Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_14615
• Subject: XM_017316871.1
• Aligned Length: 2755
• Identities: 2019
• Gaps: 486

Alignment

Query    1  ATGCCGGTCCGGAAGCAAGATACCCAGAGAGCATTGCACCTTTTGGAGGAATATCGTTCAAAACTAAGCCAAAC  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  TGAAGACAGACAGCTCAGAAGTTCCATAGAACGGGTTATTAACATATTTCAGAGCAACCTCTTTCAGGCTTTAA  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  TAGATATTCAAGAATTTTATGAAGTGACCTTACTGGATAATCCAAAATGTATAGATCGTTCAAAGCCGTCTGAA  222
                              |||||      ||||             ||.|                  ||.|||
Sbjct    1  ------------------ATGAA------TTAC-------------ATTT------------------TCGGAA  19

Query  223  CCAATTCA-ACCTGTGAATACTTG----------GGAGATTTCCAGCCTTCCAAGCTCTACTGTGACTTCAGAG  285
            .|||  || ||.|.||.|..||.|          ||||       ||..|.|.|||||||              
Sbjct   20  ACAA--CACACTTCTGTACTCTCGCGCCAGTCGAGGAG-------GCAATGCTAGCTCTA--------------  70

Query  286  ACACTGCCAAG---CAGCCTTA-GCCCTAGTGTAG-AGAAATACAGG-------------TATCAGGATGAAGA  341
                 ||||.|   |||   || ||||||    || |||||.||.||             ..||| ||||||  
Sbjct   71  -----GCCATGGCTCAG---TAGGCCCTA----AGCAGAAACACTGGGCAAAAAAGGGCTCGTCA-GATGAA--  129

Query  342  TACACCTCC-------TCAAGAGCATATTTCCC-----CA-CAAATCACAAATGAAGTGATAGGTCCAGAATTG  402
                 ||.|       .|.|||||   .|||||     || ||               |||||.|.||      
Sbjct  130  -----CTGCAAGCCGAGCCAGAGC---CTTCCCGCTGGCAGCA---------------GATAGTTGCA------  174

Query  403  GTTCATGTCTCAGAGAAGAACTTATCAGAGATTGA--GAATGTCCATGGATTTGTTTCTCATT---------CT  465
             |||.|..|||   |||||      ||.||.||.|  ||.||  ||          ||||..|         ||
Sbjct  175  -TTCTTCACTC---GAAGA------CACAGCTTTATTGACTG--CA----------TCTCGGTAGCCACCAGCT  226

Query  466  CATATTTCACCAATAAAGGCAAATCCTCCCCCAGTACTGGTCAACACAGATAGCTTGAAAACACCAACTTACGT  539
            |      ||||    .|||||||||||||.|||||.||||||||||||||.|||||..|.|||||||||||.||
Sbjct  227  C------CACC----CAGGCAAATCCTCCTCCAGTGCTGGTCAACACAGACAGCTTAGAGACACCAACTTATGT  290

Query  540  TAATGGCACAGATGCAGATTATGAATATGAAGAAATCACACTTGAAAGGGGAAATTCAGGGCTTGGTTTCAGCA  613
            |||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||
Sbjct  291  TAATGGCACTGATGCAGATTATGAATATGAGGAAATCACACTTGAAAGGGGAAATTCGGGTCTTGGTTTCAGCA  364

Query  614  TTGCAG--AGTACGGACAACCCACACATTGGAGATGACTCAAGTATTTTCATTACCAAAATTATCACAGG-GGA  684
            ||||||  .||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||| |||
Sbjct  365  TTGCAGGAGGTACAGACAACCCACACATTGGAGATGACTCAAGTATTTTCATCACCAAAATTATCACAGGCGGA  438

Query  685  GCAGCCGCCCAAGATGGGAAGATTGCGGGTCAATGACTGTATATTACAAGTAAATGAAGTAGATGTTCGTGATG  758
            ||.||.|||||.||| ||||||||||||||.||||||||||||.|...|||||||||||.|||.||||||||||
Sbjct  439  GCGGCTGCCCAGGAT-GGAAGATTGCGGGTAAATGACTGTATACTGAGAGTAAATGAAGCAGACGTTCGTGATG  511

Query  759  TAACACATAGCAAAGCAGTTGAAGCGTTGAAAGAAGCAGGGTCTATTGTACGCTTGTATGTAAAAAGAAGGAAA  832
            ||||.||.|||||||||||.||.||.||.||||||||.||.||||||||.||.||||||||.|||||..||||.
Sbjct  512  TAACCCACAGCAAAGCAGTGGAGGCATTAAAAGAAGCTGGATCTATTGTGCGATTGTATGTGAAAAGGCGGAAG  585

Query  833  CCAGTGTCAGAAAAAATAATGGAAATAAAGCTCATTAAAGGTCCTAAAGGTCTTGGGTTTAGCATTGCTGGAGG  906
            ||||..|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||
Sbjct  586  CCAGCATCAGAAAAAATCATGGAAATAAAGCTCATTAAAGGTCCTAAAGGTCTTGGGTTCAGCATTGCTGGAGG  659

Query  907  TGTTGGAAATCAGCATATTCCTGGGGATAATAGCATCTATGTAACCAAAATAATTGAAGGAGGTGCAGCACATA  980
            |||||||||||||||.||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct  660  TGTTGGAAATCAGCACATTCCTGGTGATAACAGCATCTATGTAACCAAAATAATTGAAGGAGGTGCAGCACACA  733

Query  981  AGGATGGCAAACTTCAGATTGGAGATAAACTTTTAGCAGTGAATAACGTATGTTTAGAAGAAGTTACTCATGAA  1054
            ||||||||||.|||||||||||||||||.|||.||||||||||.|..||.||||||||||||||||||||||||
Sbjct  734  AGGATGGCAAGCTTCAGATTGGAGATAAGCTTCTAGCAGTGAACAGTGTGTGTTTAGAAGAAGTTACTCATGAA  807

Query 1055  GAAGCAGTAACTGCCTTAAAGAACACATCTGATTTTGTTTATTTGAAAGTGGCAAAACCCACAAGTATGTATAT  1128
            ||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||          
Sbjct  808  GAAGCAGTGACTGCCTTAAAGAATACATCTGATTTTGTTTATTTGAAAGTGGCAAAACCAACAA----------  871

Query 1129  GAATGATGGCTATGCACCACCTGATATCACCAACTCTTCTTCTCAGCCTGTTGATAACCATGTTAGCCCATCTT  1202
                                               ||||||||||..|||||||.||||||||.|||||.||.|
Sbjct  872  -----------------------------------CTTCTTCTCAATCTGTTGACAACCATGTCAGCCCGTCCT  910

Query 1203  CCTTCTTGGGCCAGACACCAGCATCTCCAGCCAGATACTC-CCCAGTTTCTAAAGCAGTACTTGGAGATGATGA  1275
            |||.||||||||||||.|||.|.||.||||||||.||||| |||| ||||||||||.||.||.||||||||.||
Sbjct  911  CCTGCTTGGGCCAGACGCCAACGTCACCAGCCAGGTACTCACCCA-TTTCTAAAGCTGTGCTCGGAGATGACGA  983

Query 1276  AATTACAAGGGAACCTAGAAAAGTTGTTCTTCATCGTGGCTCAACGGGCCTTGGTTTCAACATTGTAGGAGGAG  1349
            .||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||.||||||||.|||||.|
Sbjct  984  GATCACTAGGGAACCTAGAAAAGTTGTTCTTCATCGTGGCTCAACAGGACTTGGTTTTAACATTGTGGGAGGTG  1057

Query 1350  AAGATGGAGAAGGAATATTTATTTCCTTTATCTTAGCCGGAGGACCTGCTGATCTAAGTGGAGAGCTCAGAAAA  1423
            |||||||||||||.||.|||||.|||||.|||.|.||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1058  AAGATGGAGAAGGGATTTTTATCTCCTTCATCCTTGCTGGCGGACCTGCTGATCTAAGTGGAGAGCTCAGAAAA  1131

Query 1424  GGAGATCGTATTATATCGGTAAACAGTGTTGACCTCAGAGCTGCTAGTCATGAGCAGGCAGCAGCTGCATTGAA  1497
            ||||||||.||.||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||.||.||.||||||||||||.|.||
Sbjct 1132  GGAGATCGCATCATATCGGTGAACAGTGTTGACCTCAGAGCTGCAAGTCACGAACAAGCAGCAGCTGCACTAAA  1205

Query 1498  AAATGCTGGCCAGGCTGTCACAATTGTTGCACAATATCGACCTGAAGAATACAGTCGTTTTGAAGCTAAAATAC  1571
            .||.||.|||||.||.|||||.||.|||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 1206  GAACGCAGGCCAAGCCGTCACCATCGTTGCGCAATATCGACCCGAAGAGTACAGTCGTTTTGAAGCTAAAATCC  1279

Query 1572  ATGATTTACGGGAGCAGATGATGAATAGTAGTATTAGTTCAGGGTCAGGTTCTCTTCGAACTAGCCAGAAGCGA  1645
            ||||.|||||||||||||||||||||||.|||.|.||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||.
Sbjct 1280  ATGACTTACGGGAGCAGATGATGAATAGCAGTGTCAGTTCAGGGTCAGGGTCTCTTCGAACCAGCCAGAAGCGC  1353

Query 1646  TCCCTCTATGTCAGAGCCCTTTTTGATTATGACAAGACTAAAGACAGTGGGCTTCCCAGTCAGGGACTGAACTT  1719
            ||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct 1354  TCCCTCTATGTCAGAGCCCTCTTTGATTATGACAAGACTAAGGACAGCGGGCTTCCCAGTCAAGGACTGAACTT  1427

Query 1720  CAAATTTGGAGATATCCTCCATGTTATTAATGCTTCTGATGATGAATGGTGGCAAGCCAGGCAGGTTACACCAG  1793
            |...||||||||.|||||||||||.||.|||||||||||.||.||.||||||||||||||||||||.||.||||
Sbjct 1428  CCGCTTTGGAGACATCCTCCATGTCATCAATGCTTCTGACGACGAGTGGTGGCAAGCCAGGCAGGTCACCCCAG  1501

Query 1794  ATGGTGAGAGCGATGAGGTCGGAGTGATTCCCAGTAAACGCAGAGTTGAGAAGAAAGAACGAGCCCGATTAAAA  1867
            |.||.|||||.||.||.||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct 1502  ACGGGGAGAGTGACGAAGTCGGAGTGATTCCTAGTAAACGAAGAGTTGAGAAGAAGGAACGAGCCCGATTAAAA  1575

Query 1868  ACAGTGAAATTCAATTCTAAAACGA---GAGATAAAGGGCAGTCATTC--AATGACAAGCG-TAAAAAGAACCT  1935
            ||.||.|||||||||||||||||.|   |||||||||||.||  ||.|  .|.||||.|.| |.|||||     
Sbjct 1576  ACGGTCAAATTCAATTCTAAAACAAGAGGAGATAAAGGGGAG--ATCCCTGACGACATGGGATCAAAAG-----  1642

Query 1936  CTTTTCCCGAA------AATTCCCCTTCTACAAGAACAAGGACCAG----AGTGAGCAGGAAACAAGTGATGCT  1999
                .||.|||      ||     |||||| |.|        ||||    |||||                   
Sbjct 1643  ----GCCTGAAGCACGTAA-----CTTCTA-ATG--------CCAGCGATAGTGA-------------------  1679

Query 2000  CACAAGTATGTA-TATGAATGATGGCTATGCACCACCTGATATCACCAACTGTGGTCAAGAAGAATACGTCTTA  2072
               |||||..|| .|||||| |||||  |||           |||  ||..||||||||||||||||.||.|||
Sbjct 1680  ---AAGTAGTTACCATGAAT-ATGGC--TGC-----------TCA--AAAGGTGGTCAAGAAGAATATGTTTTA  1734

Query 2073  TCTTATGAACCAGTGAATCAACAAGAAGTTAATTATACTCGACCAGTGATCATATTGGGACCTATGAAAGACAG  2146
            ||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct 1735  TCTTATGAGCCAGTGAATCAACAAGAAGTTAATTATACCCGACCAGTCATCATATTAGGACCTATGAAAGACAG  1808

Query 2147  GATAAATGATGACTTGATCTCAGAATTTCCTGACAAATTTGGATCCTGTGTTCCTCATACAACTAGACCAAAAC  2220
            ..|||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||.|
Sbjct 1809  AGTAAATGATGACTTAATCTCAGAATTTCCTGACAAATTTGGATCCTGTGTCCCTCATACAACTAGACCGAAGC  1882

Query 2221  GAGATTATGAGGTAGATGGAAGAGATTATCATTTTGTGACTTCAAGAGAGCAGATGGAAAAAGATATCCAGGAA  2294
            |.||.||||||||.||||||.|||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||.|||||.|||||.
Sbjct 1883  GTGACTATGAGGTGGATGGACGAGATTATCATTTTGTGACTTCAAGGGAACAGATGGAAAAGGATATTCAGGAG  1956

Query 2295  CATAAATTCATTGAAGCTGGCCAGTATAACAATCATCTATATGGAACAAGTGTTCAGTCTGTACGAGAAGTAGC  2368
            |||||.|||||||||||.||||||||||||||.|||||.|||||.||.||.||.|||||.||.||||.|||.||
Sbjct 1957  CATAAGTTCATTGAAGCCGGCCAGTATAACAACCATCTGTATGGGACGAGCGTGCAGTCCGTGCGAGCAGTGGC  2030

Query 2369  AGAAAAGGGCAAACACTGTATCCTTGATGTGTCTGGAAATGCCATAAAGAGATTACAGATTGCACAGCTTTACC  2442
            |||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.|
Sbjct 2031  AGAGAAGGGCAAACATTGTATCCTTGATGTGTCTGGAAATGCCATAAAGAGGTTGCAGATTGCACAGCTTTATC  2104

Query 2443  CTATCTCCATTTTTATTAAACCCAAATCCATGGAAAATATCATGGAAATGAATAAGCGTCTAACAGAAGAACAA  2516
            |.||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||.||.
Sbjct 2105  CAATATCTATTTTTATTAAACCCAAATCCATGGAAAATATCATGGAAATGAACAAGCGCCTAACAGAAGAGCAG  2178

Query 2517  GCCAGAAAAACATTTGAGAGAGCCATGAAACTGGAACAGGAGTTTACTGAACATTTCACAGCTATTGTACAGGG  2590
            |||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||.|||||.|||||||||||||||||.|||||
Sbjct 2179  GCCAGAAAAACATTTGAGAGAGCCATGAAGCTGGAGCAGGAGTTCACTGAGCATTTCACAGCTATTGTCCAGGG  2252

Query 2591  GGATACGCTGGAAGACATTTACAACCAAGTGAAACAGATCATAGAAGAACAATCTGGTTCTTACATCTGGGTTC  2664
            .||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||..|||||||||||||.|
Sbjct 2253  AGACACGCTGGAGGACATTTACAACCAAGTGAAACAGATCATCGAAGAACAGTCTGGGCCTTACATCTGGGTCC  2326

Query 2665  CGGCAAAAGAAAAGCTA  2681
            |.||.||||||||||||
Sbjct 2327  CAGCGAAAGAAAAGCTA  2343