Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_14812
• Subject: NM_001135652.2
• Aligned Length: 1653
• Identities: 1473
• Gaps: 179

Alignment

Query    1  ATGGCTGGTGATCTTTCAGCAGGTTTCTTCATGGAGGAACTTAATACATACCGTCAGAAGCAGGGAGTAGTACT  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGCTGGTGATCTTTCAGCAGGTTTCTTCATGGAGGAACTTAATACATACCGTCAGAAGCAGGGAGTAGTACT  74

Query   75  TAAATATCAAGAACTGCCTAATTCAGGACCTCCACATGATAGGAGGTTTACATTTCAAGTTATAATAGATGGAA  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TAAATATCAAGAACTGCCTAATTCAGGACCTCCACATGATAGGAGGTTTACATTTCAAGTTATAATAGATGGAA  148

Query  149  GAGAATTTCCAGAAGGTGAAGGTAGATCAAAGAAGGAAGCAAAAAATGCCGCAGCCAAATTAGCTGTTGAGATA  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  GAGAATTTCCAGAAGGTGAAGGTAGATCAAAGAAGGAAGCAAAAAATGCCGCAGCCAAATTAGCTGTTGAGATA  222

Query  223  CTTAATAAGGAAAAGAAGGCAGTTAGTCCTTTATTATTGACAACAACGAATTCTTCAGAAGGATTATCCATGGG  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  CTTAATAAGGAAAAGAAGGCAGTTAGTCCTTTATTATTGACAACAACGAATTCTTCAGAAGGATTATCCATGGG  296

Query  297  GAATTACATAGGCCTTATCAATAGAATTGCCCAGAAGAAAAGACTAACTGTAAATTATGAACAGTGTGCATCGG  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  GAATTACATAGGCCTTATCAATAGAATTGCCCAGAAGAAAAGACTAACTGTAAATTATGAACAGTGTGCATCGG  370

Query  371  GGGTGCATGGGCCAGAAGGATTTCATTATAAATGCAAAATGGGACAGAAAGAATATAGTATTGGTACAGGTTCT  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  GGGTGCATGGGCCAGAAGGATTTCATTATAAATGCAAAATGGGACAGAAAGAATATAGTATTGGTACAGGTTCT  444

Query  445  ACTAAACAGGAAGCAAAACAATTGGCCGCTAAACTTGCATATCTTCAGATATTATCAGAAGAAACCTCAGTGAA  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  ACTAAACAGGAAGCAAAACAATTGGCCGCTAAACTTGCATATCTTCAGATATTATCAGAAGAAACCTCAGTGAA  518

Query  519  ATCTGACTACCTGTCCTCTGGTTCTTTTGCTACTACGTGTGAGTCCCAAAGCAACTCTTTAGTGACCAGCACAC  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  ATCTGACTACCTGTCCTCTGGTTCTTTTGCTACTACGTGTGAGTCCCAAAGCAACTCTTTAGTGACCAGCACAC  592

Query  593  TCGCTTCTGAATCATCATCTGAAGGTGACTTCTCAGCAGATACATCAGAGATAAATTCTAACAGTGACAGTTTA  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  TCGCTTCTGAATCATCATCTGAAGGTGACTTCTCAGCAGATACATCAGAGATAAATTCTAACAGTGACAGTTTA  666

Query  667  AACAGTTCTTCGTTGCTTATGAATGGTCTCAGAAATAATCAAAGGAAG--CAAAAGATCTTTGGCACCCAGATT  738
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  .|||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  AACAGTTCTTCGTTGCTTATGAATGGTCTCAGAAATAATCAAAGGAAGGCAAAAAGATCTTTGGCACCCAGATT  740

Query  739  TGACCTTCCTGACATGAAAGAAACAAAGTATACTGTGGACAAGAGGTTTGGCATGGATTTTAAAGAAATAGAAT  812
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                             
Sbjct  741  TGACCTTCCTGACATGAAAGAAACAAAGTATACTGTGGACAAGAG-----------------------------  785

Query  813  TAATTGGCTCAGGTGGATTTGGCCAAGTTTTCAAAGCAAAACACAGAATTGACCGGAAGACTTACGGTATTAAA  886
                                                                                      
Sbjct  786  --------------------------------------------------------------------------  785

Query  887  CGTGTTAAATATAATAACGAGAAGGCGGAGCGTGAAGTAAAAGCATTGGCAAAACTTGATCATGTAAATATTGT  960
                                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  786  --------------------GAAGGCGGAGCGTGAAGTAAAAGCATTGGCAAAACTTGATCATGTAAATATTGT  839

Query  961  TCACTACAATGGCTGTTGGGATGGATTTGATTATGATCCTGAGACCAGTGATGATTCTCTTGAGAGCAGTGATT  1034
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  840  TCACTACAATGGCTGTTGGGATGGATTTGATTATGATCCTGAGACCAGTGATGATTCTCTTGAGAGCAGTGATT  913

Query 1035  ATGATCCTGAGAACAGCAAAAATAGTTCAAGGTCAAAGACTAAGTGCCTTTTCATCCAAATGGAATTCTGTGAT  1108
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  914  ATGATCCTGAGAACAGCAAAAATAGTTCAAGGTCAAAGACTAAGTGCCTTTTCATCCAAATGGAATTCTGTGAT  987

Query 1109  AAAGGGACCTTGGAACAATGGATTGAAAAAAGAAGAGGCGAGAAACTAGACAAAGTTTTGGCTTTGGAACTCTT  1182
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  988  AAAGGGACCTTGGAACAATGGATTGAAAAAAGAAGAGGCGAGAAACTAGACAAAGTTTTGGCTTTGGAACTCTT  1061

Query 1183  TGAACAAATAACAAAAGGGGTGGATTATATACATTCAAAAAAATTAATTCATAGAGATCTTAAGCCAAGTAATA  1256
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1062  TGAACAAATAACAAAAGGGGTGGATTATATACATTCAAAAAAATTAATTCATAGAGATCTTAAGCCAAGTAATA  1135

Query 1257  TATTCTTAGTAGATACAAAACAAGTAAAGATTGGAGACTTTGGACTTGTAACATCTCTGAAAAATGATGGAAAG  1330
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1136  TATTCTTAGTAGATACAAAACAAGTAAAGATTGGAGACTTTGGACTTGTAACATCTCTGAAAAATGATGGAAAG  1209

Query 1331  CGAACAAGGAGTAAGGGAACTTTGCGATACATGAGCCCAGAACAGATTTCTTCGCAAGACTATGGAAAGGAAGT  1404
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1210  CGAACAAGGAGTAAGGGAACTTTGCGATACATGAGCCCAGAACAGATTTCTTCGCAAGACTATGGAAAGGAAGT  1283

Query 1405  GGACCTCTACGCTTTGGGGCTAATTCTTGCTGAACTTCTTCATGTATGTGACACTGCTTTTGAAACATCAAAG-  1477
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
Sbjct 1284  GGACCTCTACGCTTTGGGGCTAATTCTTGCTGAACTTCTTCATGTATGTGACACTGCTTTTGAAACATCAAAGT  1357

Query 1478  -----------------------------------------------------AAAACTCTTCTACAGAAATTA  1498
                                                                 |||||||||||||||||||||
Sbjct 1358  TTTTCACAGACCTACGGGATGGCATCATCTCAGATATATTTGATAAAAAAGAAAAAACTCTTCTACAGAAATTA  1431

Query 1499  CTCTCAAAGAAACCTGAGGATCGACCTAACACATCTGAAATACTAAGGACCTTGACTGTGTGGAAGAAAAGCCC  1572
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1432  CTCTCAAAGAAACCTGAGGATCGACCTAACACATCTGAAATACTAAGGACCTTGACTGTGTGGAAGAAAAGCCC  1505

Query 1573  AGAGAAAAATGAACGACACACATGT  1597
            |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1506  AGAGAAAAATGAACGACACACATGT  1530