Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_14686
- Subject:
- NM_001145831.1
- Aligned Length:
- 2368
- Identities:
- 1801
- Gaps:
- 341
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 ATGAATGTAGAAAATACAGGTGGGCGGCTCTTTGGCATCGGGAGGTGCTCAAGCCTGTCCGGGGCACCAGGCCC 74
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 75 AGACCCCGTGGTACATAGGACCGTGGAGGCCATGTCCCAGCTTCAGGAGGAGCTGGTAGTCCTTCGGGAGAGGC 148
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 149 TGGCCCTCCACGACAGTGACCGGCAAGCCACAACCACCCAGCTGCAGAACCAGGTGGAGAATCTAAAGGAAAAG 222
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 223 CTCATTAGCCAGGCCCAGGAAGTGAGCCGACTGCGATCAGAACTGGGAGGCACGGACGCGGAGAAGCACAGGGA 296
Query 1 -------ATGGTGGAGAATGAGCGACTGAGGCAGGAGATGCGGCGCTGTGAGGCCGAGCTGCAAGAGCTGCGCA 67
||||||||||||||||..||||||||||||.||.||||||||||||.|||.|||||.|||||.||..
Sbjct 297 CAGACTGATGGTGGAGAATGAGCAGCTGAGGCAGGAGCTGAGGCGCTGTGAGGTCGAACTGCAGGAGCTTCGGG 370
Query 68 CAAAGCCAGCAGGT----CCCTGCCCAGGTTGTGAGCACAGCCAGGAGAGCGCCCAGCTCCGTGACAAGCTGTC 137
| |||||.||| ||||||...||.|||||||||||||||||||||..|||||||||||||||||||||
Sbjct 371 C----CCAGCCGGTGGTGCCCTGCGAGGGCTGTGAGCACAGCCAGGAGAGCAGCCAGCTCCGTGACAAGCTGTC 440
Query 138 CCAGCTGCAGCTGGAGATGGCGGAAAGCAAAGGCATGCTGTCAGAGCTGAACCTAGAGGTGCAGCAGAAGACCG 211
||||||||||.||||..||||.||.|.|||||||||||||||.||.||||||||.||||||||||||||.||.|
Sbjct 441 CCAGCTGCAGTTGGAAGTGGCTGAGAACAAAGGCATGCTGTCGGAACTGAACCTGGAGGTGCAGCAGAAAACGG 514
Query 212 ACCGGCTGGCTGAGGTGGAGCTGCGACTCAAGGACTGCCTGGCTGAGAAGGCACAGGAGGAGGAGCGGCTTAGT 285
||||||||||.|||||.||||||||.|||||||||||.|||||||||||.||.|||||||||||.|||||.||.
Sbjct 515 ACCGGCTGGCAGAGGTAGAGCTGCGCCTCAAGGACTGTCTGGCTGAGAAAGCCCAGGAGGAGGAACGGCTCAGC 588
Query 286 CGGCGCCTGCGTGACAGCCACGAGACCATTGCCAGCCTGCGGGCCCAGTCCCCACCTGTCAAGTATGTCATCAA 359
||||||||||||||||||||.|||||.||.|||||.|||.|||||||||||||||||||.||||||||||||||
Sbjct 589 CGGCGCCTGCGTGACAGCCATGAGACTATCGCCAGTCTGAGGGCCCAGTCCCCACCTGTTAAGTATGTCATCAA 662
Query 360 GACAGTGGAGGTGGAGTCGTCCAAGACCAAGCAGGCCCTCAGCGAGTCCCAGGCCCGGAACCAGCACCTGCAGG 433
||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct 663 GACAGTGGAGGTAGAGTCTTCCAAGACCAAGCAGGCCCTCAGCGAGTCCCAGACCCGGAACCAGCACCTGCAGG 736
Query 434 AGCAGGTGGCTATGCAGAGGCAGGTGCTGAAGGAGATGGAACAGCAGCTGCAGAGCTCACACCAGCTGACCGCG 507
||||.|||||.||||||.||||||||||||||||||||||.||||||||.||||.|||.|||||||||||.|..
Sbjct 737 AGCAAGTGGCCATGCAGCGGCAGGTGCTGAAGGAGATGGAGCAGCAGCTACAGAACTCCCACCAGCTGACAGTC 810
Query 508 CGGCTCCGGGCGCAGATTGCCATGTACGAGTCAGAGCTGGAGCGGGCCCATGGGCAGATGCTGGAGGAGATGCA 581
|.|.|.|||||.||||||||||||||.|||.||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct 811 CAGTTGCGGGCTCAGATTGCCATGTATGAGGCAGAGCTGGAGCGGGCACACGGGCAGATGCTGGAGGAGATGCA 884
Query 582 GTCCCTGGAAGAGGACAAGAACCGGGCCATTGAGGAGGCCTTTGCCAGAGCCCAGGTGGAGATGAAGGCTGTGC 655
||||.||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||..|.||||||||||||||||||||.||.|
Sbjct 885 GTCCTTGGAGGAGGATAAGAACCGGGCCATTGAGGAGGCCTTTGCACGGGCCCAGGTGGAGATGAAGGCAGTAC 958
Query 656 ACGAGAATCTAGCAGGCGTCCGGACCAACTTGCTGACCTTGCAGCCGGCACTGCGGACCCTCACCAACGACTAC 729
|||||||.||.|||||.|||.||||||||.|||||||..|||||||.||.|||.||||||||||||||||||||
Sbjct 959 ACGAGAACCTGGCAGGTGTCAGGACCAACCTGCTGACGCTGCAGCCTGCGCTGAGGACCCTCACCAACGACTAC 1032
Query 730 AATGGGCTCAAGCGGCAGGTGCGCGTCTTCCCACTGCTGCTGCAGGAGGCCCTCAGGAGTGTCAAGGCCGAGAT 803
|||||||||||||||||||||||.|.||||||..||||||||||||||||.||||||||||||||.||.|||||
Sbjct 1033 AATGGGCTCAAGCGGCAGGTGCGGGGCTTCCCCTTGCTGCTGCAGGAGGCTCTCAGGAGTGTCAAAGCTGAGAT 1106
Query 804 AGGCCAGGCCATCGAGGAGGTCAACAGCAACAACCAGGAGCTGCTGCGCAAGTACCGCCGCGAGCTGCAGCTGC 877
.||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||.||||||||||||||||.||.||.|||||||
Sbjct 1107 CGGCCAGGCCATCGAGGAGGTTAATAGCAACAACCAGGAGCTGTTGCGCAAGTACCGCCGGGAACTACAGCTGC 1180
Query 878 GTAAGAAGTGCCACAATGAGCTCGTGCGGCTGAAAGGGAACATCCGAGTGATTGCTCGTGTCCGGCCAGTCACC 951
|.|||||.|||||.||.|||||.||.||||||||.||.||||||||.||||||||.||.|||||||||||||||
Sbjct 1181 GCAAGAAATGCCATAACGAGCTGGTCCGGCTGAAGGGAAACATCCGGGTGATTGCCCGAGTCCGGCCAGTCACC 1254
Query 952 AAAGAGGATGGGGAAGGACCTGAGGCCACCAATGCTGTGACTTTCGATGCCGACGACGACTCCATCATCCACCT 1025
||.||||||||.||||||||.|||||.||||||||||||||.||.||..|.||.||.|||||||||||||||||
Sbjct 1255 AAGGAGGATGGAGAAGGACCCGAGGCAACCAATGCTGTGACCTTTGACCCTGATGATGACTCCATCATCCACCT 1328
Query 1026 GCTGCACAAGGGCAAGCCTGTGTCCTTCGAGCTGGACAAGGTCTTCTCCCCACAGGCCTCGCAGCAGGACGTGT 1099
||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1329 GCTGCACAAGGGCAAGCCCGTGTCCTTCGAGCTGGACAAG------------------------------GTGT 1372
Query 1100 TCCAGGAGGTGCAGGCCCTGGTCACCTCTTGCATTGATGGCTTCAATGTCTGCATCTTTGCGTACGGCCAGACG 1173
|||||||||||||||||||..|.|||||.|||||.|||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||.
Sbjct 1373 TCCAGGAGGTGCAGGCCCTCATTACCTCCTGCATCGATGGCTTCAATGTCTGTATCTTTGCTTACGGCCAGACA 1446
Query 1174 GGCGCCGGCAAGACGTACACGATGGAGGGGACCGCTGAGAACCCAGGTATCAACCAGCGGGCCCTGCAGCTGCT 1247
||.|||||||||||.||.||.|||||||||||..|.||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1447 GGTGCCGGCAAGACATATACAATGGAGGGGACTCCCGAGAACCCGGGCATCAACCAGCGGGCCCTGCAGCTGCT 1520
Query 1248 CTTCTCCGAGGTGCAGGAGAAGGCGTCTGACTGGGAGTACACCATCACCGTCAGCGCTGCGGAGATCTACAATG 1321
||||||.|||||||||||||||||||||||||||.||||||.|||||||||||||||.||.|||||.|||||||
Sbjct 1521 CTTCTCGGAGGTGCAGGAGAAGGCGTCTGACTGGCAGTACAACATCACCGTCAGCGCAGCTGAGATTTACAATG 1594
Query 1322 AGGTCCTCAGGGACCTGCTAGGGAAAGAGCCTCAGGAAAAACTGGAGATCCGGCTGTGCCCAGACGGCAGTGGG 1395
|.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||.|||||||||||.||||||||.||.|||||||||
Sbjct 1595 AAGTCCTCAGGGACCTGCTGGGGAAAGAGCCTCAGGAGAAGCTGGAGATCCGACTGTGCCCGGATGGCAGTGGG 1668
Query 1396 CAGCTGTATGTACCAGGGCTGACTGAGTTCCAAGTGCAGAGCGTGGACGACATCAACAAGGTGTTTGAGTTTGG 1469
||.||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1669 CAACTGTATGTGCCAGGGCTGACTGAGTTCCAGGTGCAGAGCGTGGATGACATCAACAAGGTGTTTGAGTTTGG 1742
Query 1470 CCACACTAATCGCACGACCGAGTTCACCAACCTGAACGAGCACAGCTCCCGCTCGCACGCACTGCTCATCGTGA 1543
|.|||..||.|||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||.|||||||||||||
Sbjct 1743 CTACAACAACCGCACCACCGAGTTCACCAACCTGAACGAACACAGCTCCCGCTCCCACGCTCTGCTCATCGTGA 1816
Query 1544 CGGTGCGAGGCGTGGACTGCAGCACAGGCCTCCGCACCACGGGGAAGCTGAACCTGGTGGACTTGGCTGGCTCG 1617
|.|||.||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||.||.
Sbjct 1817 CAGTGAGAGGTGTGGATTGCAGCACAGGCCTCCGCACCACGGGGAAGCTGAACCTGGTGGACCTGGCTGGTTCA 1890
Query 1618 GAGCGCGTGGGCAAGTCGGGGGCCGAGGGCAGCCGCCTGCGGGAGGCGCAGCACATCAACAAGTCGCTGTCGGC 1691
|||||.|||||||||||||||||.|||||||.|||||||||.|||||.|||||||||||||.|||.||.||.||
Sbjct 1891 GAGCGTGTGGGCAAGTCGGGGGCTGAGGGCAACCGCCTGCGAGAGGCACAGCACATCAACAGGTCACTATCCGC 1964
Query 1692 TCTGGGGGACGTCATTGCTGCCCTGCGCTCCCGCCAGGGCCACGTGCCCTTCCGCAACTCCAAGCTCACCTACC 1765
.||||||||||||||||||||||||||.||.||.||.|||||.||||||||||||||.|||||.||||||||||
Sbjct 1965 CCTGGGGGACGTCATTGCTGCCCTGCGTTCTCGACAAGGCCATGTGCCCTTCCGCAATTCCAAACTCACCTACC 2038
Query 1766 TGCTGCAGGATTCGCTTAGTGGTGACAGCAAGACCCTCATGGTGGTACAGGTGTCCCCCGTGGAGAAGAACACT 1839
||||||||||.||.||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||.
Sbjct 2039 TGCTGCAGGACTCACTCAGTGGTGACAGCAAGACCCTTATGGTGGTACAGGTGTCCCCAGTGGAGAAGAACACC 2112
Query 1840 AGCGAGACGCTCTATTCCCTCAAGTTTGCTGAGAGGGTGCGCTCTGTGGAGCTGGGGCCTGGGCTACGCAGGGC 1913
||||||||.||.||.|||||||..||||||||||||||.||||||||||||.||||.||||||...|||.|..|
Sbjct 2113 AGCGAGACTCTGTACTCCCTCAGATTTGCTGAGAGGGTTCGCTCTGTGGAGTTGGGCCCTGGGTCCCGCCGCAC 2186
Query 1914 AGAGCTTGGGTCCTGGTCAAGCCAGGAGCATCTAGAGTGGGAGCCGGCTTGTCAGACGCCACAGCCCTCGGCCT 1987
||||||.||.||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.|||||.||||||||..|.||..
Sbjct 2187 AGAGCTGGGTTCCTGGTCAAGCCAGGAGCACCTGGAGTGGGAGCCGGCTTGCCAGACACCACAGCCTACAGCAC 2260
Query 1988 GGGCCCACTCAGCCCCCAGCTCTGGGACCAGTAGCCGCCCTGGATCCATCCGGAGGAAGCTGCAGCCCTCGGCC 2061
|.||||||||.|||||..||||||||||||||||||||||.||.||||||||.|||||.||||||||.||.|||
Sbjct 2261 GAGCCCACTCTGCCCCTGGCTCTGGGACCAGTAGCCGCCCAGGTTCCATCCGAAGGAAACTGCAGCCGTCAGCC 2334