Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_14615
• Subject: NM_001252434.1
• Aligned Length: 2701
• Identities: 2334
• Gaps: 105

Alignment

Query    1  ATGCCGGTCCGGAAGCAAGATACCCAGAGAGCATTGCACCTTTTGGAGGAATATCGTTCAAAACTAAGCCAAAC  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.||||||||.||.||||||||||||||
Sbjct    1  ATGCCGGTCCGGAAGCAAGATACCCAGAGAGCATTGCATCTGTTGGAAGAATATCGATCGAAACTAAGCCAAAC  74

Query   75  TGAAGACAGACAGCTCAGAAGTTCCATAGAACGGGTTATTAACATATTTCAGAGCAACCTCTTTCAGGCTTTAA  148
            ||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TGAAGACAGACAACTCAGAAGTTCCATAGAGCGGGTTATTAACATATTTCAGAGCAACCTCTTTCAGGCTTTAA  148

Query  149  TAGATATTCAAGAATTTTATGAAGTGACCTTACTGGATAATCCAAAATGTATAGATCGTTCAAAGCCGTCTGAA  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||.|.||||.||||||||.||.||||
Sbjct  149  TAGATATTCAAGAATTTTATGAAGTGACCTTACTTGATAATCCAAAATGTGTGGATCATTCAAAGCAGTGTGAA  222

Query  223  CCAATTCAACCTGTGAATACTTGGGAGATTTCCAGCCTTCCAAGCTCTACTGTGACTTCAGAGACACTGCCAAG  296
            |||.||||.|||||||.|||||||||||||.||||||||||||||.||.|.|||||.|||||.||.|||||..|
Sbjct  223  CCAGTTCAGCCTGTGACTACTTGGGAGATTGCCAGCCTTCCAAGCACTGCCGTGACGTCAGAAACCCTGCCCGG  296

Query  297  CAGCCTTAGCCCTAGTGTAGAGAAATACAGGTATCAGGATGAAGATACACCTCCTCAAGAGCATATTTCCCCAC  370
            |||||||||||||...||||||||||||.||||||||||||||||...||.|||||..|||||||||||.||||
Sbjct  297  CAGCCTTAGCCCTCCAGTAGAGAAATACCGGTATCAGGATGAAGAGGTACTTCCTCCTGAGCATATTTCTCCAC  370

Query  371  AAATCACAAATGAAGTGATAGGTCCAGAATTGGTTCATGTCTCAGAGAAGAACTTATCAGAGATTGAGAATGTC  444
            ||.||||||||||.|||.|||||||||||.||||.||||||||||||||||||.|.||||||||||||||||||
Sbjct  371  AAGTCACAAATGAGGTGCTAGGTCCAGAACTGGTCCATGTCTCAGAGAAGAACCTGTCAGAGATTGAGAATGTC  444

Query  445  CATGGATTTGTTTCTCATTCTCATATTTCACCAATAAAGGCAAATCCTCCCCCAGTACTGGTCAACACAGATAG  518
            ||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.||
Sbjct  445  CATGGATTTGTTTCTCATTCTCATATCTCACCAATAAAGGCAAATCCTCCTCCAGTGCTGGTCAACACAGACAG  518

Query  519  CTTGAAAACACCAACTTACGTTAATGGCACAGATGCAGATTATGAATATGAAGAAATCACACTTGAAAGGGGAA  592
            |||..|.|||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  CTTAGAGACACCAACTTATGTTAATGGCACTGATGCAGATTATGAATATGAGGAAATCACACTTGAAAGGGGAA  592

Query  593  ATTCAGGGCTTGGTTTCAGCATTGCAG--AGTACGGACAACCCACACATTGGAGATGACTCAAGTATTTTCATT  664
            ||||.||.|||||||||||||||||||  .||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct  593  ATTCGGGTCTTGGTTTCAGCATTGCAGGAGGTACAGACAACCCACACATTGGAGATGACTCAAGTATTTTCATC  666

Query  665  ACCAAAATTATCACAGG-GGAGCAGCCGCCCAAGATGGGAAGATTGCGGGTCAATGACTGTATATTACAAGTAA  737
            ||||||||||||||||| |||||.||.|||||.||| ||||||||||||||.||||||||||||.|...|||||
Sbjct  667  ACCAAAATTATCACAGGCGGAGCGGCTGCCCAGGAT-GGAAGATTGCGGGTAAATGACTGTATACTGAGAGTAA  739

Query  738  ATGAAGTAGATGTTCGTGATGTAACACATAGCAAAGCAGTTGAAGCGTTGAAAGAAGCAGGGTCTATTGTACGC  811
            ||||||.|||.||||||||||||||.||.|||||||||||.||.||.||.||||||||.||.||||||||.||.
Sbjct  740  ATGAAGCAGACGTTCGTGATGTAACCCACAGCAAAGCAGTGGAGGCATTAAAAGAAGCTGGATCTATTGTGCGA  813

Query  812  TTGTATGTAAAAAGAAGGAAACCAGTGTCAGAAAAAATAATGGAAATAAAGCTCATTAAAGGTCCTAAAGGTCT  885
            ||||||||.|||||..||||.||||..|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  814  TTGTATGTGAAAAGGCGGAAGCCAGCATCAGAAAAAATCATGGAAATAAAGCTCATTAAAGGTCCTAAAGGTCT  887

Query  886  TGGGTTTAGCATTGCTGGAGGTGTTGGAAATCAGCATATTCCTGGGGATAATAGCATCTATGTAACCAAAATAA  959
            ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct  888  TGGGTTCAGCATTGCTGGAGGTGTTGGAAATCAGCACATTCCTGGTGATAACAGCATCTATGTAACCAAAATAA  961

Query  960  TTGAAGGAGGTGCAGCACATAAGGATGGCAAACTTCAGATTGGAGATAAACTTTTAGCAGTGAATAACGTATGT  1033
            |||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||.|||.||||||||||.|..||.|||
Sbjct  962  TTGAAGGAGGTGCAGCACACAAGGATGGCAAGCTTCAGATTGGAGATAAGCTTCTAGCAGTGAACAGTGTGTGT  1035

Query 1034  TTAGAAGAAGTTACTCATGAAGAAGCAGTAACTGCCTTAAAGAACACATCTGATTTTGTTTATTTGAAAGTGGC  1107
            |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1036  TTAGAAGAAGTTACTCATGAAGAAGCAGTGACTGCCTTAAAGAATACATCTGATTTTGTTTATTTGAAAGTGGC  1109

Query 1108  AAAACCCACAAGTATGTATATGAATGATGGCTATGCACCACCTGATATCACCAACTCTTCTTCTCAGCCTGTTG  1181
            ||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||..||||||
Sbjct 1110  AAAACCAACAAGTATGTATATAAATGATGGCTATGCACCACCTGACATCACTAATTCTTCTTCTCAATCTGTTG  1183

Query 1182  ATAACCATGTTAGCCCATCTTCCTTCTTGGGCCAGACACCAGCATCTCCAGCCAGATACTC-CCCAGTTTCTAA  1254
            |.||||||||.|||||.||.||||.||||||||||||.|||.|.||.||||||||.||||| |||| |||||||
Sbjct 1184  ACAACCATGTCAGCCCGTCCTCCTGCTTGGGCCAGACGCCAACGTCACCAGCCAGGTACTCACCCA-TTTCTAA  1256

Query 1255  AGCAGTACTTGGAGATGATGAAATTACAAGGGAACCTAGAAAAGTTGTTCTTCATCGTGGCTCAACGGGCCTTG  1328
            |||.||.||.||||||||.||.||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||
Sbjct 1257  AGCTGTGCTCGGAGATGACGAGATCACTAGGGAACCTAGAAAAGTTGTTCTTCATCGTGGCTCAACAGGACTTG  1330

Query 1329  GTTTCAACATTGTAGGAGGAGAAGATGGAGAAGGAATATTTATTTCCTTTATCTTAGCCGGAGGACCTGCTGAT  1402
            ||||.||||||||.|||||.||||||||||||||.||.|||||.|||||.|||.|.||.||.||||||||||||
Sbjct 1331  GTTTTAACATTGTGGGAGGTGAAGATGGAGAAGGGATTTTTATCTCCTTCATCCTTGCTGGCGGACCTGCTGAT  1404

Query 1403  CTAAGTGGAGAGCTCAGAAAAGGAGATCGTATTATATCGGTAAACAGTGTTGACCTCAGAGCTGCTAGTCATGA  1476
            |||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||.||
Sbjct 1405  CTAAGTGGAGAGCTCAGAAAAGGAGATCGCATCATATCGGTGAACAGTGTTGACCTCAGAGCTGCAAGTCACGA  1478

Query 1477  GCAGGCAGCAGCTGCATTGAAAAATGCTGGCCAGGCTGTCACAATTGTTGCACAATATCGACCTGAAGAATACA  1550
            .||.||||||||||||.|.||.||.||.|||||.||.|||||.||.|||||.|||||||||||.|||||.||||
Sbjct 1479  ACAAGCAGCAGCTGCACTAAAGAACGCAGGCCAAGCCGTCACCATCGTTGCGCAATATCGACCCGAAGAGTACA  1552

Query 1551  GTCGTTTTGAAGCTAAAATACATGATTTACGGGAGCAGATGATGAATAGTAGTATTAGTTCAGGGTCAGGTTCT  1624
            |||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||.|||.|.||||||||||||||.|||
Sbjct 1553  GTCGTTTTGAAGCTAAAATCCATGACTTACGGGAGCAGATGATGAATAGCAGTGTCAGTTCAGGGTCAGGGTCT  1626

Query 1625  CTTCGAACTAGCCAGAAGCGATCCCTCTATGTCAGAGCCCTTTTTGATTATGACAAGACTAAAGACAGTGGGCT  1698
            ||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||.|||||
Sbjct 1627  CTTCGAACCAGCCAGAAGCGCTCCCTCTATGTCAGAGCCCTCTTTGATTATGACAAGACTAAGGACAGCGGGCT  1700

Query 1699  TCCCAGTCAGGGACTGAACTTCAAATTTGGAGATATCCTCCATGTTATTAATGCTTCTGATGATGAATGGTGGC  1772
            |||||||||.||||||||||||...||||||||.|||||||||||.||.|||||||||||.||.||.|||||||
Sbjct 1701  TCCCAGTCAAGGACTGAACTTCCGCTTTGGAGACATCCTCCATGTCATCAATGCTTCTGACGACGAGTGGTGGC  1774

Query 1773  AAGCCAGGCAGGTTACACCAGATGGTGAGAGCGATGAGGTCGGAGTGATTCCCAGTAAACGCAGAGTTGAGAAG  1846
            |||||||||||||.||.|||||.||.|||||.||.||.||||||||||||||.||||||||.||||||||||||
Sbjct 1775  AAGCCAGGCAGGTCACCCCAGACGGGGAGAGTGACGAAGTCGGAGTGATTCCTAGTAAACGAAGAGTTGAGAAG  1848

Query 1847  AAAGAACGAGCCCGATTAAAAACAGTGAAATTCAATTCTAAAACGA---GAGATAAAGGGCAGTCATTC--AAT  1915
            ||.||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.|   |||||||||||.||  ||.|  .|.
Sbjct 1849  AAGGAACGAGCCCGATTAAAAACGGTCAAATTCAATTCTAAAACAAGAGGAGATAAAGGGGAG--ATCCCTGAC  1920

Query 1916  GACAAGCG-TAAAAAGAACCTCTTTTCCCGAA------AATTCCCCTTCTACAAGAACAAGGACCAG----AGT  1978
            ||||.|.| |.|||||         .||.|||      ||     |||||| |.|        ||||    |||
Sbjct 1921  GACATGGGATCAAAAG---------GCCTGAAGCACGTAA-----CTTCTA-ATG--------CCAGCGATAGT  1971

Query 1979  GAGCAGGAAACAAGTGATGCTCACAAGTATGTATATGAATGATGGCTATGCACCACCTGATATCACCAACTGTG  2052
            ||                      |||||..|                                    ||.|||
Sbjct 1972  GA----------------------AAGTAGTT------------------------------------ACCGTG  1987

Query 2053  GTCAAGAAGAATACGTCTTATCTTATGAACCAGTGAATCAACAAGAAGTTAATTATACTCGACCAGTGATCATA  2126
            |||||||||||||.||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||
Sbjct 1988  GTCAAGAAGAATATGTTTTATCTTATGAGCCAGTGAATCAACAAGAAGTTAATTATACCCGACCAGTCATCATA  2061

Query 2127  TTGGGACCTATGAAAGACAGGATAAATGATGACTTGATCTCAGAATTTCCTGACAAATTTGGATCCTGTGTTCC  2200
            ||.|||||||||||||||||..|||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct 2062  TTAGGACCTATGAAAGACAGAGTAAATGATGACTTAATCTCAGAATTTCCTGACAAATTTGGATCCTGTGTCCC  2135

Query 2201  TCATACAACTAGACCAAAACGAGATTATGAGGTAGATGGAAGAGATTATCATTTTGTGACTTCAAGAGAGCAGA  2274
            |||||||||||||||.||.||.||.||||||||.||||||.|||||||||||||||||||||||||.||.||||
Sbjct 2136  TCATACAACTAGACCGAAGCGTGACTATGAGGTGGATGGACGAGATTATCATTTTGTGACTTCAAGGGAACAGA  2209

Query 2275  TGGAAAAAGATATCCAGGAACATAAATTCATTGAAGCTGGCCAGTATAACAATCATCTATATGGAACAAGTGTT  2348
            |||||||.|||||.|||||.|||||.|||||||||||.||||||||||||||.|||||.|||||.||.||.||.
Sbjct 2210  TGGAAAAGGATATTCAGGAGCATAAGTTCATTGAAGCCGGCCAGTATAACAACCATCTGTATGGGACGAGCGTG  2283

Query 2349  CAGTCTGTACGAGAAGTAGCAGAAAAGGGCAAACACTGTATCCTTGATGTGTCTGGAAATGCCATAAAGAGATT  2422
            |||||.||.||||.|||.|||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct 2284  CAGTCCGTGCGAGCAGTGGCAGAGAAGGGCAAACATTGTATCCTTGATGTGTCTGGAAATGCCATAAAGAGGTT  2357

Query 2423  ACAGATTGCACAGCTTTACCCTATCTCCATTTTTATTAAACCCAAATCCATGGAAAATATCATGGAAATGAATA  2496
            .|||||||||||||||||.||.||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 2358  GCAGATTGCACAGCTTTATCCAATATCTATTTTTATTAAACCCAAATCCATGGAAAATATCATGGAAATGAACA  2431

Query 2497  AGCGTCTAACAGAAGAACAAGCCAGAAAAACATTTGAGAGAGCCATGAAACTGGAACAGGAGTTTACTGAACAT  2570
            ||||.|||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||.|||||.|||
Sbjct 2432  AGCGCCTAACAGAAGAGCAGGCCAGAAAAACATTTGAGAGAGCCATGAAGCTGGAGCAGGAGTTCACTGAGCAT  2505

Query 2571  TTCACAGCTATTGTACAGGGGGATACGCTGGAAGACATTTACAACCAAGTGAAACAGATCATAGAAGAACAATC  2644
            ||||||||||||||.|||||.||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||
Sbjct 2506  TTCACAGCTATTGTCCAGGGAGACACGCTGGAGGACATTTACAACCAAGTGAAACAGATCATCGAAGAACAGTC  2579

Query 2645  TGGTTCTTACATCTGGGTTCCGGCAAAAGAAAAGCTA  2681
            |||..|||||||||||||.||.||.||||||||||||
Sbjct 2580  TGGGCCTTACATCTGGGTCCCAGCGAAAGAAAAGCTA  2616