Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_15038
• Subject: NM_001349647.1
• Aligned Length: 3190
• Identities: 2826
• Gaps: 359

Alignment

Query    1  ATGACCTCTTACCGGGAGCGGAGTGCCGACCTGGCCCGTTTCTACACTGTCACCGAGCCCCAGCGACACCCGAG  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGACCTCTTACCGGGAGCGGAGTGCCGACCTGGCCCGTTTCTACACTGTCACCGAGCCCCAGCGACACCCGAG  74

Query   75  GGGCTACACAGTATATAAGGTCACCGCCCGGGTTGTTTCACGAAGAAATCCAGAGGATGTCCAGGAGATAATTG  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  GGGCTACACAGTATATAAGGTCACCGCCCGGGTTGTTTCACGAAGAAATCCAGAGGATGTCCAGGAGATAATTG  148

Query  149  TATGGAAGAGATACAGTGATTTTAAGAAACTACACAAAGAACTATGGCAAATTCACAAAAACTTATTCCGACAT  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  TATGGAAGAGATACAGTGATTTTAAGAAACTACACAAAGAACTATGGCAAATTCACAAAAACTTATTCCGACAT  222

Query  223  TCAGAGTTGTTTCCTCCATTTGCTAAAGGAATAGTGTTTGGGCGATTTGATGAAACTGTTATCGAAGAGAGAAG  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  TCAGAGTTGTTTCCTCCATTTGCTAAAGGAATAGTGTTTGGGCGATTTGATGAAACTGTTATCGAAGAGAGAAG  296

Query  297  ACAATGTGCTGAAGACCTGCTACAGTTCTCTGCCAATATTCCTGCTCTTTACAATAGTAAACAGCTTGAAGACT  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  ACAATGTGCTGAAGACCTGCTACAGTTCTCTGCCAATATTCCTGCTCTTTACAATAGTAAACAGCTTGAAGACT  370

Query  371  TTTTCAAGGGTGGAATAATTAATGATAGTTCTGAATTAATTGGTCCTGCTGAAGCTCACTCAGATTCCCTCATT  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  TTTTCAAGGGTGGAATAATTAATGATAGTTCTGAATTAATTGGTCCTGCTGAAGCTCACTCAGATTCCCTCATT  444

Query  445  GATACCTTTCCTGAGTGTAGTACGGAAGGCTTCTCCAGTGACAGTGATCTGGTATCTCTTACTGTTGATGTGGA  518
            |||||||||||||||||||||||||                                                 
Sbjct  445  GATACCTTTCCTGAGTGTAGTACGG-------------------------------------------------  469

Query  519  TTCTCTTGCTGAGTTAGATGATGGAATGGCTTCCAATCAAAATTCTCCCATTAGAACTTTTGGTCTCAATCTTT  592
                                                                                      
Sbjct  470  --------------------------------------------------------------------------  469

Query  593  CTTCGGATTCTTCAGCACTAGGGGCTGTTGCTTCTGACAGTGAACAGAGCAAAACAGAAGAGAACGGGAAAGTC  666
                                                                                      
Sbjct  470  --------------------------------------------------------------------------  469

Query  667  GTAGCCTCTTTCCTGGCAGTTTAAAGCCGAAGCTTGCAGAGAGATTATTTGGAGAAAGCAGAGAATTAATAAGC  740
                                                                                      
Sbjct  470  --------------------------------------------------------------------------  469

Query  741  TGGCTTTAAAAAGAGAGAGACGACTATGAGCTGCTTCTGATTTTTATAGGAAGGAGTTGATTTACTCCTAGAAG  814
                                                                                      
Sbjct  470  --------------------------------------------------------------------------  469

Query  815  GTGTTCAAGGAGAGTCAAGCCCTACCCGTCGAGAAGCTGTGAAGAGAAGAACAGCCGAGTACCTCATGCGGGCA  888
                  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  470  ------AAGGAGAGTCAAGCCCTACCCGTCGAGAAGCTGTGAAGAGAAGAACAGCCGAGTACCTCATGCGGGCA  537

Query  889  GAAAGTATCTCTAGTCTTTATGGGAAACCTCAGCTTGATGATGTATCTCAGCCTCCAGGATCACTAAGTTCAAG  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  538  GAAAGTATCTCTAGTCTTTATGGGAAACCTCAGCTTGATGATGTATCTCAGCCTCCAGGATCACTAAGTTCAAG  611

Query  963  GCCCCTTTGGAACCTAAGGAGCCCTGCCGAGGAGCTGAAGGCCTTCAGAGTCCTTGGGGTGATTGACAAGGTTT  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  612  GCCCCTTTGGAACCTAAGGAGCCCTGCCGAGGAGCTGAAGGCCTTCAGAGTCCTTGGGGTGATTGACAAGGTTT  685

Query 1037  TACTTGTAATGGACACAAGGACAGAACAGACTTTCATTTTAAAAGGTCTAAGGAAAAGCAGTGAATACAGCAGG  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  686  TACTTGTAATGGACACAAGGACAGAACAGACTTTCATTTTAAAAGGTCTAAGGAAAAGCAGTGAATACAGCAGG  759

Query 1111  AACAGAAAGACCATCATCCCCCGCTGTGTGCCCAACATGGTGTGTCTGCATAAGTACATCATCTCTGAGGAGTC  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  760  AACAGAAAGACCATCATCCCCCGCTGTGTGCCCAACATGGTGTGTCTGCATAAGTACATCATCTCTGAGGAGTC  833

Query 1185  AGTATTTCTTGTGCTGCAGCATGCGGAAGGTGGCAAACTGTGGTCATATATCAGTAAATTTCTAAACAGAAGTC  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  834  AGTATTTCTTGTGCTGCAGCATGCGGAAGGTGGCAAACTGTGGTCATATATCAGTAAATTTCTAAACAGAAGTC  907

Query 1259  CTGAAGAAAGCTTTGACATCAAGGAAGTGAAAAAACCTACACTTGCAAAAGTTCACCTGCAGCAGCCAACTTCT  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  908  CTGAAGAAAGCTTTGACATCAAGGAAGTGAAAAAACCTACACTTGCAAAAGTTCACCTGCAGCAGCCAACTTCT  981

Query 1333  AGTCCTCAGGACAGCAGTAGCTTTGAATCCAGAGGAAGTGATGGTGGAAGCATGCTTAAAGCTCTGCCTTTGAA  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  982  AGTCCTCAGGACAGCAGTAGCTTTGAATCCAGAGGAAGTGATGGTGGAAGCATGCTTAAAGCTCTGCCTTTGAA  1055

Query 1407  GAGTAGTCTTACTCCAAGTTCTCAAGATGACAGCAACCAGGAAGATGATGGCCAAGATAGCTCTCCAAAGTGGC  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1056  GAGTAGTCTTACTCCAAGTTCTCAAGATGACAGCAACCAGGAAGATGATGGCCAAGATAGCTCTCCAAAGTGGC  1129

Query 1481  CAGATTCTGGTTCAAGTTCAGAAGAAGAATGTACTACTAGTTATTTAACATTATGCAATGAATATGGGCAAGAA  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1130  CAGATTCTGGTTCAAGTTCAGAAGAAGAATGTACTACTAGTTATTTAACATTATGCAATGAATATGGGCAAGAA  1203

Query 1555  AAGATTGAACCAGGGTCTTTGAATGAGGAGCCCTTCATGAAGACTGAAGGGAATGGTGTTGATACAAAAGCTAT  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1204  AAGATTGAACCAGGGTCTTTGAATGAGGAGCCCTTCATGAAGACTGAAGGGAATGGTGTTGATACAAAAGCTAT  1277

Query 1629  TAAAAGCTTCCCAGCACACCTTGCTGCTGACAGTGACAGCCCCAGCACACAGCTGAGAGCTCACGAGCTGAAGT  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1278  TAAAAGCTTCCCAGCACACCTTGCTGCTGACAGTGACAGCCCCAGCACACAGCTGAGAGCTCACGAGCTGAAGT  1351

Query 1703  TCTTCCCCAACGATGACCCAGAAGCAGTTAGTTCTCCAAGAACATCAGATTCCCTCAGTAGATCAAAAAATAGC  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1352  TCTTCCCCAACGATGACCCAGAAGCAGTTAGTTCTCCAAGAACATCAGATTCCCTCAGTAGATCAAAAAATAGC  1425

Query 1777  CCCATGGAATTCTTTAGGATAGACAGTAAGGATAGCGCAAGTGAACTCCTGGGACTTGACTTTGGAGAAAAATT  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1426  CCCATGGAATTCTTTAGGATAGACAGTAAGGATAGCGCAAGTGAACTCCTGGGACTTGACTTTGGAGAAAAATT  1499

Query 1851  GTATAGTCTAAAATCAGAACCTTTGAAACCATTCTTTACTCTTCCAGATGGAGACAGTGCTTCTAGGAGTTTTA  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500  GTATAGTCTAAAATCAGAACCTTTGAAACCATTCTTTACTCTTCCAGATGGAGACAGTGCTTCTAGGAGTTTTA  1573

Query 1925  ATACTAGTGAAAGCAAGGTAGAGTTTAAAGCTCAGGACACCATTAGCAGGGGCTCAGATGACTCAGTGCCAGTT  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1574  ATACTAGTGAAAGCAAGGTAGAGTTTAAAGCTCAGGACACCATTAGCAGGGGCTCAGATGACTCAGTGCCAGTT  1647

Query 1999  ATTTCATTTAAAGATGCTGCTTTTGATGATGTCAGTGGTACTGATGAAGGAAGACCTGATCTTCTTGTAAATTT  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1648  ATTTCATTTAAAGATGCTGCTTTTGATGATGTCAGTGGTACTGATGAAGGAAGACCTGATCTTCTTGTAAATTT  1721

Query 2073  ACCTGGTGAATTGGAGTCAACAAGAGAAGCTGCAGCAATGGGACCTACTAAGTTTACACAAACTAATATAGGGA  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1722  ACCTGGTGAATTGGAGTCAACAAGAGAAGCTGCAGCAATGGGACCTACTAAGTTTACACAAACTAATATAGGGA  1795

Query 2147  TAATAGAAAATAAACTCTTGGAAGCCCCTGATGTTTTATGCCTCAGGCTTAGTACTGAACAATGCCAAGCACAT  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1796  TAATAGAAAATAAACTCTTGGAAGCCCCTGATGTTTTATGCCTCAGGCTTAGTACTGAACAATGCCAAGCACAT  1869

Query 2221  GAGGAGAAAGGCATAGAGGAACTGAGTGATCCCTCTGGGCCCAAATCCTATAGTATAACAGAGAAACACTATGC  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1870  GAGGAGAAAGGCATAGAGGAACTGAGTGATCCCTCTGGGCCCAAATCCTATAGTATAACAGAGAAACACTATGC  1943

Query 2295  ACAGGAGGATCCCAGGATGTTATTTGTAGCAGCTGTTGATCATAGTAGTTCAGGAGATATGTCTTTGTTACCCA  2368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1944  ACAGGAGGATCCCAGGATGTTATTTGTAGCAGCTGTTGATCATAGTAGTTCAGGAGATATGTCTTTGTTACCCA  2017

Query 2369  GCTCAAGATCTTAGTTTTCAAGGACTNGGAGTGGTTGAGTCAGCAGTAACTGCAAACAACACAGAAGAAAAGC-  2441
            |||| |||||.||..|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| 
Sbjct 2018  GCTC-AGATCCTAAGTTTCAAGGACTTGGAGTGGTTGAGTCAGCAGTAACTGCAAACAACACAGAAG-AAAGCT  2089

Query 2442  TATTCCGTA-TTGTAGTCCACTCTCAGGTGCTAATGAATATA-TGCAAAGCACAGACACTTTAAAAACAGAAGA  2513
            ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2090  TATTCCGTATTTGTAGTCCACTCTCAGGTGCTAATGAATATATTGC-AAGCACAGACACTTTAAAAACAGAAGA  2162

Query 2514  AGTA-TGCTGTTNNACAGATCAGACTGATGATTTGGCTAAAGAGGAACCAACTTCTTTATTCCAGAGAGACTCT  2586
            |||| ||||||| .||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2163  AGTATTGCTGTT-TACAGATCAGACTGATGATTTGGCTAAAGAGGAACCAACTTCTTTATTCCAGAGAGACTCT  2235

Query 2587  GAGACTAAGGGTGAAAGTGGTTTAGTGCTAGAAGGAGACAAGGAAATACATCAGATTTTTGAGGACCTTGATAA  2660
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2236  GAGACTAAGGGTGAAAGTGGTTTAGTGCTAGAAGGAGACAAGGAAATACATCAGATTTTTGAGGACCTTGATAA  2309

Query 2661  AAAATTAGCACTAGCCTCCAGGTTTTACATCCCAGAGGGCTGCATTCAAAGATGGGCAGCTGAAATGGTGGTAG  2734
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2310  AAAATTAGCACTAGCCTCCAGGTTTTACATCCCAGAGGGCTGCATTCAAAGATGGGCAGCTGAAATGGTGGTAG  2383

Query 2735  CCCTTGATGCTTTACATAGAGAGGGAATTGTGTGCCGCGATTTGAACCCAAACAACATCTTATTGAATGATAGA  2808
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2384  CCCTTGATGCTTTACATAGAGAGGGAATTGTGTGCCGCGATTTGAACCCAAACAACATCTTATTGAATGATAGA  2457

Query 2809  GGACACATTCAGCTAACGTATTTTAGCAGGTGGAGTGAGGTTGAAGATTCCTGTGACAGCGATGCCATAGAGAG  2882
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2458  GGACACATTCAGCTAACGTATTTTAGCAGGTGGAGTGAGGTTGAAGATTCCTGTGACAGCGATGCCATAGAGAG  2531

Query 2883  AATGTACTGTGCCCCAGAGGTTGGAGCAATCACTGAAGAAACTGAAGCCTGTGATTGGTGGAGTTTGGGTGCTG  2956
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2532  AATGTACTGTGCCCCAGAGGTTGGAGCAATCACTGAAGAAACTGAAGCCTGTGATTGGTGGAGTTTGGGTGCTG  2605

Query 2957  TCCTCTTTGAACTTCTCACTGGCAAGACTCTGGTTGAATGCCATCCAGCAGGAATAAATACTCACACTACTTTG  3030
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2606  TCCTCTTTGAACTTCTCACTGGCAAGACTCTGGTTGAATGCCATCCAGCAGGAATAAATACTCACACTACTTTG  2679

Query 3031  AACATGCCAGAATGTGTCTCTGAAGAGGCTCGCTCACTCATTCAACAGCTCTTGCAGTTCAATCCTCTGGAACG  3104
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2680  AACATGCCAGAATGTGTCTCTGAAGAGGCTCGCTCACTCATTCAACAGCTCTTGCAGTTCAATCCTCTGGAACG  2753

Query 3105  ACTTGGTGCTGGAGTTGCTGGTGTTGAAGATATCAAATCTCATCCATTTTTTACCCCTGTGGATTGGGCAGAAC  3178
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2754  ACTTGGTGCTGGAGTTGCTGGTGTTGAAGATATCAAATCTCATCCATTTTTTACCCCTGTGGATTGGGCAGAAC  2827

Query 3179  TGATGAGA  3186
            ||||||||
Sbjct 2828  TGATGAGA  2835