Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_14615
• Subject: NM_001366203.1
• Aligned Length: 2699
• Identities: 2551
• Gaps: 122

Alignment

Query    1  ATGCCGGTCCGGAAGCAAGATACCCAGAGAGCATTGCACCTTTTGGAGGAATATCGTTCAAAACTAAGCCAAAC  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGCCGGTCCGGAAGCAAGATACCCAGAGAGCATTGCACCTTTTGGAGGAATATCGTTCAAAACTAAGCCAAAC  74

Query   75  TGAAGACAGACAGCTCAGAAGTTCCATAGAACGGGTTATTAACATATTTCAGAGCAACCTCTTTCAGGCTTTAA  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TGAAGACAGACAGCTCAGAAGTTCCATAGAACGGGTTATTAACATATTTCAGAGCAACCTCTTTCAGGCTTTAA  148

Query  149  TAGATATTCAAGAATTTTATGAAGTGACCTTACTGGATAATCCAAAATGTATAGATCGTTCAAAGCCGTCTGAA  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  TAGATATTCAAGAATTTTATGAAGTGACCTTACTGGATAATCCAAAATGTATAGATCGTTCAAAGCCGTCTGAA  222

Query  223  CCAATTCAACCTGTGAATACTTGGGAGATTTCCAGCCTTCCAAGCTCTACTGTGACTTCAGAGACACTGCCAAG  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  CCAATTCAACCTGTGAATACTTGGGAGATTTCCAGCCTTCCAAGCTCTACTGTGACTTCAGAGACACTGCCAAG  296

Query  297  CAGCCTTAGCCCTAGTGTAGAGAAATACAGGTATCAGGATGAAGATACACCTCCTCAAGAGCATATTTCCCCAC  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  CAGCCTTAGCCCTAGTGTAGAGAAATACAGGTATCAGGATGAAGATACACCTCCTCAAGAGCATATTTCCCCAC  370

Query  371  AAATCACAAATGAAGTGATAGGTCCAGAATTGGTTCATGTCTCAGAGAAGAACTTATCAGAGATTGAGAATGTC  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  AAATCACAAATGAAGTGATAGGTCCAGAATTGGTTCATGTCTCAGAGAAGAACTTATCAGAGATTGAGAATGTC  444

Query  445  CATGGATTTGTTTCTCATTCTCATATTTCACCAATAAAGGCAAATCCTCCCCCAGTACTGGTCAACACAGATAG  518
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                                   
Sbjct  445  CATGGATTTGTTTCTCATTCTCATATTTCACCAATAAAG-----------------------------------  483

Query  519  CTTGAAAACACCAACTTACGTTAATGGCACAGATGCAGATTATGAATATGAAGAAATCACACTTGAAAGGGGAA  592
                               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  484  -------------------GTTAATGGCACAGATGCAGATTATGAATATGAAGAAATCACACTTGAAAGGGGAA  538

Query  593  ATTCAGGGCTTGGTTTCAGCATTGCAG--AGTACGGACAACCCACACATTGGAGATGACTCAAGTATTTTCATT  664
            |||||||||||||||||||||||||||  .||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  539  ATTCAGGGCTTGGTTTCAGCATTGCAGGAGGTACGGACAACCCACACATTGGAGATGACTCAAGTATTTTCATT  612

Query  665  ACCAAAATTATCACA-GGGGAGCAGCCGCCCAAGATGGGAAGATTGCGGGTCAATGACTGTATATTACAAGTAA  737
            ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct  613  ACCAAAATTATCACAGGGGGAGCAGCCGCCCAAGAT-GGAAGATTGCGGGTCAATGACTGTATATTACGAGTAA  685

Query  738  ATGAAGTAGATGTTCGTGATGTAACACATAGCAAAGCAGTTGAAGCGTTGAAAGAAGCAGGGTCTATTGTACGC  811
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  686  ATGAAGTAGATGTTCGTGATGTAACACATAGCAAAGCAGTTGAAGCGTTGAAAGAAGCAGGGTCTATTGTACGC  759

Query  812  TTGTATGTAAAAAGAAGGAAACCAGTGTCAGAAAAAATAATGGAAATAAAGCTCATTAAAGGTCCTAAAGGTCT  885
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  760  TTGTATGTAAAAAGAAGGAAACCAGTGTCAGAAAAAATAATGGAAATAAAGCTCATTAAAGGTCCTAAAGGTCT  833

Query  886  TGGGTTTAGCATTGCTGGAGGTGTTGGAAATCAGCATATTCCTGGGGATAATAGCATCTATGTAACCAAAATAA  959
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  834  TGGGTTTAGCATTGCTGGAGGTGTTGGAAATCAGCATATTCCTGGGGATAATAGCATCTATGTAACCAAAATAA  907

Query  960  TTGAAGGAGGTGCAGCACATAAGGATGGCAAACTTCAGATTGGAGATAAACTTTTAGCAGTGAATAACGTATGT  1033
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  908  TTGAAGGAGGTGCAGCACATAAGGATGGCAAACTTCAGATTGGAGATAAACTTTTAGCAGTGAATAACGTATGT  981

Query 1034  TTAGAAGAAGTTACTCATGAAGAAGCAGTAACTGCCTTAAAGAACACATCTGATTTTGTTTATTTGAAAGTGGC  1107
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  982  TTAGAAGAAGTTACTCATGAAGAAGCAGTAACTGCCTTAAAGAACACATCTGATTTTGTTTATTTGAAAGTGGC  1055

Query 1108  AAAACCCACAAGTATGTATATGAATGATGGCTATGCACCACCTGATATCACCAACTCTTCTTCTCAGCCTGTTG  1181
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1056  AAAACCCACAAGTATGTATATGAATGATGGCTATGCACCACCTGATATCACCAACTCTTCTTCTCAGCCTGTTG  1129

Query 1182  ATAACCATGTTAGCCCATCTTCCTTCTTGGGCCAGACACCAGCATCTCCAGCCAGATACTCCCCAGTTTCTAAA  1255
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1130  ATAACCATGTTAGCCCATCTTCCTTCTTGGGCCAGACACCAGCATCTCCAGCCAGATACTCCCCAGTTTCTAAA  1203

Query 1256  GCAGTACTTGGAGATGATGAAATTACAAGGGAACCTAGAAAAGTTGTTCTTCATCGTGGCTCAACGGGCCTTGG  1329
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1204  GCAGTACTTGGAGATGATGAAATTACAAGGGAACCTAGAAAAGTTGTTCTTCATCGTGGCTCAACGGGCCTTGG  1277

Query 1330  TTTCAACATTGTAGGAGGAGAAGATGGAGAAGGAATATTTATTTCCTTTATCTTAGCCGGAGGACCTGCTGATC  1403
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1278  TTTCAACATTGTAGGAGGAGAAGATGGAGAAGGAATATTTATTTCCTTTATCTTAGCCGGAGGACCTGCTGATC  1351

Query 1404  TAAGTGGAGAGCTCAGAAAAGGAGATCGTATTATATCGGTAAACAGTGTTGACCTCAGAGCTGCTAGTCATGAG  1477
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1352  TAAGTGGAGAGCTCAGAAAAGGAGATCGTATTATATCGGTAAACAGTGTTGACCTCAGAGCTGCTAGTCATGAG  1425

Query 1478  CAGGCAGCAGCTGCATTGAAAAATGCTGGCCAGGCTGTCACAATTGTTGCACAATATCGACCTGAAGAATACAG  1551
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1426  CAGGCAGCAGCTGCATTGAAAAATGCTGGCCAGGCTGTCACAATTGTTGCACAATATCGACCTGAAGAATACAG  1499

Query 1552  TCGTTTTGAAGCTAAAATACATGATTTACGGGAGCAGATGATGAATAGTAGTATTAGTTCAGGGTCAGGTTCTC  1625
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500  TCGTTTTGAAGCTAAAATACATGATTTACGGGAGCAGATGATGAATAGTAGTATTAGTTCAGGGTCAGGTTCTC  1573

Query 1626  TTCGAACTAGCCAGAAGCGATCCCTCTATGTCAGAGCCCTTTTTGATTATGACAAGACTAAAGACAGTGGGCTT  1699
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1574  TTCGAACTAGCCAGAAGCGATCCCTCTATGTCAGAGCCCTTTTTGATTATGACAAGACTAAAGACAGTGGGCTT  1647

Query 1700  CCCAGTCAGGGACTGAACTTCAAATTTGGAGATATCCTCCATGTTATTAATGCTTCTGATGATGAATGGTGGCA  1773
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1648  CCCAGTCAGGGACTGAACTTCAAATTTGGAGATATCCTCCATGTTATTAATGCTTCTGATGATGAATGGTGGCA  1721

Query 1774  AGCCAGGCAGGTTACACCAGATGGTGAGAGCGATGAGGTCGGAGTGATTCCCAGTAAACGCAGAGTTGAGAAGA  1847
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1722  AGCCAGGCAGGTTACACCAGATGGTGAGAGCGATGAGGTCGGAGTGATTCCCAGTAAACGCAGAGTTGAGAAGA  1795

Query 1848  AAGAACGAGCCCGATTAAAAACAGTGAAATTCAATTCTAAAACGAGAGATAAAGGGCAGTCATTC--AATGACA  1919
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||  ||.|  .|.||||
Sbjct 1796  AAGAACGAGCCCGATTAAAAACAGTGAAATTCAATTCTAAAACGAGAGATAAAGGGGAG--ATCCCTGACGACA  1867

Query 1920  AGCG-TAAAAAGAACCTCTTTTCCCGAA------AATTCCCCTTCTACAAGAACAAGGACCAG----AGTG--A  1980
            .|.| |.|||||         .||.|||      ||     |||||| |.|        ||||    ||||  |
Sbjct 1868  TGGGATCAAAAG---------GCCTGAAGCATGTAA-----CTTCTA-ATG--------CCAGCGATAGTGAAA  1918

Query 1981  GCAGGAAACAAGTGATGCTCACAAGTATGTATATGAATGATGGCTATGCACCACCTGATATCACCAACTGTGGT  2054
            |.||..|.|.|.|..||.|.||        |.||||.| |||||  |||           |||  ||..|||||
Sbjct 1919  GTAGTTACCTAATCTTGATTAC--------AGATGAGT-ATGGC--TGC-----------TCA--AAAGGTGGT  1968

Query 2055  CAAGAAGAATACGTCTTATCTTATGAACCAGTGAATCAACAAGAAGTTAATTATACTCGACCAGTGATCATATT  2128
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1969  CAAGAAGAATACGTCTTATCTTATGAACCAGTGAATCAACAAGAAGTTAATTATACTCGACCAGTGATCATATT  2042

Query 2129  GGGACCTATGAAAGACAGGATAAATGATGACTTGATCTCAGAATTTCCTGACAAATTTGGATCCTGTGTTCCTC  2202
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2043  GGGACCTATGAAAGACAGGATAAATGATGACTTGATCTCAGAATTTCCTGACAAATTTGGATCCTGTGTTCCTC  2116

Query 2203  ATACAACTAGACCAAAACGAGATTATGAGGTAGATGGAAGAGATTATCATTTTGTGACTTCAAGAGAGCAGATG  2276
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2117  ATACAACTAGACCAAAACGAGATTATGAGGTAGATGGAAGAGATTATCATTTTGTGACTTCAAGAGAGCAGATG  2190

Query 2277  GAAAAAGATATCCAGGAACATAAATTCATTGAAGCTGGCCAGTATAACAATCATCTATATGGAACAAGTGTTCA  2350
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2191  GAAAAAGATATCCAGGAACATAAATTCATTGAAGCTGGCCAGTATAACAATCATCTATATGGAACAAGTGTTCA  2264

Query 2351  GTCTGTACGAGAAGTAGCAGAAAAGGGCAAACACTGTATCCTTGATGTGTCTGGAAATGCCATAAAGAGATTAC  2424
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2265  GTCTGTACGAGAAGTAGCAGAAAAGGGCAAACACTGTATCCTTGATGTGTCTGGAAATGCCATAAAGAGATTAC  2338

Query 2425  AGATTGCACAGCTTTACCCTATCTCCATTTTTATTAAACCCAAATCCATGGAAAATATCATGGAAATGAATAAG  2498
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2339  AGATTGCACAGCTTTACCCTATCTCCATTTTTATTAAACCCAAATCCATGGAAAATATCATGGAAATGAATAAG  2412

Query 2499  CGTCTAACAGAAGAACAAGCCAGAAAAACATTTGAGAGAGCCATGAAACTGGAACAGGAGTTTACTGAACATTT  2572
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2413  CGTCTAACAGAAGAACAAGCCAGAAAAACATTTGAGAGAGCCATGAAACTGGAACAGGAGTTTACTGAACATTT  2486

Query 2573  CACAGCTATTGTACAGGGGGATACGCTGGAAGACATTTACAACCAAGTGAAACAGATCATAGAAGAACAATCTG  2646
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2487  CACAGCTATTGTACAGGGGGATACGCTGGAAGACATTTACAACCAAGTGAAACAGATCATAGAAGAACAATCTG  2560

Query 2647  GTTCTTACATCTGGGTTCCGGCAAAAGAAAAGCTA  2681
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2561  GTTCTTACATCTGGGTTCCGGCAAAAGAAAAGCTA  2595