Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_15059
• Subject: NM_001199327.1
• Aligned Length: 2860
• Identities: 2176
• Gaps: 646

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGCGTGCTGTGCGGCGCGGTCTCAGGGAAGGTGGGGCTATGGCAGCTGCTAGGGACCCTCCGGAAGTATCGCT  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  GCGAGAAGCCACCCAGCGAAAATTGCGGAGGTTTTCCGAGCTAAGAGGCAAACTTGTAGCACGTGGAGAATTCT  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  GGGACATAGTTGCAATAACAGCGGCTGATGAAAAACAGGAACTTGCTTACAACCAACAGCTGTCAGAAAAGCTG  222

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  223  AAAAGAAAGGAGTTACCCCTTGGAGTTCAATATCACGTTTTTGTGGATCCTGCTGGAGCCAAAATTGGAAATGG  296

Query    1  ------------------------ATG---GGAAATTATAAATCTAGACCAACCCAA-ACTTGTA---------  37
                                    |||   |||||...||.||..|||..||...|| .|||.||         
Sbjct  297  AGGATCAACACTTTGTGCCCTTCAATGTTTGGAAAAGCTATATGGAGATAAATGGAATTCTTTTACCATCTTAT  370

Query   38  ---------CTGATGAATGGAAGAAAAAAGTCAGTGAATCATATGTTATCACAATAGAAAGATTAGAAGATGAC  102
                     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  TAATTCACTCTGATGAATGGAAGAAAAAAGTCAGTGAATCATATGTTATCACAATAGAAAGATTAGAAGATGAC  444

Query  103  CTGCAGATCAAGGAAAAAGAACTGACAGAACTAAGGAATATATTTGGCTCTGATGAAGCCTTCAGTAAAGTCAA  176
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  CTGCAGATCAAGGAAAAAGAACTGACAGAACTAAGGAATATATTTGGCTCTGATGAAGCCTTCAGTAAAGTCAA  518

Query  177  TTTAAATTACCGCACTGAAAATGGGCTGTCTCTACTTCATTTATGTTGCATTTGTGGAGGCAAGAAATCACATA  250
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TTTAAATTACCGCACTGAAAATGGGCTGTCTCTACTTCATTTATGTTGCATTTGTGGAGGCAAGAAATCACATA  592

Query  251  TTCGAACTCTTATGTTGAAAGGGCTCCGCCCATCTCGACTGACAAGAAATGGATTTACAGCCTTGCATTTAGCA  324
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  TTCGAACTCTTATGTTGAAAGGGCTCCGCCCATCTCGACTGACAAGAAATGGATTTACAGCCTTGCATTTAGCA  666

Query  325  GTTTACAAGGATAATGCAGAATTGATCACTTCTCTGCTTCACAGTGGAGCTGATATACAGCAGGTTGGATACGG  398
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  GTTTACAAGGATAATGCAGAATTGATCACTTCTCTGCTTCACAGTGGAGCTGATATACAGCAGGTTGGATACGG  740

Query  399  TGGCCTCACTGCCCTCCATATTGCTACAATAGCTGGCCACCTAGAGGCTGCTGATGTGCTGTTGCAACATGGAG  472
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  TGGCCTCACTGCCCTCCATATTGCTACAATAGCTGGCCACCTAGAGGCTGCTGATGTGCTGTTGCAACATGGAG  814

Query  473  CTAATGTCAATATTCAAGATGCAGTTTTTTTCACTCCATTGCATATTGCAGCGTACTATGGACATGAACAGGTA  546
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  CTAATGTCAATATTCAAGATGCAGTTTTTTTCACTCCATTGCATATTGCAGCGTACTATGGACATGAACAGGTA  888

Query  547  ACTCGCCTTCTTTTGAAATTTGGTGCTGATGTAAATGTAAGTGGTGAAGTTGGAGATAGACCCCTCCACCTAGC  620
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  ACTCGCCTTCTTTTGAAATTTGGTGCTGATGTAAATGTAAGTGGTGAAGTTGGAGATAGACCCCTCCACCTAGC  962

Query  621  ATCTGCAAAAGGATTCTTGAATATTGCAAAACTCTTGATGGAAGAACGCAGCAAAGCAGATGTGAATGCTCAAG  694
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  ATCTGCAAAAGGATTCTTGAATATTGCAAAACTCTTGATGGAAGAAGGCAGCAAAGCAGATGTGAATGCTCAAG  1036

Query  695  ATAATGAAGACCATGTCCCACTCCATTTCTGTTCTCGATTTGGACACCATGATATAGTTAAGTATCTGCTGCAA  768
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  ATAATGAAGACCATGTCCCACTCCATTTCTGTTCTCGATTTGGACACCATGATATAGTTAAGTATCTGCTGCAA  1110

Query  769  AGTGATTTGGAAGTTCAACCTCATGTTGTTAATATCTATGGAGATACCCCCTTACACCTGGCATGCTACAATGG  842
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  AGTGATTTGGAAGTTCAACCTCATGTTGTTAATATCTATGGAGATACCCCCTTACACCTGGCATGCTACAATGG  1184

Query  843  CAAATTTGAAGTTGCCAAGGAAATCATCCAAATATCAGGAACAGAAAGTCTGACTAAGGAAAACATCTTCAGTG  916
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  CAAATTTGAAGTTGCCAAGGAAATCATCCAAATATCAGGAACAGAAAGTCTGACTAAGGAAAACATCTTCAGTG  1258

Query  917  AAACAGCTTTTCATAGTGCTTGTACCTATGGCAAGAGCATTGACCTAGTCAAATTTCTTCTTGATCAGAATGTC  990
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  AAACAGCTTTTCATAGTGCTTGTACCTATGGCAAGAGCATTGACCTAGTCAAATTTCTTCTTGATCAGAATGTC  1332

Query  991  ATAAACATCAACCACCAAGGAAGGGATGGGCACACTGGATTACACTCTGCTTGCTACCACGGTCACATTCGCCT  1064
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  ATAAACATCAACCACCAAGGAAGGGATGGGCACACTGGATTACACTCTGCTTGCTACCACGGTCACATTCGCCT  1406

Query 1065  GGTTCAGTTCTTACTGGATAATGGAGCTGATATGAATCTAGTGGCTTGTGATCCCAGCAGGTCTAGTGGTGAAA  1138
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GGTTCAGTTCTTACTGGATAATGGAGCTGATATGAATCTAGTGGCTTGTGATCCCAGCAGGTCTAGTGGTGAAA  1480

Query 1139  AAGATGAGCAGACATGTTTGATGTGGGCTTATGAAAAAGGGCATGATGCCATTGTCACACTCCTGAAGCATTAT  1212
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  AAGATGAGCAGACATGTTTGATGTGGGCTTATGAAAAAGGGCATGATGCCATTGTCACACTCCTGAAGCATTAT  1554

Query 1213  AAGAGACCACAAGATGAATTGCCCTGTAATGAATATTCTCAGCCTGGAGGAGATGGCTCCTATGTGTCTGTTCC  1286
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  AAGAGACCACAAGATGAATTGCCCTGTAATGAATATTCTCAGCCTGGAGGAGATGGCTCCTATGTGTCTGTTCC  1628

Query 1287  ATCACCCTTGGGGAAGATTAAAAGCATGACAAAAGAGAAGGCAGATATTCTCCTCCTAAGAGCTGGATTGCCTT  1360
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  ATCACCCTTGGGGAAGATTAAAAGCATGACAAAAGAGAAGGCAGATATTCTCCTCCTAAGAGCTGGATTGCCTT  1702

Query 1361  CACATTTCCATCTTCAGCTCTCAGAAATTGAGTTCCATGAGATTATTGGCTCAGGTTCTTTTGGGAAAGTATAT  1434
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  CACATTTCCATCTTCAGCTCTCAGAAATTGAGTTCCATGAGATTATTGGCTCAGGTTCTTTTGGGAAAGTATAT  1776

Query 1435  AAAGGACGATGCAGAAATAAAATAGTGGCTATAAAACGTTATCGAGCCAATACCTACTGCTCCAAGTCAGATGT  1508
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  AAAGGACGATGCAGAAATAAAATAGTGGCTATAAAACGTTATCGAGCCAATACCTACTGCTCCAAGTCAGATGT  1850

Query 1509  GGATATGTTTTGCCGAGAGGTGTCCATTCTCTGCCAGCTCAATCATCCCTGCGTAATTCAGTTTGTGGGTGCTT  1582
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  GGATATGTTTTGCCGAGAGGTGTCCATTCTCTGCCAGCTCAATCATCCCTGCGTAATTCAGTTTGTGGGTGCTT  1924

Query 1583  GCTTGAATGATCCCAGCCAGTTTGCCATTGTCACTCAATACATATCAGGGGGTTCTCTGTTCTCCCTCCTTCAT  1656
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  GCTTGAATGATCCCAGCCAGTTTGCCATTGTCACTCAATACATATCAGGGGGTTCTCTGTTCTCCCTCCTTCAT  1998

Query 1657  GAGCAGAAGAGGATTCTTGATTTGCAGTCTAAATTAATTATTGCAGTAGATGTTGCCAAAGGCATGGAGTACCT  1730
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  GAGCAGAAGAGGATTCTTGATTTGCAGTCTAAATTAATTATTGCAGTAGATGTTGCCAAAGGCATGGAGTACCT  2072

Query 1731  TCACAACCTGACACAGCCAATTATACATCGTGACTGAAACAGTCAC-ATATTTCTTTCTCTATGAGGATGGGCA  1803
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||..||||||||| |||||  .|||||||||||||||||||
Sbjct 2073  TCACAACCTGACACAGCCAATTATACATCGTGACTTGAACAGTCACAATATT--CTTCTCTATGAGGATGGGCA  2144

Query 1804  TGCTGTGTGGGCAGATTTTGAGA-AATCAAGATTTCTACAGTCTCTGGATGAAGACAACATGACAAAACAACCT  1876
            |||||||..||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2145  TGCTGTGGTGGCAGATTTTG-GAGAATCAAGATTTCTACAGTCTCTGGATGAAGACAACATGACAAAACAACCT  2217

Query 1877  GGGAACCTCCGTTGGATGGCTCNTGAGGTGTTCACGCAGTGCACTCGGTACACCATCAAAGCAGATGTCTTCAG  1950
            ||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2218  GGGAACCTCCGTTGGATGGCTCCTGAGGTGTTCACGCAGTGCACTCGGTACACCATCAAAGCAGATGTCTTCAG  2291

Query 1951  CTATGCTCTGTGTCTGTGGGAAATTCTCACTGGCGAAATTCCATTCGCTCATCTCAAGCCAGCGGCTGCGGCAG  2024
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2292  CTATGCTCTGTGTCTGTGGGAAATTCTCACTGGCGAAATTCCATTCGCTCATCTCAAGCCAGCGGCTGCGGCAG  2365

Query 2025  CAGACATGGCTTACCACCACATCAGACCTCCCATTGGCTATTCCATTCCCAAGCCCATATCATCTCTGCTGATA  2098
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2366  CAGACATGGCTTACCACCACATCAGACCTCCCATTGGCTATTCCATTCCCAAGCCCATATCATCTCTGCTGATA  2439

Query 2099  CGAGGGTGGAACGCATGTCCTGAAGGA------AGACCCGAATTTTCTGAAGTTGTCATGAAGTTAGAAGAGTG  2166
            |||||||||||||||||||||||||.|      |||||           ||||                     
Sbjct 2440  CGAGGGTGGAACGCATGTCCTGAAGCAAAATCCAGACC-----------AAGT---------------------  2481

Query 2167  TCTCTGCAACATTGAGCTGATGTCTCCTGCATCAAGTAACAGCAGTGGGTCTCTCTCACCTTCTTCTTCTTCTG  2240
                     ||||                 |.|.||                 |||||.||             
Sbjct 2482  ---------CATT-----------------ACCCAG-----------------TCTCATCT-------------  2499

Query 2241  ATTGCCTGGTGAACCGGGGAGGACCTGGCCGGAGTCATGTGGCAGCA----TTAAGAAGTCGTTTCGAATTGGA  2310
                    |||.||                           .|||.|    |||||||        |||     
Sbjct 2500  --------GTGTAC---------------------------ACAGAAACTCTTAAGAA--------GAA-----  2525

Query 2311  ATATGCTCTAAATGCAAGGTCCTATGCTGCTTTGTCCCAAAGTGCTGGACAATATTCCTCTCAAGGTCTGTCTT  2384
                     ||||| |||.||       |.||||            |||                   |||...
Sbjct 2526  ---------AAATG-AAGATC-------GTTTTG------------GGA-------------------TGTGGA  2551

Query 2385  TGGAGGAGATGAAAAGAAGTCTTCAATACACACCCATTGACAAATATGGCTATGTATCCGATCCCATGAGCTCA  2458
            |.|||.|..|.|.||||                                                         
Sbjct 2552  TTGAGTATCTCAGAAGA---------------------------------------------------------  2568

Query 2459  ATGCATTTTCATTCTTGCCGAAATAGTAGCAGCTTTGAGGACAGCAGC  2506
                                                            
Sbjct 2569  ------------------------------------------------  2568