Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_14615
- Subject:
- XM_006521770.3
- Aligned Length:
- 2827
- Identities:
- 2143
- Gaps:
- 444
Alignment
Query 1 ATGCCGGTCCGGAAGCAAGATACCCAGAGAGCATTGCACCTTTTGGAGGAATATCGTTCAAAACTAAGCCAAAC 74
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 75 TGAAGACAGACAGCTCAGAAGTTCCATAGAACGGGTTATTAACATATTTCAGAGCAACCTCTTTCAGGCTTTAA 148
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 149 TAGATATTCAAGAATTTTATGAAGTGACCTTACTGGATAATCCAAAATGTATAGATCGTTCAAAGCCGTCTGAA 222
||.|||.|
Sbjct 1 --------------------------------------------------ATGGATTG---------------- 8
Query 223 CCAATTCAACCTGTGAATACTTGGGAGATTTCCAGCCTTCCAAGCTCTACTGTGACTTCAGAGACACTGCCAAG 296
||||||.|| |||.|||.|
Sbjct 9 ---------CCTGTGCAT--------------------------------TGTAACTAC--------------- 26
Query 297 CAGCCTTAGCCCTAGTGTAGAGAAATACAGGTATCAGGATGAAGATACACCTCCTCAAGAGCATATTTCCCCAC 370
|.||||||||.||||||||||||||||...||.|||||..|||||||||||.||||
Sbjct 27 ------------------AAAGAAATACCGGTATCAGGATGAAGAGGTACTTCCTCCTGAGCATATTTCTCCAC 82
Query 371 AAATCACAAATGAAGTGATAGGTCCAGAATTGGTTCATGTCTCAGAGAAGAACTTATCAGAGATTGAGAATGTC 444
||.||||||||||.|||.|||||||||||.||||.||||||||||||||||||.|.||||||||||||||||||
Sbjct 83 AAGTCACAAATGAGGTGCTAGGTCCAGAACTGGTCCATGTCTCAGAGAAGAACCTGTCAGAGATTGAGAATGTC 156
Query 445 CATGGATTTGTTTCTCATTCTCATATTTCACCAATAA------------------------------------- 481
||||||||||||||||||||||||||.||||||||||
Sbjct 157 CATGGATTTGTTTCTCATTCTCATATCTCACCAATAAAGCCCACAGAAGCTGTTCCTCCCTCCTCTCCCATTGT 230
Query 482 --------------------------------------------------------------AGGCAAATCCTC 493
||||||||||||
Sbjct 231 CCCTGTGACCCCTGCCCTGCCAGTCCCTGCTGAGAGTACTGTCGTCCTGCCCTCCGCACCACAGGCAAATCCTC 304
Query 494 CCCCAGTACTGGTCAACACAGATAGCTTGAAAACACCAACTTACGTTAATGGCACAGATGCAGATTATGAATAT 567
|.|||||.||||||||||||||.|||||..|.|||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct 305 CTCCAGTGCTGGTCAACACAGACAGCTTAGAGACACCAACTTATGTTAATGGCACTGATGCAGATTATGAATAT 378
Query 568 GAAGAAATCACACTTGAAAGGGGAAATTCAGGGCTTGGTTTCAGCATTGCAG--AGTACGGACAACCCACACAT 639
||.||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||| .||||.||||||||||||||
Sbjct 379 GAGGAAATCACACTTGAAAGGGGAAATTCGGGTCTTGGTTTCAGCATTGCAGGAGGTACAGACAACCCACACAT 452
Query 640 TGGAGATGACTCAAGTATTTTCATTACCAAAATTATCACAGG-GGAGCAGCCGCCCAAGATGGGAAGATTGCGG 712
||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||| |||||.||.|||||.||| ||||||||||||
Sbjct 453 TGGAGATGACTCAAGTATTTTCATCACCAAAATTATCACAGGCGGAGCGGCTGCCCAGGAT-GGAAGATTGCGG 525
Query 713 GTCAATGACTGTATATTACAAGTAAATGAAGTAGATGTTCGTGATGTAACACATAGCAAAGCAGTTGAAGCGTT 786
||.||||||||||||.|...|||||||||||.|||.||||||||||||||.||.|||||||||||.||.||.||
Sbjct 526 GTAAATGACTGTATACTGAGAGTAAATGAAGCAGACGTTCGTGATGTAACCCACAGCAAAGCAGTGGAGGCATT 599
Query 787 GAAAGAAGCAGGGTCTATTGTACGCTTGTATGTAAAAAGAAGGAAACCAGTGTCAGAAAAAATAATGGAAATAA 860
.||||||||.||.||||||||.||.||||||||.|||||..||||.||||..|||||||||||.||||||||||
Sbjct 600 AAAAGAAGCTGGATCTATTGTGCGATTGTATGTGAAAAGGCGGAAGCCAGCATCAGAAAAAATCATGGAAATAA 673
Query 861 AGCTCATTAAAGGTCCTAAAGGTCTTGGGTTTAGCATTGCTGGAGGTGTTGGAAATCAGCATATTCCTGGGGAT 934
|||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||
Sbjct 674 AGCTCATTAAAGGTCCTAAAGGTCTTGGGTTCAGCATTGCTGGAGGTGTTGGAAATCAGCACATTCCTGGTGAT 747
Query 935 AATAGCATCTATGTAACCAAAATAATTGAAGGAGGTGCAGCACATAAGGATGGCAAACTTCAGATTGGAGATAA 1008
||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct 748 AACAGCATCTATGTAACCAAAATAATTGAAGGAGGTGCAGCACACAAGGATGGCAAGCTTCAGATTGGAGATAA 821
Query 1009 ACTTTTAGCAGTGAATAACGTATGTTTAGAAGAAGTTACTCATGAAGAAGCAGTAACTGCCTTAAAGAACACAT 1082
.|||.||||||||||.|..||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||||
Sbjct 822 GCTTCTAGCAGTGAACAGTGTGTGTTTAGAAGAAGTTACTCATGAAGAAGCAGTGACTGCCTTAAAGAATACAT 895
Query 1083 CTGATTTTGTTTATTTGAAAGTGGCAAAACCCACAAGTATGTATATGAATGATGGCTATGCACCACCTGATATC 1156
|||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct 896 CTGATTTTGTTTATTTGAAAGTGGCAAAACCAACAAGTATGTATATAAATGATGGCTATGCACCACCTGACATC 969
Query 1157 ACCAACTCTTCTTCTCAGCCTGTTGATAACCATGTTAGCCCATCTTCCTTCTTGGGCCAGACACCAGCATCTCC 1230
||.||.|||||||||||..|||||||.||||||||.|||||.||.||||.||||||||||||.|||.|.||.||
Sbjct 970 ACTAATTCTTCTTCTCAATCTGTTGACAACCATGTCAGCCCGTCCTCCTGCTTGGGCCAGACGCCAACGTCACC 1043
Query 1231 AGCCAGATACTC-CCCAGTTTCTAAAGCAGTACTTGGAGATGATGAAATTACAAGGGAACCTAGAAAAGTTGTT 1303
||||||.||||| |||| ||||||||||.||.||.||||||||.||.||.||.|||||||||||||||||||||
Sbjct 1044 AGCCAGGTACTCACCCA-TTTCTAAAGCTGTGCTCGGAGATGACGAGATCACTAGGGAACCTAGAAAAGTTGTT 1116
Query 1304 CTTCATCGTGGCTCAACGGGCCTTGGTTTCAACATTGTAGGAGGAGAAGATGGAGAAGGAATATTTATTTCCTT 1377
|||||||||||||||||.||.||||||||.||||||||.|||||.||||||||||||||.||.|||||.|||||
Sbjct 1117 CTTCATCGTGGCTCAACAGGACTTGGTTTTAACATTGTGGGAGGTGAAGATGGAGAAGGGATTTTTATCTCCTT 1190
Query 1378 TATCTTAGCCGGAGGACCTGCTGATCTAAGTGGAGAGCTCAGAAAAGGAGATCGTATTATATCGGTAAACAGTG 1451
.|||.|.||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||.|||||||
Sbjct 1191 CATCCTTGCTGGCGGACCTGCTGATCTAAGTGGAGAGCTCAGAAAAGGAGATCGCATCATATCGGTGAACAGTG 1264
Query 1452 TTGACCTCAGAGCTGCTAGTCATGAGCAGGCAGCAGCTGCATTGAAAAATGCTGGCCAGGCTGTCACAATTGTT 1525
||||||||||||||||.|||||.||.||.||||||||||||.|.||.||.||.|||||.||.|||||.||.|||
Sbjct 1265 TTGACCTCAGAGCTGCAAGTCACGAACAAGCAGCAGCTGCACTAAAGAACGCAGGCCAAGCCGTCACCATCGTT 1338
Query 1526 GCACAATATCGACCTGAAGAATACAGTCGTTTTGAAGCTAAAATACATGATTTACGGGAGCAGATGATGAATAG 1599
||.|||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct 1339 GCGCAATATCGACCCGAAGAGTACAGTCGTTTTGAAGCTAAAATCCATGACTTACGGGAGCAGATGATGAATAG 1412
Query 1600 TAGTATTAGTTCAGGGTCAGGTTCTCTTCGAACTAGCCAGAAGCGATCCCTCTATGTCAGAGCCCTTTTTGATT 1673
.|||.|.||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct 1413 CAGTGTCAGTTCAGGGTCAGGGTCTCTTCGAACCAGCCAGAAGCGCTCCCTCTATGTCAGAGCCCTCTTTGATT 1486
Query 1674 ATGACAAGACTAAAGACAGTGGGCTTCCCAGTCAGGGACTGAACTTCAAATTTGGAGATATCCTCCATGTTATT 1747
|||||||||||||.|||||.||||||||||||||.||||||||||||...||||||||.|||||||||||.||.
Sbjct 1487 ATGACAAGACTAAGGACAGCGGGCTTCCCAGTCAAGGACTGAACTTCCGCTTTGGAGACATCCTCCATGTCATC 1560
Query 1748 AATGCTTCTGATGATGAATGGTGGCAAGCCAGGCAGGTTACACCAGATGGTGAGAGCGATGAGGTCGGAGTGAT 1821
|||||||||||.||.||.||||||||||||||||||||.||.|||||.||.|||||.||.||.|||||||||||
Sbjct 1561 AATGCTTCTGACGACGAGTGGTGGCAAGCCAGGCAGGTCACCCCAGACGGGGAGAGTGACGAAGTCGGAGTGAT 1634
Query 1822 TCCCAGTAAACGCAGAGTTGAGAAGAAAGAACGAGCCCGATTAAAAACAGTGAAATTCAATTCTAAAACGA--- 1892
|||.||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.|
Sbjct 1635 TCCTAGTAAACGAAGAGTTGAGAAGAAGGAACGAGCCCGATTAAAAACGGTCAAATTCAATTCTAAAACAAGAG 1708
Query 1893 GAGATAAAGGGCAGTCATTCAATGACAAGCGTAAAAAGAACCTCTTTTCCCGAAAATTCCCCTTCTACAAGAAC 1966
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
Sbjct 1709 GAGATAAAGGGCAGTCATTCAATGACAAGCGTAAAAAGAACCTCTTTTCCCGAAAATTTCCCTTCTACAAGAAC 1782
Query 1967 AAGGACCAGAGTGAGCAGGAAACAAGTGATGCTCACAAGTATGTA-----TA-------------TGAA----- 2017
||||||||||||||.||||||||.|||||||||.||.||.|.||| || ||||
Sbjct 1783 AAGGACCAGAGTGAACAGGAAACGAGTGATGCTGACCAGCACGTAACTTCTAATGCCAGCGATAGTGAAAGTAG 1856
Query 2018 -----------TGATGGCTATGCACCACCTG-ATAT-----CACCAACTGTGGTCAAGAAGAATACGTCTTATC 2074
|||| || ||..|| |||| |.|.||..||||||||||||||||.||.|||||
Sbjct 1857 TTACCTAATCTTGAT---TA-----CAGATGAATATGGCTGCTCAAAAGGTGGTCAAGAAGAATATGTTTTATC 1922
Query 2075 TTATGAACCAGTGAATCAACAAGAAGTTAATTATACTCGACCAGTGATCATATTGGGACCTATGAAAGACAGGA 2148
||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||.|||||||||||||||||..
Sbjct 1923 TTATGAGCCAGTGAATCAACAAGAAGTTAATTATACCCGACCAGTCATCATATTAGGACCTATGAAAGACAGAG 1996
Query 2149 TAAATGATGACTTGATCTCAGAATTTCCTGACAAATTTGGATCCTGTGTTCCTCATACAACTAGACCAAAACGA 2222
|||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||.||.
Sbjct 1997 TAAATGATGACTTAATCTCAGAATTTCCTGACAAATTTGGATCCTGTGTCCCTCATACAACTAGACCGAAGCGT 2070
Query 2223 GATTATGAGGTAGATGGAAGAGATTATCATTTTGTGACTTCAAGAGAGCAGATGGAAAAAGATATCCAGGAACA 2296
||.||||||||.||||||.|||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||.|||||.|||||.||
Sbjct 2071 GACTATGAGGTGGATGGACGAGATTATCATTTTGTGACTTCAAGGGAACAGATGGAAAAGGATATTCAGGAGCA 2144
Query 2297 TAAATTCATTGAAGCTGGCCAGTATAACAATCATCTATATGGAACAAGTGTTCAGTCTGTACGAGAAGTAGCAG 2370
|||.|||||||||||.||||||||||||||.|||||.|||||.||.||.||.|||||.||.||||.|||.||||
Sbjct 2145 TAAGTTCATTGAAGCCGGCCAGTATAACAACCATCTGTATGGGACGAGCGTGCAGTCCGTGCGAGCAGTGGCAG 2218
Query 2371 AAAAGGGCAAACACTGTATCCTTGATGTGTCTGGAAATGCCATAAAGAGATTACAGATTGCACAGCTTTACCCT 2444
|.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.||.
Sbjct 2219 AGAAGGGCAAACATTGTATCCTTGATGTGTCTGGAAATGCCATAAAGAGGTTGCAGATTGCACAGCTTTATCCA 2292
Query 2445 ATCTCCATTTTTATTAAACCCAAATCCATGGAAAATATCATGGAAATGAATAAGCGTCTAACAGAAGAACAAGC 2518
||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||.||.||
Sbjct 2293 ATATCTATTTTTATTAAACCCAAATCCATGGAAAATATCATGGAAATGAACAAGCGCCTAACAGAAGAGCAGGC 2366
Query 2519 CAGAAAAACATTTGAGAGAGCCATGAAACTGGAACAGGAGTTTACTGAACATTTCACAGCTATTGTACAGGGGG 2592
|||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||.|||||.|||||||||||||||||.|||||.|
Sbjct 2367 CAGAAAAACATTTGAGAGAGCCATGAAGCTGGAGCAGGAGTTCACTGAGCATTTCACAGCTATTGTCCAGGGAG 2440
Query 2593 ATACGCTGGAAGACATTTACAACCAAGTGAAACAGATCATAGAAGAACAATCTGGTTCTTACATCTGGGTTCCG 2666
|.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||..|||||||||||||.||.
Sbjct 2441 ACACGCTGGAGGACATTTACAACCAAGTGAAACAGATCATCGAAGAACAGTCTGGGCCTTACATCTGGGTCCCA 2514
Query 2667 GCAAAAGAAAAGCTA 2681
||.||||||||||||
Sbjct 2515 GCGAAAGAAAAGCTA 2529