Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_15038
- Subject:
- NM_001349648.1
- Aligned Length:
- 3203
- Identities:
- 2631
- Gaps:
- 565
Alignment
Query 1 ATGACCTCTTACCGGGAGCGGAGTGCCGACCTGGCCCGTTTCTACACTGTCACCGAGCCCCAGCGACACCCGAG 74
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 75 GGGCTACACAGTATATAAGGTCACCGCCCGGGTTGTTTCACGAAGAAATCCAGAGGATGTCCAGGAGATAATTG 148
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 149 TATGGAAGAGATACAGTGATTTTAAGAAACTACACAAAGAACTATGGCAAATTCACAAAAACTTATTCCGACAT 222
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 223 TCAGAGTTGTTTCCTCCATTTGCTAAAGGAATAGTGTTTGGGCGATTTGATGAAACTGTTATCGAAGAGAGAAG 296
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 297 ACAATGTGCTGAAGACCTGCTACAGTTCTCTGCCAATATTCCTGCTCTTTACAATAGTAAACAGCTTGAAGACT 370
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 371 TTTTCAAGGGTGGAATAATTAATGATAGTTCTGAATTAATTGGTCCTGCTGAAGCTCACTCAGATTCCCTCATT 444
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 445 GATACCTTTCCTGAGTGTAGTACGGAAGGCTTCTCCAGTGACAGTGATCTGGTATCTCTTACTGTTGATGTGGA 518
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 519 TTCTCTTGCTGAGTTAGATGATGGAATGGCTTCCAATCAAAATTCTCCCATTAGAACTTTTGGTCTCAATCTTT 592
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 -------------------------ATGGCTTCCAATCAAAATTCTCCCATTAGAACTTTTGGTCTCAATCTTT 49
Query 593 CTTCGGATTCTTCAGCACTAGGGGCTGTTGCTTCTGACAGTGAACAGAGCAAAACAGAAG-AGAACGGGAAAGT 665
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 50 CTTCGGATTCTTCAGCACTAGGGGCTGTTGCTTCTGACAGTGAACAGAGCAAAACAGAAGAAGAACGGGAAAGT 123
Query 666 CGTAGCCTCTTTCCTGGCAGTTTAAAGCCGAAGCTTG--CAGAGAGATTATTTGGAGAAAGCA-GAGAATTAAT 736
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| .||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 124 CGTAGCCTCTTTCCTGGCAGTTTAAAGCCGAAGCTTGGCAAGAGAGATTATTTGGAGAAAGCAGGAGAATTAAT 197
Query 737 -AAGCTGGCTTTAAAAA------GAGAGAGACGACTATG-AGCTGCTTCTGATTTTTATAGGAA-GGAGTTGAT 801
|||||||||||||||| .||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 198 AAAGCTGGCTTTAAAAAAGGAAGAAGA-AGACGACTATGAAGCTGCTTCTGATTTTTATAGGAAGGGAGTTGAT 270
Query 802 TTACTCCTAGAAGGTGTTCAAGGAGAGTCAAGCCCTACCCGTCGAGAAGCTGTGAAGAGAAGAACAGCCGAGTA 875
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 271 TTACTCCTAGAAGGTGTTCAAGGAGAGTCAAGCCCTACCCGTCGAGAAGCTGTGAAGAGAAGAACAGCCGAGTA 344
Query 876 CCTCATGCGGGCAGAAAGTATCTCTAGTCTTTATGGGAAACCTCAGCTTGATGATGTATCTCAGCCTCCAGGAT 949
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 345 CCTCATGCGGGCAGAAAGTATCTCTAGTCTTTATGGGAAACCTCAGCTTGATGATGTATCTCAGCCTCCAGGAT 418
Query 950 CACTAAGTTCAAGGCCCCTTTGGAACCTAAGGAGCCCTGCCGAGGAGCTGAAGGCCTTCAGAGTCCTTGGGGTG 1023
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 CACTAAGTTCAAGGCCCCTTTGGAACCTAAGGAGCCCTGCCGAGGAGCTGAAGGCCTTCAGAGTCCTTGGGGTG 492
Query 1024 ATTGACAAGGTTTTACTTGTAATGGACACAAGGACAGAACAGACTTTCATTTTAAAAGGTCTAAGGAAAAGCAG 1097
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 493 ATTGACAAGGTTTTACTTGTAATGGACACAAGGACAGAACAGACTTTCATTTTAAAAGGTCTAAGGAAAAGCAG 566
Query 1098 TGAATACAGCAGGAACAGAAAGACCATCATCCCCCGCTGTGTGCCCAACATGGTGTGTCTGCATAAGTACATCA 1171
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 567 TGAATACAGCAGGAACAGAAAGACCATCATCCCCCGCTGTGTGCCCAACATGGTGTGTCTGCATAAGTACATCA 640
Query 1172 TCTCTGAGGAGTCAGTATTTCTTGTGCTGCAGCATGCGGAAGGTGGCAAACTGTGGTCATATATCAGTAAATTT 1245
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 641 TCTCTGAGGAGTCAGTATTTCTTGTGCTGCAGCATGCGGAAGGTGGCAAACTGTGGTCATATATCAGTAAATTT 714
Query 1246 CTAAACAGAAGTCCTGAAGAAAGCTTTGACATCAAGGAAGTGAAAAAACCTACACTTGCAAAAGTTCACCTGCA 1319
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 715 CTAAACAGAAGTCCTGAAGAAAGCTTTGACATCAAGGAAGTGAAAAAACCTACACTTGCAAAAGTTCACCTGCA 788
Query 1320 GCAGCCAACTTCTAGTCCTCAGGACAGCAGTAGCTTTGAATCCAGAGGAAGTGATGGTGGAAGCATGCTTAAAG 1393
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 789 GCAGCCAACTTCTAGTCCTCAGGACAGCAGTAGCTTTGAATCCAGAGGAAGTGATGGTGGAAGCATGCTTAAAG 862
Query 1394 CTCTGCCTTTGAAGAGTAGTCTTACTCCAAGTTCTCAAGATGACAGCAACCAGGAAGATGATGGCCAAGATAGC 1467
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 863 CTCTGCCTTTGAAGAGTAGTCTTACTCCAAGTTCTCAAGATGACAGCAACCAGGAAGATGATGGCCAAGATAGC 936
Query 1468 TCTCCAAAGTGGCCAGATTCTGGTTCAAGTTCAGAAGAAGAATGTACTACTAGTTATTTAACATTATGCAATGA 1541
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 937 TCTCCAAAGTGGCCAGATTCTGGTTCAAGTTCAGAAGAAGAATGTACTACTAGTTATTTAACATTATGCAATGA 1010
Query 1542 ATATGGGCAAGAAAAGATTGAACCAGGGTCTTTGAATGAGGAGCCCTTCATGAAGACTGAAGGGAATGGTGTTG 1615
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1011 ATATGGGCAAGAAAAGATTGAACCAGGGTCTTTGAATGAGGAGCCCTTCATGAAGACTGAAGGGAATGGTGTTG 1084
Query 1616 ATACAAAAGCTATTAAAAGCTTCCCAGCACACCTTGCTGCTGACAGTGACAGCCCCAGCACACAGCTGAGAGCT 1689
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1085 ATACAAAAGCTATTAAAAGCTTCCCAGCACACCTTGCTGCTGACAGTGACAGCCCCAGCACACAGCTGAGAGCT 1158
Query 1690 CACGAGCTGAAGTTCTTCCCCAACGATGACCCAGAAGCAGTTAGTTCTCCAAGAACATCAGATTCCCTCAGTAG 1763
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1159 CACGAGCTGAAGTTCTTCCCCAACGATGACCCAGAAGCAGTTAGTTCTCCAAGAACATCAGATTCCCTCAGTAG 1232
Query 1764 ATCAAAAAATAGCCCCATGGAATTCTTTAGGATAGACAGTAAGGATAGCGCAAGTGAACTCCTGGGACTTGACT 1837
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1233 ATCAAAAAATAGCCCCATGGAATTCTTTAGGATAGACAGTAAGGATAGCGCAAGTGAACTCCTGGGACTTGACT 1306
Query 1838 TTGGAGAAAAATTGTATAGTCTAAAATCAGAACCTTTGAAACCATTCTTTACTCTTCCAGATGGAGACAGTGCT 1911
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1307 TTGGAGAAAAATTGTATAGTCTAAAATCAGAACCTTTGAAACCATTCTTTACTCTTCCAGATGGAGACAGTGCT 1380
Query 1912 TCTAGGAGTTTTAATACTAGTGAAAGCAAGGTAGAGTTTAAAGCTCAGGACACCATTAGCAGGGGCTCAGATGA 1985
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 TCTAGGAGTTTTAATACTAGTGAAAGCAAGGTAGAGTTTAAAGCTCAGGACACCATTAGCAGGGGCTCAGATGA 1454
Query 1986 CTCAGTGCCAGTTATTTCATTTAAAGATGCTGCTTTTGATGATGTCAGTGGTACTGATGAAGGAAGACCTGATC 2059
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1455 CTCAGTGCCAGTTATTTCATTTAAAGATGCTGCTTTTGATGATGTCAGTGGTACTGATGAAGGAAGACCTGATC 1528
Query 2060 TTCTTGTAAATTTACCTGGTGAATTGGAGTCAACAAGAGAAGCTGCAGCAATGGGACCTACTAAGTTTACACAA 2133
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1529 TTCTTGTAAATTTACCTGGTGAATTGGAGTCAACAAGAGAAGCTGCAGCAATGGGACCTACTAAGTTTACACAA 1602
Query 2134 ACTAATATAGGGATAATAGAAAATAAACTCTTGGAAGCCCCTGATGTTTTATGCCTCAGGCTTAGTACTGAACA 2207
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1603 ACTAATATAGGGATAATAGAAAATAAACTCTTGGAAGCCCCTGATGTTTTATGCCTCAGGCTTAGTACTGAACA 1676
Query 2208 ATGCCAAGCACATGAGGAGAAAGGCATAGAGGAACTGAGTGATCCCTCTGGGCCCAAATCCTATAGTATAACAG 2281
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1677 ATGCCAAGCACATGAGGAGAAAGGCATAGAGGAACTGAGTGATCCCTCTGGGCCCAAATCCTATAGTATAACAG 1750
Query 2282 AGAAACACTATGCACAGGAGGATCCCAGGATGTTATTTGTAGCAGCTGTTGATCATAGTAGTTCAGGAGATATG 2355
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1751 AGAAACACTATGCACAGGAGGATCCCAGGATGTTATTTGTAGCAGCTGTTGATCATAGTAGTTCAGGAGATATG 1824
Query 2356 TCTTTGTTACCCAGCTCAAGATCTTAGTTTTCAAGGACTNGGAGTGGTTGAGTCAGCAGTAACTGCAAACAACA 2429
||||||||||||||||| |||||.||..|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1825 TCTTTGTTACCCAGCTC-AGATCCTAAGTTTCAAGGACTTGGAGTGGTTGAGTCAGCAGTAACTGCAAACAACA 1897
Query 2430 CAGAAGAAAAGC-TATTCCGTA-TTGTAGTCCACTCTCAGGTGCTAATGAATATA-TGCAAAGCACAGACACTT 2500
|||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||
Sbjct 1898 CAGAAG-AAAGCTTATTCCGTATTTGTAGTCCACTCTCAGGTGCTAATGAATATATTGC-AAGCACAGACACTT 1969
Query 2501 TAAAAACAGAAGAAGTA-TGCTGTTNNACAGATCAGACTGATGATTTGGCTAAAGAGGAACCAACTTCTTTATT 2573
||||||||||||||||| ||||||| .|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1970 TAAAAACAGAAGAAGTATTGCTGTT-TACAGATCAGACTGATGATTTGGCTAAAGAGGAACCAACTTCTTTATT 2042
Query 2574 CCAGAGAGACTCTGAGACTAAGGGTGAAAGTGGTTTAGTGCTAGAAGGAGACAAGGAAATACATCAGATTTTTG 2647
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2043 CCAGAGAGACTCTGAGACTAAGGGTGAAAGTGGTTTAGTGCTAGAAGGAGACAAGGAAATACATCAGATTTTTG 2116
Query 2648 AGGACCTTGATAAAAAATTAGCACTAGCCTCCAGGTTTTACATCCCAGAGGGCTGCATTCAAAGATGGGCAGCT 2721
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2117 AGGACCTTGATAAAAAATTAGCACTAGCCTCCAGGTTTTACATCCCAGAGGGCTGCATTCAAAGATGGGCAGCT 2190
Query 2722 GAAATGGTGGTAGCCCTTGATGCTTTACATAGAGAGGGAATTGTGTGCCGCGATTTGAACCCAAACAACATCTT 2795
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2191 GAAATGGTGGTAGCCCTTGATGCTTTACATAGAGAGGGAATTGTGTGCCGCGATTTGAACCCAAACAACATCTT 2264
Query 2796 ATTGAATGATAGAGGACACATTCAGCTAACGTATTTTAGCAGGTGGAGTGAGGTTGAAGATTCCTGTGACAGCG 2869
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2265 ATTGAATGATAGAGGACACATTCAGCTAACGTATTTTAGCAGGTGGAGTGAGGTTGAAGATTCCTGTGACAGCG 2338
Query 2870 ATGCCATAGAGAGAATGTACTGTGCCCCAGAGGTTGGAGCAATCACTGAAGAAACTGAAGCCTGTGATTGGTGG 2943
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2339 ATGCCATAGAGAGAATGTACTGTGCCCCAGAGGTTGGAGCAATCACTGAAGAAACTGAAGCCTGTGATTGGTGG 2412
Query 2944 AGTTTGGGTGCTGTCCTCTTTGAACTTCTCACTGGCAAGACTCTGGTTGAATGCCATCCAGCAGGAATAAATAC 3017
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2413 AGTTTGGGTGCTGTCCTCTTTGAACTTCTCACTGGCAAGACTCTGGTTGAATGCCATCCAGCAGGAATAAATAC 2486
Query 3018 TCACACTACTTTGAACATGCCAGAATGTGTCTCTGAAGAGGCTCGCTCACTCATTCAACAGCTCTTGCAGTTCA 3091
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2487 TCACACTACTTTGAACATGCCAGAATGTGTCTCTGAAGAGGCTCGCTCACTCATTCAACAGCTCTTGCAGTTCA 2560
Query 3092 ATCCTCTGGAACGACTTGGTGCTGGAGTTGCTGGTGTTGAAGATATCAAATCTCATCCATTTTTTACCCCTGTG 3165
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2561 ATCCTCTGGAACGACTTGGTGCTGGAGTTGCTGGTGTTGAAGATATCAAATCTCATCCATTTTTTACCCCTGTG 2634
Query 3166 GATTGGGCAGAACTGATGAGA 3186
|||||||||||||||||||||
Sbjct 2635 GATTGGGCAGAACTGATGAGA 2655