Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_14615
• Subject: XM_017316869.1
• Aligned Length: 2703
• Identities: 2092
• Gaps: 361

Alignment

Query    1  ATGCCGGTCCGGAAGCAAGATACCCAGAGAGCATTGCACCTTTTGGAGGAATATCGTTCAAAACTAAGCCAAAC  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  TGAAGACAGACAGCTCAGAAGTTCCATAGAACGGGTTATTAACATATTTCAGAGCAACCTCTTTCAGGCTTTAA  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  TAGATATTCAAGAATTTTATGAAGTGACCTTACTGGATAATCCAAAATGTATAGATCGTTCAAAGCCGTCTGAA  222
                                                              ||.|||.|                
Sbjct    1  --------------------------------------------------ATGGATTG----------------  8

Query  223  CCAATTCAACCTGTGAATACTTGGGAGATTTCCAGCCTTCCAAGCTCTACTGTGACTTCAGAGACACTGCCAAG  296
                     ||||||.||                                |||.|||.|               
Sbjct    9  ---------CCTGTGCAT--------------------------------TGTAACTAC---------------  26

Query  297  CAGCCTTAGCCCTAGTGTAGAGAAATACAGGTATCAGGATGAAGATACACCTCCTCAAGAGCATATTTCCCCAC  370
                              |.||||||||.||||||||||||||||...||.|||||..|||||||||||.||||
Sbjct   27  ------------------AAAGAAATACCGGTATCAGGATGAAGAGGTACTTCCTCCTGAGCATATTTCTCCAC  82

Query  371  AAATCACAAATGAAGTGATAGGTCCAGAATTGGTTCATGTCTCAGAGAAGAACTTATCAGAGATTGAGAATGTC  444
            ||.||||||||||.|||.|||||||||||.||||.||||||||||||||||||.|.||||||||||||||||||
Sbjct   83  AAGTCACAAATGAGGTGCTAGGTCCAGAACTGGTCCATGTCTCAGAGAAGAACCTGTCAGAGATTGAGAATGTC  156

Query  445  CATGGATTTGTTTCTCATTCTCATATTTCACCAATAAAGGCAAATCCTCCCCCAGTACTGGTCAACACAGATAG  518
            ||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.||
Sbjct  157  CATGGATTTGTTTCTCATTCTCATATCTCACCAATAAAGGCAAATCCTCCTCCAGTGCTGGTCAACACAGACAG  230

Query  519  CTTGAAAACACCAACTTACGTTAATGGCACAGATGCAGATTATGAATATGAAGAAATCACACTTGAAAGGGGAA  592
            |||..|.|||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct  231  CTTAGAGACACCAACTTATGTTAATGGCACTGATGCAGATTATGAATATGAGGAAATCACACTTGAAAGGGGAA  304

Query  593  ATTCAGGGCTTGGTTTCAGCATTGCAG--AGTACGGACAACCCACACATTGGAGATGACTCAAGTATTTTCATT  664
            ||||.||.|||||||||||||||||||  .||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct  305  ATTCGGGTCTTGGTTTCAGCATTGCAGGAGGTACAGACAACCCACACATTGGAGATGACTCAAGTATTTTCATC  378

Query  665  ACCAAAATTATCACAGG-GGAGCAGCCGCCCAAGATGGGAAGATTGCGGGTCAATGACTGTATATTACAAGTAA  737
            ||||||||||||||||| |||||.||.|||||.||| ||||||||||||||.||||||||||||.|...|||||
Sbjct  379  ACCAAAATTATCACAGGCGGAGCGGCTGCCCAGGAT-GGAAGATTGCGGGTAAATGACTGTATACTGAGAGTAA  451

Query  738  ATGAAGTAGATGTTCGTGATGTAACACATAGCAAAGCAGTTGAAGCGTTGAAAGAAGCAGGGTCTATTGTACGC  811
            ||||||.|||.||||||||||||||.||.|||||||||||.||.||.||.||||||||.||.||||||||.||.
Sbjct  452  ATGAAGCAGACGTTCGTGATGTAACCCACAGCAAAGCAGTGGAGGCATTAAAAGAAGCTGGATCTATTGTGCGA  525

Query  812  TTGTATGTAAAAAGAAGGAAACCAGTGTCAGAAAAAATAATGGAAATAAAGCTCATTAAAGGTCCTAAAGGTCT  885
            ||||||||.|||||..||||.||||..|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  526  TTGTATGTGAAAAGGCGGAAGCCAGCATCAGAAAAAATCATGGAAATAAAGCTCATTAAAGGTCCTAAAGGTCT  599

Query  886  TGGGTTTAGCATTGCTGGAGGTGTTGGAAATCAGCATATTCCTGGGGATAATAGCATCTATGTAACCAAAATAA  959
            ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct  600  TGGGTTCAGCATTGCTGGAGGTGTTGGAAATCAGCACATTCCTGGTGATAACAGCATCTATGTAACCAAAATAA  673

Query  960  TTGAAGGAGGTGCAGCACATAAGGATGGCAAACTTCAGATTGGAGATAAACTTTTAGCAGTGAATAACGTATGT  1033
            |||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||.|||.||||||||||.|..||.|||
Sbjct  674  TTGAAGGAGGTGCAGCACACAAGGATGGCAAGCTTCAGATTGGAGATAAGCTTCTAGCAGTGAACAGTGTGTGT  747

Query 1034  TTAGAAGAAGTTACTCATGAAGAAGCAGTAACTGCCTTAAAGAACACATCTGATTTTGTTTATTTGAAAGTGGC  1107
            |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  748  TTAGAAGAAGTTACTCATGAAGAAGCAGTGACTGCCTTAAAGAATACATCTGATTTTGTTTATTTGAAAGTGGC  821

Query 1108  AAAACCCACAAGTATGTATATGAATGATGGCTATGCACCACCTGATATCACCAACTCTTCTTCTCAGCCTGTTG  1181
            ||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||..||||||
Sbjct  822  AAAACCAACAAGTATGTATATAAATGATGGCTATGCACCACCTGACATCACTAATTCTTCTTCTCAATCTGTTG  895

Query 1182  ATAACCATGTTAGCCCATCTTCCTTCTTGGGCCAGACACCAGCATCTCCAGCCAGATACTC-CCCAGTTTCTAA  1254
            |.||||||||.|||||.||.||||.||||||||||||.|||.|.||.||||||||.||||| |||| |||||||
Sbjct  896  ACAACCATGTCAGCCCGTCCTCCTGCTTGGGCCAGACGCCAACGTCACCAGCCAGGTACTCACCCA-TTTCTAA  968

Query 1255  AGCAGTACTTGGAGATGATGAAATTACAAGGGAACCTAGAAAAGTTGTTCTTCATCGTGGCTCAACGGGCCTTG  1328
            |||.||.||.||||||||.||.||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||
Sbjct  969  AGCTGTGCTCGGAGATGACGAGATCACTAGGGAACCTAGAAAAGTTGTTCTTCATCGTGGCTCAACAGGACTTG  1042

Query 1329  GTTTCAACATTGTAGGAGGAGAAGATGGAGAAGGAATATTTATTTCCTTTATCTTAGCCGGAGGACCTGCTGAT  1402
            ||||.||||||||.|||||.||||||||||||||.||.|||||.|||||.|||.|.||.||.||||||||||||
Sbjct 1043  GTTTTAACATTGTGGGAGGTGAAGATGGAGAAGGGATTTTTATCTCCTTCATCCTTGCTGGCGGACCTGCTGAT  1116

Query 1403  CTAAGTGGAGAGCTCAGAAAAGGAGATCGTATTATATCGGTAAACAGTGTTGACCTCAGAGCTGCTAGTCATGA  1476
            |||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||.||
Sbjct 1117  CTAAGTGGAGAGCTCAGAAAAGGAGATCGCATCATATCGGTGAACAGTGTTGACCTCAGAGCTGCAAGTCACGA  1190

Query 1477  GCAGGCAGCAGCTGCATTGAAAAATGCTGGCCAGGCTGTCACAATTGTTGCACAATATCGACCTGAAGAATACA  1550
            .||.||||||||||||.|.||.||.||.|||||.||.|||||.||.|||||.|||||||||||.|||||.||||
Sbjct 1191  ACAAGCAGCAGCTGCACTAAAGAACGCAGGCCAAGCCGTCACCATCGTTGCGCAATATCGACCCGAAGAGTACA  1264

Query 1551  GTCGTTTTGAAGCTAAAATACATGATTTACGGGAGCAGATGATGAATAGTAGTATTAGTTCAGGGTCAGGTTCT  1624
            |||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||.|||.|.||||||||||||||.|||
Sbjct 1265  GTCGTTTTGAAGCTAAAATCCATGACTTACGGGAGCAGATGATGAATAGCAGTGTCAGTTCAGGGTCAGGGTCT  1338

Query 1625  CTTCGAACTAGCCAGAAGCGATCCCTCTATGTCAGAGCCCTTTTTGATTATGACAAGACTAAAGACAGTGGGCT  1698
            ||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||.|||||
Sbjct 1339  CTTCGAACCAGCCAGAAGCGCTCCCTCTATGTCAGAGCCCTCTTTGATTATGACAAGACTAAGGACAGCGGGCT  1412

Query 1699  TCCCAGTCAGGGACTGAACTTCAAATTTGGAGATATCCTCCATGTTATTAATGCTTCTGATGATGAATGGTGGC  1772
            |||||||||.||||||||||||...||||||||.|||||||||||.||.|||||||||||.||.||.|||||||
Sbjct 1413  TCCCAGTCAAGGACTGAACTTCCGCTTTGGAGACATCCTCCATGTCATCAATGCTTCTGACGACGAGTGGTGGC  1486

Query 1773  AAGCCAGGCAGGTTACACCAGATGGTGAGAGCGATGAGGTCGGAGTGATTCCCAGTAAACGCAGAGTTGAGAAG  1846
            |||||||||||||.||.|||||.||.|||||.||.||.||||||||||||||.||||||||.||||||||||||
Sbjct 1487  AAGCCAGGCAGGTCACCCCAGACGGGGAGAGTGACGAAGTCGGAGTGATTCCTAGTAAACGAAGAGTTGAGAAG  1560

Query 1847  AAAGAACGAGCCCGATTAAAAACAGTGAAATTCAATTCTAAAACGA---GAGATAAAGGGCAGTCATTC--AAT  1915
            ||.||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.|   |||||||||||.||  ||.|  .|.
Sbjct 1561  AAGGAACGAGCCCGATTAAAAACGGTCAAATTCAATTCTAAAACAAGAGGAGATAAAGGGGAG--ATCCCTGAC  1632

Query 1916  GACAAGCG-TAAAAAGAACCTCTTTTCCCGAA------AATTCCCCTTCTACAAGAACAAGGACCAG----AGT  1978
            ||||.|.| |.|||||         .||.|||      ||     |||||| |.|        ||||    |||
Sbjct 1633  GACATGGGATCAAAAG---------GCCTGAAGCACGTAA-----CTTCTA-ATG--------CCAGCGATAGT  1683

Query 1979  G--AGCAGGAAACAAGTGATGCTCACAAGTATGTATATGAATGATGGCTATGCACCACCTGATATCACCAACTG  2050
            |  ||.||..|.|.|.|..||.|.||        |.|||||| |||||  |||           |||  ||..|
Sbjct 1684  GAAAGTAGTTACCTAATCTTGATTAC--------AGATGAAT-ATGGC--TGC-----------TCA--AAAGG  1733

Query 2051  TGGTCAAGAAGAATACGTCTTATCTTATGAACCAGTGAATCAACAAGAAGTTAATTATACTCGACCAGTGATCA  2124
            |||||||||||||||.||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||
Sbjct 1734  TGGTCAAGAAGAATATGTTTTATCTTATGAGCCAGTGAATCAACAAGAAGTTAATTATACCCGACCAGTCATCA  1807

Query 2125  TATTGGGACCTATGAAAGACAGGATAAATGATGACTTGATCTCAGAATTTCCTGACAAATTTGGATCCTGTGTT  2198
            ||||.|||||||||||||||||..|||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct 1808  TATTAGGACCTATGAAAGACAGAGTAAATGATGACTTAATCTCAGAATTTCCTGACAAATTTGGATCCTGTGTC  1881

Query 2199  CCTCATACAACTAGACCAAAACGAGATTATGAGGTAGATGGAAGAGATTATCATTTTGTGACTTCAAGAGAGCA  2272
            |||||||||||||||||.||.||.||.||||||||.||||||.|||||||||||||||||||||||||.||.||
Sbjct 1882  CCTCATACAACTAGACCGAAGCGTGACTATGAGGTGGATGGACGAGATTATCATTTTGTGACTTCAAGGGAACA  1955

Query 2273  GATGGAAAAAGATATCCAGGAACATAAATTCATTGAAGCTGGCCAGTATAACAATCATCTATATGGAACAAGTG  2346
            |||||||||.|||||.|||||.|||||.|||||||||||.||||||||||||||.|||||.|||||.||.||.|
Sbjct 1956  GATGGAAAAGGATATTCAGGAGCATAAGTTCATTGAAGCCGGCCAGTATAACAACCATCTGTATGGGACGAGCG  2029

Query 2347  TTCAGTCTGTACGAGAAGTAGCAGAAAAGGGCAAACACTGTATCCTTGATGTGTCTGGAAATGCCATAAAGAGA  2420
            |.|||||.||.||||.|||.|||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct 2030  TGCAGTCCGTGCGAGCAGTGGCAGAGAAGGGCAAACATTGTATCCTTGATGTGTCTGGAAATGCCATAAAGAGG  2103

Query 2421  TTACAGATTGCACAGCTTTACCCTATCTCCATTTTTATTAAACCCAAATCCATGGAAAATATCATGGAAATGAA  2494
            ||.|||||||||||||||||.||.||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2104  TTGCAGATTGCACAGCTTTATCCAATATCTATTTTTATTAAACCCAAATCCATGGAAAATATCATGGAAATGAA  2177

Query 2495  TAAGCGTCTAACAGAAGAACAAGCCAGAAAAACATTTGAGAGAGCCATGAAACTGGAACAGGAGTTTACTGAAC  2568
            .|||||.|||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||.|||||.|
Sbjct 2178  CAAGCGCCTAACAGAAGAGCAGGCCAGAAAAACATTTGAGAGAGCCATGAAGCTGGAGCAGGAGTTCACTGAGC  2251

Query 2569  ATTTCACAGCTATTGTACAGGGGGATACGCTGGAAGACATTTACAACCAAGTGAAACAGATCATAGAAGAACAA  2642
            ||||||||||||||||.|||||.||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.
Sbjct 2252  ATTTCACAGCTATTGTCCAGGGAGACACGCTGGAGGACATTTACAACCAAGTGAAACAGATCATCGAAGAACAG  2325

Query 2643  TCTGGTTCTTACATCTGGGTTCCGGCAAAAGAAAAGCTA  2681
            |||||..|||||||||||||.||.||.||||||||||||
Sbjct 2326  TCTGGGCCTTACATCTGGGTCCCAGCGAAAGAAAAGCTA  2364