Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_14615
- Subject:
- NM_001366221.1
- Aligned Length:
- 2769
- Identities:
- 2328
- Gaps:
- 358
Alignment
Query 1 ATG-----CCGGTCCGGAAGCAAGATAC---------CCAGAGAGCATTGCACCTTTTGGAGGAATATCGTTCA 60
||| |...|.|||||.|||.|.|| |..|.| |||.|..| ||||| ||
Sbjct 1 ATGAATTACATTTTCGGAAACAACACACTTCTATACTCTCGCG-GCAGTCGA------GGAGG---------CA 58
Query 61 AAACTA-----AGCCAAACTGAAGACAGACAGCTCAGAAGTTCCATAGAACGGGTTATTAACATATTTCAGAGC 129
|.|||| ||||| || ||||||.||..|||.|| ||||
Sbjct 59 ATACTAGCTCTAGCCA---TG----------GCTCAGCAGGCCCAAAG--------------------CAGA-- 97
Query 130 AACCTCTTTCAGGCTTTAATAGATATTCAAGAATTTTATGAAGTGACCTTACTGGATAATCCAAAATGTATAGA 203
||| |||||..|| ||||.| |.
Sbjct 98 AAC-----------------------------------------------ACTGGGCAA---AAAAGG----GC 117
Query 204 TCGTTCAAAGCCGTCTGAACCAATTCAACCTGTGAATACTTGGGAGATTTCCAG--CCTTCCAAGCTCTACTGT 275
||| |||.| ||||| |.|||.|||.| |||| ||||| ||..|
Sbjct 118 TCG-TCAGA------TGAAC---TGCAAGCTGAG----------------CCAGAACCTTC--------ACGCT 157
Query 276 GACTTCAGAGA-----------CACTGCCAAG---CAGCCTTAGCCCTAGTGTAGAGAAATACA----GGTATC 331
|.|..||||.| |||| |.||| ||||.||| |.| |.|.|| ||||.|
Sbjct 158 GGCAGCAGATAGTTGCATTTTTCACT-CGAAGACACAGCTTTA----TTG--------ACTGCATCTCGGTAGC 218
Query 332 AGGATGAAGATACACCTCCTCAAGAGCATATTTCCCCA--CAAATCACAAATGAAGTGATAGGTCCAGAATTGG 403
||||..|||.| |||| ||| |||||...|
Sbjct 219 ------------CACCAGCTCCA-----------CCCAGCCAA----------------------CAGAAGCTG 247
Query 404 TTCAT--GTCTCAGAGAAGAACT-------TATCAGAGAT--------TGAGAATGTCCATG----GATT--TG 454
|||.| .|||| || |..|.|.||| ||..| ||||.|| ||.| ||
Sbjct 248 TTCTTCCCTCTC---------CTCCCACTGTCCCTGTGATCCCTGTCCTGCCA--GTCCCTGCTGAGAATACTG 310
Query 455 TTTCTCATTCT------CATATTTCACCAATAAAGGCAAATCCTCCCCCAGTACTGGTCAACACAGATAGCTTG 522
||||.|| ||| ||| |.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 311 ----TCATCCTACCCACCAT-----ACC---ACAGGCAAATCCTCCCCCAGTACTGGTCAACACAGATAGCTTG 372
Query 523 AAAACACCAACTTACGTTAATGGCACAGATGCAGATTATGAATATGAAGAAATCACACTTGAAAGGGGAAATTC 596
.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 373 GAAACACCAACTTACGTTAATGGCACAGATGCAGATTATGAATATGAAGAAATCACACTTGAAAGGGGAAATTC 446
Query 597 AGGGCTTGGTTTCAGCATTGCAG--AGTACGGACAACCCACACATTGGAGATGACTCAAGTATTTTCATTACCA 668
||||||||||||||||||||||| .||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 447 AGGGCTTGGTTTCAGCATTGCAGGAGGTACGGACAACCCACACATTGGAGATGACTCAAGTATTTTCATTACCA 520
Query 669 AAATTATCACA-GGGGAGCAGCCGCCCAAGATGGGAAGATTGCGGGTCAATGACTGTATATTACAAGTAAATGA 741
||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
Sbjct 521 AAATTATCACAGGGGGAGCAGCCGCCCAAGAT-GGAAGATTGCGGGTCAATGACTGTATATTACGAGTAAATGA 593
Query 742 AGTAGATGTTCGTGATGTAACACATAGCAAAGCAGTTGAAGCGTTGAAAGAAGCAGGGTCTATTGTACGCTTGT 815
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 594 AGTAGATGTTCGTGATGTAACACATAGCAAAGCAGTTGAAGCGTTGAAAGAAGCAGGGTCTATTGTACGCTTGT 667
Query 816 ATGTAAAAAGAAGGAAACCAGTGTCAGAAAAAATAATGGAAATAAAGCTCATTAAAGGTCCTAAAGGTCTTGGG 889
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 668 ATGTAAAAAGAAGGAAACCAGTGTCAGAAAAAATAATGGAAATAAAGCTCATTAAAGGTCCTAAAGGTCTTGGG 741
Query 890 TTTAGCATTGCTGGAGGTGTTGGAAATCAGCATATTCCTGGGGATAATAGCATCTATGTAACCAAAATAATTGA 963
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 742 TTTAGCATTGCTGGAGGTGTTGGAAATCAGCATATTCCTGGGGATAATAGCATCTATGTAACCAAAATAATTGA 815
Query 964 AGGAGGTGCAGCACATAAGGATGGCAAACTTCAGATTGGAGATAAACTTTTAGCAGTGAATAACGTATGTTTAG 1037
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 816 AGGAGGTGCAGCACATAAGGATGGCAAACTTCAGATTGGAGATAAACTTTTAGCAGTGAATAACGTATGTTTAG 889
Query 1038 AAGAAGTTACTCATGAAGAAGCAGTAACTGCCTTAAAGAACACATCTGATTTTGTTTATTTGAAAGTGGCAAAA 1111
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 890 AAGAAGTTACTCATGAAGAAGCAGTAACTGCCTTAAAGAACACATCTGATTTTGTTTATTTGAAAGTGGCAAAA 963
Query 1112 CCCACAAGTATGTATATGAATGATGGCTATGCACCACCTGATATCACCAACTCTTCTTCTCAGCCTGTTGATAA 1185
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 964 CCCACAAGTATGTATATGAATGATGGCTATGCACCACCTGATATCACCAACTCTTCTTCTCAGCCTGTTGATAA 1037
Query 1186 CCATGTTAGCCCATCTTCCTTCTTGGGCCAGACACCAGCATCTCCAGCCAGATACTCCCCAGTTTCTAAAGCAG 1259
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1038 CCATGTTAGCCCATCTTCCTTCTTGGGCCAGACACCAGCATCTCCAGCCAGATACTCCCCAGTTTCTAAAGCAG 1111
Query 1260 TACTTGGAGATGATGAAATTACAAGGGAACCTAGAAAAGTTGTTCTTCATCGTGGCTCAACGGGCCTTGGTTTC 1333
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1112 TACTTGGAGATGATGAAATTACAAGGGAACCTAGAAAAGTTGTTCTTCATCGTGGCTCAACGGGCCTTGGTTTC 1185
Query 1334 AACATTGTAGGAGGAGAAGATGGAGAAGGAATATTTATTTCCTTTATCTTAGCCGGAGGACCTGCTGATCTAAG 1407
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1186 AACATTGTAGGAGGAGAAGATGGAGAAGGAATATTTATTTCCTTTATCTTAGCCGGAGGACCTGCTGATCTAAG 1259
Query 1408 TGGAGAGCTCAGAAAAGGAGATCGTATTATATCGGTAAACAGTGTTGACCTCAGAGCTGCTAGTCATGAGCAGG 1481
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 TGGAGAGCTCAGAAAAGGAGATCGTATTATATCGGTAAACAGTGTTGACCTCAGAGCTGCTAGTCATGAGCAGG 1333
Query 1482 CAGCAGCTGCATTGAAAAATGCTGGCCAGGCTGTCACAATTGTTGCACAATATCGACCTGAAGAATACAGTCGT 1555
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1334 CAGCAGCTGCATTGAAAAATGCTGGCCAGGCTGTCACAATTGTTGCACAATATCGACCTGAAGAATACAGTCGT 1407
Query 1556 TTTGAAGCTAAAATACATGATTTACGGGAGCAGATGATGAATAGTAGTATTAGTTCAGGGTCAGGTTCTCTTCG 1629
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1408 TTTGAAGCTAAAATACATGATTTACGGGAGCAGATGATGAATAGTAGTATTAGTTCAGGGTCAGGTTCTCTTCG 1481
Query 1630 AACTAGCCAGAAGCGATCCCTCTATGTCAGAGCCCTTTTTGATTATGACAAGACTAAAGACAGTGGGCTTCCCA 1703
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1482 AACTAGCCAGAAGCGATCCCTCTATGTCAGAGCCCTTTTTGATTATGACAAGACTAAAGACAGTGGGCTTCCCA 1555
Query 1704 GTCAGGGACTGAACTTCAAATTTGGAGATATCCTCCATGTTATTAATGCTTCTGATGATGAATGGTGGCAAGCC 1777
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1556 GTCAGGGACTGAACTTCAAATTTGGAGATATCCTCCATGTTATTAATGCTTCTGATGATGAATGGTGGCAAGCC 1629
Query 1778 AGGCAGGTTACACCAGATGGTGAGAGCGATGAGGTCGGAGTGATTCCCAGTAAACGCAGAGTTGAGAAGAAAGA 1851
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1630 AGGCAGGTTACACCAGATGGTGAGAGCGATGAGGTCGGAGTGATTCCCAGTAAACGCAGAGTTGAGAAGAAAGA 1703
Query 1852 ACGAGCCCGATTAAAAACAGTGAAATTCAATTCTAAAACGAGAGATAAAGGGCAGTCATTC--AATGACAAGCG 1923
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|| ||.| .|.||||.|.|
Sbjct 1704 ACGAGCCCGATTAAAAACAGTGAAATTCAATTCTAAAACGAGAGATAAAGGGGAG--ATCCCTGACGACATGGG 1775
Query 1924 -TAAAAAGAACCTCTTTTCCCGAA------AATTCCCCTTCTACAAGAACAAGGACCAG----AGTG--AGCAG 1984
|.||||| .||.||| || |||||| |.| |||| |||| ||.||
Sbjct 1776 ATCAAAAG---------GCCTGAAGCATGTAA-----CTTCTA-ATG--------CCAGCGATAGTGAAAGTAG 1826
Query 1985 GAAACAAGTGATGCTCACAAGTATGTATATGAATGATGGCTATGCACCACCTGATATCACCAACTGTGGTCAAG 2058
..|.|.|.|..||.|.|| |.||||.| ||||| ||| ||| ||..|||||||||
Sbjct 1827 TTACCTAATCTTGATTAC--------AGATGAGT-ATGGC--TGC-----------TCA--AAAGGTGGTCAAG 1876
Query 2059 AAGAATACGTCTTATCTTATGAACCAGTGAATCAACAAGAAGTTAATTATACTCGACCAGTGATCATATTGGGA 2132
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1877 AAGAATACGTCTTATCTTATGAACCAGTGAATCAACAAGAAGTTAATTATACTCGACCAGTGATCATATTGGGA 1950
Query 2133 CCTATGAAAGACAGGATAAATGATGACTTGATCTCAGAATTTCCTGACAAATTTGGATCCTGTGTTCCTCATAC 2206
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1951 CCTATGAAAGACAGGATAAATGATGACTTGATCTCAGAATTTCCTGACAAATTTGGATCCTGTGTTCCTCATAC 2024
Query 2207 AACTAGACCAAAACGAGATTATGAGGTAGATGGAAGAGATTATCATTTTGTGACTTCAAGAGAGCAGATGGAAA 2280
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2025 AACTAGACCAAAACGAGATTATGAGGTAGATGGAAGAGATTATCATTTTGTGACTTCAAGAGAGCAGATGGAAA 2098
Query 2281 AAGATATCCAGGAACATAAATTCATTGAAGCTGGCCAGTATAACAATCATCTATATGGAACAAGTGTTCAGTCT 2354
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2099 AAGATATCCAGGAACATAAATTCATTGAAGCTGGCCAGTATAACAATCATCTATATGGAACAAGTGTTCAGTCT 2172
Query 2355 GTACGAGAAGTAGCAGAAAAGGGCAAACACTGTATCCTTGATGTGTCTGGAAATGCCATAAAGAGATTACAGAT 2428
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2173 GTACGAGAAGTAGCAGAAAAGGGCAAACACTGTATCCTTGATGTGTCTGGAAATGCCATAAAGAGATTACAGAT 2246
Query 2429 TGCACAGCTTTACCCTATCTCCATTTTTATTAAACCCAAATCCATGGAAAATATCATGGAAATGAATAAGCGTC 2502
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2247 TGCACAGCTTTACCCTATCTCCATTTTTATTAAACCCAAATCCATGGAAAATATCATGGAAATGAATAAGCGTC 2320
Query 2503 TAACAGAAGAACAAGCCAGAAAAACATTTGAGAGAGCCATGAAACTGGAACAGGAGTTTACTGAACATTTCACA 2576
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2321 TAACAGAAGAACAAGCCAGAAAAACATTTGAGAGAGCCATGAAACTGGAACAGGAGTTTACTGAACATTTCACA 2394
Query 2577 GCTATTGTACAGGGGGATACGCTGGAAGACATTTACAACCAAGTGAAACAGATCATAGAAGAACAATCTGGTTC 2650
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2395 GCTATTGTACAGGGGGATACGCTGGAAGACATTTACAACCAAGTGAAACAGATCATAGAAGAACAATCTGGTTC 2468
Query 2651 TTACATCTGGGTTCCGGCAAAAGAAAAGCTA 2681
|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2469 TTACATCTGGGTTCCGGCAAAAGAAAAGCTA 2499