Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_14944
• Subject: XR_001752701.2
• Aligned Length: 3941
• Identities: 2916
• Gaps: 1015

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  CGCCGCCGCGAGGCGGGGAAGCGCGGGGCCGCGGCGGTGCGGGTTCTAGGGCGGCGGCCGTCGCCGTCGCAGCA  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  GCGCCCCGAGCGGGGAGGGCCGAGGAGGCCCGACGAGCTGGGGATGGAGAGTACCGGGCCCCTCACTGCCTCAG  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  AGCGCGTGTGCGGCTCTGGGCGCGCACAGTGACGGTGACGGCACCCCTGGCCCGGCAGCGCCGAGGCCGCTTCG  222

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  223  CCAGACAGCCAGCGGCCGGCGGCAGGCCGGGCCATGAGCGGCAGGGGCCGGGCCGGGCCTCGCTGACCCTGGCT  296

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  297  CCGCGCGGCAGCTTCCCCAGTTTCCGCTCCGGTCTCTCGGCATGAGAGTCCGCCCGGGCCCGGGGCTGCGGCTG  370

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  371  CCCCAGACCCGCCGCACGCTGGCGCGCTCCGGGCCCGCGGAGCCGCGGTGCTGATACCTGCGCCGCACTGCGCC  444

Query    1  ------------------------------------ATGGAGGTGGTGGGTGACTTCGAGTACAGCAAGAGGGA  38
                                                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GCCCGCCCGTCCGCTGTGTGCCCCGGGGGCGCGGCCATGGAGGTGGTGGGTGACTTCGAGTACAGCAAGAGGGA  518

Query   39  TCTCGTGGGACACGGGGCCTTCGCCGTGGTCTTCCGGGGGCGGCACCGCCAGAAAACTGATTGGGAGGTAGCTA  112
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TCTCGTGGGACACGGGGCCTTCGCCGTGGTCTTCCGGGGGCGGCACCGCCAGAAAACTGATTGGGAGGTAGCTA  592

Query  113  TTAAAAGTATTAATAAAAAGAACTTGTCAAAATCACAAATACTGCTTGGAAAGGAAATTAAAATCTTAAAGGAA  186
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  TTAAAAGTATTAATAAAAAGAACTTGTCAAAATCACAAATACTGCTTGGAAAGGAAATTAAAATCTTAAAGGAA  666

Query  187  CTTCAGCATGAAAATATTGTAGCACTCTATGATGTTCAGGAATTACCCAACTCTGTCTTTTTGGTGATGGAGTA  260
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  CTTCAGCATGAAAATATTGTAGCACTCTATGATGTTCAGGAATTACCCAACTCTGTCTTTTTGGTGATGGAGTA  740

Query  261  TTGCAATGGTGGAGACCTCGCAGATTATTTGCA-----------------------------------------  293
            |||||||||||||||||||||||||||||||||                                         
Sbjct  741  TTGCAATGGTGGAGACCTCGCAGATTATTTGCAAGGTAACTGTGTATGTGTGTCAGTGTTCAGTAAAGACAGTG  814

Query  294  ----------------------AGCGAAAGGGACTCTCAGTGAAGACACGATCAGAGTGTTTCTGCATCAGATT  345
                                  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  CTGCAGCCTGTTTAATCCTAAGAGCGAAAGGGACTCTCAGTGAAGACACGATCAGAGTGTTTCTGCATCAGATT  888

Query  346  GCTGCTGCCATGCGAATCCTGCACAGCAAAGGAATCATCCACAGAGATCTCAAACCACAGAACATCTTGCTGTC  419
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  GCTGCTGCCATGCGAATCCTGCACAGCAAAGGAATCATCCACAGAGATCTCAAACCACAGAACATCTTGCTGTC  962

Query  420  CTATGCCAATCGCAGAAAATCAAGTGTCAGTGGTATTCGCATCAAAATAGCGGATTTTGGTTTTGCTCGTTACC  493
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  CTATGCCAATCGCAGAAAATCAAGTGTCAGTGGTATTCGCATCAAAATAGCGGATTTTGGTTTTGCTCGTTACC  1036

Query  494  TACATAGTAACATGATGGCTGCAACACTGTGTGGATCCCCGATGTACATGGCTCCTGAGGTTATTATGTCTCAA  567
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  TACATAGTAACATGATGGCTGCAACACTGTGTGGATCCCCGATGTACATGGCTCCTGAGGTTATTATGTCTCAA  1110

Query  568  CATTATGATGCTAAGGCTGACTTGTGGAGCATAGGAACAGTGATATACCAATGCCTAGTTGGAAAACCACCTTT  641
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  CATTATGATGCTAAGGCTGACTTGTGGAGCATAGGAACAGTGATATACCAATGCCTAGTTGGAAAACCACCTTT  1184

Query  642  TCAGGCCAATAGTCCTCAAGACTTAAAGATGTTTTATGAAAAAAACAGGAGCTTAATGCCTAGTATTCCCAGAG  715
            ||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  TCAGGCCAATAGTCCTCAAGACTTAAGGATGTTTTATGAAAAAAACAGGAGCTTAATGCCTAGTATTCCCAGAG  1258

Query  716  AAACATCACCTTATTTGGCTAATCT-CTTTTGGGTTTGCTTCAGAGAAACCAAAAAGATAAGAATGGACTTTGA  788
            ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1259  AAACATCACCTTATTTGGCTAATCTCCTTTTGGGTTTGCTTCAGAGAAACCAAAAAGAT-AGAATGGACTTTGA  1331

Query  789  AGC-GTTTTTAGCCATCCTTTTTCTTGAGCAAGGTCCAGTAAAAAAATCTTGCCCAGTTCCAGTGCCCATGTAT  861
            ||| .||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1332  AGCATTTTTTAGCCATCC-TTTTCTTGAGCAAGGTCCAGTAAAAAAATCTTGCCCAGTTCCAGTGCCCATGTAT  1404

Query  862  TCTGGTTCTGTCTCTGGAAGCTCCTGTGGCAGCTCTCCATCTTGTCGTTTTGCTTCTCCACCATCCCTTCCAGA  935
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1405  TCTGGTTCTGTCTCTGGAAGCTCCTGTGGCAGCTCTCCATCTTGTCGTTTTGCTTCTCCACCATCCCTTCCAGA  1478

Query  936  TATGCAGCATATTCAGGAAGAAAACTTATCTTCCCCACCATTGGGTCCTCCCAACTATCTACAAGTTTCCAAAG  1009
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1479  TATGCAGCATATTCAGGAAGAAAACTTATCTTCCCCACCATTGGGTCCTCCCAACTATCTACAAGTTTCCAAAG  1552

Query 1010  ATTCTGCCAGTACTAGTAGCAAGAACTCTTCTTGTGACACGGATGACTTTGTTTTGGTGCCACACAACATCTCG  1083
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1553  ATTCTGCCAGTACTAGTAGCAAGAACTCTTCTTGTGACACGGATGACTTTGTTTTGGTGCCACACAACATCTCG  1626

Query 1084  TCAGACCACTCATGTGATATGCCAATGGGGACTGCTGGCAGACGTGCTTCAAATGAATTCTTGGTGTGTGGAGG  1157
            ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1627  TCAGACCACTCATGTGATATGCCAGTGGGGACTGCTGGCAGACGTGCTTCAAATGAATTCTTGGTGTGTGGAGG  1700

Query 1158  GCAGTGTCAGCCTACTGTGTCACCTCACAGCGAAACAGCACCAATTCCAGTTCCTACTCAAATAAGGAATTATC  1231
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1701  GCAGTGTCAGCCTACTGTGTCACCTCACAGCGAAACAGCACCAATTCCAGTTCCTACTCAAATAAGGAATTATC  1774

Query 1232  AGCGCATAGAGCAGAATCTTACATCTACTGCCAGCTCAGGCACAAATGTACATGGTTCTCCAAGATCTGCAGTG  1305
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1775  AGCGCATAGAGCAGAATCTTACATCTACTGCCAGCTCAGGCACAAATGTACATGGTTCTCCAAGATCTGCAGTG  1848

Query 1306  GTACGAAGGTCCAACACCAGCCCCATGGGCTTCCTCCGGCCGGGATCATGCTCCCCAGTACCAGCAGACACAGC  1379
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1849  GTACGAAGGTCCAACACCAGCCCCATGGGCTTCCTCCGGCCGGGATCATGCTCCCCAGTACCAGCAGACACAGC  1922

Query 1380  ACAGACAGTTGGACGAAGGCTCTCCACTGGGTCTTCTAGGCCTTACTCACCTTCCCCTTTGGTTGGTACCATTC  1453
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1923  ACAGACAGTTGGACGAAGGCTCTCCACTGGGTCTTCTAGGCCTTACTCACCTTCCCCTTTGGTTGGTACCATTC  1996

Query 1454  CTGAGCAATTCAGTCAGTGCTGCTGTGGGCATCCTCAGGGCCATGACTCCAGGAGTAGAAACTCCTCAGGTTCT  1527
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1997  CTGAGCAATTCAGTCAGTGCTGCTGTGGGCATCCTCAGGGCCATGACTCCAGGAGTAGAAACTCCTCAGGTTCT  2070

Query 1528  CCAGTGCCACAAGCTCAGTCCCCACAGTCTCTCTTATCGGGTGCTAGACTGCAGAGCGCCCCCACCCTCACTGA  1601
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2071  CCAGTGCCACAAGCTCAGTCCCCACAGTCTCTCTTATCGGGTGCTAGACTGCAGAGCGCCCCCACCCTCACTGA  2144

Query 1602  CATCTATCAGAACAAGCAGAAGCTCAGAAAACAGCACTCTGACCCCGTGTGCCCATCCCATACTGGGGCTGGGT  1675
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2145  CATCTATCAGAACAAGCAGAAGCTCAGAAAACAGCACTCTGACCCCGTGTGCCCATCCCATACTGGGGCTGGGT  2218

Query 1676  ACAGCTACTCGCCTCAGCCCAGTCGGCCTGGCAGCCTTGGAACTTCTCCCACCAAGCACTTGGGGTCCTCTCCA  1749
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2219  ACAGCTACTCGCCTCAGCCCAGTCGGCCTGGCAGCCTTGGAACTTCTCCCACCAAGCACTTGGGGTCCTCTCCA  2292

Query 1750  CGGAGTTCTGACTGGTTCTTTAAAACTCCTTTGCCAACAATCATTGGCTCTCCTACTAAGACCACAGCTCCTTT  1823
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2293  CGGAGTTCTGACTGGTTCTTTAAAACTCCTTTGCCAACAATCATTGGCTCTCCTACTAAGACCACAGCTCCTTT  2366

Query 1824  CAAAATCCCTAAAACTCAAGCATCTTCCAACCTGTTAGCCTTGGTTACTCGTCATGGGCCTGCTGAAGAACAGT  1897
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2367  CAAAATCCCTAAAACTCAAGCATCTTCCAACCTGTTAGCCTTGGTTACTCGTCATGGGCCTGCTGAAGAACAGT  2440

Query 1898  CGAAAGATGGGAATGAGCCACGGGAATGTGCCCATTGCCTCTTAGTGCAAGGAAGTGAGAGGCAGCGGGCCGAG  1971
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2441  CGAAAGATGGGAATGAGCCACGGGAATGTGCCCATTGCCTCTTAGTGCAAGGAAGTGAGAGGCAGCGGGCCGAG  2514

Query 1972  CAGCAGAGCAAGGCAGTGTTTGGCAGATCTGTCAGTACCGGGAAGTTATCAGATCAACAAGGAAAGACTCCTAT  2045
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2515  CAGCAGAGCAAGGCAGTGTTTGGCAGATCTGTCAGTACCGGGAAGTTATCAGATCAACAAGGAAAGACTCCTAT  2588

Query 2046  ATGTCGACATCAGGGCAGCACAGACAGTTTAAATACAGAACGACCAATGGATATAGCTCCGGCAGGAGCCTGTG  2119
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2589  ATGTCGACATCAGGGCAGCACAGACAGTTTAAATACAGAACGACCAATGGATATAGCTCCGGCAGGAGCCTGTG  2662

Query 2120  GTGGTGTTCTGGCACCTCCTGCAGGTACAGCAGCAAGTTCCAAGGCTGTCCTCTTCACTGTAGGGTCTCCTCCA  2193
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2663  GTGGTGTTCTGGCACCTCCTGCAGGTACAGCAGCAAGTTCCAAGGCTGTCCTCTTCACTGTAGGGTCTCCTCCA  2736

Query 2194  CACAGTGCGGCAGCCCCCACTTGTACCCACATGTTCCTTCGAACAAGAACAACCTCAGTGGGGCCCAGCAACTC  2267
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2737  CACAGTGCGGCAGCCCCCACTTGTACCCACATGTTCCTTCGAACAAGAACAACCTCAGTGGGGCCCAGCAACTC  2810

Query 2268  CGGGGGCTCTCTTTGTGCCATGAGTGGCCGCGTTTGCGTGGGGTCCCCCGCTTGCCCCAAGCCTTCGGGTCTTT  2341
            |||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||..||.||||  ||.||||||.||||.
Sbjct 2811  CGGGGGCTCTCTTTGTGCCATGAGTGGCCGCGTGTGCGTGGGGTCCCCGCCTGGCCC--AGGCTTCGGCTCTTC  2882

Query 2342  CCCTTTCCAGGAGCAGAGGCAGCTCCCAGCCTGAGATACGTGCCTTACGGTGCTTCACCCCCCCAGCCTAGA-G  2414
            |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 2883  CCC--TCCAGGAGCAGAGGCAGCTCCCAGCCTGAGATACGTGCCTTACGGTGCTTCA-CCCCCCAGCCTAGAGG  2953

Query 2415  GGCTCATCACCTTTGAAGCCCCTGAACTGCCGGAGGAGACGCTGATGGAGCGGGAACACACAGACACCTTACGC  2488
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                         
Sbjct 2954  GGCTCATCACCTTTGAAGCCCCTGAACTGCCGGAGGAGACGCTGATGGA-------------------------  3002

Query 2489  CATCTGAATGTGATGCTGATGTTCACTGAGTGTGTGCTGGACCTGACAGCCATGAGGGGAGGAAACCNTGAGCT  2562
                                                                                      
Sbjct 3003  --------------------------------------------------------------------------  3002

Query 2563  GTGCACATCTGCTGTGTCCTTGTACCAGATCCAGGAGAGTGTGGTGGTGGACCAGATCAGTCAGCTGAGCAAAG  2636
                                                                                      
Sbjct 3003  --------------------------------------------------------------------------  3002

Query 2637  ACTGGGGGCGGGTGGAGCAGCTGGTGTTGTACATGAAAGCAGCACAGCTGCTTGCGGCTTCTCTGCATCTTGCC  2710
                  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3003  ------GGCGGGTGGAGCAGCTGGTGTTGTACATGAAAGCAGCACAGCTGCTTGCGGCTTCTCTGCATCTTGCC  3070

Query 2711  AAAGCCCAGATCAAGTCCGGGAAACTGAGCCCATCCACAGCTGTGAAACAAGTTGTCAAGAATCTGAACGAACG  2784
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3071  AAAGCCCAGATCAAGTCCGGGAAACTGAGCCCATCCACAGCTGTGAAACAAGTTGTCAAGAATCTGAACGAACG  3144

Query 2785  ATATAAATTCTGCATCACCATGTGCAAGAAACTTACAGAAAAGCTGAATCGATTCTTCTCTGACAAACAGAGGT  2858
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3145  ATATAAATTCTGCATCACCATGTGCAAGAAACTTACAGAAAAGCTGAATCGATTCTTCTCTGACAAACAGAGGT  3218

Query 2859  TTATTGATGAAATCAACAGTGTGACTGCAGAGAAACTCATCTATAATTGTGCTGTAGAAATGGTTCAGTCTGCA  2932
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3219  TTATTGATGAAATCAACAGTGTGACTGCAGAGAAACTCATCTATAATTGTGCTGTAGAAATGGTTCAGTCTGCA  3292

Query 2933  GCCCTGGATGAGATGTTTCAGCAGACCGAAGATATTGTTTATCGCTATCATAAGGCAGCCCTTCTTTTGGAAGG  3006
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3293  GCCCTGGATGAGATGTTTCAGCAGACCGAAGATATTGTTTATCGCTATCATAAGGCAGCCCTTCTTTTGGAAGG  3366

Query 3007  CCTAAGTAGGATTCTACAGGACCCTGCAGATATTGAAAATGTGCATAAATATAAATGTAGTATTGAGAGAAGAC  3080
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3367  CCTAAGTAGGATTCTACAGGACCCTGCAGATATTGAAAATGTGCATAAATATAAATGTAGTATTGAGAGAAGAC  3440

Query 3081  TGTCGGCGCTCTGCCATAGCACCGCAACCGTG------------------------------------------  3112
            ||||||||||||||||||||||||||||||||                                          
Sbjct 3441  TGTCGGCGCTCTGCCATAGCACCGCAACCGTGTGAGCAGCAGGCTCATCCCGTGGACCGGTGGTGGGAACGTGA  3514

Query 3113  --------------------------------------------------------------------------  3112
                                                                                      
Sbjct 3515  GGAAGAGGGGAAGGAAGGAAGAGCTTTTCCATTTGGTGCTCCAATGTCTCCTGCTGGACCCATCTGCCTAGTGG  3588

Query 3113  --------------------------------------------------------------------------  3112
                                                                                      
Sbjct 3589  AAGGCAGCAAAATTTCAAGAAACAGGTGAGGTTGAGCAGCTTGGTGCAACCCCATGGGGCCTGGAGTTGGAGCT  3662

Query 3113  --------------------------------------------------------------------------  3112
                                                                                      
Sbjct 3663  CAACAGCAATGGATTTCAGAGACCACCCTGAAACTCCCAGTAAAAAAGACTTGGGAGACATGTTAATAAACTCA  3736

Query 3113  -------------------  3112
                               
Sbjct 3737  AGCATTTGATCGACCCACT  3755