Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_14861
• Subject: NM_001312869.1
• Aligned Length: 1522
• Identities: 1132
• Gaps: 271

Alignment

Query    1  ATGGAGGCGGCGGTCGCTGCTCCGCGTCCCCGGCTGCTCCTCCTCGTGCTGGCGGCGGTGGCGGCGGCGGCGGC  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  GGCGCTGCTCCCGGGGGCGACGGCGTTACAGTGTTTCTGCCACCTCTGTACAAAAGACAATTTTACTTGTGTGA  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  CAGATGGGCTCTGCTTTGTCTCT---GTCACAGAGACCACAGACAAAGTTATACACAACAGCATGTGT-ATAGC  218
               ||||            .|||   |||||                 ||||         |||| || || |.
Sbjct    1  ---ATGG------------ATCTAAAGTCAC-----------------TTAT---------CATG-GTGAT-GA  31

Query  219  TGAAATTGACT-TAATTCCTCGAGATAGGCCGTTTGTATGTGCACCCTCTTCAAAAACTGGGTCTGTGACTACA  291
            ||.||  |||| |||     .||.|||                ||.|.|||.||.||           |.||||
Sbjct   32  TGGAA--GACTATAA-----GGATATA----------------ACTCCCTTAAAGAA-----------ATTACA  71

Query  292  ACATATTGCTGCAATCAGGACCATTGCAATAAAATAGAACTTCCAACTACTGTAAAGTCA-TCACCTGGCCTTG  364
            ..|.|.|     ||  ||||||.||                      |.|.|.|||| || |||.|||||||||
Sbjct   72  GGAGAAT-----AA--AGGACCTTT----------------------TTCAGAAAAG-CAGTCAGCTGGCCTTG  115

Query  365  GTCCTGTGGAACTGGCAGCTGTCATTGCTGGACCAGTGTGCTTCGTCTGCATCTCACTCATGTTGATGGTCTAT  438
            ||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||..||||.|||.|||||||||||
Sbjct  116  GTCCTGTGGAGCTGGCAGCTGTCATTGCTGGTCCAGTCTGCTTCGTCTGCATTGCACTTATGCTGATGGTCTAT  189

Query  439  ATCTGCCACAACCGCACTGTCATTCACCATCGAGTGCCAAATGAAGAGGACCCTTCATTAGATCGCCCTTTTAT  512
            ||||||||.||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.||.|||.|||||||||||||.||
Sbjct  190  ATCTGCCATAACCGCACTGTCATTCACCACCGTGTGCCAAATGAAGAGGATCCATCACTAGATCGCCCTTTCAT  263

Query  513  TTCAGAGGGTACTACGTTGAAAGACTTAATTTATGATATGACAACGTCAGGTTCTGGCTCAGGTTTACCATTGC  586
            |||||||||.||.||.||.|||||.||||||||||||||||||||.|||||.|||||.||||||||||||.|||
Sbjct  264  TTCAGAGGGCACCACCTTAAAAGATTTAATTTATGATATGACAACATCAGGGTCTGGATCAGGTTTACCACTGC  337

Query  587  TTGTTCAGAGAACAATTGCGAGAACTATTGTGTTACAAGAAAGCATTGGCAAA-GTCGATTTGGAGAAGTTTGG  659
            |||||||.|||||||||||.||.||.||||||||||||||||||||||||||| ||||.|||||||||||||||
Sbjct  338  TTGTTCAAAGAACAATTGCCAGGACCATTGTGTTACAAGAAAGCATTGGCAAAGGTCGGTTTGGAGAAGTTTGG  411

Query  660  AGAGGAAAGTGGCGGGGAGAAGAAGTTGCTGTTAAGATATTCTCCTCTAGAGAAGNACGTT--NGGTTGNTNCC  731
            .||||.||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||..||||  .||||    ||
Sbjct  412  CGAGGCAAATGGCGGGGAGAAGAAGTTGCTGTGAAGATATTCTCTTCTAGAGAAGAGCGTTCATGGTT----CC  481

Query  732  GTGAGGCAGAGATTTTATCAAANTGTAAATGTTACGTCATGAAAACATCCTGGGGATTNNTAGCAGCAGACATA  805
            |.|||||||||| |||||||.|.||| |||||||||.||||||||.||||| ||||||..||||||||||||..
Sbjct  482  GAGAGGCAGAGA-TTTATCAGACTGT-AATGTTACGCCATGAAAATATCCT-GGGATTTATAGCAGCAGACAAC  552

Query  806  AAAGACAATGGTACTTGGACTCAGCTCTGGTTGGTGTCAGATTATCATGAGCATGGATCCCTTTTTGATTACTT  879
            |||||||||||.||.|||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct  553  AAAGACAATGGGACATGGACGCAGCTGTGGTTGGTGTCAGATTATCATGAGCATGGATCCCTTTTCGATTACTT  626

Query  880  AAACAGATACACAGTTACTGTGGAAGGAATGATAAAACTTGCTCTGTCCACGGCGAGCGGTCTTGCCCATCTTC  953
            .||.||||||||.||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||.||.||.||||||||||||||||
Sbjct  627  GAATAGATACACTGTTACTGTGGAAGGAATGATCAAGCTTGCTCTGTCCACAGCAAGTGGTCTTGCCCATCTTC  700

Query  954  ACATGGAGATTGTTGGTACCCAAGGAAAGCCAGCCATTGCTCATAGAGATTTGAAATCAAAGAATATCTTGGTA  1027
            ||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct  701  ACATGGAGATTGTTGGTACCCAAGGAAAACCAGCTATTGCCCATAGAGATTTGAAATCAAAGAATATCTTGGTG  774

Query 1028  AAGAAGAATGGAACTTGCTGTATTGCAGACTTAGGACTGGCAGTAAGACATGATTCAGCCACAGATACCATTGA  1101
            |||||.||||||||.||.||||||||||||||.|||||.||.||.|||||||||||.|||||||||||.|||||
Sbjct  775  AAGAAAAATGGAACCTGTTGTATTGCAGACTTGGGACTTGCTGTGAGACATGATTCTGCCACAGATACAATTGA  848

Query 1102  TATTGCTCCAAACCACAGAGTGGGAACAAAAAGGTACATGGCCCCTGAAGTTCTCGATGATTCCATAAATATGA  1175
            |||||||||||||||||||||.||.||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
Sbjct  849  TATTGCTCCAAACCACAGAGTAGGCACTAAAAGGTACATGGCCCCTGAAGTTCTAGATGATTCCATAAATATGA  922

Query 1176  AACATTTTGAATCCTTCAAACGTGCTGACATCTATGCAATGGGCTTAGTATTCTGGGAAATTGCTCGACGATGT  1249
            ||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||
Sbjct  923  AACATTTTGAATCCTTCAAACGCGCTGACATCTATGCAATGGGCTTAGTGTTCTGGGAAATTGCTCGACGCTGT  996

Query 1250  TCCATTGGTGGAATTCATGAAGATTACCAACTGCCTTATTATGATCTTGTACCTTCTGACCCATCAGTTGAAGA  1323
            ||.|||||||||||.||||||||.||.||..||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||
Sbjct  997  TCTATTGGTGGAATCCATGAAGACTATCAGTTGCCTTATTATGATCTTGTACCTTCTGATCCATCGGTTGAAGA  1070

Query 1324  AATGAGAAAAGTTGTTTGTGAACAGAAGTTAAGGCCAAATATCCCAAACAGATGGCAGAGCTGTGAAGCCTTGA  1397
            ||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct 1071  AATGAGAAAAGTAGTTTGCGAACAGAAGTTAAGGCCAAATATTCCAAACAGATGGCAGAGCTGTGAGGCCTTGA  1144

Query 1398  GAGTAATGGCTAAAATTATGAGAGAATGTTGGTATGCCAATGGAGCAGCTAGGCTTACAGCATTGCGGATTAAG  1471
            ||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||.|||||.|||||.|||||.
Sbjct 1145  GAGTGATGGCTAAAATTATGAGAGAATGCTGGTATGCCAATGGAGCAGCAAGGCTGACAGCTTTGCGAATTAAA  1218

Query 1472  AAAACATTATCGCAACTCAGTCAACAGGAAGGCATCAAAATG  1513
            ||||||||.||.||||||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct 1219  AAAACATTGTCACAACTCAGCCAACAGGAAGGCATCAAAATG  1260