Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_14621
• Subject: NM_101395.2
• Aligned Length: 2322
• Identities: 1676
• Gaps: 620

Alignment

Query    1  ATGCATACAGGAGGAGAGACTTCAGCATGCAAACCTTCATCTGTTCGGCTTGCACCGTCATTTTCATTCCATGC  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGCATACAGGAGGAGAGACTTCAGCATGCAAACCTTCATCTGTTCGGCTTGCACCGTCATTTTCATTCCATGC  74

Query   75  TGCTGGCCTTCAGATGGCTGGACAGATGCCCCATTCACATCAGTACAGTGACCGTCGCCAGCCAAACATAAGTG  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TGCTGGCCTTCAGATGGCTGGACAGATGCCCCATTCACATCAGTACAGTGACCGTCGCCAGCCAAACATAAGTG  148

Query  149  ACCAACAGGTTTCTGCCTTATCATATTCTGACCAGATTCAGCAACCTCTAACTAAC------------------  204
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                  
Sbjct  149  ACCAACAGGTTTCTGCCTTATCATATTCTGACCAGATTCAGCAACCTCTAACTAACCAGGTGATGCCTGATATT  222

Query  205  ---------CAGAGGCGGATGCCCCAAACCTTCCGTGACCCAGCAACTGCTCCCCTGAGAAAACTTTCTGTTGA  269
                     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GTCATGTTACAGAGGCGGATGCCCCAAACCTTCCGTGACCCAGCAACTGCTCCCCTGAGAAAACTTTCTGTTGA  296

Query  270  CTTGATCAAAACATACAAGCATATTAATGAGGTTTACTATGCAAAAAAGAAGCGAAGACACCAACAGGGCCAGG  343
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  CTTGATCAAAACATACAAGCATATTAATGAGGTTTACTATGCAAAAAAGAAGCGAAGACACCAACAGGGCCAGG  370

Query  344  GAGACGATTCTAGTCATAAGAAGGAACGGAAGGTTTACAATGATGGTTATGATGATGATAACTATGATTATATT  417
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  GAGACGATTCTAGTCATAAGAAGGAACGGAAGGTTTACAATGATGGTTATGATGATGATAACTATGATTATATT  444

Query  418  GTAAAAAACGGAGAAAAGTGGATGGATCGTTACGAAATTGACTCCTTGATAGGCAAAGGTTCCTTTGGACAGGT  491
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GTAAAAAACGGAGAAAAGTGGATGGATCGTTACGAAATTGACTCCTTGATAGGCAAAGGTTCCTTTGGACAGGT  518

Query  492  TGTAAAGGCATATGATCGTGTGGAGCAAGAATGGGTTGCCATTAAAATAATAAAGAACAAGAAAGCTTTTCTGA  565
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||
Sbjct  519  TGTAAAGGCATATGATCGTGTGGAGCAAGAATGGGTTGCCATTAAAATAATAAAGAACAAGAAGGCTTTTCTGA  592

Query  566  ATCAAGCACAGATAGAAGTGCGACTTCTTGAGCTCATGAACAAACATGACACTGAAATGAAATACTACATAGTG  639
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  ATCAAGCACAGATAGAAGTGCGACTTCTTGAGCTCATGAACAAACATGACACTGAAATGAAATACTACATAGTG  666

Query  640  CATTTGAAACGCCACTTTATGTTTCGAAACCATCTCTGTTTAGTTTTTGAAATGCTGTCCTACAACCTCTATGA  713
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  CATTTGAAACGCCACTTTATGTTTCGAAACCATCTCTGTTTAGTTTTTGAAATGCTGTCCTACAACCTCTATGA  740

Query  714  CTTGCTGAGAAAACACCAATTTCCGAGGGGTCTCTTTGAACCTAACACGAAAGTTTGCGCAACAGATGTGCACT  787
            ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  CTTGCTGAG-AAACACCAATTTCCGAGGGGTCTCTTTGAACCTAACACGAAAGTTTGCGCAACAGATGTGCACT  813

Query  788  GCACTGCTTTTCCTTGCGACTCCAGAACTTAGTATCATTCACTGTGATCTAAAACCTGAAAATATCCTTCTTTG  861
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  814  GCACTGCTTTTCCTTGCGACTCCAGAACTTAGTATCATTCACTGTGATCTAAAACCTGAAAATATCCTTCTTTG  887

Query  862  TAACCCCAAACGCAGTGCAATCAAGATAGTTGACTTTGGCAGTTCTTGTCAGTTGGGGCAGAGGATATACCAGT  935
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  888  TAACCCCAAACGCAGTGCAATCAAGATAGTTGACTTTGGCAGTTCTTGTCAGTTGGGGCAGAGGATATACCAGT  961

Query  936  ATATTCAGAGTCGCTTTTATCGGTCTCCAGAGGTGCTACTGGGAATGCCTTATGACCTTGCCATTGATATGTGG  1009
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  962  ATATTCAGAGTCGCTTTTATCGGTCTCCAGAGGTGCTACTGGGAATGCCTTATGACCTTGCCATTGATATGTGG  1035

Query 1010  TCCCTCGGGTGTATTTTGGTTGAAATGCACACTGGAGAACCTCTGTTCAGTGGTGCCAATGAGGTAGATCAGAT  1083
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1036  TCCCTCGGGTGTATTTTGGTTGAAATGCACACTGGAGAACCTCTGTTCAGTGGTGCCAATGAGGTAGATCAGAT  1109

Query 1084  GAATAAAATAGTGGAAGTTCTGGGTATTCCACCTGCTCATATTCTTGACCAAGCACCAAAAGCAAGAAAGTTCT  1157
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1110  GAATAAAATAGTGGAAGTTCTGGGTATTCCACCTGCTCATATTCTTGACCAAGCACCAAAAGCAAGAAAGTTCT  1183

Query 1158  TTGAGAAGTTGCCAGATGGCACTTGGAACTTAAAGAAGACCAAAGATGGAAAACGGGAGTACAAACCACCAGGA  1231
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1184  TTGAGAAGTTGCCAGATGGCACTTGGAACTTAAAGAAGACCAAAGATGGAAAACGGGAGTACAAACCACCAGGA  1257

Query 1232  ACCCGTAAACTTCATAACATTCTTGGAGTGGAAACAGGAGGACCTGGTGGGCGACGTGCTGGGGAGTCAGGTCA  1305
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258  ACCCGTAAACTTCATAACATTCTTGGAGTGGAAACAGGAGGACCTGGTGGGCGACGTGCTGGGGAGTCAGGTCA  1331

Query 1306  TACGGTCGCTGACTACTTGAAGTTCAAAGACCTCATTTTAAGGATGCTTGATTATGACCCCAAAACTCGAATTC  1379
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1332  TACGGTCGCTGACTACTTGAAGTTCAAAGACCTCATTTTAAGGATGCTTGATTATGACCCCAAAACTCGAATTC  1405

Query 1380  AACCTTATTATGCTCTGCAGCACAGTTTCTTCAAGAAAACAGCTGATGAAGGTACAAATACAAGTAATAGTGTA  1453
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1406  AACCTTATTATGCTCTGCAGCACAGTTTCTTCAAGAAAACAGCTGATGAAGGTACAAATACAAGTAATAGTGTA  1479

Query 1454  TCTACAAGCCCCGCCATGGAGCAGTCTCAGTCTTCGGGCACCACCTCCAGTACATCGTCAAGCTTCATGATCAC  1527
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |.|..|
Sbjct 1480  TCTACAAGCCCCGCCATGGAGCAGTCTCAGTCTTCGGGCACCACCTCCAGTACATCGTCAAGC-TCA-GGTGGC  1551

Query 1528  TCATCAGGTGTCAAGACATCAGTTGGAGGAGCACGGTCGGATCAGGACGCACCAGCATCGGCACATTGGCGGGC  1601
            ||||| ||.|.|||| ||.||||.||| ||||.|||||||||| .||||||||||||||||||||.|||.||||
Sbjct 1552  TCATC-GGGGACAAG-CAACAGTGGGA-GAGCCCGGTCGGATC-CGACGCACCAGCATCGGCACAGTGGTGGGC  1621

Query 1602  ATTATCTT--CAACTGCTGTGTCATGTCATGGACTGCGAGACACACAGTCCGGCAGGTGCG-TCAGCA------  1666
            |    |||  ||.||||.||| ||.|.|||||||||||||||||||||||| .||||||.| || |||      
Sbjct 1622  A----CTTCACAGCTGCCGTG-CAGGCCATGGACTGCGAGACACACAGTCC-CCAGGTGAGCTC-GCACGTGGT  1688

Query 1667  --ATTT----------CCTGCTCGTCT-TGGTGGATCAGGCACT-GAAGCTCCTACACAGGTCAGTGATGAAAC  1726
              ||||          |||||...||| .||||||.|| ||||| ||.||       |||||            
Sbjct 1689  TCATTTGCTTGTGTCACCTGCCATTCTCAGGTGGAGCA-GCACTGGATGC-------CAGGT------------  1742

Query 1727  TCATCCTCTCAAGAAACAACCATTCATGTAGCCCCTCAACAGAATGCATCAAATCATCACCATGGTAACAGTTC  1800
               .|||.|  ||||                                                           
Sbjct 1743  ---GCCTTT--AGAA-----------------------------------------------------------  1752

Query 1801  CCATCACCATCACCACCACCACCACCATCACCACCACCATGGACAACAAGCCTTGGGTAACCGGACCAGGCCAA  1874
                                                                                      
Sbjct 1753  --------------------------------------------------------------------------  1752

Query 1875  GGGTCTACAATTCTCCAACGAATAGCTCCTCTACCCAAGATTCTATGGAGGTTGGCCACAGTCACCACTCCATG  1948
                                                                                      
Sbjct 1753  --------------------------------------------------------------------------  1752

Query 1949  ACATCCCTGTCTTCCTCAACGACTTCTTCCTCGACATCTTCCTCCTCTACTGGTAACCAAGGCAATCAGGCCTA  2022
                                                                                      
Sbjct 1753  --------------------------------------------------------------------------  1752

Query 2023  CCAGAATCGCCCAGTGGCTGCTAATACCTTGGACTTTGGACAGAATGGAGCTATGGACGTTAATTTGACCGTCT  2096
                                                                                      
Sbjct 1753  --------------------------------------------------------------------------  1752

Query 2097  ACTCCAATCCCCGCCAAGAGACTGGCATAGCTGGACATCCAACATACCAATTTTCTGCTAATACAGGTCCTGCA  2170
                                                                                      
Sbjct 1753  --------------------------------------------------------------------------  1752

Query 2171  CATTACATGACTGAAGGACATCTGACAATGAGGCAAGGGGCTGATAGAGAAGAGTCCCCCATGACAGGAGTTTG  2244
                                                                                      
Sbjct 1753  --------------------------------------------------------------------------  1752

Query 2245  TGTGCAACAGAGTCCTGTAGCTAGCTCG  2272
                                        
Sbjct 1753  ----------------------------  1752