Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_15209
- Subject:
- NM_001367841.1
- Aligned Length:
- 3770
- Identities:
- 2357
- Gaps:
- 1382
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 ATGGCAGGAAAGCTCCGGAAGTCCCACATCCCTGGAGTGAGCATCTGGCAGCTGGTGGAGGAGATCCCTGAAGG 74
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 75 CTGCAGCACGCCGGACTTTGAGCAGAAGCCCGTCACCTCGGCTCTGCCAGAGGGGAAAAATGCTGTCTTTCGGG 148
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 149 CTGTGGTCTGTGGGGAGCCCAGGCCCGAGGTGCGTTGGCAGAACTCCAAAGGTGACCTCAGTGATTCCAGCAAG 222
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 223 TACAAGATCTCCTCCAGCCCTGGCAGCAAGGAGCACGTGCTGCAGATCAACAAGCTGACAGGCGAGGACACGGA 296
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 297 TCTGTACCGCTGCACAGCAGTAAATGCGTACGGAGAGGCCGCTTGCTCAGTGAGACTCACTGTCATCGAAGTTG 370
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 371 GCTTTCGGAAGAATCGGAAGAGGCACAGGGAACCGCAGGAAGACCTCAGGAAGGAGCTGATGGACTTCCGGAAG 444
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 445 TTGCTGAAAAAGAGGGCCCCACCAGCCCCCAAGAAAAAGATGGACCTTGAGCAGATATGGCAGCTGCTGATGAC 518
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 519 AGCAGACAGGAAGGACTACGAGAAGATCTGCTTGAAGTATGGCATCGTCGACTACCGTGGCATGTTGCGCAGGC 592
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 593 TGCAGGAGATGAAGAAGGAACAGGAGGACAAGATGGCACAGTACATCAACACCATCTCCAGCTTAAGACACATC 666
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 667 AGGGTCACCAAGGATGGGAATGCAAAGTTTGACTTGGAGCTGGATCTCAAGGATTCTCAGAGCAAGATTTACCT 740
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 741 GTATAAGGATGGTGAGATGATCCCCTATGGCTTCAACAACCAAACCAAGCACTGTCTGCGCCGGCTGGGGAAGC 814
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 815 GCTATGAGTTCCAGATTCAAGACCTGAGGCCTGAGGACTCTGGCATTTACCAGGTCAAGGTGGAGGATGCTGTG 888
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 889 GTCTTCTCCACAGAACTGGAGGCCAGTGCCATCCCCCCAAGAGTGGTGGTCCCACTGGCGGAGACCCACTGTGA 962
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 963 GGAGCAGGGTGACGCAGTCTTTGAATGTACCCTCTCCAGCCCCTGCCCTAGTGCAGCCTGGCATTTCCGGCACC 1036
Query 1 -----------------------------------------------------------------------ATG 3
|.|
Sbjct 1037 GGCTACTCCACCCCAGTGACAAATATGAAGTGTATGTGTCCCCTGACGGGCTGACCCACCGGCTGGTGGTGAGG 1110
Query 4 GGG----------------TGGCAGCCTATGGGAGAGAACTGGG----GG-------------------TGCCT 38
||| |||...|||||..| ||||| || ||.||
Sbjct 1111 GGGGCACGTTTCTCAGACATGGGCCCCTATTCG------CTGGGCACCGGGCTCTACACTTCCAGCGCCTGGCT 1178
Query 39 GGAGG-AGATGCT-----GAATGAAGA---TCAGAGCCGGGAGCCCC-----CTGGTCAC---CTTGGTAGCAG 95
||.|| .||.||| |.||.|||| |||| .||.| |||..||| ||....|||||
Sbjct 1179 GGTGGTTGAAGCTGGGAAGGATAAAGACCTTCAG--------TCCACAAGTGCTGACCACAAACTGCAGAGCAG 1244
Query 96 GAGAAGTGGCAAAGACGGCAGGTTGGACATCTATGGAGAGAGGAGAGATGCTACCCGGAGTTCCACATCCAGAT 169
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1245 GAGAAGTGGCAAAGACGGCAGGTTGGACATCTATGGAGAGAGGAGAGATGCTACCCGGAGTTCCACATCCAGAT 1318
Query 170 ACAAGCCTGGCACTGGCAGTTTCTCCAAGGATGCCCAAGGCCCCATGGGCCACTTCTCCCAGGGCCTGGCTGAC 243
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 ACAAGCCTGGCACTGGCAGTTTCTCCAAGGATGCCCAAGGCCCCATGGGCCACTTCTCCCAGGGCCTGGCTGAC 1392
Query 244 ATGGAAGTGCAGCCGGGGGAGGCTGCCACACTCTCCTGTACCCTCACCAGTGACCTGGGACCCGGCACCTGGTT 317
|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct 1393 ATGGAAGTGCAGCCGGGGGAGGCCGCCACACTCTCCTGTACCCTCACCAGTGACCTGGGACCTGGCACCTGGTT 1466
Query 318 TAAGGATGGCGTCAAGCTCACCACCCAGGATGGAGTCATCTTTAAGCAAGACGGTCTCGTGCACAGCCTCTTCA 391
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1467 TAAGGATGGCGTCAAGCTCACCACCCAGGATGGAGTCATCTTTAAGCAAGACGGTCTCGTGCACAGCCTCTTCA 1540
Query 392 TCACGCATGTGCAGGGGACCCAAGCTGGGAGGTACACCTTTGTAGCTGGTGACCAGCAGAGCGAGGCCACCCTG 465
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1541 TCACGCATGTGCAGGGGACCCAAGCTGGGAGGTACACCTTTGTAGCTGGTGACCAGCAGAGCGAGGCCACCCTG 1614
Query 466 ACTGTCCAGGATTCCCCTACCATTGCTCCAGATGTGACAGAGAAACTGAGAGAGCCACTGGTGGTCAAGGCTGG 539
||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1615 ACCGTCCAGGATTCCCCTACCATTGCTCCAGATGTGACAGAGAAACTGAGAGAGCCACTGGTGGTCAAGGCTGG 1688
Query 540 GAAGCCGGTGATAGTGAAGATCCCCTTCCAGAGCCACCTCCCCATTCA-GCTGCCTGGAGGAAAGGACGGGGCT 612
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1689 GAAGCCGGTGATAGTGAAGATCCCCTTCCAGAGCCACCTCCCCATTCAGGCTGCCTGGAGG-AAGGACGGGGCT 1761
Query 613 GA-GTGGTGGGCAGCAGTGACAGGGAGGCCCAGTGGGACCTGGGGGATGGCTACACGCGGCTGTGCCTCCCCAG 685
|| ||||||||||||||||||||||||||||||..|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1762 GAGGTGGTGGGCAGCAGTGACAGGGAGGCCCAGGTGGACCTGGGGGATGGCTACACGCGGCTGTGCCTCCCCAG 1835
Query 686 CGCA-GCAGGAAGGACTGTGGCCAGTACAGCGTGACACTGAGGAGTGGAGGGGAGG-GCTGTGCAGGCCGAGCT 757
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| .|||||| .||||||||||||||||
Sbjct 1836 CGCAGGCAGGAAGGACTGTGGCCAGTACAGCGTGACACTGAGGAGTG--AGGGAGGCTCTGTGCAGGCCGAGCT 1907
Query 758 CACTCTGCAAGTCATAGACAAGCCTGATCCCCCACAAGGCCCCATGGAGGTTCAGGATTGCCATAGGGCTGGCG 831
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1908 CACTCTGCAAGTCATAGACAAGCCTGATCCCCCACAAGGCCCCATGGAGGTTCAGGATTGCCATAGGGCTGGCG 1981
Query 832 TCTGCCTCCGCTGGCGGCCCCCAAGGGACAATGGGGGCCGGACTGTAGAGTGCTACGTGGTGGAGAGACGGCAG 905
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1982 TCTGCCTCCGCTGGCGGCCCCCAAGGGACAATGGGGGCCGGACTGTAGAGTGCTACGTGGTGGAGAGACGGCAG 2055
Query 906 GCTGGCAGGAGCACTTGGCTGAAGGTGGGCGAGGCCCCCGCTGACAGCACCACCTTCACGGATGCCCATGTGGA 979
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2056 GCTGGCAGGAGCACTTGGCTGAAGGTGGGCGAGGCCCCCGCTGACAGCACCACCTTCACGGATGCCCATGTGGA 2129
Query 980 GCCAGGCAGGAAGTATACCTTCCGAGTGCGGGCTGTGACCTCAGAGGGGGCTGGCGAGGCCCTGGAGTCTGAGG 1053
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2130 GCCAGGCAGGAAGTATACCTTCCGAGTGCGGGCTGTGACCTCAGAGGGGGCTGGCGAGGCCCTGGAGTCTGAGG 2203
Query 1054 AGATATTGGTGGCTCCTGAGGCTCTCCCCAAGGCCCCTTCCGCGCCAGCCATCCTGTCGGCCTCCAGCCAGGGC 1127
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2204 AGATATTGGTGGCTCCTGAGGCTCTCCCCAAGGCCCCTTCCGCGCCAGCCATCCTGTCGGCCTCCAGCCAGGGC 2277
Query 1128 ATCACACTGACATGGACAGCACCTCGGGGCCCCGGCAGCGCCCACATCCTGGGCTACCTGATCGAGAGGCGTAA 1201
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2278 ATCACACTGACATGGACAGCACCTCGGGGCCCCGGCAGCGCCCACATCCTGGGCTACCTGATCGAGAGGCGTAA 2351
Query 1202 GAAGGGGAGCAACACCTGGACGGCAGTGAACGACCAGCCGGTGCCTGAGAGGAGGTGGACGGTGGCGGACGTGC 1275
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2352 GAAGGGGAGCAACACCTGGACGGCAGTGAACGACCAGCCGGTGCCTGAGAGGAGGTGGACGGTGGCGGACGTGC 2425
Query 1276 GGCAGGGCTGTCAGTATGAGTTCCGGGTCACAGCTGTGGCTCCCTCAGGTCCCGGAGAGCCTGGACCTCCATCG 1349
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2426 GGCAGGGCTGTCAGTATGAGTTCCGGGTCACAGCTGTGGCTCCCTCAGGTCCCGGAGAGCCTGGACCTCCATCG 2499
Query 1350 GATGCCGTCTTTGCTCGGGACCCCATGAGACCCCCTGGGCTGGTGAGGAATCTCCAAGTCACAGACAGATCGAA 1423
|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2500 GATGCTGTCTTTGCTCGGGACCCCATGAGACCCCCTGGGCTGGTGAGGAATCTCCAAGTCACAGACAGATCGAA 2573
Query 1424 CACCAGCATCACTCTGAGCTGGGCTGGGCCAGACACCCAGGAAGGGGATGAAGCCCAGGGGTATGTGGTGGAGC 1497
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2574 CACCAGCATCACTCTGAGCTGGGCTGGGCCAGACACCCAGGAAGGGGATGAAGCCCAGGGGTATGTGGTGGAGC 2647
Query 1498 TGTGCAGCTCAGACAGTCTCCAGTGGCTCCCGTGCCATGTGGGCACCGTGCCAGTCACCACCTACACGGCCAAG 1571
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2648 TGTGCAGCTCAGACAGTCTCCAGTGGCTCCCGTGCCATGTGGGCACCGTGCCAGTCACCACCTACACGGCCAAG 2721
Query 1572 GGGCTTCGGCCTGGAGAGGGCTACTTCGTGCGGGTGACAGCAGTTAATGAAGGAGGCCAGAGCCAGCCCAGTGC 1645
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2722 GGGCTTCGGCCTGGAGAGGGCTACTTCGTGCGGGTGACAGCAGTTAATGAAGGAGGCCAGAGCCAGCCCAGTGC 2795
Query 1646 CCTGGACACATTAGTGCAAGCCATGCCTGTTACTGTCTTTCCCAAGTTCCTCGTGGACTCCAGCACCAAGGACT 1719
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2796 CCTGGACACATTAGTGCAAGCCATGCCTGTTACTGTCTGTCCCAAGTTCCTCGTGGACTCCAGCACCAAGGACT 2869
Query 1720 TGCTGACAGTCAAGGTCGGGGACACAGTTCGTGTGCCCGTCTCCTTTGAA------------------------ 1769
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2870 TGCTGACAGTCAAGGTCGGGGACACAGTTCGTGTGCCCGTCTCCTTTGAAGCCATGCCCATGCCTGAGGTGACC 2943
Query 1770 -------------------------------------------------------------------------- 1769
Sbjct 2944 TGGCTGAAGGATGGCTTGCCCTTGCCCAAAAGAAGTGTGACTGTCACTAAGGATGGCCTCACCCAGCTTCTGAT 3017
Query 1770 -------------------------------------------------------------------------- 1769
Sbjct 3018 CCCTGTGGCTGGACTCTCAGACAGTGGTCTCTACACTGTGGTGCTGAGGACCCTGCAGGGGAAGGAGGTTGCCC 3091
Query 1770 ------------------------CATGCCCGCAGG-CCCTGGGCCCATCCA-CTGCAGGAGAACGTGCGTGGG 1817
|||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||.||||
Sbjct 3092 ACAGCTTCCGTATCAGGGTGGCAGCATGCCCGCAGGCCCCTGGGCCCATCCACCTGCAGGAGAACGTGCCTGGG 3165
Query 1818 ACGGTGACGGCCGAGTGGGAACCCTCTCCTGACGAGGCCCAGGATGTCCCGCTGCACTACGCGGTGTTCACACG 1891
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3166 ACGGTGACGGCCGAGTGGGAACCCTCTCCTGACGAGGCCCAGGATGTCCCGCTGCACTACGCGGTGTTCACACG 3239
Query 1892 CTCCTCAGCGCACGGTCCCTGGCACGAGGCAGCCGACCGCATCTACACCAACCGCTTCACCCTCCTGGGCATCC 1965
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3240 CTCCTCAGCGCACGGTCCCTGGCACGAGGCAGCCGACCGCATCCACACCAACCGCTTCACCCTCCTGGGCATCC 3313
Query 1966 TCCCCGGCCACGAATACCACTTCAGGGTGGTGGCCAAGAATGAGCTGGGGGCCAGCAAACCCTCGGACACCAGC 2039
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3314 TCCCCGGCCACGAATACCACTTCAGGGTGGTGGCCAAGAATGAGCTGGGGGCCAGCAAACCCTCGGACACCAGC 3387
Query 2040 CAGCCCTGGTGCATCCCCCGGCAGCGCGACAGGTTCACAGTGAAGGCTCCGTGCTACCGGGAGCCCGACCTGAG 2113
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3388 CAGCCCTGGTGCATCCCCCGGCAGCGCGACAGGTTCACAGTGAAGGCTCCGTGCTACCGGGAGCCCGACCTGAG 3461
Query 2114 CCAGAAGCCCCGGTTCCTGGTGGGCCTGCGGTCCCACCTGCTGCCCCAGGGCTGCGAGTGCTGCATGAGCTGTG 2187
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3462 CCAGAAGCCCCGGTTCCTGGTGGGCCTGCGGTCCCACCTGCTGCCCCAGGGCTGCGAGTGCTGCATGAGCTGTG 3535
Query 2188 CCGTGCAGGGCTCGCCCCGGCCCCACGTCACCTGGTTCAAGAATGACCGCAGCCTGGAAGGAAACCCCGCGGTG 2261
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3536 CCGTGCAGGGCTCGCCCCGGCCCCACGTCACCTGGTTCAAGAATGACCGCAGCCTGGAAGGAAACCCCGCGGTG 3609
Query 2262 TACAGCACTGACCTGCTGGGCGTGTGCTCCCTCACCATCCCCAGCGTATCCCCGAAGGACAGCGGGGAGTACAA 2335
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3610 TACAGCACTGACCTGCTGGGCGTGTGCTCCCTCACCATCCCCAGCGTATCCCCGAAGGACAGCGGGGAGTACAA 3683
Query 2336 GGCTGTGGCTGAGAACACGCTGGGCCAGGCAGTCAGCACTGCCACCCTCATTGTCATAGAACCCAGCACC 2405
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3684 GGCTGTGGCTGAGAACACGCTGGGCCAGGCAGTCAGCACTGCCACCCTCATTGTCATAGAACCCAGCACC 3753
