Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_15109
• Subject: NM_001159749.2
• Aligned Length: 1660
• Identities: 1406
• Gaps: 245

Alignment

Query    1  ATGGGGAAAGTGAATGTGGCCAAGTTGCGTTACATGAGCCGAGATGACTTCAGGGTCTTGACCGCGGTTGAAAT  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGGGAAAGTGAATGTGGCCAAGTTGCGTTACATGAGCCGAGATGACTTCAGGGTCTTGACCGCGGTTGAAAT  74

Query   75  GGGCATGAAGAACCATGAAATTGTTCCCGGCAGTTTGATTGCTTCTATAGCCAGCCTTAAACATGGTGGCTGTA  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  GGGCATGAAGAACCATGAAATTGTTCCCGGCAGTTTGATTGCTTCTATAGCCAGCCTTAAACATGGTGGCTGTA  148

Query  149  ATAAAGTTTTAAGAGAATTAGTGAAACATAAACTCATAGCTTGGGAGCGTACCAAAACTGTCCAGGGCTATCGG  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  ATAAAGTTTTAAGAGAATTAGTGAAACATAAACTCATAGCTTGGGAGCGTACCAAAACTGTCCAGGGCTATCGG  222

Query  223  TTGACAAATGCAGGATATGATTACCTAGCTTTGAAAACACTTTCTTCTAGGCAAGTAGTTGAGTCTGTTGGAAA  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  TTGACAAATGCAGGATATGATTACCTAGCTTTGAAAACACTTTCTTCTAGGCAAGTAGTTGAGTCTGTTGGAAA  296

Query  297  CCAGATGGGTGTTGGCAAAGAATCAGATATTTACATTGTTGCAAATGAAGAAGGACAACAATTTGCATTAAAGC  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  CCAGATGGGTGTTGGCAAAGAATCAGATATTTACATTGTTGCAAATGAAGAAGGACAACAATTTGCATTAAAGC  370

Query  371  TTCACAGACTAGGAAGAACCTCGTTTCGAAATTTGAAAAACAAACGCGATTATCATAAATATAGGCACAATGTG  444
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||
Sbjct  371  TTCACAGACTAGGAAGAACCTCGTTTCGAAATTTGAAAAACAAACGCGATTATCATAAACATAGGCACAATGTG  444

Query  445  TCATGGCTATATTTATCTCGTCTCTCTGCCATGAAGGAATTTGCCTATATGAAGGCATTGTATGAGAGGAAATT  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  TCATGGCTATATTTATCTCGTCTCTCTGCCATGAAGGAATTTGCCTATATGAAGGCATTGTATGAGAGGAAATT  518

Query  519  TCCAGTTCCAAAGCCAATTGATTACAATCGTCATGCAGTGGTCATGGAACTCATAAATGGTTATCCACTATGTC  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TCCAGTTCCAAAGCCAATTGATTACAATCGTCATGCAGTGGTCATGGAACTCATAAATGGTTATCCACTATGTC  592

Query  593  AGATACACCATGTTGAAGATCCTGCATCAGTATATGATGAAGCTATGGAACTAATTGTCAAACTTGCAAATCAT  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  AGATACACCATGTTGAAGATCCTGCATCAGTATATGATGAAGCTATGGAACTAATTGTCAAACTTGCAAATCAT  666

Query  667  GGGCTGATTCATGGAGATTTTAATGAATTTAATCTCATTTTGGATGAAAGTGACCATATCACCATGATTGATTT  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  GGGCTGATTCATGGAGATTTTAATGAATTTAATCTCATTTTGGATGAAAGTGACCATATCACCATGATTGATTT  740

Query  741  TCCACAGATGGTTTCAACTTCTCATCCCAATGCTGAGTGGTATTTTGAACAGGAG-----AAATGCATTAAAGA  809
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||     ||||||||||||||
Sbjct  741  TCCACAGATGGTTTCAACTTCTCATCCCAATGCTGAGTGGTATTTTG-ACA-GAGATGTTAAATGCATTAAAGA  812

Query  810  TTTCTTTATGAAACGTTTCAGCTACGAAAGTGAGCTTTTTCCAACTTTTAAGGATATCAGAAGAGAAGACACTC  883
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||
Sbjct  813  TTTCTTTATGAAACGTTTCAGCTACGAAAGTGAGCTTTTTCCAACTTTTAAGGATATCAGGAGAGAAGACACTC  886

Query  884  TTGATGTGGA-GTTTCTGCCAGTGGCTACACAAAGGAAATGCAGGCAGATGATGAACTGCTTCATCCCATTAGG  956
            |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct  887  TTGATGTGGAGGTTTCTGCCAGTGGCTACACAAAGGAAATGCAGGCAGATGATGAACTGCTTCAT-CCATTAGG  959

Query  957  TCCAGATGATAAAAATATTGAACAAAAAGAGGGATCTGAATTCTCATTTTCAGATGGAGAAGTGGCAGAAAAAG  1030
            ||||||||||||||||||||||..||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  960  TCCAGATGATAAAAATATTGAAACAAAAGAGGGATCTGAATTCTCATTTTCAGATGGAGAAGTGGCAGAAAAAG  1033

Query 1031  CAGAGGTTTACGGGTCAGAAAATGAAAGTGAACGGAACTGTCTAGAAGAATCAGAGGGCTGCTATTGCAGATCA  1104
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1034  CAGAGGTTTACGGGTCAGAAAATGAAAGTGAACGGAACTGTCTAGAAGAATCAGAGGGCTGCTATTGCAGATCA  1107

Query 1105  TCTGGAGACCCTGAACAAATAAAGGAAGACAGTTTATCAGAAGAGAGTGCTGATGCACGGAGTTTTGAAATGAC  1178
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1108  TCTGGAGACCCTGAACAAATAAAGGAAGACAGTTTATCAGAAGAGAGTGCTGATGCACGGAGTTTTGAAATGAC  1181

Query 1179  TGAATTCAATCAAGCTTTAGAAGAAATAAAAGGGCAGGTTGTTGAAAACAACTCTGTAACTGAATTTTCTGAGG  1252
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1182  TGAATTCAATCAAGCTTTAGAAGAAATAAAAGGGCAGGTTGTTGAAAACAACTCTGTAACTGAATTTTCTGAGG  1255

Query 1253  AGAAAAACAGAACTGAAAATTACAACAGGCAAGATGGTCAGAGAGTTCAAGGAGGAGTCCCTGCTGGCTCTGAC  1326
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1256  AGAAAAACAGAACTGAAAATTACAACAGGCAAGATGGTCAGAGAGTTCAAGGAGGAGTCCCTGCTGGCTCTGAC  1329

Query 1327  GAGTATGAAGATGAATGCCCTCATCTAATTGCCTTGTCGTCATTAAATAGAGAATTCAGGCCTTTCAGAGATGA  1400
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
Sbjct 1330  GAGTATGAAGATGAATGCCCTCATCTAATTGCCTTGTCGTCATTAAATAGAGAATTCAGGCCTTTCAG------  1397

Query 1401  AGAAAATGTGGGAGCTATGAATCAGTATAGAACAAGAACTCTGAGTATCACTTCTTCAGGC-AGTGCTGTAAGC  1473
                                    |||||||                      ||||.|.| |.||||.|.   
Sbjct 1398  ------------------------GTATAGA----------------------CTTCTGTCGATTGCTTTT---  1422

Query 1474  TGTTCAACAATTCCTCCAGAACTGGTGAAACAGAAGGTGAAACGTCAGTTGACAAAACAGCAAAAATCAGCTGT  1547
                                                                                      
Sbjct 1423  --------------------------------------------------------------------------  1422

Query 1548  CAGACGTCGATTGCAGAAAGGAGAAGCAAATATATTTACCAAGCAACGTAGGGAAAACATGCAAAATATCAAAT  1621
                                                                                      
Sbjct 1423  --------------------------------------------------------------------------  1422

Query 1622  CAAGTTTGGAAGCAGCCAGCTTTTGGGGAGAA  1653
                                            
Sbjct 1423  --------------------------------  1422