Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_14849
• Subject: NM_011849.3
• Aligned Length: 2439
• Identities: 1842
• Gaps: 268

Alignment

Query    1  ATGCCCCTGGCCGCCTACTGCTACCTGCGGGTCGTGGGCAAGGGGAGCTATGGAGAGGTGACGCTTGTGAAGCA  74
            |||||||.||||||.|||||||||.|||||||||||||||.|||.||.||.||.|||||||||||.||||||||
Sbjct    1  ATGCCCCAGGCCGCATACTGCTACATGCGGGTCGTGGGCAGGGGTAGTTACGGGGAGGTGACGCTCGTGAAGCA  74

Query   75  CCGGCGGGACGGCAAGCAGTATGTCATCAAAAAACTGAACCTCCGAAATGCCTCTAGCCGAGAGCGGCGAGCTG  148
            .|||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||
Sbjct   75  TCGGCGAGACGGCAAGCAGTATGTCATCAAAAAGCTGAACCTCCGAAATGCCTCCAGCCGAGAGCGTCGAGCTG  148

Query  149  CTGAACAGGAAGCCCAGCTCTTGTCTCAGTTGAAGCATCCCAACATTGTCACCTACAAGGAGTCATGGGAAGGA  222
            ||||.||||||||.||||||.|.||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||.||||||||.|||
Sbjct  149  CTGAGCAGGAAGCTCAGCTCCTATCTCAGTTGAAGCACCCCAACATTGTCACCTACAAAGAATCATGGGAGGGA  222

Query  223  GGAGATGGTCTGCTCTACATTGTCATGGGCTTCTGTGAAGGAGGTGATTTGTACCGAAAGCTCAAGGAGCAGAA  296
            |||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||.|||||||.|||||||||||||||||
Sbjct  223  GGAGACGGTCTGCTCTACATTGTCATGGGCTTCTGCGAAGGAGGTGATCTGTACCGGAAGCTCAAGGAGCAGAA  296

Query  297  AGGGCAGCTTCTGCCGGAGAATCAGGTGGTAGAGTGGTTTGTACAGATCGCCATGGCTTTGCAGTATTTACATG  370
            |||||||||||||||.||||.|||||||||.|||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||
Sbjct  297  AGGGCAGCTTCTGCCTGAGAGTCAGGTGGTGGAGTGGTTTGTCCAGATCGCCATGGCCTTGCAGTATTTACATG  370

Query  371  AAAAACACATCCTTCATCGAGATCTGAAAACTCAAAATGTCTTCCTAACAAGAACAAACATCATCAAAGTAGGG  444
            |.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||.|||||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct  371  AGAAACACATCCTTCATCGAGATCTGAAAACTCAGAATGTCTTCTTAACAAGAACAAACATCATCAAAGTGGGG  444

Query  445  GACCTAGGAATTGCCCGAGTGTTGGAGAACCACTGTGACATGGCTAGCACCCTCATTGGCACACCCTACTACAT  518
            |||||||||||||||||.||.||.|||||.|||.||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct  445  GACCTAGGAATTGCCCGCGTCTTAGAGAATCACGGTGACATGGCGAGCACCCTCATTGGCACACCCTATTACAT  518

Query  519  GAGCCCTGAATTGTTCTCAAACAAACCCTACAACTATAAGTCTGATGTTTGGGCTCTAGGATGCTGTGTCTATG  592
            |||||||||..|||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||.|.|||||||||||.||||
Sbjct  519  GAGCCCTGAGCTGTTCTCCAACAAACCCTACAACTATAAGTCGGATGTTTGGGCTTTGGGATGCTGTGTATATG  592

Query  593  AAATGGCCACCTTGAAGCATGCTTTCAATGCAAAAGATATGAATTCTTTAGTTTATCGGATTATTGAAGGAAAG  666
            |||||||||||.|||||||.|||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  AAATGGCCACCCTGAAGCACGCTTTTAATGCAAAAGACATGAATTCTTTAGTTTATCGGATTATTGAAGGAAAG  666

Query  667  CTGCCAGCAATGCCAAGAGATTACAGCCCAGAGCTGGCAGGACCTGATAAGAACAATGCTGAGCAAAAGGCCTG  740
            .||||..|||||||||.||.|||||||.|||||||||| .||.||||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct  667  TTGCCGCCAATGCCAAAAGTTTACAGCACAGAGCTGGC-TGAGCTGATAAGAACAATGCTGAGCAGAAGGCCTG  739

Query  741  AAGAAAGGCCGTCTGTGAGGAGCATCCTGAGGCAGCCTTATATAAAGCGGCAAATCTCCTTCTTTTTGGAGGCC  814
            |.||.|||||.||||||.|||||||||||||||||||.||.|||||.|..||.||||||||.||.|||||||||
Sbjct  740  AGGAGAGGCCCTCTGTGCGGAGCATCCTGAGGCAGCCCTACATAAAACACCACATCTCCTTGTTCTTGGAGGCC  813

Query  815  ACAAAGATAAAAACCTCCAAAAATAACATTAAAAATGGTGACTCTCA-ATCCAAGCCTTTTGCTACAGTGGTTT  887
            ||.|||..||||||.|||||||||||..|||||||..||||||| || |.||||||||.|||||.|.||.||||
Sbjct  814  ACCAAGGCAAAAACTTCCAAAAATAATGTTAAAAACTGTGACTC-CAGAGCCAAGCCTGTTGCTGCTGTAGTTT  886

Query  888  CTGGAGAGGCAGAATCAAATCATGAAGTAATCCACCCCCAACCACTCTCTTCTGAGGGCTCCCAGACAT-----  956
            |..||.|||.||||||||||..|||.||.||.|||..|||.||||.|||||||||||||||       |     
Sbjct  887  CCAGAAAGGAAGAATCAAATACTGACGTGATACACTACCAGCCACGCTCTTCTGAGGGCTC-------TGCTTT  953

Query  957  --ATATAATGGGTGAAGGCAAATGTTTGTCCCAGGAGAAACCCAG-GGCCTCTGGTCTCTTGAAGTCACCTGCC  1027
              ||.|.||||||||||..||||||||||||||.|||||| |||| ||.|..|||||.|||||..|||||.||.
Sbjct  954  GCATGTCATGGGTGAAGATAAATGTTTGTCCCAAGAGAAA-CCAGTGGACATTGGTCCCTTGAGATCACCGGCT  1026

Query 1028  AGTCTGAAAGCCCATACCTGCAAACAGGACTTGAGCAATACCACAGA---ACTAGCCACAATCAGTAGCGTAAA  1098
            |||||..|||.|||.||..|||||||.|||.|||.||||||....||   |...||||||||||||||..||||
Sbjct 1027  AGTCTTGAAGGCCACACTGGCAAACAAGACATGAACAATACTGGGGAGTCATGTGCCACAATCAGTAGGATAAA  1100

Query 1099  TATTGACATCTTACCTGCAAAAGGGAGGGATTCAGTGAGTGATGGCTTTGTTCAGGAGAATCAGCCAAGATATT  1172
            |||.||.||||||||||||.||.|||||||.||||.||..|.|||..|.||||||||||..||.|||..|.|..
Sbjct 1101  TATCGATATCTTACCTGCAGAAAGGAGGGACTCAGCGAACGCTGGTGTAGTTCAGGAGAGCCAACCACAACACG  1174

Query 1173  TGGATGCCTCTAATGAGTTAGGAGGTATATGCAGTATTTCTCAAGTGGAAG-AGGAGATGCTGCAGGACAACAC  1245
            ||||||||.||.||||..|||...||...||||||||||||||||    || ||||||.|||.||||.|||.||
Sbjct 1175  TGGATGCCGCTGATGAAGTAGACAGTCAGTGCAGTATTTCTCAAG----AGAAGGAGAGGCTACAGGGCAATAC  1244

Query 1246  TAAATCCAGTGCCCAGCCTGAAAACCTGATTCCCATGTGGTCCTCTGA-CATTGTCACTGGGGAAAAGAATGAA  1318
            .||.|||||||..|||||||.|||.||..||||||...|||||||||| ..|.||.| |||||||..||.||||
Sbjct 1245  CAAGTCCAGTGATCAGCCTGGAAATCTCCTTCCCAGACGGTCCTCTGATGGTGGTGA-TGGGGAAGGGAGTGAA  1317

Query 1319  CCAGTGAAGCCTCTGCAGCCC-CTAATCAAAGAACAAAAGCCAAAGGACCAGGATCAAGTTGCTGGTGAATGTA  1391
            |..||||||||..||.|.||| |.||| |||||.|||||||||   |||||||||||||||.|||      |||
Sbjct 1318  CTGGTGAAGCCATTGTATCCCTCAAAT-AAAGACCAAAAGCCA---GACCAGGATCAAGTTACTG------GTA  1381

Query 1392  TTATAGAAAAACAGGGCAGAATCCACCC-AGATTTACAGCCACACAACTCTGGGTCTGAACCTTCCCTGTCTCG  1464
            ||||||||||.||||.|||.|||||||| ||| |..||||||||||.||||..||||||||||||..||||.||
Sbjct 1382  TTATAGAAAATCAGGACAGCATCCACCCAAGA-TCCCAGCCACACAGCTCTATGTCTGAACCTTCTTTGTCCCG  1454

Query 1465  ACAGCGACGGCAAAAGAGGAGAGAACAGACTGAGCACAGAGGGGAAAAGAGACAGGTCCGCAGAGATCTCTTTG  1538
            .||||||.||||.||.|..||.||||||||||..||.||..|...||||||.|||                   
Sbjct 1455  GCAGCGAAGGCAGAAAAAAAGGGAACAGACTGCCCATAGTCGTACAAAGAGCCAG-------------------  1509

Query 1539  CTTTCCAAGAGTCGCCTCCTCGATTTTTGCCTTCTCATCCCATTGTTGGGAAAGTGGATGTCACATCAACACAA  1612
              ||||||||.|..||.|||||..|||||||||||.||||...|.||||||||||||||.|||.|.|||||||.
Sbjct 1510  --TTCCAAGAATTACCCCCTCGGCTTTTGCCTTCTTATCCTGGTATTGGGAAAGTGGATATCATAGCAACACAG  1581

Query 1613  AAAGAGGCTGAAAACCAACGTAGA---GTGGTCACTGGGTCTGTGAGCAGTTCAAGGAGCAG-TGAGATGTCAT  1682
            .||.|.|.||.|||||||.||.||   ||||   ||||||.|||.|.|||||||||||.||| |.| |...|||
Sbjct 1582  CAAAATGATGGAAACCAAGGTGGACCTGTGG---CTGGGTGTGTAAACAGTTCAAGGACCAGCTCA-ACAGCAT  1651

Query 1683  CATCAAAGGATCGACCATTATCAGCCAGAGAGAGGAGGCGACTAAAGCAGTCACAGGAAGAAATG---------  1747
            ||.||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.||.|||         
Sbjct 1652  CAGCAAAGGATCGACCATTATCAGCCAGAGAGAGGAGACGGCTAAAGCAGTCACAGGAGGAGATGCTGCCCTCA  1725

Query 1748  --------------------------------------------------------------------------  1747
                                                                                      
Sbjct 1726  GGCCCTGCAGTTCAGAGAACTCCAAGTGCAGTTGAGCCACTGAAACCACAGGAAGAAGACCAACCCATCCCTGC  1799

Query 1748  -------TCCTCTTC-------------------------------------AGG--AAAGGAAA-----CAGA  1770
                   |.||||||                                     |||  ||||||.|     |.||
Sbjct 1800  CCAACGATTCTCTTCTGACTGCAGCATCACTCAGATGAATCACACACTCCCGAGGGAAAAGGAGAAGAGGCTGA  1873

Query 1771  TTCATTGTCTGTCTGAGGATGAGTTAAGTTCTTCTACAAGTTCAACTGATAAGTCAGATGGGGATTACGGGGAA  1844
            |.|||.|.||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||.|.||||.
Sbjct 1874  TGCATGGCCTGTCTGAGGATGAGTTAAGCTCTTCTACAAGCTCAACTGATAAGTCAGATGGGGATTCCAGGGAG  1947

Query 1845  GGGAAAGGTCAGACAAATGAAATTAATGCCTTGGTACAATTGATGACTCAGACCCTGAAACTGGATTCTAAAGA  1918
            |||||..||||.|||||||||||.||.|.|||||||||..|||||||||||||.||||..|||||..||||.||
Sbjct 1948  GGGAAGAGTCATACAAATGAAATGAAAGACTTGGTACAGCTGATGACTCAGACTCTGAGGCTGGAAGCTAAGGA  2021

Query 1919  GAGCTGTGAAGATGTCCCGGTAGCAAACCCAGTGTCAGAATTCAAACTTCATCGGAAATATCGGGACACACTGA  1992
            |||||||||||||.|||.|||...||||||||.|||||||||||.|||||||||.||.|||||.|||||.|||.
Sbjct 2022  GAGCTGTGAAGATCTCCAGGTCCTAAACCCAGGGTCAGAATTCAGACTTCATCGAAAGTATCGAGACACGCTGG  2095

Query 1993  TACTTCATGGGAAGGTTGCAGAAGAGGCAGAGGAAATCCATTTTAAAGAGCTACCTTCAGCTATTATGCCAGGT  2066
            |.||||||||.|||||||||||||||   |.||||..|||.|.||..|||||.|||.|.|.|||.||.||||||
Sbjct 2096  TGCTTCATGGCAAGGTTGCAGAAGAG---GTGGAACCCCACTGTACGGAGCTGCCTACGGGTATCATACCAGGT  2166

Query 2067  TCTGAAAAGATCAGGAGACTAGTTGAAGTCTTGAGAACTGATGTAATTCGTGGCCTGGGAGTTCAGCTTTTAGA  2140
            ||||||||||||||||||.|.|||||||||||.|||.||||||||||.|..||||||||..||||.||.|||||
Sbjct 2167  TCTGAAAAGATCAGGAGAATCGTTGAAGTCTTAAGAGCTGATGTAATCCAGGGCCTGGGGATTCAACTCTTAGA  2240

Query 2141  GCAGGTGTATGATCTTTTGGAGGAGGAGGATGAATTTGATAGAGAGG----------TGAGTGTCTCAT-----  2199
            ||||||||.|||||||||||..|||||.|||||.||.||.|||||||          .|||   |.|||     
Sbjct 2241  GCAGGTGTTTGATCTTTTGGGAGAGGAAGATGAGTTGGAGAGAGAGGCACGATTACAGGAG---CACATGGGAG  2311

Query 2200  -TAACTGTAT-CAAGATGCTTA---TGTTATAG------------AATTTTT-------------------  2234
             .||  |||| |||    ||||   |||.|.||            |||||||                   
Sbjct 2312  ACAA--GTATACAA----CTTACTGTGTGAAAGCTCGCCAATTGAAATTTTTTGAAGAAAATGTGAGTTTT  2376