Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_15082
- Subject:
- NM_001330750.1
- Aligned Length:
- 2321
- Identities:
- 1554
- Gaps:
- 666
Alignment
Query 1 ATGGCAGGATTTAAGCGAGGGTATGATGGAAAGATTGCTGGATTATATGATCTGGATAAAACCTTGGGTCGAGG 74
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 75 CCATTTTGCCGTGGTTAAACTTGCCAGGCATGTCTTTACGGGTGAAAAGGTGGCAGTAAAAGTTATTGACAAGA 148
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 149 CAAAACTGGACACTCTAGCTACTGGTCATCTTTTCCAGGAAGTGAGATGCATGAAACTAGTGCAGCATCCTAAC 222
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 223 ATCGTCCGCCTTTATGAAGTTATTGACACCCAGACCAAACTATATCTTATTCTAGAACTTGGGGATGGAGGAGA 296
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 297 TATGTTTGATTATATAATGAAACATGAGGAGGGTCTTAATGAAGACTTGGCCAAGAAGTATTTTGCTCAGATAG 370
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 371 TTCATGCTATATCTTATTGCCATAAACTCCATGTGGTTCACAGAGACTTAAAACCAGAGAATGTAGTCTTCTTT 444
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 445 GAAAAACAAGGTCTTGTAAAGTTGACAGACTTTGGGTTCAGCAACAAATTTCAACCAGGGAAGAAGCTCACTAC 518
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 519 AAGCTGTGGATCTCTTGCATATTCCGCTCCAGAAATTCTGCTTGGTGATGAGTATGATGCACCTGCAGTAGATA 592
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 593 TTTGGAGTCTGGGAGTGATCCTTTTCATGTTGGTGTGTGGGCAGCCGCCCTTTCAAGAAGCCAATGACAGTGAA 666
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 --------------------------ATGTTGGTGTGTGGGCAGCCGCCCTTTCAAGAAGCCAATGACAGTGAA 48
Query 667 ACACTGACAATGATCATGGATTGCAAATATACAGTACCATCCCATGTGTCTAAAGAGTGTAAAGACCTAATCAC 740
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 49 ACACTGACAATGATCATGGATTGCAAATATACAGTACCATCCCATGTGTCTAAAGAGTGTAAAGACCTAATCAC 122
Query 741 ACGGATGCTACAGAGAGATCCCAAGAGAAGGGCTTTCTTTTAGAAGAGATTGAAAATCATCCTTGGCTTCAGGG 814
||||||||||||||||||||||||||||||||||| .||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 123 ACGGATGCTACAGAGAGATCCCAAGAGAAGGGCTT--CTTTAGAAGAGATTGAAAATCATCCTTGGCTTCAGGG 194
Query 815 AGTGGACCCTTCACCAGCTACAAAGTATAACATTCCCCTTGTGTCATACAAAAATCTCTCGGAAGAGGAGCACA 888
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 195 AGTGGACCCTTCACCAGCTACAAAGTATAACATTCCCCTTGTGTCATACAAAAATCTCTCGGAAGAGGAGCACA 268
Query 889 ACAGCATCATTCAGCGCATGGTGCTTGGGGACATAGCGGATCGAGACGCCATTGTAGAAGCCCTGGAAACCAAC 962
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 269 ACAGCATCATTCAGCGCATGGTGCTTGGGGACATAGCGGATCGAGACGCCATTGTAGAAGCCCTGGAAACCAAC 342
Query 963 AGGTATAACCATATCACAGCCACATACTTCCTGCTGGCTGAAAGGATCCTGAGAGAAAAGCAAGAGAAAGAAAT 1036
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 343 AGGTATAACCATATCACAGCCACATACTTCCTGCTGGCTGAAAGGATCCTGAGAGAAAAGCAAGAGAAAGAAAT 416
Query 1037 ACAGACCAGATCTGCAAGCCCGAGCAATATCAAGGCCCAGTTTAGGCAGTCATGGCCAACCAAAATTGATGTAC 1110
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 417 ACAGACCAGATCTGCAAGCCCGAGCAATATCAAGGCCCAGTTTAGGCAGTCATGGCCAACCAAAATTGATGTAC 490
Query 1111 CCCAGGACCTTGAGGATGACCTCACGGCCACTCCTTTGTCCCACGCGACTGTCCCTCAGTCTCCTGCTCGGGCT 1184
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 491 CCCAGGACCTTGAGGATGACCTCACGGCCACTCCTTTGTCCCACGCGACTGTCCCTCAGTCTCCTGCTCGGGCT 564
Query 1185 GCTGACAGTGTCCTCAATGGCCACAGGAGCAAAGGCCTGTGTGACTCAGCTAAGAAAGATGACCTCCCTGAGTT 1258
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 565 GCTGACAGTGTCCTCAATGGCCACAGGAGCAAAGGCCTGTGTGACTCAGCTAAGAAAGATGACCTCCCTGAGTT 638
Query 1259 GGCTGGACCAGCACTCTCTACGGTGCCACCCGCAAGCTTAAAACCCACAGCCAGTGGGCGGAAGTGTCTGTTCA 1332
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 639 GGCTGGACCAGCACTCTCTACGGTGCCACCCGCAAGCTTAAAACCCACAGCCAGTGGGCGGAAGTGTCTGTTCA 712
Query 1333 GGGTGGAAGAAGATGAAGAGGAAGATGAGGAGGACAAGAAACCCATGTCCCTCTCAACACAAGTGGTTTTGCGC 1406
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 713 GGGTGGAAGAAGATGAAGAGGAAGATGAGGAGGACAAGAAACCCATGTCCCTCTCAACACAAGTGGTTTTGCGC 786
Query 1407 CGGAAGCCATCTGTAACCAACCGCCTGACATCCAGGAAGAGTGCGCCCGTCCTCAACCAGATCTTTGAGGAAGG 1480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 787 CGGAAGCCATCTGTAACCAACCGCCTGACATCCAGGAAGAGTGCGCCCGTCCTCAACCAGATCTTTGAGGAAGG 860
Query 1481 GGAATCTGATGATGAGTTTGACATGGATGAGAATCTGCCTCCCAAGTTGAGCAGGTTAAAGATGAATACAGCAT 1554
|||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||.|
Sbjct 861 GGAATCTGACGATGAGTTTGACATGGATGAGAATCTGCCTCCCAAGTTGAGCAGGTTAAAGATGAATATAGCTT 934
Query 1555 CTCAAG--------CACATGCTTCCTACTGCTTCCACCGATCGAG--AAAG-CAAAGCAAGAGATCGAGCTGCA 1617
|||.|| |||| |..|||.|||||| ||| |||| ||..||..|.|.||.|||||||
Sbjct 935 CTCCAGGTACAGTTCACA--------AACGCTACCACCG---GAGGAAAAGTCAGGGCCGGGGCTCCAGCTGCA 997
Query 1618 GTCGATATCTGCACAGCC----GATGCTGAATCTGAGAGCAGTTGAGGCAG-TC-ATAGAGATCCAGAATTGAC 1685
||.| |.|..||.| ||||.|||.|||||.|||.| |.|||.| || |||.||||...|..||.||
Sbjct 998 GTAG-----TTCGGAGACCAGTGATGATGATTCTGAAAGCCG--GCGGCGGCTCGATAAAGATAGCGGGTTCAC 1064
Query 1686 GTACTCCCAGGCACTTGA--GGATGAGCTCACAGGCACTCCTTGGTAGCACGCGAGATGTC---CGTCAGTCTC 1754
.|||| ||.||||| .|| |||| |||....|||..|.||.|||.||...|.|.||||.| .|.||| .
Sbjct 1065 CTACT-CCTGGCAC-CGACGGGAT-AGCAGCGAGGGGCCCCCTGGCAGTGAGGGGGATGGCGGGGGCCAG---A 1132
Query 1755 GCAAGCCAAGCAATGACAGTGGAGTCAAGGACAACACCAGCACCAGCGAGAGCGACTCAGGTGAGAACGGTCAC 1828
|||||||||||||||.||||||||....||||||..|||||.||||.||||.|.|..|.||||.|..|.|||.|
Sbjct 1133 GCAAGCCAAGCAATGCCAGTGGAGGGGTGGACAAGGCCAGCCCCAGTGAGAACAATGCTGGTGGGGGCAGTCCC 1206
Query 1829 TCCAGCGAGTCGGGTGGCAACGCCATCAATACATCGGGTACCACAAGCCGCTGTGCCGGCCCCAGCAAGTCCAT 1902
|||||||..||||||||||||.|||.|||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct 1207 TCCAGCGGCTCGGGTGGCAACCCCACCAATACATCGGGTACCACACGCCGCTGTGCCGGCCCCAGCAACTCCAT 1280
Query 1903 GCATCTGGCCTCTCGCAGTGATGGGGAGGTGGATGAGAGCGTCAAACTCATGAGCATGTGCCTCGGCTCCCAGG 1976
|||.||||||||||||||||.|||||||.|.|.|||||||.||||||||||||||.|.|||||||||||||||.
Sbjct 1281 GCAGCTGGCCTCTCGCAGTGCTGGGGAGCTCGTTGAGAGCCTCAAACTCATGAGCCTCTGCCTCGGCTCCCAGC 1354
Query 1977 TTCATGGGAGCACCAAGTACATTATTGATCCACAGAATGGCTTGTCATTTTGCAGTGTGATAGTCCAAGAGATA 2050
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||.|
Sbjct 1355 TTCATGGGAGCACCAAGTACATTATTGATCCACAGAATGGCTTGTCATTTTCCAGTGTGAAAGTCCAAGAGAAA 1428
Query 2051 TTTAAGGAGAAAAAATGCATTAGCTCCACAGGGAATGCAGGGCATGTCCCTGCAGTGGGGGGCATAAAGTTTTT 2124
|.||.|..|||||..|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||
Sbjct 1429 TCTACGTGGAAAATGTGCATTAGCTCCACAGGGAATGCAGGGCAGGTCCCTGCAGTGGGCGGCATAAAGTTTTT 1502
Query 2125 GTATGACCACATGGCAGATACCACCACTGAATTGGAACGGATAAAGAGCAAGAACCTGAAAAATAACGTGCTGC 2198
.|.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1503 CTCTGACCACATGGCAGATACCACCACTGAATTGGAACGGATAAAGAGCAAGAACCTGAAAAATAACGTGCTGC 1576
Query 2199 AGCTACCTCTGTGCGAAAAGACCATCTCTGTGAACATCCAGCGGAACCCTAAGGAGGGGCTGCTGTGCGCATCC 2272
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1577 AGCTACCTCTGTGCGAAAAGACCATCTCTGTGAACATCCAGCGGAACCCTAAGGAGGGGCTGCTGTGCGCATCC 1650
Query 2273 AGCCCAGCCAGCTGTTGCCATGTCATC 2299
|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1651 AGCCCAGCCAGCTGTTGCCATGTCATC 1677
