Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_14615
- Subject:
- XM_017316870.1
- Aligned Length:
- 2702
- Identities:
- 2086
- Gaps:
- 374
Alignment
Query 1 ATGCCGGTCCGGAAGCAAGATACCCAGAGAGCATTGCACCTTTTGGAGGAATATCGTTCAAAACTAAGCCAAAC 74
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 75 TGAAGACAGACAGCTCAGAAGTTCCATAGAACGGGTTATTAACATATTTCAGAGCAACCTCTTTCAGGCTTTAA 148
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 149 TAGATATTCAAGAATTTTATGAAGTGACCTTACTGGATAATCCAAAATGTATAGATCGTTCAAAGCCGTCTGAA 222
||.|||.|
Sbjct 1 --------------------------------------------------ATGGATTG---------------- 8
Query 223 CCAATTCAACCTGTGAATACTTGGGAGATTTCCAGCCTTCCAAGCTCTACTGTGACTTCAGAGACACTGCCAAG 296
||||||.|| |||.|||.|
Sbjct 9 ---------CCTGTGCAT--------------------------------TGTAACTAC--------------- 26
Query 297 CAGCCTTAGCCCTAGTGTAGAGAAATACAGGTATCAGGATGAAGATACACCTCCTCAAGAGCATATTTCCCCAC 370
|.||||||||.||||||||||||||||...||.|||||..|||||||||||.||||
Sbjct 27 ------------------AAAGAAATACCGGTATCAGGATGAAGAGGTACTTCCTCCTGAGCATATTTCTCCAC 82
Query 371 AAATCACAAATGAAGTGATAGGTCCAGAATTGGTTCATGTCTCAGAGAAGAACTTATCAGAGATTGAGAATGTC 444
||.||||||||||.|||.|||||||||||.||||.||||||||||||||||||.|.||||||||||||||||||
Sbjct 83 AAGTCACAAATGAGGTGCTAGGTCCAGAACTGGTCCATGTCTCAGAGAAGAACCTGTCAGAGATTGAGAATGTC 156
Query 445 CATGGATTTGTTTCTCATTCTCATATTTCACCAATAAAGGCAAATCCTCCCCCAGTACTGGTCAACACAGATAG 518
||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.||
Sbjct 157 CATGGATTTGTTTCTCATTCTCATATCTCACCAATAAAGGCAAATCCTCCTCCAGTGCTGGTCAACACAGACAG 230
Query 519 CTTGAAAACACCAACTTACGTTAATGGCACAGATGCAGATTATGAATATGAAGAAATCACACTTGAAAGGGGAA 592
|||..|.|||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct 231 CTTAGAGACACCAACTTATGTTAATGGCACTGATGCAGATTATGAATATGAGGAAATCACACTTGAAAGGGGAA 304
Query 593 ATTCAGGGCTTGGTTTCAGCATTGCAG--AGTACGGACAACCCACACATTGGAGATGACTCAAGTATTTTCATT 664
||||.||.||||||||||||||||||| .||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct 305 ATTCGGGTCTTGGTTTCAGCATTGCAGGAGGTACAGACAACCCACACATTGGAGATGACTCAAGTATTTTCATC 378
Query 665 ACCAAAATTATCACAGG-GGAGCAGCCGCCCAAGATGGGAAGATTGCGGGTCAATGACTGTATATTACAAGTAA 737
||||||||||||||||| |||||.||.|||||.||| ||||||||||||||.||||||||||||.|...|||||
Sbjct 379 ACCAAAATTATCACAGGCGGAGCGGCTGCCCAGGAT-GGAAGATTGCGGGTAAATGACTGTATACTGAGAGTAA 451
Query 738 ATGAAGTAGATGTTCGTGATGTAACACATAGCAAAGCAGTTGAAGCGTTGAAAGAAGCAGGGTCTATTGTACGC 811
||||||.|||.||||||||||||||.||.|||||||||||.||.||.||.||||||||.||.||||||||.||.
Sbjct 452 ATGAAGCAGACGTTCGTGATGTAACCCACAGCAAAGCAGTGGAGGCATTAAAAGAAGCTGGATCTATTGTGCGA 525
Query 812 TTGTATGTAAAAAGAAGGAAACCAGTGTCAGAAAAAATAATGGAAATAAAGCTCATTAAAGGTCCTAAAGGTCT 885
||||||||.|||||..||||.||||..|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 526 TTGTATGTGAAAAGGCGGAAGCCAGCATCAGAAAAAATCATGGAAATAAAGCTCATTAAAGGTCCTAAAGGTCT 599
Query 886 TGGGTTTAGCATTGCTGGAGGTGTTGGAAATCAGCATATTCCTGGGGATAATAGCATCTATGTAACCAAAATAA 959
||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 TGGGTTCAGCATTGCTGGAGGTGTTGGAAATCAGCACATTCCTGGTGATAACAGCATCTATGTAACCAAAATAA 673
Query 960 TTGAAGGAGGTGCAGCACATAAGGATGGCAAACTTCAGATTGGAGATAAACTTTTAGCAGTGAATAACGTATGT 1033
|||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||.|||.||||||||||.|..||.|||
Sbjct 674 TTGAAGGAGGTGCAGCACACAAGGATGGCAAGCTTCAGATTGGAGATAAGCTTCTAGCAGTGAACAGTGTGTGT 747
Query 1034 TTAGAAGAAGTTACTCATGAAGAAGCAGTAACTGCCTTAAAGAACACATCTGATTTTGTTTATTTGAAAGTGGC 1107
|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 748 TTAGAAGAAGTTACTCATGAAGAAGCAGTGACTGCCTTAAAGAATACATCTGATTTTGTTTATTTGAAAGTGGC 821
Query 1108 AAAACCCACAAGTATGTATATGAATGATGGCTATGCACCACCTGATATCACCAACTCTTCTTCTCAGCCTGTTG 1181
||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||..||||||
Sbjct 822 AAAACCAACAAGTATGTATATAAATGATGGCTATGCACCACCTGACATCACTAATTCTTCTTCTCAATCTGTTG 895
Query 1182 ATAACCATGTTAGCCCATCTTCCTTCTTGGGCCAGACACCAGCATCTCCAGCCAGATACTC-CCCAGTTTCTAA 1254
|.||||||||.|||||.||.||||.||||||||||||.|||.|.||.||||||||.||||| |||| |||||||
Sbjct 896 ACAACCATGTCAGCCCGTCCTCCTGCTTGGGCCAGACGCCAACGTCACCAGCCAGGTACTCACCCA-TTTCTAA 968
Query 1255 AGCAGTACTTGGAGATGATGAAATTACAAGGGAACCTAGAAAAGTTGTTCTTCATCGTGGCTCAACGGGCCTTG 1328
|||.||.||.||||||||.||.||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||
Sbjct 969 AGCTGTGCTCGGAGATGACGAGATCACTAGGGAACCTAGAAAAGTTGTTCTTCATCGTGGCTCAACAGGACTTG 1042
Query 1329 GTTTCAACATTGTAGGAGGAGAAGATGGAGAAGGAATATTTATTTCCTTTATCTTAGCCGGAGGACCTGCTGAT 1402
||||.||||||||.|||||.||||||||||||||.||.|||||.|||||.|||.|.||.||.||||||||||||
Sbjct 1043 GTTTTAACATTGTGGGAGGTGAAGATGGAGAAGGGATTTTTATCTCCTTCATCCTTGCTGGCGGACCTGCTGAT 1116
Query 1403 CTAAGTGGAGAGCTCAGAAAAGGAGATCGTATTATATCGGTAAACAGTGTTGACCTCAGAGCTGCTAGTCATGA 1476
|||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||.||
Sbjct 1117 CTAAGTGGAGAGCTCAGAAAAGGAGATCGCATCATATCGGTGAACAGTGTTGACCTCAGAGCTGCAAGTCACGA 1190
Query 1477 GCAGGCAGCAGCTGCATTGAAAAATGCTGGCCAGGCTGTCACAATTGTTGCACAATATCGACCTGAAGAATACA 1550
.||.||||||||||||.|.||.||.||.|||||.||.|||||.||.|||||.|||||||||||.|||||.||||
Sbjct 1191 ACAAGCAGCAGCTGCACTAAAGAACGCAGGCCAAGCCGTCACCATCGTTGCGCAATATCGACCCGAAGAGTACA 1264
Query 1551 GTCGTTTTGAAGCTAAAATACATGATTTACGGGAGCAGATGATGAATAGTAGTATTAGTTCAGGGTCAGGTTCT 1624
|||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||.|||.|.||||||||||||||.|||
Sbjct 1265 GTCGTTTTGAAGCTAAAATCCATGACTTACGGGAGCAGATGATGAATAGCAGTGTCAGTTCAGGGTCAGGGTCT 1338
Query 1625 CTTCGAACTAGCCAGAAGCGATCCCTCTATGTCAGAGCCCTTTTTGATTATGACAAGACTAAAGACAGTGGGCT 1698
||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||.|||||
Sbjct 1339 CTTCGAACCAGCCAGAAGCGCTCCCTCTATGTCAGAGCCCTCTTTGATTATGACAAGACTAAGGACAGCGGGCT 1412
Query 1699 TCCCAGTCAGGGACTGAACTTCAAATTTGGAGATATCCTCCATGTTATTAATGCTTCTGATGATGAATGGTGGC 1772
|||||||||.||||||||||||...||||||||.|||||||||||.||.|||||||||||.||.||.|||||||
Sbjct 1413 TCCCAGTCAAGGACTGAACTTCCGCTTTGGAGACATCCTCCATGTCATCAATGCTTCTGACGACGAGTGGTGGC 1486
Query 1773 AAGCCAGGCAGGTTACACCAGATGGTGAGAGCGATGAGGTCGGAGTGATTCCCAGTAAACGCAGAGTTGAGAAG 1846
|||||||||||||.||.|||||.||.|||||.||.||.||||||||||||||.||||||||.||||||||||||
Sbjct 1487 AAGCCAGGCAGGTCACCCCAGACGGGGAGAGTGACGAAGTCGGAGTGATTCCTAGTAAACGAAGAGTTGAGAAG 1560
Query 1847 AAAGAACGAGCCCGATTAAAAACAGTGAAATTCAATTCTAAAACGA---GAGATAAAGGGCAGTCATTC--AAT 1915
||.||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.| |||||||||||.|| ||.| .|.
Sbjct 1561 AAGGAACGAGCCCGATTAAAAACGGTCAAATTCAATTCTAAAACAAGAGGAGATAAAGGGGAG--ATCCCTGAC 1632
Query 1916 GACAAGCG-TAAAAAGAACCTCTTTTCCCGAA------AATTCCCCTTCTACAAGAACAAGGACCAG----AGT 1978
||||.|.| |.||||| .||.||| || |||||| |.| |||| |||
Sbjct 1633 GACATGGGATCAAAAG---------GCCTGAAGCACGTAA-----CTTCTA-ATG--------CCAGCGATAGT 1683
Query 1979 GAGCAGGAAACAAGTGATGCTCACAAGTATGTA-TATGAATGATGGCTATGCACCACCTGATATCACCAACTGT 2051
|| |||||..|| .|||||| ||||| ||| ||| ||..||
Sbjct 1684 GA----------------------AAGTAGTTACCATGAAT-ATGGC--TGC-----------TCA--AAAGGT 1719
Query 2052 GGTCAAGAAGAATACGTCTTATCTTATGAACCAGTGAATCAACAAGAAGTTAATTATACTCGACCAGTGATCAT 2125
||||||||||||||.||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||
Sbjct 1720 GGTCAAGAAGAATATGTTTTATCTTATGAGCCAGTGAATCAACAAGAAGTTAATTATACCCGACCAGTCATCAT 1793
Query 2126 ATTGGGACCTATGAAAGACAGGATAAATGATGACTTGATCTCAGAATTTCCTGACAAATTTGGATCCTGTGTTC 2199
|||.|||||||||||||||||..|||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 1794 ATTAGGACCTATGAAAGACAGAGTAAATGATGACTTAATCTCAGAATTTCCTGACAAATTTGGATCCTGTGTCC 1867
Query 2200 CTCATACAACTAGACCAAAACGAGATTATGAGGTAGATGGAAGAGATTATCATTTTGTGACTTCAAGAGAGCAG 2273
||||||||||||||||.||.||.||.||||||||.||||||.|||||||||||||||||||||||||.||.|||
Sbjct 1868 CTCATACAACTAGACCGAAGCGTGACTATGAGGTGGATGGACGAGATTATCATTTTGTGACTTCAAGGGAACAG 1941
Query 2274 ATGGAAAAAGATATCCAGGAACATAAATTCATTGAAGCTGGCCAGTATAACAATCATCTATATGGAACAAGTGT 2347
||||||||.|||||.|||||.|||||.|||||||||||.||||||||||||||.|||||.|||||.||.||.||
Sbjct 1942 ATGGAAAAGGATATTCAGGAGCATAAGTTCATTGAAGCCGGCCAGTATAACAACCATCTGTATGGGACGAGCGT 2015
Query 2348 TCAGTCTGTACGAGAAGTAGCAGAAAAGGGCAAACACTGTATCCTTGATGTGTCTGGAAATGCCATAAAGAGAT 2421
.|||||.||.||||.|||.|||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 2016 GCAGTCCGTGCGAGCAGTGGCAGAGAAGGGCAAACATTGTATCCTTGATGTGTCTGGAAATGCCATAAAGAGGT 2089
Query 2422 TACAGATTGCACAGCTTTACCCTATCTCCATTTTTATTAAACCCAAATCCATGGAAAATATCATGGAAATGAAT 2495
|.|||||||||||||||||.||.||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct 2090 TGCAGATTGCACAGCTTTATCCAATATCTATTTTTATTAAACCCAAATCCATGGAAAATATCATGGAAATGAAC 2163
Query 2496 AAGCGTCTAACAGAAGAACAAGCCAGAAAAACATTTGAGAGAGCCATGAAACTGGAACAGGAGTTTACTGAACA 2569
|||||.|||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||.|||||.||
Sbjct 2164 AAGCGCCTAACAGAAGAGCAGGCCAGAAAAACATTTGAGAGAGCCATGAAGCTGGAGCAGGAGTTCACTGAGCA 2237
Query 2570 TTTCACAGCTATTGTACAGGGGGATACGCTGGAAGACATTTACAACCAAGTGAAACAGATCATAGAAGAACAAT 2643
|||||||||||||||.|||||.||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|
Sbjct 2238 TTTCACAGCTATTGTCCAGGGAGACACGCTGGAGGACATTTACAACCAAGTGAAACAGATCATCGAAGAACAGT 2311
Query 2644 CTGGTTCTTACATCTGGGTTCCGGCAAAAGAAAAGCTA 2681
||||..|||||||||||||.||.||.||||||||||||
Sbjct 2312 CTGGGCCTTACATCTGGGTCCCAGCGAAAGAAAAGCTA 2349