Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_14983
- Subject:
- XR_001756785.2
- Aligned Length:
- 2310
- Identities:
- 1474
- Gaps:
- 617
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 CACACCCTGTGTGTCTCTCTGTCCTGCCAGCACTGAGGGCTCATCCCTCTGCAGAGCGCGGGGTCACCGGGAGG 74
Query 1 -------ATGACCCTCACCCTCTCAGTCCTGATTTGCCTCGGGCTGAGTGTGGGCCCCAGGACCTGCGTGCAGG 67
|||||.|.|.|||||.|||.||||.|.|||||.|||||||||.||||||||||||||.|||||||||
Sbjct 75 AGACGCCATGACGCCCGCCCTCACAGCCCTGCTCTGCCTTGGGCTGAGTCTGGGCCCCAGGACCCGCGTGCAGG 148
Query 68 CAGGCACCCTCCCCAAACCCACCCTCTGGGCTGAGCCAGCCTCTGTGAT-AGCTCGGGGGAAGCCCGTGACCCT 140
||||..||.||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||| |||| ||||||..|||||||||.|
Sbjct 149 CAGGGCCCTTCCCCAAACCCACCCTCTGGGCTGAGCCAGGCTCTGTGATCAGCT-GGGGGAGCCCCGTGACCAT 221
Query 141 CTGGTGTCAGGGGCCCCTGGAGACTGAGGAGTACCGTCTGGATAAGGAGGGACTCCCATGGGCCC--GGAAGAG 212
|||||||||||||..|||||||.|..||||||||||.||||||||.||||||..|||| |.|||| || |.||
Sbjct 222 CTGGTGTCAGGGGAGCCTGGAGGCCCAGGAGTACCGACTGGATAAAGAGGGAAGCCCA-GAGCCCTTGG-ACAG 293
Query 213 ACAGAACCCACTGGAGCCTGGAGC-----CAAGGCCAAGTTCCACATTCCATCCACGGTGTATGACAG------ 275
|.|.|||||||||||.|| | ||||||||..|||..|||.|||||| |||||||
Sbjct 294 AAATAACCCACTGGAACC-----CAAGAACAAGGCCAGATTCTCCATCCCATCC-------ATGACAGAGCACC 355
Query 276 -TGCAGGGCGATACCGCTGCTACTATGAGACCCCTGCAGGCTGGTCAGAGCCCAGTGACCCCCTGGAGCTGGTG 348
|||.|||.|||||||||||.|||||.|.|.|.||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct 356 ATGCGGGGAGATACCGCTGCCACTATTACAGCTCTGCAGGCTGGTCAGAGCCCAGCGACCCCCTGGAGCTGGTG 429
Query 349 GCGACAGGATTCTATGCA--GAACCCACTCTTTTAGCCCTGCCGAGTCCTGTGGTGGCCTCAGGAGGAAATGTG 420
..|||||||||||| || .|||||||.||.|.|||||||||.||.|||||||||||||||||.||.|||.||
Sbjct 430 ATGACAGGATTCTA--CAACAAACCCACCCTCTCAGCCCTGCCCAGCCCTGTGGTGGCCTCAGGGGGGAATATG 501
Query 421 ACCCTCCAGTGTGATACACTGGACGGACTTCTCAC--GTTTGTTCTTGTTG-AGGA---AGAACAGAAGCTCCC 488
|||||||..||||...|||.|.|.||| |.|||| .||||||| ||.|| |||| ||||||..|||||||
Sbjct 502 ACCCTCCGATGTGGCTCACAGAAGGGA--TATCACCATTTTGTTC-TGATGAAGGAAGGAGAACACCAGCTCCC 572
Query 489 CAGGACCCTGTACTCACAGAAGCTCCCCAAAGGGCCATCCCAGGCCCTGTTCCCTGTGGGTCCCGTGACCCCCA 562
|.||||||||.||||||||.||||||.||..|||...|.|||||||||||||||||||||.|||||||.|||||
Sbjct 573 CCGGACCCTGGACTCACAGCAGCTCCACAGTGGGGGGTTCCAGGCCCTGTTCCCTGTGGGCCCCGTGAACCCCA 646
Query 563 GCTGCAGGTGGAGGTTCAGATGCTATTACTATTACAGGAAAAACCCTCAGGTGTGGTCGAACCCCAGTGACCTC 636
||..||||||||||||||.|||||||||||||||.|.|||.|.|||.|||||||||||..||||||||||||.|
Sbjct 647 GCCACAGGTGGAGGTTCACATGCTATTACTATTATATGAACACCCCCCAGGTGTGGTCCCACCCCAGTGACCCC 720
Query 637 CTGGAGATTCTGGTCCCAGGCGTGTCTAGGAAGCCCTCCCTCCTGATCCCGCAGGGCTCTGTCGTGGCCCGCGG 710
||||||||||||..|.||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||.|||||.||||||..|
Sbjct 721 CTGGAGATTCTGCCCTCAGGCGTGTCTAGGAAGCCCTCCCTCCTGACCCTGCAGGGCCCTGTCCTGGCCCCTG- 793
Query 711 AGGC--AGCCTGACCCTGCAGTGTCGCTCTGATGTCGGCTATGACATATTCGTTCTGTACAAGGAGGGGGAACA 782
||| |||||||||||.||||||.||||||||||||||||.||||.|||.||||||||.|||||||||||||.
Sbjct 794 -GGCAGAGCCTGACCCTCCAGTGTGGCTCTGATGTCGGCTACGACAGATTTGTTCTGTATAAGGAGGGGGAACG 866
Query 783 TGACCTCGTCCAGGGCTCTGGCCAGCAGCCCCAGGCTGGGCTCTCCCAGGCCAACTTCACCCTGGGCCCTGTGA 856
||||.||.|||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 867 TGACTTCCTCCAGCGCCCTGGCCAGCAGCCCCAGGCTGGGCTCTCCCAGGCCAACTTCACCCTGGGCCCTGTGA 940
Query 857 GCCGCTCCCACGGGGGCCAGTACAGATGCTACGGTGCACACAACCTCTCC-CCTAGGTGGTCGGCCCCCAGCGA 929
|||.|||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||| ||.| ||||||||||||||||||
Sbjct 941 GCCCCTCCCACGGGGGCCAGTACAGGTGCTATGGTGCACACAACCTCTCCTCCGA-GTGGTCGGCCCCCAGCGA 1013
Query 930 CCCCCTGGCCATCCTGATCGCAGGACTGATCCCTGACATACCCG---CCCTCTCGGTGCAGCCGGGCCCCAAGG 1000
|||||||..|||||||||.|||||||.||||..||||| ||| ||||.||.|..|||||||||||||..|
Sbjct 1014 CCCCCTGAACATCCTGATGGCAGGACAGATCTATGACA---CCGTCTCCCTGTCAGCACAGCCGGGCCCCACAG 1084
Query 1001 TGGCCTCAGGAGAGAACGTGACCCTGCTGTGTCAGTCATGGCATCAGATAGACACTTTCTTTTTGACCAAGGAG 1074
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||...|||.|.|||||||||.||.|||||||.||.
Sbjct 1085 TGGCCTCAGGAGAGAACGTGACCCTGCTGTGTCAGTCATGGTGGCAGTTTGACACTTTCCTTCTGACCAAAGAA 1158
Query 1075 GGGGCAGCCCATCCCCCGCTGTGTCTAAAGTCAAAGTAC-CAGTCTTATAGACACCAGGCTGAATTCTCCATGA 1147
|||||||||||||||||.|||.||||.|..||||.|||| .|| ||.|||...||||||||||||||.||||||
Sbjct 1159 GGGGCAGCCCATCCCCCACTGCGTCTGAGATCAATGTACGGAG-CTCATAAGTACCAGGCTGAATTCCCCATGA 1231
Query 1148 GTCCTGTGACCTCAGCCCAGGGTGGAACCTACCGATGCTACAGCGCAATCAGGTCCTACCCCTACCTGCTGTCC 1221
|||||||||||||||||||.|..||.||||||.|.||||||.||.||..|||.|||.|||||.||||||||||.
Sbjct 1232 GTCCTGTGACCTCAGCCCACGCGGGGACCTACAGGTGCTACGGCTCATACAGCTCCAACCCCCACCTGCTGTCT 1305
Query 1222 AGCCCTAGTTACCCCCAGGAGCTCGTGGTCTCAGGACCCTCTGG-GGATCCCAGCCTCTCACCTACAGGCTCCA 1294
..|||.|||.|.||||.|||.|||.||||||||||||.|||||| ||.| ||||||||.||||.||||| .||.
Sbjct 1306 TTCCCCAGTGAGCCCCTGGAACTCATGGTCTCAGGACACTCTGGAGGCT-CCAGCCTCCCACCCACAGG-GCCG 1377
Query 1295 CCC-CCACACCTGGCCCTGAGGACCAGCCCCTCACCCCCACGGGGTTGGATCCCCAGAGTGGTCTGGGAAGGCA 1367
||| ||||||| ||||||||||||..|
Sbjct 1378 CCCTCCACACC------------------------------------------------TGGTCTGGGAAGATA 1403
Query 1368 CCTGGGGGTTGTGACTGGGGTCTCAGTGGCCTTCGTCCTGCTGCTGTTCCTCCTCCTCTTCCTCCTCCTCCGAC 1441
|||||.||||.|||.|||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1404 CCTGGAGGTTTTGATTGGGGTCTCGGTGGCCTTCGTCCTGCTGCTCTTCCTCCTCCTCTTCCTCCTCCTCCGAC 1477
Query 1442 ATCGGCATCAGAGCAAACACAGGACATCGG-----------------------CCC-----------------A 1475
.||.||.|||.|||||||||||||||||.| ||| |
Sbjct 1478 GTCAGCGTCACAGCAAACACAGGACATCTGGGCTGAGACTCTGTCCATCTTCACCCAGACCAGAGAAAGACTGA 1551
Query 1476 TTTCTACCGTCCTGCAGGGGCTGCGGGGCCAGAGCCCAAGGACCAGGGCCTGCAGAAGAGGGCCAGCCCAGTTG 1549
||||.|.|||||||||||||||||||.|.||||||||||||||..||||||||.||.||||.|||||||||.||
Sbjct 1552 TTTCCAGCGTCCTGCAGGGGCTGCGGAGACAGAGCCCAAGGACAGGGGCCTGCTGAGGAGGTCCAGCCCAGCTG 1625
Query 1550 CTGACATCCAGGAGGAAATTCTCAATGCTGCCGTGAAGGACACACAGCCCAAGGACGGGGTGG----------- 1612
|||||.|||||||.||||..|||.|||||||||||||||||||||||.|..|||||.||||||
Sbjct 1626 CTGACGTCCAGGAAGAAAACCTCTATGCTGCCGTGAAGGACACACAGTCTGAGGACAGGGTGGAGCTGGACAGT 1699
Query 1613 -------------------------------------------------------------------------- 1612
Sbjct 1700 CAGAGCCCACACGATGAAGACCCCCAGGCAGTGACGTATGCCCCGGTGAAACACTCCAGTCCTAGGAGAGAAAT 1773
Query 1613 -----------------------------------------------------------------------AGA 1615
|||
Sbjct 1774 GGCCTCTCCTCCCTCCTCACTGTCTGGGGAATTCCTGGACACAAAGGACAGACAGGTGGAAGAGGACAGGCAGA 1847
Query 1616 TGGATGCTCGGGCTGCTGCATCTGAAGCCCCCCAGGATGTGACCTACGCCCAGCTACACAGCTTGACCCTCAGA 1689
||||..||..|||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||
Sbjct 1848 TGGACACTGAGGCTGCTGCATCTGAAGCCTCCCAGGATGTGACCTACGCCCAGCTGCACAGCTTGACCCTTAGA 1921
Query 1690 CGGGAGGCAACTGAGCCTCCTCCATCCCAGGAAAGGGAACCTCCAGCTGAACCCAGCATCTACGCCCCCCTGGC 1763
|||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||.|||||||||||||||.|.|||||
Sbjct 1922 CGGAAGGCAACTGAGCCTCCTCCATCCCAGGAAGGGGAACCTCCAGCTGAGCCCAGCATCTACGCCACTCTGGC 1995
Query 1764 CATCCAC------------------------------------------------------------------- 1770
|||||||
Sbjct 1996 CATCCACTAGCCCGGGGGGTACGCAGACCCCACACTCAGCAGAAGGAGACTCAGGACTGCTGAAGGCACGGGAG 2069
Query 1771 -------------------------------------------------------------------------- 1770
Sbjct 2070 CTGCCCCCAGTGGACACCAGTGAACCCCAGTCAGCCTGGACCCCTAACACAGACCATGAGGAGACGCTGGGAAC 2143
Query 1771 -------------------------------------------------------------------------- 1770
Sbjct 2144 TTGTGGGACTCACCTGACTCAAAGATGACTAATATCGTCCCATTTTGGAAATAAAGCAACAGACTTCTCAACAA 2217
Query 1771 ---------------- 1770
Sbjct 2218 TCAATGAGTTAATAAC 2233