Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_14615
• Subject: NM_001252433.1
• Aligned Length: 2701
• Identities: 2400
• Gaps: 42

Alignment

Query    1  ATGCCGGTCCGGAAGCAAGATACCCAGAGAGCATTGCACCTTTTGGAGGAATATCGTTCAAAACTAAGCCAAAC  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.||||||||.||.||||||||||||||
Sbjct    1  ATGCCGGTCCGGAAGCAAGATACCCAGAGAGCATTGCATCTGTTGGAAGAATATCGATCGAAACTAAGCCAAAC  74

Query   75  TGAAGACAGACAGCTCAGAAGTTCCATAGAACGGGTTATTAACATATTTCAGAGCAACCTCTTTCAGGCTTTAA  148
            ||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TGAAGACAGACAACTCAGAAGTTCCATAGAGCGGGTTATTAACATATTTCAGAGCAACCTCTTTCAGGCTTTAA  148

Query  149  TAGATATTCAAGAATTTTATGAAGTGACCTTACTGGATAATCCAAAATGTATAGATCGTTCAAAGCCGTCTGAA  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||.|.||||.||||||||.||.||||
Sbjct  149  TAGATATTCAAGAATTTTATGAAGTGACCTTACTTGATAATCCAAAATGTGTGGATCATTCAAAGCAGTGTGAA  222

Query  223  CCAATTCAACCTGTGAATACTTGGGAGATTTCCAGCCTTCCAAGCTCTACTGTGACTTCAGAGACACTGCCAAG  296
            |||.||||.|||||||.|||||||||||||.||||||||||||||.||.|.|||||.|||||.||.|||||..|
Sbjct  223  CCAGTTCAGCCTGTGACTACTTGGGAGATTGCCAGCCTTCCAAGCACTGCCGTGACGTCAGAAACCCTGCCCGG  296

Query  297  CAGCCTTAGCCCTAGTGTAGAGAAATACAGGTATCAGGATGAAGATACACCTCCTCAAGAGCATATTTCCCCAC  370
            |||||||||||||...||||||||||||.||||||||||||||||...||.|||||..|||||||||||.||||
Sbjct  297  CAGCCTTAGCCCTCCAGTAGAGAAATACCGGTATCAGGATGAAGAGGTACTTCCTCCTGAGCATATTTCTCCAC  370

Query  371  AAATCACAAATGAAGTGATAGGTCCAGAATTGGTTCATGTCTCAGAGAAGAACTTATCAGAGATTGAGAATGTC  444
            ||.||||||||||.|||.|||||||||||.||||.||||||||||||||||||.|.||||||||||||||||||
Sbjct  371  AAGTCACAAATGAGGTGCTAGGTCCAGAACTGGTCCATGTCTCAGAGAAGAACCTGTCAGAGATTGAGAATGTC  444

Query  445  CATGGATTTGTTTCTCATTCTCATATTTCACCAATAAAGGCAAATCCTCCCCCAGTACTGGTCAACACAGATAG  518
            ||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.||
Sbjct  445  CATGGATTTGTTTCTCATTCTCATATCTCACCAATAAAGGCAAATCCTCCTCCAGTGCTGGTCAACACAGACAG  518

Query  519  CTTGAAAACACCAACTTACGTTAATGGCACAGATGCAGATTATGAATATGAAGAAATCACACTTGAAAGGGGAA  592
            |||..|.|||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  CTTAGAGACACCAACTTATGTTAATGGCACTGATGCAGATTATGAATATGAGGAAATCACACTTGAAAGGGGAA  592

Query  593  ATTCAGGGCTTGGTTTCAGCATTGCAG--AGTACGGACAACCCACACATTGGAGATGACTCAAGTATTTTCATT  664
            ||||.||.|||||||||||||||||||  .||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct  593  ATTCGGGTCTTGGTTTCAGCATTGCAGGAGGTACAGACAACCCACACATTGGAGATGACTCAAGTATTTTCATC  666

Query  665  ACCAAAATTATCACAGG-GGAGCAGCCGCCCAAGATGGGAAGATTGCGGGTCAATGACTGTATATTACAAGTAA  737
            ||||||||||||||||| |||||.||.|||||.||| ||||||||||||||.||||||||||||.|...|||||
Sbjct  667  ACCAAAATTATCACAGGCGGAGCGGCTGCCCAGGAT-GGAAGATTGCGGGTAAATGACTGTATACTGAGAGTAA  739

Query  738  ATGAAGTAGATGTTCGTGATGTAACACATAGCAAAGCAGTTGAAGCGTTGAAAGAAGCAGGGTCTATTGTACGC  811
            ||||||.|||.||||||||||||||.||.|||||||||||.||.||.||.||||||||.||.||||||||.||.
Sbjct  740  ATGAAGCAGACGTTCGTGATGTAACCCACAGCAAAGCAGTGGAGGCATTAAAAGAAGCTGGATCTATTGTGCGA  813

Query  812  TTGTATGTAAAAAGAAGGAAACCAGTGTCAGAAAAAATAATGGAAATAAAGCTCATTAAAGGTCCTAAAGGTCT  885
            ||||||||.|||||..||||.||||..|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  814  TTGTATGTGAAAAGGCGGAAGCCAGCATCAGAAAAAATCATGGAAATAAAGCTCATTAAAGGTCCTAAAGGTCT  887

Query  886  TGGGTTTAGCATTGCTGGAGGTGTTGGAAATCAGCATATTCCTGGGGATAATAGCATCTATGTAACCAAAATAA  959
            ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct  888  TGGGTTCAGCATTGCTGGAGGTGTTGGAAATCAGCACATTCCTGGTGATAACAGCATCTATGTAACCAAAATAA  961

Query  960  TTGAAGGAGGTGCAGCACATAAGGATGGCAAACTTCAGATTGGAGATAAACTTTTAGCAGTGAATAACGTATGT  1033
            |||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||.|||.||||||||||.|..||.|||
Sbjct  962  TTGAAGGAGGTGCAGCACACAAGGATGGCAAGCTTCAGATTGGAGATAAGCTTCTAGCAGTGAACAGTGTGTGT  1035

Query 1034  TTAGAAGAAGTTACTCATGAAGAAGCAGTAACTGCCTTAAAGAACACATCTGATTTTGTTTATTTGAAAGTGGC  1107
            |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1036  TTAGAAGAAGTTACTCATGAAGAAGCAGTGACTGCCTTAAAGAATACATCTGATTTTGTTTATTTGAAAGTGGC  1109

Query 1108  AAAACCCACAAGTATGTATATGAATGATGGCTATGCACCACCTGATATCACCAACTCTTCTTCTCAGCCTGTTG  1181
            ||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||..||||||
Sbjct 1110  AAAACCAACAAGTATGTATATAAATGATGGCTATGCACCACCTGACATCACTAATTCTTCTTCTCAATCTGTTG  1183

Query 1182  ATAACCATGTTAGCCCATCTTCCTTCTTGGGCCAGACACCAGCATCTCCAGCCAGATACTC-CCCAGTTTCTAA  1254
            |.||||||||.|||||.||.||||.||||||||||||.|||.|.||.||||||||.||||| |||| |||||||
Sbjct 1184  ACAACCATGTCAGCCCGTCCTCCTGCTTGGGCCAGACGCCAACGTCACCAGCCAGGTACTCACCCA-TTTCTAA  1256

Query 1255  AGCAGTACTTGGAGATGATGAAATTACAAGGGAACCTAGAAAAGTTGTTCTTCATCGTGGCTCAACGGGCCTTG  1328
            |||.||.||.||||||||.||.||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||
Sbjct 1257  AGCTGTGCTCGGAGATGACGAGATCACTAGGGAACCTAGAAAAGTTGTTCTTCATCGTGGCTCAACAGGACTTG  1330

Query 1329  GTTTCAACATTGTAGGAGGAGAAGATGGAGAAGGAATATTTATTTCCTTTATCTTAGCCGGAGGACCTGCTGAT  1402
            ||||.||||||||.|||||.||||||||||||||.||.|||||.|||||.|||.|.||.||.||||||||||||
Sbjct 1331  GTTTTAACATTGTGGGAGGTGAAGATGGAGAAGGGATTTTTATCTCCTTCATCCTTGCTGGCGGACCTGCTGAT  1404

Query 1403  CTAAGTGGAGAGCTCAGAAAAGGAGATCGTATTATATCGGTAAACAGTGTTGACCTCAGAGCTGCTAGTCATGA  1476
            |||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||.||
Sbjct 1405  CTAAGTGGAGAGCTCAGAAAAGGAGATCGCATCATATCGGTGAACAGTGTTGACCTCAGAGCTGCAAGTCACGA  1478

Query 1477  GCAGGCAGCAGCTGCATTGAAAAATGCTGGCCAGGCTGTCACAATTGTTGCACAATATCGACCTGAAGAATACA  1550
            .||.||||||||||||.|.||.||.||.|||||.||.|||||.||.|||||.|||||||||||.|||||.||||
Sbjct 1479  ACAAGCAGCAGCTGCACTAAAGAACGCAGGCCAAGCCGTCACCATCGTTGCGCAATATCGACCCGAAGAGTACA  1552

Query 1551  GTCGTTTTGAAGCTAAAATACATGATTTACGGGAGCAGATGATGAATAGTAGTATTAGTTCAGGGTCAGGTTCT  1624
            |||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||.|||.|.||||||||||||||.|||
Sbjct 1553  GTCGTTTTGAAGCTAAAATCCATGACTTACGGGAGCAGATGATGAATAGCAGTGTCAGTTCAGGGTCAGGGTCT  1626

Query 1625  CTTCGAACTAGCCAGAAGCGATCCCTCTATGTCAGAGCCCTTTTTGATTATGACAAGACTAAAGACAGTGGGCT  1698
            ||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||.|||||
Sbjct 1627  CTTCGAACCAGCCAGAAGCGCTCCCTCTATGTCAGAGCCCTCTTTGATTATGACAAGACTAAGGACAGCGGGCT  1700

Query 1699  TCCCAGTCAGGGACTGAACTTCAAATTTGGAGATATCCTCCATGTTATTAATGCTTCTGATGATGAATGGTGGC  1772
            |||||||||.||||||||||||...||||||||.|||||||||||.||.|||||||||||.||.||.|||||||
Sbjct 1701  TCCCAGTCAAGGACTGAACTTCCGCTTTGGAGACATCCTCCATGTCATCAATGCTTCTGACGACGAGTGGTGGC  1774

Query 1773  AAGCCAGGCAGGTTACACCAGATGGTGAGAGCGATGAGGTCGGAGTGATTCCCAGTAAACGCAGAGTTGAGAAG  1846
            |||||||||||||.||.|||||.||.|||||.||.||.||||||||||||||.||||||||.||||||||||||
Sbjct 1775  AAGCCAGGCAGGTCACCCCAGACGGGGAGAGTGACGAAGTCGGAGTGATTCCTAGTAAACGAAGAGTTGAGAAG  1848

Query 1847  AAAGAACGAGCCCGATTAAAAACAGTGAAATTCAATTCTAAAACGA---GAGATAAAGGGCAGTCATTCAATGA  1917
            ||.||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.|   ||||||||||   ||||||||||||
Sbjct 1849  AAGGAACGAGCCCGATTAAAAACGGTCAAATTCAATTCTAAAACAAGAGGAGATAAAGG---GTCATTCAATGA  1919

Query 1918  CAAGCGTAAAAAGAACCTCTTTTCCCGAAAATTCCCCTTCTACAAGAACAAGGACCAGAGTGAGCAGGAAACAA  1991
            |||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|
Sbjct 1920  CAAGCGTAAAAAGAACCTCTTTTCCCGAAAATTTCCCTTCTACAAGAACAAGGACCAGAGTGAACAGGAAACGA  1993

Query 1992  GTGATGCTCACAAGTATGTA---TATGAATGATGGCTATGCACCACCTGATA----------TCACCAACTGTG  2052
            ||||||||.||.||.|.|||   |.| ||||           |||.| ||||          |.|||    |||
Sbjct 1994  GTGATGCTGACCAGCACGTAACTTCT-AATG-----------CCAGC-GATAGTGAAAGTAGTTACC----GTG  2050

Query 2053  GTCAAGAAGAATACGTCTTATCTTATGAACCAGTGAATCAACAAGAAGTTAATTATACTCGACCAGTGATCATA  2126
            |||||||||||||.||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||
Sbjct 2051  GTCAAGAAGAATATGTTTTATCTTATGAGCCAGTGAATCAACAAGAAGTTAATTATACCCGACCAGTCATCATA  2124

Query 2127  TTGGGACCTATGAAAGACAGGATAAATGATGACTTGATCTCAGAATTTCCTGACAAATTTGGATCCTGTGTTCC  2200
            ||.|||||||||||||||||..|||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct 2125  TTAGGACCTATGAAAGACAGAGTAAATGATGACTTAATCTCAGAATTTCCTGACAAATTTGGATCCTGTGTCCC  2198

Query 2201  TCATACAACTAGACCAAAACGAGATTATGAGGTAGATGGAAGAGATTATCATTTTGTGACTTCAAGAGAGCAGA  2274
            |||||||||||||||.||.||.||.||||||||.||||||.|||||||||||||||||||||||||.||.||||
Sbjct 2199  TCATACAACTAGACCGAAGCGTGACTATGAGGTGGATGGACGAGATTATCATTTTGTGACTTCAAGGGAACAGA  2272

Query 2275  TGGAAAAAGATATCCAGGAACATAAATTCATTGAAGCTGGCCAGTATAACAATCATCTATATGGAACAAGTGTT  2348
            |||||||.|||||.|||||.|||||.|||||||||||.||||||||||||||.|||||.|||||.||.||.||.
Sbjct 2273  TGGAAAAGGATATTCAGGAGCATAAGTTCATTGAAGCCGGCCAGTATAACAACCATCTGTATGGGACGAGCGTG  2346

Query 2349  CAGTCTGTACGAGAAGTAGCAGAAAAGGGCAAACACTGTATCCTTGATGTGTCTGGAAATGCCATAAAGAGATT  2422
            |||||.||.||||.|||.|||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct 2347  CAGTCCGTGCGAGCAGTGGCAGAGAAGGGCAAACATTGTATCCTTGATGTGTCTGGAAATGCCATAAAGAGGTT  2420

Query 2423  ACAGATTGCACAGCTTTACCCTATCTCCATTTTTATTAAACCCAAATCCATGGAAAATATCATGGAAATGAATA  2496
            .|||||||||||||||||.||.||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 2421  GCAGATTGCACAGCTTTATCCAATATCTATTTTTATTAAACCCAAATCCATGGAAAATATCATGGAAATGAACA  2494

Query 2497  AGCGTCTAACAGAAGAACAAGCCAGAAAAACATTTGAGAGAGCCATGAAACTGGAACAGGAGTTTACTGAACAT  2570
            ||||.|||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||.|||||.|||
Sbjct 2495  AGCGCCTAACAGAAGAGCAGGCCAGAAAAACATTTGAGAGAGCCATGAAGCTGGAGCAGGAGTTCACTGAGCAT  2568

Query 2571  TTCACAGCTATTGTACAGGGGGATACGCTGGAAGACATTTACAACCAAGTGAAACAGATCATAGAAGAACAATC  2644
            ||||||||||||||.|||||.||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||
Sbjct 2569  TTCACAGCTATTGTCCAGGGAGACACGCTGGAGGACATTTACAACCAAGTGAAACAGATCATCGAAGAACAGTC  2642

Query 2645  TGGTTCTTACATCTGGGTTCCGGCAAAAGAAAAGCTA  2681
            |||..|||||||||||||.||.||.||||||||||||
Sbjct 2643  TGGGCCTTACATCTGGGTCCCAGCGAAAGAAAAGCTA  2679