Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_14751
• Subject: NM_173021.3
• Aligned Length: 3727
• Identities: 3147
• Gaps: 284

Alignment

Query    1  ATGAGGAGCCGGAGTAACTCCGGGGTCCGGCTGGACGGCTACGCTCGACTGGTGCAACAGACCATCCTGTGCCA  74
            |||||||||||.||||||||.||.|||||.|||||||||||.|||||.||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGAGGAGCCGCAGTAACTCGGGAGTCCGCCTGGACGGCTATGCTCGGCTGGTGCATCAGACCATCCTGTGCCA  74

Query   75  TCAGAATCCAGTGACTGGCTTGCTTCCAGCCAGCTATGATCAGAAAGATGCTTGGGTCCGAGATAATGTGTACA  148
            |||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TCAGAATCCAGTGACAGGCTTGCTTCCAGCCAGCTATGATCAAAAAGATGCCTGGGTCCGAGATAATGTGTACA  148

Query  149  GCATCTTGGCTGTGTGGGGTTTGGGCCTGGCCTATCGGAAGAATGCAGACCGGGATGAGGATAAGGCAAAGGCC  222
            |.|||.|||||||||||||||||||||||||.|||||.||.|||||.|||||.||||||||.||||||||||||
Sbjct  149  GTATCCTGGCTGTGTGGGGTTTGGGCCTGGCATATCGCAAAAATGCTGACCGTGATGAGGACAAGGCAAAGGCC  222

Query  223  TATGAATTGGAGCAGAGTGTAGTGAAGCTGATGAGAGGACTACTGCACTGCATGATCAGACAGGTGGATAAAGT  296
            ||||||.||||||||||||||||||||.|.|||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  TATGAACTGGAGCAGAGTGTAGTGAAGTTAATGAGGGGACTGCTGCACTGCATGATCAGACAGGTGGATAAAGT  296

Query  297  AGAATCCTTCAAATATAGTCAGAGTACTAAGGATAGCCTCCATGCAAAGTACAACACCAAAACCTGTGCCACTG  370
            |||.||||||||.||.||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||
Sbjct  297  AGAGTCCTTCAAGTACAGTCAGAGTACTAAAGATAGCCTCCATGCCAAGTACAACACCAAAACTTGTGCCACTG  370

Query  371  TAGTGGGTGATGATCAATGGGGACACCTGCAGTTGGATGCTACCTCTGTGTACCTGCTCTTCTTAGCCCAAATG  444
            |.|||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||.||||.||||||
Sbjct  371  TGGTGGGTGATGACCAGTGGGGACACCTGCAGTTGGATGCTACTTCTGTGTACCTGCTCTTCCTAGCACAAATG  444

Query  445  ACTGCCTCAGGACTCCATATCATCCACAGCCTAGATGAAGTCAATTTCATACAGAACCTTGTGTTTTACATTGA  518
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||
Sbjct  445  ACTGCCTCAGGACTCCATATCATCCACAGCCTAGACGAAGTCAATTTTATACAGAACCTCGTGTTTTACATTGA  518

Query  519  AGCTGCATATAAAACTGCTGACTTCGGGATATGGGAACGTGGAGACAAGACCAACCAAGGGATCTCAGAGTTGA  592
            ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||.|||||.||||||||.|||||.||.||||
Sbjct  519  AGCTGCATATAAAACTGCTGACTTTGGGATATGGGAACGTGGCGATAAGACAAACCAAGGCATCTCGGAATTGA  592

Query  593  ATGCCAGTTCAGTTGGAATGGCAAAGGCAGCCCTGGAAGCATTAGATGAACTGGATCTGTTTGGTGTGAAAGGT  666
            ||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||.||||||||.|.||..|||||||||||||||||
Sbjct  593  ATGCGAGTTCAGTTGGAATGGCCAAGGCAGCCCTGGAAGCACTAGATGAATTAGACTTGTTTGGTGTGAAAGGT  666

Query  667  GGGCCTCAATCAGTTATCCATGTCCTGGCTGATGAAGTACAGCACTGCCAGTCTATCCTAAATTCACTACTGCC  740
            |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.||||||||||||||
Sbjct  667  GGGCCACAATCAGTTATCCATGTCCTGGCTGATGAAGTCCAACACTGCCAGTCTATCCTGAATTCACTACTGCC  740

Query  741  CCGTGCTTC-ACAT-CAAAGA--GTGATGCTAGTCTACTCTCAGTGGTTTCCTTCCCTGCC-TTGCAGTAGAGG  809
            |.|.||||| |||| ||||||  .||||||.|||||.|||||||||||.||.|||||.||| ||||.|||||||
Sbjct  741  CAGGGCTTCAACATCCAAAGAAGTTGATGCCAGTCTGCTCTCAGTGGTCTCTTTCCCAGCCTTTGCTGTAGAGG  814

Query  810  GTAGCCAGTTGGTGGAGCTCACAAAACAGGAAATCATCACCAAGCTTCAGGGTCGTTATGGTTGCTGTCGCTTT  883
            ..|||||.||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct  815  ACAGCCATTTGGTGGAGCTCACCAAACAGGAGATCATCACCAAGCTTCAGGGTCGTTATGGTTGCTGTCGTTTT  888

Query  884  CTACGAGATGGATATAAAACTCCTAAAGAGGATCCCAATCGTCTGTACTATGAACCAGCTGAGCTGAAGCTATT  957
            ||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  CTGCGAGATGGATATAAAACTCCTAAAGAGGATCCCAATCGCCTATACTATGAACCAGCTGAGCTGAAGCTATT  962

Query  958  TGAAAACATTGAGTGTGAATGGCCATTGTTCTGGACATACTTTATTCTTGATGGGGTCTTCAGTGGCAATGCAG  1031
            |||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||.|||||||||||||.|.||
Sbjct  963  TGAAAACATTGAGTGCGAATGGCCATTGTTCTGGACATACTTTATCCTTGATGGGATCTTCAGTGGCAACGTAG  1036

Query 1032  AACAGGTTCAAGAATATAAAGAGGCTCTTGAAGCAGTCCTCATCAAGGGCAAAAATGGAGTCCCACTTCTGCCA  1105
            ||||||||||||||||||.||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||
Sbjct 1037  AACAGGTTCAAGAATATAGAGAGGCTCTTGATGCAGTCCTCATCAAGGGCAAAAATGGAGTCCCTCTTCTTCCA  1110

Query 1106  GAGCTGTACAGTGTTCCTCCTGACAGGGTCGATGAAGAATATCAGAATCCTCACACTGTGGACCGAGTCCCCAT  1179
            ||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||.|||||.|||||.|||||||||||.||||||||.||
Sbjct 1111  GAGCTGTACAGTGTCCCTCCTGACAGGGTTGATGAAGAGTATCAAAATCCCCACACTGTGGATCGAGTCCCTAT  1184

Query 1180  GGGGAAATTGCCTCACATGTGGGGTCAGTCTCTATACATTTTAGGAAGCTTGATGGCAGAGGGATTTTTAGCCC  1253
            |||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 1185  GGGAAAATTGCCTCACATGTGGGGTCAGTCTCTATACATTTTAGGAAGCTTGATGGCAGAGGGATTTTTAGCTC  1258

Query 1254  CTGGAGAAATTGATCCCCTGAATCGCAGGTTTTCTACTGTACCGAAGCCCGATGTTGTGGTTCAAGTCTCCATT  1327
            |||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||.|||||.|||||.||||||||||||||||||
Sbjct 1259  CTGGAGAAATTGATCCCCTGAATCGTAGGTTTTCTACTGTGCCAAAGCCAGATGTGGTGGTTCAAGTCTCCATT  1332

Query 1328  CTAGCTGAAACAGAAGAAATCAAGACCATTTTGAAGGACAAGGGAATTTACGTGGAGACCATTGCTGAGGTATA  1401
            ||.|||||||||||||||||||||.||||||||||||||||.||||||.|.|||||||||||||||||.||.||
Sbjct 1333  CTGGCTGAAACAGAAGAAATCAAGGCCATTTTGAAGGACAAAGGAATTGATGTGGAGACCATTGCTGAAGTGTA  1406

Query 1402  CCCCATCAGAGTACAACCAGCTCGTATTCTCAGCCACATTTATTCCAGCCTAGGATGCAACAATAGAATGAAAC  1475
            ||||||.||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||.||.|||||||||||||.|||||||||||
Sbjct 1407  CCCCATAAGAGTACAGCCAGCTCGTATTCTCAGCCATATTTATTCTAGTCTAGGATGCAACAGTAGAATGAAAC  1480

Query 1476  TCAGTGGACGACCCTACAGACACATGGGAGTGCTTGGAACTTCAAAACTCTATGACATTCGGAAAACTATCTTT  1549
            |||||||||||||||||||.|.||||||.|||||||||||.||||||||.|||||||||||.||||||||||||
Sbjct 1481  TCAGTGGACGACCCTACAGGCTCATGGGTGTGCTTGGAACATCAAAACTTTATGACATTCGCAAAACTATCTTT  1554

Query 1550  ACTTTCACTCCACAGTTTATAGACCAGCAACAGTTCTACCTGGCTCTGGACAACAAGATGATAGTGGAAATGCT  1623
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||.||||||||
Sbjct 1555  ACTTTCACTCCACAGTTTATAGACCAGCAACAGTTCTACCTGGCTCTGGACAACCAGATGATAGTAGAAATGCT  1628

Query 1624  TAGAACAGACCTCTCCTACCTCTGTAGCCGCTGGCGGATGACAGGCCAGCCCACCATCACCTTCCCCATCTCAT  1697
            .|||||||||||.|||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||.|||||.|||||.|||||..
Sbjct 1629  CAGAACAGACCTTTCCTACCTCTGTAGCCGCTGGAGGATGACAGGCCAGCCCACGATCACTTTCCCTATCTCGC  1702

Query 1698  ACAGCATGCTTGATGAAGATGGAACAAGCTTGAATTCAAGTATCCTGGCAGCACTCCGAAAAATGCAAGATGGG  1771
            |||.|||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||.|||||.
Sbjct 1703  ACACCATGCTTGATGAAGATGGAACCAGCTTGAATTCAAGTATCTTGGCAGCACTCCGAAAAATGCAGGATGGC  1776

Query 1772  TATTTTGGTGGGGCAAGGGTTCAAACAGGTAAATTGTCAGAGTTTTTGACAACATCTTGTTGCACACACTTGAG  1845
            ||||||||||||||.|||.|.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||
Sbjct 1777  TATTTTGGTGGGGCCAGGATCCAAACAGGTAAATTGTCAGAGTTTTTGACAACATCTTGCTGCACACACTTAAG  1850

Query 1846  CTTCATGGACCCTGGACCTGAGGGTAAGCTGTACAGTGAAGATTATGATGACAACTAT---GATTACCTGGAAT  1916
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||..|||||   |||.|..||||.|
Sbjct 1851  CTTCATGGACCCTGGACCTGAGGGTAAGCTGTACAGTGAAGATTATGATGAAGACTATGAAGATGATTTGGACT  1924

Query 1917  CTGGCAACTGGATGAATGATTATGATTCAACCAGTCATGCTCGCTGTGGTGATGAAGTTGCTCGTTATTTAGAT  1990
            ||||||||||||||.|....|||||||||||.|||.|||                                   
Sbjct 1925  CTGGCAACTGGATGGACAGCTATGATTCAACAAGTAATG-----------------------------------  1963

Query 1991  CACCTTTTGGCGCACACTGCTCCCCATCCTAAACTAGCCCCTACCTCACAGAAGGGAGGGCTAGATCGGTTCCA  2064
                                                                                      
Sbjct 1964  --------------------------------------------------------------------------  1963

Query 2065  AGCTGCTGTGCAAACAACCTGCGACTTAATGTCCTTGGTGACCAAGGCCAAGGAACTGCATGTACAGAATGTTC  2138
                                                                                ||||||
Sbjct 1964  --------------------------------------------------------------------ATGTTC  1969

Query 2139  ACATGTATCTTCCTACGAAGTTATTTCAGGCTTCCCGGCCTTCATTCAACTTACTTGATTCACCTCA-TCCCCG  2211
            ||||||||||||||||.||||||||||||.||||.||.||||||.|||||||||||||.||.|||.| ||.|| 
Sbjct 1970  ACATGTATCTTCCTACAAAGTTATTTCAGCCTTCTCGTCCTTCACTCAACTTACTTGACTCCCCTGAGTCTCC-  2042

Query 2212  ACAGGAGAACCAGGTTCCCTCTGTTCGTGTAGAAATACATCTTCCTAGAGACCAGTCTGGGGAGGTGGACTTTA  2285
            |||.||.|.|||||||||.||.||||.|||||||.|.|||||||||||.||||||||||||||.||||||||..
Sbjct 2043  ACAAGATAGCCAGGTTCCTTCCGTTCATGTAGAAGTGCATCTTCCTAGGGACCAGTCTGGGGAAGTGGACTTCC  2116

Query 2286  AAGCACTGGTTTTACAGTTGAAGGAGACCTCAAGCTTACAGGAACAAGCTGATATCCTCTATATGCTGTATACT  2359
            |..||.||||||.||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.|||||||||.|.
Sbjct 2117  AGTCATTGGTTTCACAGTTGAAGGAGACCTCAAGCTTACAGGAGCAAGCTGATATACTCTACATGCTGTATTCA  2190

Query 2360  ATGAAAGGACCTGACTGGAACACTGAATTGTATAATGAACGGAGTGCTACAGTGAGAGAGCTTCTTACCGAGCT  2433
            |||||||||||||||||||||||||||||||||.|.|||.||.|.|||||.||.|||||||||||||..||.||
Sbjct 2191  ATGAAAGGACCTGACTGGAACACTGAATTGTATGAAGAAGGGGGGGCTACTGTCAGAGAGCTTCTTAGTGAACT  2264

Query 2434  GTATGGCAAAGTGGGAGAAATTCGTCACTGGGGCCTGATCCGATACATTTCTGGGATCTTAAGGAAGAAAGTGG  2507
            |||||.||||||.||.||||||||.||||||||.|||||||||||.||.||||||||||||.||||||||||||
Sbjct 2265  GTATGTCAAAGTTGGTGAAATTCGGCACTGGGGTCTGATCCGATATATCTCTGGGATCTTACGGAAGAAAGTGG  2338

Query 2508  AAGCACTTGATGAGGCCTGCACAGACCTTCTCTCCCACCAGAAACATTTGACAGTAGGACTTCCTCCAGAACCT  2581
            |.|||||||||||||||||||||||||||||.|||.||||||||||..||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2339  AGGCACTTGATGAGGCCTGCACAGACCTTCTGTCCTACCAGAAACACCTGACAGTAGGACTTCCTCCAGAACCT  2412

Query 2582  CGAGAAAAGACTATCTCTGCACCTCTGCCCTATGAGGCGCTCACTCAGCTGATAGATGAAGCCAGTGAAGGGGA  2655
            |||||.|||||.||||||||.|||||.||.||.|||||.||||||.|||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct 2413  CGAGAGAAGACCATCTCTGCGCCTCTACCGTACGAGGCACTCACTAAGCTGATAGATGAAGCCAGTGAAGGCGA  2486

Query 2656  TATGAGCATTTCAATCCTTACACAGGAAATAATGGTATATCTAGCCATGTATATGCGAACCCAGCCTGGCCTCT  2729
            .||||||||.||||.|||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||.||||.|||||||||||||
Sbjct 2487  CATGAGCATCTCAACCCTTACACAGGAAATAATGGTCTATCTTGCCATGTATATGAGAACTCAGCCTGGCCTCT  2560

Query 2730  TTGCTGAAATGTTTCGACTTCGAATTGGTCTGATCATACAAGTTATGGCAACAGAACTGGCCCACTCCCTTCGA  2803
            ||||.||||||||..||||||||||.|||.||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.||||||
Sbjct 2561  TTGCAGAAATGTTCAGACTTCGAATCGGTTTGATCATACAAGTTATGGCAACAGAACTAGCACACTCTCTTCGA  2634

Query 2804  TGCTCAGCTGAGGAAGCCACAGAGGGCCTGATGAATCTCAGTCCTTCGCCCATGAAGGATCTCCTGCATCACAT  2877
            ||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||..||||||||.|.||||||||||||||
Sbjct 2635  TGTTCAGCTGAGGAAGCCACAGAGGGCCTGATGAATCTCAGTCCTTCAGCCATGAAGAACCTCCTGCATCACAT  2708

Query 2878  TCTCAGCCGCAAGGAG-TTGGAGTGGGAACGAAGCGTTCGTCCCACTGATCAAAATGTCAGTCCTGCTATTTCT  2950
            ||||||..||||.||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||..||||||.||||||||||||||.
Sbjct 2709  TCTCAGTGGCAAAGAGTTTGGAGT-GGAACGAAGCGTTCGTCCCACTGATTCAAATGTGAGTCCTGCTATTTCC  2781

Query 2951  ATCCACGAGATTGGTGCTG-TGGAGCAACCAAAACAGAACGAACTGGGATCATGCAGTTAAAAAGTGAGATAAA  3023
            |||||.||||||||||||| |||||||||.|||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2782  ATCCATGAGATTGGTGCTGTTGGAGCAACAAAAACTGAACGAACTGGAATCATGCAGTTAAAAAGTGAGATAAA  2855

Query 3024  GCA-----------------------------------------------------------------------  3026
            |||                                                                       
Sbjct 2856  GCAGGTGGAATTTCGTAGGCTGTCTGTCTCGATGGAGAGTCAGACTAGTGGTGGTCATCCCTCGGGTGTAGATT  2929

Query 3027  -------------------GTCACCTGGAACCTCTATGACTCCAAGTAGTGGGTCCTTTCCTA--GTGCATATG  3079
                               |||.||||.|.|||.|||..||.||||||||||.||||||||||  |||  |.||
Sbjct 2930  TGATGTCGCCATCCTTTCTGTCCCCTGCAGCCTGTATTGCTGCAAGTAGTGGATCCTTTCCTACGGTG--TGTG  3001

Query 3080  ATCAGCAGTCATCTAAAGATAGTCGTCAAGGTCAATGGCAACGCCGAAGAAGGCTGGATGGGGCACTGAATAGA  3153
            ||||.|||.||||||||||||||||||||||.||.|||||||||.|.||||||||.|||||.|||||.||||||
Sbjct 3002  ATCATCAGACATCTAAAGATAGTCGTCAAGGCCAGTGGCAACGCAGGAGAAGGCTAGATGGAGCACTAAATAGA  3075

Query 3154  GTTCCAGTTGGATTTTATCAGAAAGTATGGAAAGTTTTGCAGAAGTGTCACGGACTTTCTGTTGAAGGGTTTGT  3227
            ||.|||.|||||||||||||.||||||||||||.||||||||||.|||||.||.||||||||.|||||.|||||
Sbjct 3076  GTACCAATTGGATTTTATCAAAAAGTATGGAAAATTTTGCAGAAATGTCATGGGCTTTCTGTGGAAGGTTTTGT  3149

Query 3228  CCTTCCTTCCTCTACCACTAGAGAGATGACTCCAGGTGAGATTAAATTCTCTGTTCATGTGGAGTCTGTCCTGA  3301
            .|||||.||.||.||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
Sbjct 3150  TCTTCCCTCTTCAACCACTAGGGAGATGACCCCAGGTGAGATTAAATTCTCTGTCCATGTGGAGTCTGTCCTGA  3223

Query 3302  ATCGTGTACCTCAGCCAGAGTACCGTCAGCTGCTGGTTGAAGCCATCCTTGTCCTCACCATGCTGGCAGATATT  3375
            |||||||.|||||||||||.|||||.||.||.||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct 3224  ATCGTGTCCCTCAGCCAGAATACCGCCAACTTCTGGTTGAAGCCATCCTTGTTCTCACCATGCTGGCAGATATT  3297

Query 3376  GAAATTCATAGCATCGGAAGCATCATTGCTGTGGAAAAAATAGTGCATATTGCCAATGACTTGTTCCTTCAAGA  3449
            ||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct 3298  GAAATTCATAGCATTGGGAGCATCATTGCTGTGGAGAAAATAGTTCATATTGCCAACGACTTGTTCCTTCAAGA  3371

Query 3450  ACAGAAAACCCTTGGCGCAGATGATACCATGTTGGCAAAGGATCCCGCATCTGGCATCTGTACTCTTCTGTATG  3523
            ||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct 3372  ACAGAAAACCCTCGGCGCAGATGATACCATGTTGGCAAAGGATCCTGCATCTGGCATCTGTACTCTCCTGTATG  3445

Query 3524  ACAGTGCACCCAGTGGCAGGTTTGGCACCATGACCTACCTCTCCAAGGCAGCCGCCACCTACGTGCAGGAGTTC  3597
            |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.
Sbjct 3446  ACAGTGCACCCAGTGGCAGATTTGGCACCATGACCTACCTCTCCAAGGCAGCTGCCACCTACGTGCAGGAGTTT  3519

Query 3598  CTGCCTCACAGCATCTGTGCCATGCAA  3624
            |||||.||||||.|||||||||||||.
Sbjct 3520  CTGCCACACAGCCTCTGTGCCATGCAG  3546