Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_14607
• Subject: NM_001350724.2
• Aligned Length: 2394
• Identities: 2239
• Gaps: 144

Alignment

Query    1  ATGACAAACCAGGAAAAATGGGCCCACCTCAGCCCTTCGGAATTTTCCCAACTTCAGAAATATGCTGAGTATTC  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  TACAAAGAAATTAAAGGATGTTCTTGAAGAATTCCATGGTAATGGTGTGCTTGCAAAGTATAATCCTGAAGGGA  148
                             ||||||||||||||||||||                                   ||
Sbjct    1  -----------------ATGTTCTTGAAGAATTCCAT-----------------------------------GA  22

Query  149  CAATAGATTTTGAAGGTTTCAAACTATTCATGAAGACATTCCTGGAAGCCGAGCTTCCTGATGATTTCACTGCA  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   23  CAATAGATTTTGAAGGTTTCAAACTATTCATGAAGACATTCCTGGAAGCCGAGCTTCCTGATGATTTCACTGCA  96

Query  223  CACCTTTTCATGTCATTTAGCAACAAGTTTCCTCATTCTAGTCCAATGGTAAAAAGTAAGCCTGCTCTCCTATC  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   97  CACCTTTTCATGTCATTTAGCAACAAGTTTCCTCATTCTAGTCCAATGGTAAAAAGTAAGCCTGCTCTCCTATC  170

Query  297  AGGCGGTCTGAGAATGAATAAAGGTGCCATCACCCCTCCCCGAACTACTTCTCCTGCAAATACGTGTTCCCCAG  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  171  AGGCGGTCTGAGAATGAATAAAGGTGCCATCACCCCTCCCCGGACTACTTCTCCTGCAAATACGTGTTCCCCAG  244

Query  371  AAGTAATCCATCTGAAGGACATTGTCTGTTACCTGTCTCTGCTTGAAAGAGGAAGACCTGAGGATAAGCTTGAG  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  245  AAGTAATCCATCTGAAGGACATTGTCTGTTACCTGTCTCTGCTTGAAAGAGGAAGACCTGAGGATAAGCTTGAG  318

Query  445  TTTATGTTTCGCCTTTATGACACGGATGGGAATGGCTTCCTGGACAGCTCGGAGCTAGAAAATATCATCAGTCA  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  319  TTTATGTTTCGCCTTTATGACACGGATGGGAATGGCTTCCTGGACAGCTCGGAGCTAGAAAATATCATCAGTCA  392

Query  519  GATGATGCATGTTGCAGAATACCTTGAGTGGGATGTCACTGAACTTAATCCAATCCTCCATGAAATGATGGAAG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  393  GATGATGCATGTTGCAGAATACCTTGAGTGGGATGTCACTGAACTTAATCCAATCCTCCATGAAATGATGGAAG  466

Query  593  AAATTGACTATGATCATGATGGAACCGTGTCTCTGGAGGAATGGATTCAAGGAGGAATGACAACGATTCCACTT  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  467  AAATTGACTATGATCATGATGGAACCGTGTCTCTGGAGGAATGGATTCAAGGAGGAATGACAACGATTCCACTT  540

Query  667  CTTGTGCTCCTGGGCTTAGAAAATAACGTGAAAGGATGATGGACAGCACGTGTGGCGACTG-AGCACTTTAACA  739
            |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct  541  CTTGTGCTCCTGGGCTTAGAAAATAACGTG-AAGGATGATGGACAGCACGTGTGGCGACTGAAGCACTTTAACA  613

Query  740  AACCTG-CTA-TGCA--CTTTG-CTG-ACATGCTGATT-GCGTGGGGAAGCAGG--CTCTGCTGTTCCTTCTGC  804
            |||||| ||| ||||  ||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||
Sbjct  614  AACCTGCCTATTGCAACCTTTGCCTGAACATGCTGATTGGCGTGGGGAAGCAGGGCCTCTGCTGTTCCTTCTGC  687

Query  805  -AGTACACAGTCCATGAGCGCTGTGTGGCTCGAGCACCTCCCTCTTGCATCAAGACCTATGTGAAGTCCAAAAG  877
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  688  AAGTACACAGTCCATGAGCGCTGTGTGGCTCGAGCACCTCCCTCTTGCATCAAGACCTATGTGAAGTCCAAAAG  761

Query  878  GAACACTGATGTCATGCACCATTACTGGGTTGAAGGTAACTGCCCAACCAAGTGTGATAAGTGCCACAAAACTG  951
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  762  GAACACTGATGTCATGCACCATTACTGGGTTGAAGGTAACTGCCCAACCAAGTGTGATAAGTGCCACAAAACTG  835

Query  952  TTAAATGTTACCAGGGCCTGACAGGACTGCATTGTGTTTGGTGTCAGATCACACTGCATAATAAATGTGCTTCT  1025
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  836  TTAAATGTTACCAGGGCCTGACAGGACTGCATTGTGTTTGGTGTCAGATCACACTGCATAATAAATGTGCTTCT  909

Query 1026  CATCTAAAACCTGAATGTGACTGTGGACCTTTGAAGGACCATATTTTACCACCCACAACAATCTGTCCAGTGGT  1099
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  910  CATCTAAAACCTGAATGTGACTGTGGACCTTTGAAGGACCATATTTTACCACCCACAACAATCTGTCCAGTGGT  983

Query 1100  ACTGCAGACTCTGCCCACTTCAGGAGTTTCAGTTCCTGAGGAAAGACAATCAACAGTGAAAAAGGAAAAGAGTG  1173
            |||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  984  ACT---GACTCTGCCCACTTCAGGAGTTTCAGTTCCTGAGGAAAGACAATCAACAGTGAAAAAGGAAAAGAGTG  1054

Query 1174  GTTCCCAGCAGCCAAACAAAGTGATTGACAAGAATAAAATGCAAAGAGCCAACTCTGTTACTGTAGATGGACAA  1247
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1055  GTTCCCAGCAGCCAAACAAAGTGATTGACAAGAATAAAATGCAAAGAGCCAACTCTGTTACTGTAGATGGACAA  1128

Query 1248  GGCCTGCAGGTCACTCCTGTGCCTGGTACTCACCCACTTTTAGTTTTTGTGAACCCCAAAAGTGGTGGAAAACA  1321
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1129  GGCCTGCAGGTCACTCCTGTGCCTGGTACTCACCCACTTTTAGTTTTTGTGAACCCCAAAAGTGGTGGAAAACA  1202

Query 1322  AGGAGAACGAATTTACAGAAAATTCCAGTATCTATTAAATCCTCGTCAGGTTTACAGTCTTTCTGGAAATGGAC  1395
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1203  AGGAGAACGAATTTACAGAAAATTCCAGTATCTATTAAATCCTCGTCAGGTTTACAGTCTTTCTGGAAATGGAC  1276

Query 1396  CAATGCCAGGGTTAAACTTTTTCCGTGATGTTCCTGACTTCAGAGTGTTAGCCTGTGGTGGAGATGGAACCGTG  1469
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1277  CAATGCCAGGGTTAAACTTTTTCCGTGATGTTCCTGACTTCAGAGTGTTAGCCTGTGGTGGAGATGGAACCGTG  1350

Query 1470  GGCTGGGTTTTGGATTGCATAGAAAAGGCCAATGTAGGCAAGCATCCTCCAGTTGCGATTCTGCCTCTTGGGAC  1543
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1351  GGCTGGGTTTTGGATTGCATAGAAAAGGCCAATGTAGGCAAGCATCCTCCAGTTGCGATTCTGCCTCTTGGGAC  1424

Query 1544  TGGCAATGATCTAGCAAGATGCCTGCGATGGGGAGGAGGTTACGAAGGTGAGGATCTGATGAAAATTTTAAAAG  1617
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||
Sbjct 1425  TGGCAATGATCTAGCAAGATGCCTGCGATGGGGAGGAGGTTACGAAGGTGAGAATCTGATGAAAATTCTAAAAG  1498

Query 1618  ACATTGNAAACAGCACAGAAATCATG-TGGACAGGTGGAAGTTTGAAAGTCATACNTAATGACAAGNATGAGAA  1690
            ||||||.||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||.|||||||||..|||||||
Sbjct 1499  ACATTGAAAACAGCACAGAAATCATGTTGGACAGGTGGAAGTTTG-AAGTCATACCTAATGACAAAGATGAGAA  1571

Query 1691  AGGAGACCCAGTGCCTANCAGTATCATCAATAATTACTTTTCCATTGGCGTGGATGCCTCCATGNCACACAGAT  1764
            ||||||||||||||||..|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||..|||||||||
Sbjct 1572  AGGAGACCCAGTGCCTTACAGTATCATCAATAATTACTTTTCCATTGGCGTGGATGCCTCCATTGCACACAGAT  1645

Query 1765  TCCACATCATGAGAGAAAAACACCCNAGAGAAATTCAACAGTAGAATGAAGAACAAATTTTGGTATTTTGAGTT  1838
            ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1646  TCCACATCATGAGAGAAAAACACCC-AGAGAAATTCAACAGTAGAATGAAGAACAAATTTTGGTATTTTGAGTT  1718

Query 1839  TGGCACATCTGAAACTTTCTCAGCCACCTGCAAGAAGCTACATGAATCTGTAGAAATAGAATGTGATGGAGTAC  1912
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1719  TGGCACATCTGAAACTTTCTCAGCCACCTGCAAGAAGCTACATGAATCTGTAGAAATAGAATGTGATGGAGTAC  1792

Query 1913  AGATAGATTTAATAAACATCTCTCTGGAAGGAATTGCTATTTTGAATATACCAAGCATGCATGGAGGATCCAAT  1986
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1793  AGATAGATTTAATAAACATCTCTCTGGAAGGAATTGCTATTTTGAATATACCAAGCATGCATGGAGGATCCAAT  1866

Query 1987  CTTTGGGGAGAGTCTAAGAAAAGACGAAGCCATCGACGAATAGAGAAAAAAGGGTCTGACAAAAGGACCACCGT  2060
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1867  CTTTGGGGAGAGTCTAAGAAAAGACGAAGCCATCGACGAATAGAGAAAAAAGGGTCTGACAAAAGGACCACCGT  1940

Query 2061  CACAGATGCCAAAGAGTTGAAGTTTGCAAGTCAAGATCTCAGTGACCAGCTGCTGGAGGTGGTCGGCTTGGAAG  2134
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1941  CACAGATGCCAAAGAGTTGAAGTTTGCAAGTCAAGATCTCAGTGACCAGCTGCTGGAGGTGGTCGGCTTGGAAG  2014

Query 2135  GAGCCATGGAGATGGGGCAAATATACACAGGCCTGAAAAGTGCTGGCCGGCGGCTGGCTCAGTGCTCCTGCGTG  2208
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2015  GAGCCATGGAGATGGGGCAAATATACACAGGCCTGAAAAGTGCTGGCCGGCGGCTGGCTCAGTGCTCCTGCGTG  2088

Query 2209  GTCATCAGGACGAGCAAGTCTCTGCCAATGCAAATTGATGGGGAGCCATGGATGCAGACCCCATGCACAATAAA  2282
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2089  GTCATCAGGACGAGCAAGTCTCTGCCAATGCAAATTGATGGGGAGCCATGGATGCAGACCCCATGCACAATAAA  2162

Query 2283  AATTACACACAAGAACCAAGCCCCAATGCTGATGGGCCCGCCTCCAAAAACCGGTTTATTCTGCTCCCTCGTCA  2356
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2163  AATTACACACAAGAACCAAGCCCCAATGCTGATGGGCCCGCCTCCAAAAACCGGTTTATTCTGCTCCCTCGTCA  2236

Query 2357  AAAGGACAAGAAACCGAAGCAAGGAA  2382
            ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2237  AAAGGACAAGAAACCGAAGCAAGGAA  2262