Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_14615
- Subject:
- XM_017316868.1
- Aligned Length:
- 2755
- Identities:
- 2060
- Gaps:
- 441
Alignment
Query 1 ATGCCGGTCCGGAAGCAAGATACCCAGAGAGCATTGCACCTTTTGGAGGAATATCGTTCAAAACTAAGCCAAAC 74
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 75 TGAAGACAGACAGCTCAGAAGTTCCATAGAACGGGTTATTAACATATTTCAGAGCAACCTCTTTCAGGCTTTAA 148
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 149 TAGATATTCAAGAATTTTATGAAGTGACCTTACTGGATAATCCAAAATGTATAGATCGTTCAAAGCCGTCTGAA 222
||||| |||| ||.| ||.|||
Sbjct 1 ------------------ATGAA------TTAC-------------ATTT------------------TCGGAA 19
Query 223 CCAATTCA-ACCTGTGAATACTTG----------GGAGATTTCCAGCCTTCCAAGCTCTACTGTGACTTCAGAG 285
.||| || ||.|.||.|..||.| |||| ||..|.|.|||||||
Sbjct 20 ACAA--CACACTTCTGTACTCTCGCGCCAGTCGAGGAG-------GCAATGCTAGCTCTA-------------- 70
Query 286 ACACTGCCAAG---CAGCCTTA-GCCCTAGTGTAG-AGAAATACAGG-------------TATCAGGATGAAGA 341
||||.| ||| || |||||| || |||||.||.|| ..||| ||||||
Sbjct 71 -----GCCATGGCTCAG---TAGGCCCTA----AGCAGAAACACTGGGCAAAAAAGGGCTCGTCA-GATGAA-- 129
Query 342 TACACCTCC-------TCAAGAGCATATTTCCC-----CA-CAAATCACAAATGAAGTGATAGGTCCAGAATTG 402
||.| .|.||||| .||||| || || |||||.|.||
Sbjct 130 -----CTGCAAGCCGAGCCAGAGC---CTTCCCGCTGGCAGCA---------------GATAGTTGCA------ 174
Query 403 GTTCATGTCTCAGAGAAGAACTTATCAGAGATTGA--GAATGTCCATGGATTTGTTTCTCATT---------CT 465
|||.|..||| ||||| ||.||.||.| ||.|| || ||||..| ||
Sbjct 175 -TTCTTCACTC---GAAGA------CACAGCTTTATTGACTG--CA----------TCTCGGTAGCCACCAGCT 226
Query 466 CATATTTCACCAATAAAGGCAAATCCTCCCCCAGTACTGGTCAACACAGATAGCTTGAAAACACCAACTTACGT 539
| |||| .|||||||||||||.|||||.||||||||||||||.|||||..|.|||||||||||.||
Sbjct 227 C------CACC----CAGGCAAATCCTCCTCCAGTGCTGGTCAACACAGACAGCTTAGAGACACCAACTTATGT 290
Query 540 TAATGGCACAGATGCAGATTATGAATATGAAGAAATCACACTTGAAAGGGGAAATTCAGGGCTTGGTTTCAGCA 613
|||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||
Sbjct 291 TAATGGCACTGATGCAGATTATGAATATGAGGAAATCACACTTGAAAGGGGAAATTCGGGTCTTGGTTTCAGCA 364
Query 614 TTGCAG--AGTACGGACAACCCACACATTGGAGATGACTCAAGTATTTTCATTACCAAAATTATCACAGG-GGA 684
|||||| .||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||| |||
Sbjct 365 TTGCAGGAGGTACAGACAACCCACACATTGGAGATGACTCAAGTATTTTCATCACCAAAATTATCACAGGCGGA 438
Query 685 GCAGCCGCCCAAGATGGGAAGATTGCGGGTCAATGACTGTATATTACAAGTAAATGAAGTAGATGTTCGTGATG 758
||.||.|||||.||| ||||||||||||||.||||||||||||.|...|||||||||||.|||.||||||||||
Sbjct 439 GCGGCTGCCCAGGAT-GGAAGATTGCGGGTAAATGACTGTATACTGAGAGTAAATGAAGCAGACGTTCGTGATG 511
Query 759 TAACACATAGCAAAGCAGTTGAAGCGTTGAAAGAAGCAGGGTCTATTGTACGCTTGTATGTAAAAAGAAGGAAA 832
||||.||.|||||||||||.||.||.||.||||||||.||.||||||||.||.||||||||.|||||..||||.
Sbjct 512 TAACCCACAGCAAAGCAGTGGAGGCATTAAAAGAAGCTGGATCTATTGTGCGATTGTATGTGAAAAGGCGGAAG 585
Query 833 CCAGTGTCAGAAAAAATAATGGAAATAAAGCTCATTAAAGGTCCTAAAGGTCTTGGGTTTAGCATTGCTGGAGG 906
||||..|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||
Sbjct 586 CCAGCATCAGAAAAAATCATGGAAATAAAGCTCATTAAAGGTCCTAAAGGTCTTGGGTTCAGCATTGCTGGAGG 659
Query 907 TGTTGGAAATCAGCATATTCCTGGGGATAATAGCATCTATGTAACCAAAATAATTGAAGGAGGTGCAGCACATA 980
|||||||||||||||.||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 660 TGTTGGAAATCAGCACATTCCTGGTGATAACAGCATCTATGTAACCAAAATAATTGAAGGAGGTGCAGCACACA 733
Query 981 AGGATGGCAAACTTCAGATTGGAGATAAACTTTTAGCAGTGAATAACGTATGTTTAGAAGAAGTTACTCATGAA 1054
||||||||||.|||||||||||||||||.|||.||||||||||.|..||.||||||||||||||||||||||||
Sbjct 734 AGGATGGCAAGCTTCAGATTGGAGATAAGCTTCTAGCAGTGAACAGTGTGTGTTTAGAAGAAGTTACTCATGAA 807
Query 1055 GAAGCAGTAACTGCCTTAAAGAACACATCTGATTTTGTTTATTTGAAAGTGGCAAAACCCACAAGTATGTATAT 1128
||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||
Sbjct 808 GAAGCAGTGACTGCCTTAAAGAATACATCTGATTTTGTTTATTTGAAAGTGGCAAAACCAACAAGTATGTATAT 881
Query 1129 GAATGATGGCTATGCACCACCTGATATCACCAACTCTTCTTCTCAGCCTGTTGATAACCATGTTAGCCCATCTT 1202
.|||||||||||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||..|||||||.||||||||.|||||.||.|
Sbjct 882 AAATGATGGCTATGCACCACCTGACATCACTAATTCTTCTTCTCAATCTGTTGACAACCATGTCAGCCCGTCCT 955
Query 1203 CCTTCTTGGGCCAGACACCAGCATCTCCAGCCAGATACTC-CCCAGTTTCTAAAGCAGTACTTGGAGATGATGA 1275
|||.||||||||||||.|||.|.||.||||||||.||||| |||| ||||||||||.||.||.||||||||.||
Sbjct 956 CCTGCTTGGGCCAGACGCCAACGTCACCAGCCAGGTACTCACCCA-TTTCTAAAGCTGTGCTCGGAGATGACGA 1028
Query 1276 AATTACAAGGGAACCTAGAAAAGTTGTTCTTCATCGTGGCTCAACGGGCCTTGGTTTCAACATTGTAGGAGGAG 1349
.||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||.||||||||.|||||.|
Sbjct 1029 GATCACTAGGGAACCTAGAAAAGTTGTTCTTCATCGTGGCTCAACAGGACTTGGTTTTAACATTGTGGGAGGTG 1102
Query 1350 AAGATGGAGAAGGAATATTTATTTCCTTTATCTTAGCCGGAGGACCTGCTGATCTAAGTGGAGAGCTCAGAAAA 1423
|||||||||||||.||.|||||.|||||.|||.|.||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1103 AAGATGGAGAAGGGATTTTTATCTCCTTCATCCTTGCTGGCGGACCTGCTGATCTAAGTGGAGAGCTCAGAAAA 1176
Query 1424 GGAGATCGTATTATATCGGTAAACAGTGTTGACCTCAGAGCTGCTAGTCATGAGCAGGCAGCAGCTGCATTGAA 1497
||||||||.||.||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||.||.||.||||||||||||.|.||
Sbjct 1177 GGAGATCGCATCATATCGGTGAACAGTGTTGACCTCAGAGCTGCAAGTCACGAACAAGCAGCAGCTGCACTAAA 1250
Query 1498 AAATGCTGGCCAGGCTGTCACAATTGTTGCACAATATCGACCTGAAGAATACAGTCGTTTTGAAGCTAAAATAC 1571
.||.||.|||||.||.|||||.||.|||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 1251 GAACGCAGGCCAAGCCGTCACCATCGTTGCGCAATATCGACCCGAAGAGTACAGTCGTTTTGAAGCTAAAATCC 1324
Query 1572 ATGATTTACGGGAGCAGATGATGAATAGTAGTATTAGTTCAGGGTCAGGTTCTCTTCGAACTAGCCAGAAGCGA 1645
||||.|||||||||||||||||||||||.|||.|.||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||.
Sbjct 1325 ATGACTTACGGGAGCAGATGATGAATAGCAGTGTCAGTTCAGGGTCAGGGTCTCTTCGAACCAGCCAGAAGCGC 1398
Query 1646 TCCCTCTATGTCAGAGCCCTTTTTGATTATGACAAGACTAAAGACAGTGGGCTTCCCAGTCAGGGACTGAACTT 1719
||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct 1399 TCCCTCTATGTCAGAGCCCTCTTTGATTATGACAAGACTAAGGACAGCGGGCTTCCCAGTCAAGGACTGAACTT 1472
Query 1720 CAAATTTGGAGATATCCTCCATGTTATTAATGCTTCTGATGATGAATGGTGGCAAGCCAGGCAGGTTACACCAG 1793
|...||||||||.|||||||||||.||.|||||||||||.||.||.||||||||||||||||||||.||.||||
Sbjct 1473 CCGCTTTGGAGACATCCTCCATGTCATCAATGCTTCTGACGACGAGTGGTGGCAAGCCAGGCAGGTCACCCCAG 1546
Query 1794 ATGGTGAGAGCGATGAGGTCGGAGTGATTCCCAGTAAACGCAGAGTTGAGAAGAAAGAACGAGCCCGATTAAAA 1867
|.||.|||||.||.||.||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct 1547 ACGGGGAGAGTGACGAAGTCGGAGTGATTCCTAGTAAACGAAGAGTTGAGAAGAAGGAACGAGCCCGATTAAAA 1620
Query 1868 ACAGTGAAATTCAATTCTAAAACGA---GAGATAAAGGGCAGTCATTC--AATGACAAGCG-TAAAAAGAACCT 1935
||.||.|||||||||||||||||.| |||||||||||.|| ||.| .|.||||.|.| |.|||||
Sbjct 1621 ACGGTCAAATTCAATTCTAAAACAAGAGGAGATAAAGGGGAG--ATCCCTGACGACATGGGATCAAAAG----- 1687
Query 1936 CTTTTCCCGAA------AATTCCCCTTCTACAAGAACAAGGACCAG----AGTGAGCAGGAAACAAGTGATGCT 1999
.||.||| || |||||| |.| |||| |||||
Sbjct 1688 ----GCCTGAAGCACGTAA-----CTTCTA-ATG--------CCAGCGATAGTGA------------------- 1724
Query 2000 CACAAGTATGTA-TATGAATGATGGCTATGCACCACCTGATATCACCAACTGTGGTCAAGAAGAATACGTCTTA 2072
|||||..|| .|||||| ||||| ||| ||| ||..||||||||||||||||.||.|||
Sbjct 1725 ---AAGTAGTTACCATGAAT-ATGGC--TGC-----------TCA--AAAGGTGGTCAAGAAGAATATGTTTTA 1779
Query 2073 TCTTATGAACCAGTGAATCAACAAGAAGTTAATTATACTCGACCAGTGATCATATTGGGACCTATGAAAGACAG 2146
||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct 1780 TCTTATGAGCCAGTGAATCAACAAGAAGTTAATTATACCCGACCAGTCATCATATTAGGACCTATGAAAGACAG 1853
Query 2147 GATAAATGATGACTTGATCTCAGAATTTCCTGACAAATTTGGATCCTGTGTTCCTCATACAACTAGACCAAAAC 2220
..|||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||.|
Sbjct 1854 AGTAAATGATGACTTAATCTCAGAATTTCCTGACAAATTTGGATCCTGTGTCCCTCATACAACTAGACCGAAGC 1927
Query 2221 GAGATTATGAGGTAGATGGAAGAGATTATCATTTTGTGACTTCAAGAGAGCAGATGGAAAAAGATATCCAGGAA 2294
|.||.||||||||.||||||.|||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||.|||||.|||||.
Sbjct 1928 GTGACTATGAGGTGGATGGACGAGATTATCATTTTGTGACTTCAAGGGAACAGATGGAAAAGGATATTCAGGAG 2001
Query 2295 CATAAATTCATTGAAGCTGGCCAGTATAACAATCATCTATATGGAACAAGTGTTCAGTCTGTACGAGAAGTAGC 2368
|||||.|||||||||||.||||||||||||||.|||||.|||||.||.||.||.|||||.||.||||.|||.||
Sbjct 2002 CATAAGTTCATTGAAGCCGGCCAGTATAACAACCATCTGTATGGGACGAGCGTGCAGTCCGTGCGAGCAGTGGC 2075
Query 2369 AGAAAAGGGCAAACACTGTATCCTTGATGTGTCTGGAAATGCCATAAAGAGATTACAGATTGCACAGCTTTACC 2442
|||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.|
Sbjct 2076 AGAGAAGGGCAAACATTGTATCCTTGATGTGTCTGGAAATGCCATAAAGAGGTTGCAGATTGCACAGCTTTATC 2149
Query 2443 CTATCTCCATTTTTATTAAACCCAAATCCATGGAAAATATCATGGAAATGAATAAGCGTCTAACAGAAGAACAA 2516
|.||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||.||.
Sbjct 2150 CAATATCTATTTTTATTAAACCCAAATCCATGGAAAATATCATGGAAATGAACAAGCGCCTAACAGAAGAGCAG 2223
Query 2517 GCCAGAAAAACATTTGAGAGAGCCATGAAACTGGAACAGGAGTTTACTGAACATTTCACAGCTATTGTACAGGG 2590
|||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||.|||||.|||||||||||||||||.|||||
Sbjct 2224 GCCAGAAAAACATTTGAGAGAGCCATGAAGCTGGAGCAGGAGTTCACTGAGCATTTCACAGCTATTGTCCAGGG 2297
Query 2591 GGATACGCTGGAAGACATTTACAACCAAGTGAAACAGATCATAGAAGAACAATCTGGTTCTTACATCTGGGTTC 2664
.||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||..|||||||||||||.|
Sbjct 2298 AGACACGCTGGAGGACATTTACAACCAAGTGAAACAGATCATCGAAGAACAGTCTGGGCCTTACATCTGGGTCC 2371
Query 2665 CGGCAAAAGAAAAGCTA 2681
|.||.||||||||||||
Sbjct 2372 CAGCGAAAGAAAAGCTA 2388