Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_15038
- Subject:
- NM_001349659.1
- Aligned Length:
- 3190
- Identities:
- 2133
- Gaps:
- 1052
Alignment
Query 1 ATGACCTCTTACCGGGAGCGGAGTGCCGACCTGGCCCGTTTCTACACTGTCACCGAGCCCCAGCGACACCCGAG 74
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 75 GGGCTACACAGTATATAAGGTCACCGCCCGGGTTGTTTCACGAAGAAATCCAGAGGATGTCCAGGAGATAATTG 148
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 149 TATGGAAGAGATACAGTGATTTTAAGAAACTACACAAAGAACTATGGCAAATTCACAAAAACTTATTCCGACAT 222
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 223 TCAGAGTTGTTTCCTCCATTTGCTAAAGGAATAGTGTTTGGGCGATTTGATGAAACTGTTATCGAAGAGAGAAG 296
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 297 ACAATGTGCTGAAGACCTGCTACAGTTCTCTGCCAATATTCCTGCTCTTTACAATAGTAAACAGCTTGAAGACT 370
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 371 TTTTCAAGGGTGGAATAATTAATGATAGTTCTGAATTAATTGGTCCTGCTGAAGCTCACTCAGATTCCCTCATT 444
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 445 GATACCTTTCCTGAGTGTAGTACGGAAGGCTTCTCCAGTGACAGTGATCTGGTATCTCTTACTGTTGATGTGGA 518
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 519 TTCTCTTGCTGAGTTAGATGATGGAATGGCTTCCAATCAAAATTCTCCCATTAGAACTTTTGGTCTCAATCTTT 592
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 593 CTTCGGATTCTTCAGCACTAGGGGCTGTTGCTTCTGACAGTGAACAGAGCAAAACAGAAGAGAACGGGAAAGTC 666
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 667 GTAGCCTCTTTCCTGGCAGTTTAAAGCCGAAGCTTGCAGAGAGATTATTTGGAGAAAGCAGAGAATTAATAAGC 740
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 741 TGGCTTTAAAAAGAGAGAGACGACTATGAGCTGCTTCTGATTTTTATAGGAAGGAGTTGATTTACTCCTAGAAG 814
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 815 GTGTTCAAGGAGAGTCAAGCCCTACCCGTCGAGAAGCTGTGAAGAGAAGAACAGCCGAGTACCTCATGCGGGCA 888
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 889 GAAAGTATCTCTAGTCTTTATGGGAAACCTCAGCTTGATGATGTATCTCAGCCTCCAGGATCACTAAGTTCAAG 962
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 963 GCCCCTTTGGAACCTAAGGAGCCCTGCCGAGGAGCTGAAGGCCTTCAGAGTCCTTGGGGTGATTGACAAGGTTT 1036
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 1037 TACTTGTAATGGACACAAGGACAGAACAGACTTTCATTTTAAAAGGTCTAAGGAAAAGCAGTGAATACAGCAGG 1110
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 --------ATGGACACAAGGACAGAACAGACTTTCATTTTAAAAGGTCTAAGGAAAAGCAGTGAATACAGCAGG 66
Query 1111 AACAGAAAGACCATCATCCCCCGCTGTGTGCCCAACATGGTGTGTCTGCATAAGTACATCATCTCTGAGGAGTC 1184
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 67 AACAGAAAGACCATCATCCCCCGCTGTGTGCCCAACATGGTGTGTCTGCATAAGTACATCATCTCTGAGGAGTC 140
Query 1185 AGTATTTCTTGTGCTGCAGCATGCGGAAGGTGGCAAACTGTGGTCATATATCAGTAAATTTCTAAACAGAAGTC 1258
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 141 AGTATTTCTTGTGCTGCAGCATGCGGAAGGTGGCAAACTGTGGTCATATATCAGTAAATTTCTAAACAGAAGTC 214
Query 1259 CTGAAGAAAGCTTTGACATCAAGGAAGTGAAAAAACCTACACTTGCAAAAGTTCACCTGCAGCAGCCAACTTCT 1332
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 215 CTGAAGAAAGCTTTGACATCAAGGAAGTGAAAAAACCTACACTTGCAAAAGTTCACCTGCAGCAGCCAACTTCT 288
Query 1333 AGTCCTCAGGACAGCAGTAGCTTTGAATCCAGAGGAAGTGATGGTGGAAGCATGCTTAAAGCTCTGCCTTTGAA 1406
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 289 AGTCCTCAGGACAGCAGTAGCTTTGAATCCAGAGGAAGTGATGGTGGAAGCATGCTTAAAGCTCTGCCTTTGAA 362
Query 1407 GAGTAGTCTTACTCCAAGTTCTCAAGATGACAGCAACCAGGAAGATGATGGCCAAGATAGCTCTCCAAAGTGGC 1480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 363 GAGTAGTCTTACTCCAAGTTCTCAAGATGACAGCAACCAGGAAGATGATGGCCAAGATAGCTCTCCAAAGTGGC 436
Query 1481 CAGATTCTGGTTCAAGTTCAGAAGAAGAATGTACTACTAGTTATTTAACATTATGCAATGAATATGGGCAAGAA 1554
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 437 CAGATTCTGGTTCAAGTTCAGAAGAAGAATGTACTACTAGTTATTTAACATTATGCAATGAATATGGGCAAGAA 510
Query 1555 AAGATTGAACCAGGGTCTTTGAATGAGGAGCCCTTCATGAAGACTGAAGGGAATGGTGTTGATACAAAAGCTAT 1628
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 511 AAGATTGAACCAGGGTCTTTGAATGAGGAGCCCTTCATGAAGACTGAAGGGAATGGTGTTGATACAAAAGCTAT 584
Query 1629 TAAAAGCTTCCCAGCACACCTTGCTGCTGACAGTGACAGCCCCAGCACACAGCTGAGAGCTCACGAGCTGAAGT 1702
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 585 TAAAAGCTTCCCAGCACACCTTGCTGCTGACAGTGACAGCCCCAGCACACAGCTGAGAGCTCACGAGCTGAAGT 658
Query 1703 TCTTCCCCAACGATGACCCAGAAGCAGTTAGTTCTCCAAGAACATCAGATTCCCTCAGTAGATCAAAAAATAGC 1776
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 TCTTCCCCAACGATGACCCAGAAGCAGTTAGTTCTCCAAGAACATCAGATTCCCTCAGTAGATCAAAAAATAGC 732
Query 1777 CCCATGGAATTCTTTAGGATAGACAGTAAGGATAGCGCAAGTGAACTCCTGGGACTTGACTTTGGAGAAAAATT 1850
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 733 CCCATGGAATTCTTTAGGATAGACAGTAAGGATAGCGCAAGTGAACTCCTGGGACTTGACTTTGGAGAAAAATT 806
Query 1851 GTATAGTCTAAAATCAGAACCTTTGAAACCATTCTTTACTCTTCCAGATGGAGACAGTGCTTCTAGGAGTTTTA 1924
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 807 GTATAGTCTAAAATCAGAACCTTTGAAACCATTCTTTACTCTTCCAGATGGAGACAGTGCTTCTAGGAGTTTTA 880
Query 1925 ATACTAGTGAAAGCAAGGTAGAGTTTAAAGCTCAGGACACCATTAGCAGGGGCTCAGATGACTCAGTGCCAGTT 1998
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 881 ATACTAGTGAAAGCAAGGTAGAGTTTAAAGCTCAGGACACCATTAGCAGGGGCTCAGATGACTCAGTGCCAGTT 954
Query 1999 ATTTCATTTAAAGATGCTGCTTTTGATGATGTCAGTGGTACTGATGAAGGAAGACCTGATCTTCTTGTAAATTT 2072
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 955 ATTTCATTTAAAGATGCTGCTTTTGATGATGTCAGTGGTACTGATGAAGGAAGACCTGATCTTCTTGTAAATTT 1028
Query 2073 ACCTGGTGAATTGGAGTCAACAAGAGAAGCTGCAGCAATGGGACCTACTAAGTTTACACAAACTAATATAGGGA 2146
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1029 ACCTGGTGAATTGGAGTCAACAAGAGAAGCTGCAGCAATGGGACCTACTAAGTTTACACAAACTAATATAGGGA 1102
Query 2147 TAATAGAAAATAAACTCTTGGAAGCCCCTGATGTTTTATGCCTCAGGCTTAGTACTGAACAATGCCAAGCACAT 2220
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1103 TAATAGAAAATAAACTCTTGGAAGCCCCTGATGTTTTATGCCTCAGGCTTAGTACTGAACAATGCCAAGCACAT 1176
Query 2221 GAGGAGAAAGGCATAGAGGAACTGAGTGATCCCTCTGGGCCCAAATCCTATAGTATAACAGAGAAACACTATGC 2294
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1177 GAGGAGAAAGGCATAGAGGAACTGAGTGATCCCTCTGGGCCCAAATCCTATAGTATAACAGAGAAACACTATGC 1250
Query 2295 ACAGGAGGATCCCAGGATGTTATTTGTAGCAGCTGTTGATCATAGTAGTTCAGGAGATATGTCTTTGTTACCCA 2368
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1251 ACAGGAGGATCCCAGGATGTTATTTGTAGCAGCTGTTGATCATAGTAGTTCAGGAGATATGTCTTTGTTACCCA 1324
Query 2369 GCTCAAGATCTTAGTTTTCAAGGACTNGGAGTGGTTGAGTCAGCAGTAACTGCAAACAACACAGAAGAAAAGC- 2441
|||| |||||.||..|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1325 GCTC-AGATCCTAAGTTTCAAGGACTTGGAGTGGTTGAGTCAGCAGTAACTGCAAACAACACAGAAG-AAAGCT 1396
Query 2442 TATTCCGTA-TTGTAGTCCACTCTCAGGTGCTAATGAATATA-TGCAAAGCACAGACACTTTAAAAACAGAAGA 2513
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1397 TATTCCGTATTTGTAGTCCACTCTCAGGTGCTAATGAATATATTGC-AAGCACAGACACTTTAAAAACAGAAGA 1469
Query 2514 AGTA-TGCTGTTNNACAGATCAGACTGATGATTTGGCTAAAGAGGAACCAACTTCTTTATTCCAGAGAGACTCT 2586
|||| ||||||| .||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1470 AGTATTGCTGTT-TACAGATCAGACTGATGATTTGGCTAAAGAGGAACCAACTTCTTTATTCCAGAGAGACTCT 1542
Query 2587 GAGACTAAGGGTGAAAGTGGTTTAGTGCTAGAAGGAGACAAGGAAATACATCAGATTTTTGAGGACCTTGATAA 2660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1543 GAGACTAAGGGTGAAAGTGGTTTAGTGCTAGAAGGAGACAAGGAAATACATCAGATTTTTGAGGACCTTGATAA 1616
Query 2661 AAAATTAGCACTAGCCTCCAGGTTTTACATCCCAGAGGGCTGCATTCAAAGATGGGCAGCTGAAATGGTGGTAG 2734
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1617 AAAATTAGCACTAGCCTCCAGGTTTTACATCCCAGAGGGCTGCATTCAAAGATGGGCAGCTGAAATGGTGGTAG 1690
Query 2735 CCCTTGATGCTTTACATAGAGAGGGAATTGTGTGCCGCGATTTGAACCCAAACAACATCTTATTGAATGATAGA 2808
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1691 CCCTTGATGCTTTACATAGAGAGGGAATTGTGTGCCGCGATTTGAACCCAAACAACATCTTATTGAATGATAGA 1764
Query 2809 GGACACATTCAGCTAACGTATTTTAGCAGGTGGAGTGAGGTTGAAGATTCCTGTGACAGCGATGCCATAGAGAG 2882
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1765 GGACACATTCAGCTAACGTATTTTAGCAGGTGGAGTGAGGTTGAAGATTCCTGTGACAGCGATGCCATAGAGAG 1838
Query 2883 AATGTACTGTGCCCCAGAGGTTGGAGCAATCACTGAAGAAACTGAAGCCTGTGATTGGTGGAGTTTGGGTGCTG 2956
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1839 AATGTACTGTGCCCCAGAGGTTGGAGCAATCACTGAAGAAACTGAAGCCTGTGATTGGTGGAGTTTGGGTGCTG 1912
Query 2957 TCCTCTTTGAACTTCTCACTGGCAAGACTCTGGTTGAATGCCATCCAGCAGGAATAAATACTCACACTACTTTG 3030
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1913 TCCTCTTTGAACTTCTCACTGGCAAGACTCTGGTTGAATGCCATCCAGCAGGAATAAATACTCACACTACTTTG 1986
Query 3031 AACATGCCAGAATGTGTCTCTGAAGAGGCTCGCTCACTCATTCAACAGCTCTTGCAGTTCAATCCTCTGGAACG 3104
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1987 AACATGCCAGAATGTGTCTCTGAAGAGGCTCGCTCACTCATTCAACAGCTCTTGCAGTTCAATCCTCTGGAACG 2060
Query 3105 ACTTGGTGCTGGAGTTGCTGGTGTTGAAGATATCAAATCTCATCCATTTTTTACCCCTGTGGATTGGGCAGAAC 3178
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2061 ACTTGGTGCTGGAGTTGCTGGTGTTGAAGATATCAAATCTCATCCATTTTTTACCCCTGTGGATTGGGCAGAAC 2134
Query 3179 TGATGAGA 3186
||||||||
Sbjct 2135 TGATGAGA 2142