Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_14919
• Subject: XM_006516583.3
• Aligned Length: 3043
• Identities: 2347
• Gaps: 380

Alignment

Query    1  ATGGCCGCCGCGGAGACCCAGTCGCTACGGGAGCAGCCAGAGATGGAAGATGC---TAATTCTGAAAAGAGTAT  71
            |||||||||.|||||.|||.|||.||.||||||||..|.||||||||.|||||   ||||||||||||||||.|
Sbjct    1  ATGGCCGCCACGGAGCCCCCGTCCCTGCGGGAGCAAGCTGAGATGGATGATGCTGATAATTCTGAAAAGAGTGT  74

Query   72  AAATGAAGAAAATGGAGAAGTATCAGAAGACCAGTCTCAAAATAAGCACAGTCGTCACAAAAAAAAGAAGCATA  145
            ||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  AAATGAAGAAAATGGAGAGGTATCAGAAGACCAATCTCAAAATAAACACAGTCGTCACAAAAAAAAGAAGCATA  148

Query  146  AACACAGAAGTAAACATAAGAAACATAAACATTCCTCAGAAGAAGACAAGGATAAAAAACATAAACATAAGCAT  219
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|.||||||||||||.||||||||||||
Sbjct  149  AACACAGAAGTAAACATAAGAAACATAAACATTCCTCAGAAGAAGATAGGGATAAAAAACACAAACATAAGCAT  222

Query  220  AAACATAAGAAACACAAAAGAAAAGAGGTTATTGATGCTTCTGATAAAGAGGGTATGTCTCCAGCAAAAAGAAC  293
            ||.||||||||.||||||.|.|||||.|||||.||.|||||.||.|||||.||..||||.||.|||||||||||
Sbjct  223  AAGCATAAGAAGCACAAACGGAAAGAAGTTATCGAGGCTTCCGACAAAGAAGGCCTGTCCCCTGCAAAAAGAAC  296

Query  294  TAAACTTGATGATTTAGCTTTGCTAGAAGACTTGGAAAAACAGAGAGCCTTGATTAAGGCCGAACTTGATAATG  367
            |||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||.||.||.||||||||||
Sbjct  297  TAAGCTTGATGATTTAGCTTTGCTGGAAGACTTGGAAAAGCAGAGAGCCTTGATTAAAGCTGAGCTTGATAATG  370

Query  368  AGTTAATGGAAGGAAAGGTCCAGTCTGGTATGGGGCTCATTTTGCAAGGTTATGAGTCTGGCTCTGAAGAAGAG  441
            ||||||||||.||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||.
Sbjct  371  AGTTAATGGAGGGGAAGGTCCAGTCTGGAATGGGGCTCATTTTGCAAGGCTATGAGTCTGGCTCCGAAGAAGAA  444

Query  442  GGGGAAATTCATGAAAAGGCAAGAAATGGAAATAGGTCTAGTACTAGATCTTCAAGTACAAAGGGGAAACTTGA  515
            ||.||.|||||.|||||||||||||||||.||.|||||.|||||.||.|||||.|||||...|||.||||||||
Sbjct  445  GGAGAGATTCACGAAAAGGCAAGAAATGGGAACAGGTCCAGTACCAGGTCTTCCAGTACTCGGGGAAAACTTGA  518

Query  516  ACTTGTGGACAATAAAATTACTACAAAGAAACGAAGTAAAAGCAGATCCAAAGAACGGACTAGACATAGGTCTG  589
            |.||..||||||.||||.||.|.||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||.||.||.||.|
Sbjct  519  AATTACGGACAACAAAAATAGTGCAAAGAAACGAAGTAAGAGCAGATCCAAAGAACGGACCAGGCACAGATCGG  592

Query  590  ATAAAAAGAAAAGTAAGGGGGGTATTGAAATCGTTAAAGAGAAAACAACTAGGAGCAAGTCAAAGGAGAGGAAA  663
            |.||||.||||||.|||||||.|...|||||..|.|.|||||||.|||..|||||||||||.||||||||||.|
Sbjct  593  ACAAAAGGAAAAGCAAGGGGGCTGGGGAAATGCTGAGAGAGAAAGCAAACAGGAGCAAGTCCAAGGAGAGGAGA  666

Query  664  AAATCTAAAAGCCCATCCAAAAGAAGTAAGTCTCAAGATCAAGCAAGGAAATCAAAATCCCCTACCCTTAGAAG  737
            |||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.||.||.|||||.||||||.|.||.|||.|
Sbjct  667  AAATCCAAAAGCCCATCCAAAAGAAGCAAGTCTCAAGACCAAGCTAGAAAGTCAAAGTCCCCTCCACTCAGACG  740

Query  738  GCGATCTCAAGAGAAAATTGGTAAGGCCAGATCTCCTACTGATGATAAGGGTTAAAATTGAAGATAAAAGTAAA  811
            |||.||.|||||||||.|.||.|||||||||||||||.||||.||.|| |.|.||.|.||||||.|||.|.|||
Sbjct  741  GCGGTCCCAAGAGAAAGTGGGGAAGGCCAGATCTCCTGCTGAGGAGAA-GATGAAGAGTGAAGAGAAAGGCAAA  813

Query  812  TCAAAAGATAGGAAAAAATCCCCAATTATAAATGAAAGTAGAAGTCGCGATCGAGGTAAAAAATCCAGATCCCC  885
            ..|||.||||||||||||||.||||||.||||||||   ||.|||||.|||.||..|||||||||||..|||||
Sbjct  814  ATAAAGGATAGGAAAAAATCACCAATTGTAAATGAA---AGGAGTCGAGATAGATCTAAAAAATCCAAGTCCCC  884

Query  886  AGTTGATTTAAGAGGTAAATCCAAAGACAGAAGGTCACGGTCCAAAGAGAGAAAATCAAAACGGTCTGAAACTG  959
            ||||||.|||||||.||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|.||.||||||||.|||||||.||
Sbjct  885  AGTTGACTTAAGAGATAAATCCAAAGACAGAAGGTCAAGGTCCAAAGAGCGGAAGTCAAAACGATCTGAAATTG  958

Query  960  ATAAAGAAAAGAAGCCAATTAAATCTCCCTCTAAAGATGCTTCATCTGGGAAAGAAAATAGGTCACCCAGCAGA  1033
            |.|||||||||||||||||||||||.||.||.||.||||||||.||||||||.|||||||||||||||||.|||
Sbjct  959  ACAAAGAAAAGAAGCCAATTAAATCACCTTCAAAGGATGCTTCTTCTGGGAAGGAAAATAGGTCACCCAGTAGA  1032

Query 1034  AGACCTGGTCGTAGTCCTAAAAGAAGAAGTTTGTCTCCAAAACCACGTGATAAATCAAGAAGAAGCAGGTCTCC  1107
            ||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||..||.||.||.|||||||||||.||||||||
Sbjct 1033  AGACCTGGCCGTAGTCCTAAAAGAAGAAGTTTGTCTCCAAAACTGCGAGACAAGTCAAGAAGAAGTAGGTCTCC  1106

Query 1108  ACTTTTGAATGATAGAAGATCTAAGCAGAGCAAATCCCCCTCGCGGACACTGTCTCCTGGGAGAAGAGCCAAGA  1181
            .|||.|.|||||.|||||||||||||||||||||||.||.||.||.||.||||||||.||.|||||.|||||||
Sbjct 1107  GCTTCTCAATGACAGAAGATCTAAGCAGAGCAAATCGCCTTCTCGAACTCTGTCTCCAGGCAGAAGGGCCAAGA  1180

Query 1182  GCCGATCCTTAGAAAGAAAACGACGAGAACCAGAGAGGAGACGACTTTCTTCTCCAAGAACACGACCTCGAGAT  1255
            ||||||||||||||||||||||..|||||||||||||||||||||||||||||||.||||||.|||||||||||
Sbjct 1181  GCCGATCCTTAGAAAGAAAACGGAGAGAACCAGAGAGGAGACGACTTTCTTCTCCGAGAACAAGACCTCGAGAT  1254

Query 1256  GATATCCTCAGTAGACGTGAAAGATCAAAAGATGCCAGCCCCATCAATAGATGGTCTCCAACCCGAAGAAGAAG  1329
            ||||||||..|||||.|||||.|.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct 1255  GATATCCTTGGTAGATGTGAACGGTCAAAAGATGCCAGCCCCATCAATAGGTGGTCTCCAACCCGAAGAAGAAG  1328

Query 1330  TAGATCTCCCATTAGAAGGAGGTCTCGTTCCCCACTCAGACGTAGCAGGTCTCCAAGAAGAAGAAGCAGATCTA  1403
            |||.|||||.||||||||||||||.|||||||||.|.|||||.|||||||||||.||||||||||||||.|||.
Sbjct 1329  TAGGTCTCCAATTAGAAGGAGGTCCCGTTCCCCATTGAGACGCAGCAGGTCTCCTAGAAGAAGAAGCAGGTCTC  1402

Query 1404  CTCGGAGAAGGGACAGAGGTCGGAGGAGCAGATCACGCTTGCGAAGGCGGTCTCGATCACGCGGTGGTCGTAGA  1477
            ||||||||||.||.||..|.||.||||||||.|||||||||.|.||..|||||||||||||.|||||||.|||.
Sbjct 1403  CTCGGAGAAGAGATAGGAGCCGAAGGAGCAGGTCACGCTTGAGGAGAAGGTCTCGATCACGGGGTGGTCATAGG  1476

Query 1478  CGAAGGAGCAGAAGCAAAGTAAAGGAAGATAAATTTAAAGGAAGTCTTTCTGAAGGAATGAAAGTTGAGCAGGA  1551
            .||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||.||
Sbjct 1477  AGAAGGAGCAGAAGCAAAGTAAAGGAAGATAAATTTAAAGGAAGTCTCTCAGAAGGAATGAAAGTTGAGCAAGA  1550

Query 1552  ATCTTCGTCTGATGATAACCTTGAAGACTTTGATGTAGAGGAAGAAGATGAAGAAGCCCTAATAGAACAGAGAA  1625
            .|||||.||||||||||||||||||||.||||||||.|||||.|||||||||||.||.||||||||||||||||
Sbjct 1551  GTCTTCATCTGATGATAACCTTGAAGATTTTGATGTGGAGGAGGAAGATGAAGAGGCTCTAATAGAACAGAGAA  1624

Query 1626  GAATCCAAAGGCAGGCAATTGTTCAGAAATATAAATACCTTGCTGAAGATAGCAACATGTCTGTGCCATCTGAA  1699
            ||||.||.|||||.||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||.||.||||||||||||||.
Sbjct 1625  GAATACAGAGGCAAGCAATTGTGCAGAAATATAAATATCTTGCTGAAGATAGCAATATATCTGTGCCATCTGAG  1698

Query 1700  CCAAGCAGCCCCCAGAGCAGTACGAGAACACGATCACCATCTCCAGATGACATTCTGGAGCGAGTAGCTGCTGA  1773
            ||||||||||||||||||||.||.|||.|||||||.||.||.|||||.|||||..||||||||||.||||||||
Sbjct 1699  CCAAGCAGCCCCCAGAGCAGCACAAGATCACGATCTCCTTCGCCAGACGACATCTTGGAGCGAGTTGCTGCTGA  1772

Query 1774  TGTTAAAGAGTATGAACGGGAAAATGTTGATACATTTGAGGCCTCAGTGAAAGCCAAGCATAATCTAATGACAG  1847
            |||.|||||.|||||.|||||.||||||||.||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1773  TGTAAAAGAATATGAGCGGGAGAATGTTGACACCTTTGAGGCCTCAGTAAAAGCCAAGCATAATCTAATGACAG  1846

Query 1848  TTGAACAGAATAATGGTTCATCTCAGAAGAAGTTGTTGGCACCTGATATGTTTACAGAATCTGATGATATGTTT  1921
            ||||||||||||||||.|||||||||||||||.|.|||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||
Sbjct 1847  TTGAACAGAATAATGGCTCATCTCAGAAGAAGATTTTGGCACCTGACATGTTTACAGAATCTGATGACATGTTT  1920

Query 1922  GCTGCGTATTTTGATAGTGCTCGTCTTCGGGCCGCTGGCATTGGAAAAGATTTCAAAGAGAATCCCAACCTCAG  1995
            |||||.||||||||||||||||||||.||.||.|||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||
Sbjct 1921  GCTGCTTATTTTGATAGTGCTCGTCTCCGAGCTGCTGGCATTGGGAAAGATTTCAAAGAAAATCCCAACCTCAG  1994

Query 1996  AGATAACTGGACCGATGCAGAAGGCTATTATCGTGTGAACATAGGTGAAGTCCTAGATAAACGTTACAATGTGT  2069
            ||||||.|||||.|||||||||||||||||.|||||||||||.||.||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct 1995  AGATAATTGGACAGATGCAGAAGGCTATTACCGTGTGAACATCGGGGAAGTCCTAGATAAACGTTATAATGTGT  2068

Query 2070  ATGGCTACACTGGGCAAGGTGTATTCAGTAATGTTGTACGAGCCAGAGATAATGCAAGAGCCAACCAAGAAGTG  2143
            ||||||||||||||||.|||||.|||||.||||||||.||.|||||.||||||||.|||||||||||.||||||
Sbjct 2069  ATGGCTACACTGGGCAGGGTGTGTTCAGCAATGTTGTGCGTGCCAGGGATAATGCGAGAGCCAACCAGGAAGTG  2142

Query 2144  GCTGTAAAGATCATCAGAAACAATGAGCTCATGCAAAAGACTGGTTTAAAAGAATTAGAGTTCTTGAAAAAACT  2217
            |||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||..||||.||||||||||||||
Sbjct 2143  GCTGTAAAGATCATCAGGAACAATGAACTCATGCAAAAGACTGGTTTAAAAGAGCTAGAATTCTTGAAAAAACT  2216

Query 2218  TAATGATGCTGATCCTGATGACAAAATTCATTGTCTGAG-ATCTTCAGGCAC-TCTATCACCAGCAGCATCT-T  2288
            ||||||||||||||||||||||||..|.|||||.|||.| .|||||||.||| |.||.|||.|.|||||.|| |
Sbjct 2217  TAATGATGCTGATCCTGATGACAAGTTCCATTGCCTGCGCCTCTTCAGACACTTTTACCACAAACAGCACCTCT  2290

Query 2289  GTCTGGTATTCGAGCCTCTCAGCATGAACTTACGAGAGGT-GTAAAAAAATATGTNAAAGATGTTGGTCTTCAT  2361
            ||||.||.||.||.||||||||.|||||.||.|||||||| .||||||||||||..||.|||||.|||||.|||
Sbjct 2291  GTCTCGTCTTTGAACCTCTCAGTATGAATTTGCGAGAGGTATTAAAAAAATATGGTAAGGATGTCGGTCTCCAT  2364

Query 2362  ATTAAGNCTGTAAGATCCTATAGTCAGCAGTTGTTCCTGGCATTGAAACTCCTTAAAAGATGCAATATCNTACA  2435
            ||||||.|||||.||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||.||||
Sbjct 2365  ATTAAGGCTGTACGATCGTACAGTCAGCAGTTGTTCCTGGCATTGAAACTCCTTAAAAGATGTAATATCTTACA  2438

Query 2436  TGCAGATATCAAGCCAGACAATATCCTGGTTAATGAATCCAAAACTATTTTAAAGCTTTGCGATTTTGGGTCGG  2509
            ||||||||||||.||.||.|||||.||||||||||||||||||||.||||||||.|||||.||||||||.||||
Sbjct 2439  TGCAGATATCAAACCGGATAATATTCTGGTTAATGAATCCAAAACAATTTTAAAACTTTGTGATTTTGGATCGG  2512

Query 2510  CTTCACATGTTGCGGATAATGACATAACACCTTATCTTGTCAGTAGATTTTATCGTGCTCCTGAAATCATT---  2580
            |.|||||||||||.|||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||.|   
Sbjct 2513  CCTCACATGTTGCAGATAATGACATTACGCCTTATCTTGTCAGTAGATTTTATCGTGCTCCGGAGATCAGTGGC  2586

Query 2581  AT--AGGTAAAAGCTATGACTATG-GTATAGATATGTGGTC-TGTAG-------GTTGCACCTTATACGAACTC  2643
            ||  ||||   ||.|.|||| |.| ||.|       ||||| |||.|       ||.|||         |||  
Sbjct 2587  ATGAAGGT---AGTTGTGAC-AGGAGTCT-------TGGTCATGTCGAGCAAGAGTAGCA---------AAC--  2638

Query 2644  TA-TACTGGAAAAATTTTATTCCCTGGCAAAACCAATAACCATATGCTGAAGCTTGCAATGGATCTCAAAGGAA  2716
             | |..||||||         ||||.|           ||..||    ||||..|||      |||        
Sbjct 2639  -AGTTGTGGAAA---------CCCTCG-----------ACTTTA----GAAGACTGC------TCT--------  2673

Query 2717  AGATGCCAAATAAGATGATTCGAAAAGGTGTGTTCAA---AGATCAGCATTTTGATCAAAATCTCAACTTCATG  2787
                           ||.|           |||||||   |                                 
Sbjct 2674  ---------------TGGT-----------TGTTCAAGTTA---------------------------------  2688

Query 2788  TACATAGAAGTTGATAAAGTAACAGAGAGGGAGAAAGTTACTGTTATGAGCACCATTAATCCAACTAAGGACCT  2861
                                                                                      
Sbjct 2689  --------------------------------------------------------------------------  2688

Query 2862  GTTGGCTGACTTGATTGGGTGCCAGAGACTTCCTGAAGACCAACGTAAGAAAGTACACCAGCTAAAGGACTTGT  2935
                                                                                      
Sbjct 2689  --------------------------------------------------------------------------  2688

Query 2936  TGGACCAGATTCTGATGTTGGACCCAGCTAAACGAATTAGCATCAACCAGGCCCTACAGCACGCCTTCATCCAG  3009
                                                                                      
Sbjct 2689  --------------------------------------------------------------------------  2688

Query 3010  GAAAAAATT  3018
                     
Sbjct 2689  ---------  2688