||||||||
Sbjct 1546  CCAGGTCCTCAGCGGGAAAGGAAGTCATCTTCTTCCTCATCCTCGGAGGACAGAAGTCGGATGAAAACACTTGG  1619

Query 1195  TAGACGGGACTCGAGTGATGATTGGGAGATTCCTGATGGGCAGATTACAGTGGGACAAAGAATTGGATCTGGAT  1268
            ||||.|.||.||.||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.|
Sbjct 1620  TAGAAGAGATTCAAGTGATGACTGGGAGATTCCTGATGGACAGATTACAGTGGGACAGAGAATTGGATCTGGGT  1693

Query 1269  CATTTGGAACAGTCTACAAGGGAAAGTGGCATGGTGATGTGGCAGTGAAAATGTTGAATGTGACAGCACCTACA  1342
            ||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct 1694  CATTTGGAACTGTCTACAAGGGAAAGTGGCATGGTGATGTGGCAGTGAAAATGTTGAATGTGACAGCACCCACA  1767

Query 1343  CCTCAGCAGTTACAAGCCTTCAAAAATGAAGTAGGAGTACTCAGGAAAACACGACATGTGAATATCCTACTCTT  1416
            |||||.|||.||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||.||.||
Sbjct 1768  CCTCAACAGCTACAGGCCTTCAAAAATGAAGTAGGAGTGCTCAGGAAAACTCGACATGTGAATATCCTCCTTTT  1841

Query 1417  CATGGGCTATTCCACAAAGCCACAACTGGCTATTGTTACCCAGTCGTGTGAAGGACTCCCAGCTTGTATCACCA  1490
            ||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||.||||.||||| |||.|| |||||||.||||||||
Sbjct 1842  CATGGGCTATTCTACAAAGCCACAACTGGCAATTGTTACACAGTGGTGTG-AGGGCT-CCAGCTTATATCACCA  1913

Query 1491  TCTCCATATCATTGAGACCAAATTTGAGATGATCAAACTTATAGATATTGCACGACAGACTGCACAGGGCATGG  1564
            ||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||
Sbjct 1914  TCTCCACATCATTGAGACCAAATTTGAGATGATCAAACTTATAGATATTGCTCGGCAGACTGCACAGGGCATGG  1987

Query 1565  ATTACTTACACGCCAAGTCAATCATCCACAGAGACCTCAAGAGTAATAATATATTTCTTCATGAAGACCTCACA  1638
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct 1988  ATTACTTACACGCCAAGTCAATCATCCACAGAGACCTCAAGAGTAATAATATATTTCTTCATGAAGACCTCACG  2061

Query 1639  GTAAAAATAGGTGATTTTGGTCTAGCTACAGTGAAATCTCGATGGAGTGGGTCCCATCAGTTTGAACAGTTGTC  1712
            ||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2062  GTAAAAATAGGTGACTTTGGTCTAGCCACAGTGAAATCTCGGTGGAGTGGGTCCCATCAGTTTGAACAGTTGTC  2135

Query 1713  TGGATCCATTTTGTGGATGGCACCAGAAGTCATCAGAATGCAAGATAAAAATCCATACAGCTTTCAGTCAGATG  1786
            ||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||.||.||||||||||||||.|
Sbjct 2136  TGGATCTATTTTGTGGATGGCACCAGAAGTAATCAGAATGCAAGATAAAAACCCGTATAGCTTTCAGTCAGACG  2209

Query 1787  TATATGCATTTGGAATTGTTCTGTATGAATTGATGACTGGACAGTTACCTTATTCAAACATCAACAACAGGGAC  1860
            |.|||||.|||||.|||||||||||.|||.|||||||.||.|||.||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct 2210  TGTATGCGTTTGGGATTGTTCTGTACGAACTGATGACCGGCCAGCTACCTTATTCAAACATCAACAACAGGGAT  2283

Query 1861  CAGATAATTTTTATGGTGGGACGAGGATACCTGTCTCCAGATCTCAGTAAGGTACGGAGTAACTGTCCAAAAGC  1934
            ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2284  CAGATAATTTTTATGGTGGGACGAGGATACCTATCTCCAGATCTCAGTAAGGTACGGAGTAACTGTCCAAAAGC  2357

Query 1935  CATGAAGAGATTAATGGCAGAGTGCCTCAAAAAGAAAAGAGATGAGAGACCACTCTTTCCCCAAATTCTCGCCT  2008
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2358  CATGAAGAGATTAATGGCAGAGTGCCTCAAAAAGAAAAGAGACGAGAGACCACTCTTTCCCCAAATTCTCGCCT  2431

Query 2009  CTATTGAGCTGCTGGCCCGCTCATTGCCAAAAATTCACCGCAGTGCATCAGAACCCTCCTTGAATCGGGCTGGT  2082
            |.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct 2432  CCATTGAGCTGCTGGCCCGCTCATTGCCAAAAATTCACCGCAGTGCATCAGAACCTTCCTTGAATCGGGCTGGT  2505

Query 2083  TTCCAAACAGAGGATTTTAGTCTATATGCTTGTGCTTCTCCAAAAACACCCATCCAGGCAGGGGGATATGGTGC  2156
            |||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||.|.
Sbjct 2506  TTCCAAACAGAAGATTTTAGTCTGTATGCTTGTGCTTCTCCGAAAACACCCATCCAAGCAGGGGGATATGGAGA  2579

Query 2157  GTTT----CCTGTCCAC  2169
            .|||    ||| ||.|.
Sbjct 2580  ATTTGCAGCCT-TCAAG  2595