Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_14615
• Subject: NM_001098424.1
• Aligned Length: 2796
• Identities: 2581
• Gaps: 199

Alignment

Query    1  ATGCCGGTCCGGAAGCAAGATACCCAGAGAGCATTGCACCTTTTGGAGGAATATCGTTCAAAACTAAGCCAAAC  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGCCGGTCCGGAAGCAAGATACCCAGAGAGCATTGCACCTTTTGGAGGAATATCGTTCAAAACTAAGCCAAAC  74

Query   75  TGAAGACAGACAGCTCAGAAGTTCCATAGAACGGGTTATTAACATATTTCAGAGCAACCTCTTTCAGGCTTTAA  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TGAAGACAGACAGCTCAGAAGTTCCATAGAACGGGTTATTAACATATTTCAGAGCAACCTCTTTCAGGCTTTAA  148

Query  149  TAGATATTCAAGAATTTTATGAAGTGACCTTACTGGATAATCCAAAATGTATAGATCGTTCAAAGCCGTCTGAA  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  TAGATATTCAAGAATTTTATGAAGTGACCTTACTGGATAATCCAAAATGTATAGATCGTTCAAAGCCGTCTGAA  222

Query  223  CCAATTCAACCTGTGAATACTTGGGAGATTTCCAGCCTTCCAAGCTCTACTGTGACTTCAGAGACACTGCCAAG  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  CCAATTCAACCTGTGAATACTTGGGAGATTTCCAGCCTTCCAAGCTCTACTGTGACTTCAGAGACACTGCCAAG  296

Query  297  CAGCCTTAGCCCTAGTGTAGAGAAATACAGGTATCAGGATGAAGATACACCTCCTCAAGAGCATATTTCCCCAC  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  CAGCCTTAGCCCTAGTGTAGAGAAATACAGGTATCAGGATGAAGATACACCTCCTCAAGAGCATATTTCCCCAC  370

Query  371  AAATCACAAATGAAGTGATAGGTCCAGAATTGGTTCATGTCTCAGAGAAGAACTTATCAGAGATTGAGAATGTC  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  AAATCACAAATGAAGTGATAGGTCCAGAATTGGTTCATGTCTCAGAGAAGAACTTATCAGAGATTGAGAATGTC  444

Query  445  CATGGATTTGTTTCTCATTCTCATATTTCACCAATAA-------------------------------------  481
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||                                     
Sbjct  445  CATGGATTTGTTTCTCATTCTCATATTTCACCAATAAAGCCAACAGAAGCTGTTCTTCCCTCTCCTCCCACTGT  518

Query  482  --------------------------------------------------------------AGGCAAATCCTC  493
                                                                          ||||||||||||
Sbjct  519  CCCTGTGATCCCTGTCCTGCCAGTCCCTGCTGAGAATACTGTCATCCTACCCACCATACCACAGGCAAATCCTC  592

Query  494  CCCCAGTACTGGTCAACACAGATAGCTTGAAAACACCAACTTACGTTAATGGCACAGATGCAGATTATGAATAT  567
            |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  CCCCAGTACTGGTCAACACAGATAGCTTGGAAACACCAACTTACGTTAATGGCACAGATGCAGATTATGAATAT  666

Query  568  GAAGAAATCACACTTGAAAGGGGAAATTCAGGGCTTGGTTTCAGCATTGCAG--AGTACGGACAACCCACACAT  639
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  .|||||||||||||||||||
Sbjct  667  GAAGAAATCACACTTGAAAGGGGAAATTCAGGGCTTGGTTTCAGCATTGCAGGAGGTACGGACAACCCACACAT  740

Query  640  TGGAGATGACTCAAGTATTTTCATTACCAAAATTATCACA-GGGGAGCAGCCGCCCAAGATGGGAAGATTGCGG  712
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct  741  TGGAGATGACTCAAGTATTTTCATTACCAAAATTATCACAGGGGGAGCAGCCGCCCAAGAT-GGAAGATTGCGG  813

Query  713  GTCAATGACTGTATATTACAAGTAAATGAAGTAGATGTTCGTGATGTAACACATAGCAAAGCAGTTGAAGCGTT  786
            |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  814  GTCAATGACTGTATATTACGAGTAAATGAAGTAGATGTTCGTGATGTAACACATAGCAAAGCAGTTGAAGCGTT  887

Query  787  GAAAGAAGCAGGGTCTATTGTACGCTTGTATGTAAAAAGAAGGAAACCAGTGTCAGAAAAAATAATGGAAATAA  860
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  888  GAAAGAAGCAGGGTCTATTGTACGCTTGTATGTAAAAAGAAGGAAACCAGTGTCAGAAAAAATAATGGAAATAA  961

Query  861  AGCTCATTAAAGGTCCTAAAGGTCTTGGGTTTAGCATTGCTGGAGGTGTTGGAAATCAGCATATTCCTGGGGAT  934
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  962  AGCTCATTAAAGGTCCTAAAGGTCTTGGGTTTAGCATTGCTGGAGGTGTTGGAAATCAGCATATTCCTGGGGAT  1035

Query  935  AATAGCATCTATGTAACCAAAATAATTGAAGGAGGTGCAGCACATAAGGATGGCAAACTTCAGATTGGAGATAA  1008
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1036  AATAGCATCTATGTAACCAAAATAATTGAAGGAGGTGCAGCACATAAGGATGGCAAACTTCAGATTGGAGATAA  1109

Query 1009  ACTTTTAGCAGTGAATAACGTATGTTTAGAAGAAGTTACTCATGAAGAAGCAGTAACTGCCTTAAAGAACACAT  1082
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1110  ACTTTTAGCAGTGAATAACGTATGTTTAGAAGAAGTTACTCATGAAGAAGCAGTAACTGCCTTAAAGAACACAT  1183

Query 1083  CTGATTTTGTTTATTTGAAAGTGGCAAAACCCACAAGTATGTATATGAATGATGGCTATGCACCACCTGATATC  1156
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1184  CTGATTTTGTTTATTTGAAAGTGGCAAAACCCACAAGTATGTATATGAATGATGGCTATGCACCACCTGATATC  1257

Query 1157  ACCAACTCTTCTTCTCAGCCTGTTGATAACCATGTTAGCCCATCTTCCTTCTTGGGCCAGACACCAGCATCTCC  1230
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258  ACCAACTCTTCTTCTCAGCCTGTTGATAACCATGTTAGCCCATCTTCCTTCTTGGGCCAGACACCAGCATCTCC  1331

Query 1231  AGCCAGATACTCCCCAGTTTCTAAAGCAGTACTTGGAGATGATGAAATTACAAGGGAACCTAGAAAAGTTGTTC  1304
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1332  AGCCAGATACTCCCCAGTTTCTAAAGCAGTACTTGGAGATGATGAAATTACAAGGGAACCTAGAAAAGTTGTTC  1405

Query 1305  TTCATCGTGGCTCAACGGGCCTTGGTTTCAACATTGTAGGAGGAGAAGATGGAGAAGGAATATTTATTTCCTTT  1378
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1406  TTCATCGTGGCTCAACGGGCCTTGGTTTCAACATTGTAGGAGGAGAAGATGGAGAAGGAATATTTATTTCCTTT  1479

Query 1379  ATCTTAGCCGGAGGACCTGCTGATCTAAGTGGAGAGCTCAGAAAAGGAGATCGTATTATATCGGTAAACAGTGT  1452
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1480  ATCTTAGCCGGAGGACCTGCTGATCTAAGTGGAGAGCTCAGAAAAGGAGATCGTATTATATCGGTAAACAGTGT  1553

Query 1453  TGACCTCAGAGCTGCTAGTCATGAGCAGGCAGCAGCTGCATTGAAAAATGCTGGCCAGGCTGTCACAATTGTTG  1526
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1554  TGACCTCAGAGCTGCTAGTCATGAGCAGGCAGCAGCTGCATTGAAAAATGCTGGCCAGGCTGTCACAATTGTTG  1627

Query 1527  CACAATATCGACCTGAAGAATACAGTCGTTTTGAAGCTAAAATACATGATTTACGGGAGCAGATGATGAATAGT  1600
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1628  CACAATATCGACCTGAAGAATACAGTCGTTTTGAAGCTAAAATACATGATTTACGGGAGCAGATGATGAATAGT  1701

Query 1601  AGTATTAGTTCAGGGTCAGGTTCTCTTCGAACTAGCCAGAAGCGATCCCTCTATGTCAGAGCCCTTTTTGATTA  1674
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1702  AGTATTAGTTCAGGGTCAGGTTCTCTTCGAACTAGCCAGAAGCGATCCCTCTATGTCAGAGCCCTTTTTGATTA  1775

Query 1675  TGACAAGACTAAAGACAGTGGGCTTCCCAGTCAGGGACTGAACTTCAAATTTGGAGATATCCTCCATGTTATTA  1748
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1776  TGACAAGACTAAAGACAGTGGGCTTCCCAGTCAGGGACTGAACTTCAAATTTGGAGATATCCTCCATGTTATTA  1849

Query 1749  ATGCTTCTGATGATGAATGGTGGCAAGCCAGGCAGGTTACACCAGATGGTGAGAGCGATGAGGTCGGAGTGATT  1822
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1850  ATGCTTCTGATGATGAATGGTGGCAAGCCAGGCAGGTTACACCAGATGGTGAGAGCGATGAGGTCGGAGTGATT  1923

Query 1823  CCCAGTAAACGCAGAGTTGAGAAGAAAGAACGAGCCCGATTAAAAACAGTGAAATTCAATTCTAAAACGAGAGA  1896
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1924  CCCAGTAAACGCAGAGTTGAGAAGAAAGAACGAGCCCGATTAAAAACAGTGAAATTCAATTCTAAAACGAGAGA  1997

Query 1897  TAAAGGGCAGTCATTC--AATGACAAGCG-TAAAAAGAACCTCTTTTCCCGAA------AATTCCCCTTCTACA  1961
            |||||||.||  ||.|  .|.||||.|.| |.|||||         .||.|||      ||     |||||| |
Sbjct 1998  TAAAGGGGAG--ATCCCTGACGACATGGGATCAAAAG---------GCCTGAAGCATGTAA-----CTTCTA-A  2054

Query 1962  AGAACAAGGACCAG----AGTGAGCAGGAAACAAGTGATGCTCACAAGTATGTATATGAATGATGGCTATGCAC  2031
            .|        ||||    |||||                      |||||..|                     
Sbjct 2055  TG--------CCAGCGATAGTGA----------------------AAGTAGTT---------------------  2077

Query 2032  CACCTGATATCACCAACTGTGGTCAAGAAGAATACGTCTTATCTTATGAACCAGTGAATCAACAAGAAGTTAAT  2105
                           ||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2078  ---------------ACCGTGGTCAAGAAGAATACGTCTTATCTTATGAACCAGTGAATCAACAAGAAGTTAAT  2136

Query 2106  TATACTCGACCAGTGATCATATTGGGACCTATGAAAGACAGGATAAATGATGACTTGATCTCAGAATTTCCTGA  2179
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2137  TATACTCGACCAGTGATCATATTGGGACCTATGAAAGACAGGATAAATGATGACTTGATCTCAGAATTTCCTGA  2210

Query 2180  CAAATTTGGATCCTGTGTTCCTCATACAACTAGACCAAAACGAGATTATGAGGTAGATGGAAGAGATTATCATT  2253
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2211  CAAATTTGGATCCTGTGTTCCTCATACAACTAGACCAAAACGAGATTATGAGGTAGATGGAAGAGATTATCATT  2284

Query 2254  TTGTGACTTCAAGAGAGCAGATGGAAAAAGATATCCAGGAACATAAATTCATTGAAGCTGGCCAGTATAACAAT  2327
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2285  TTGTGACTTCAAGAGAGCAGATGGAAAAAGATATCCAGGAACATAAATTCATTGAAGCTGGCCAGTATAACAAT  2358

Query 2328  CATCTATATGGAACAAGTGTTCAGTCTGTACGAGAAGTAGCAGAAAAGGGCAAACACTGTATCCTTGATGTGTC  2401
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2359  CATCTATATGGAACAAGTGTTCAGTCTGTACGAGAAGTAGCAGAAAAGGGCAAACACTGTATCCTTGATGTGTC  2432

Query 2402  TGGAAATGCCATAAAGAGATTACAGATTGCACAGCTTTACCCTATCTCCATTTTTATTAAACCCAAATCCATGG  2475
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2433  TGGAAATGCCATAAAGAGATTACAGATTGCACAGCTTTACCCTATCTCCATTTTTATTAAACCCAAATCCATGG  2506

Query 2476  AAAATATCATGGAAATGAATAAGCGTCTAACAGAAGAACAAGCCAGAAAAACATTTGAGAGAGCCATGAAACTG  2549
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2507  AAAATATCATGGAAATGAATAAGCGTCTAACAGAAGAACAAGCCAGAAAAACATTTGAGAGAGCCATGAAACTG  2580

Query 2550  GAACAGGAGTTTACTGAACATTTCACAGCTATTGTACAGGGGGATACGCTGGAAGACATTTACAACCAAGTGAA  2623
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2581  GAACAGGAGTTTACTGAACATTTCACAGCTATTGTACAGGGGGATACGCTGGAAGACATTTACAACCAAGTGAA  2654

Query 2624  ACAGATCATAGAAGAACAATCTGGTTCTTACATCTGGGTTCCGGCAAAAGAAAAGCTA  2681
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2655  ACAGATCATAGAAGAACAATCTGGTTCTTACATCTGGGTTCCGGCAAAAGAAAAGCTA  2712