Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_15236
• Subject: NM_001271848.1
• Aligned Length: 2240
• Identities: 1602
• Gaps: 460

Alignment

Query    1  ---------------------------------------------------------------AT------GGA  5
                                                                           ||      |||
Sbjct    1  ATGCCCTGCTGTAGTCACAGGAGCTGTAGAGAGGACCCCGGTACATCTGAAAGCCGGGAAATGATGTTTCAGGA  74

Query    6  CCCAGTGGCTTTTAAGGATGTGGCTGTGAACTTCACCCAGGAGGAGTGGGCTTTGCTGGATATTTCCCAGAGGA  79
            |||||||||.|||.||||||||||||||||||||||||||||.||||||.|.|||||||||||||||||||.||
Sbjct   75  CCCAGTGGCCTTTGAGGATGTGGCTGTGAACTTCACCCAGGAAGAGTGGACATTGCTGGATATTTCCCAGAAGA  148

Query   80  AACTCTACAGGGAAGTGATGCTGGAAACTTTCAGGAACCTGACCTCTTTAGGAAAAAGGTGGAAAGACCAGAAC  153
            |.||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||..||||..|||||||||
Sbjct  149  ATCTCTTCAGGGAAGTGATGCTGGAAACTTTCAGGAACCTGACCTCTATAGGAAAAAAATGGAGTGACCAGAAC  222

Query  154  ATTGAATATGAGCACCAAAACCCCAGGAGAAACTTCAGGAGTCTCATAGAAGAAAAAGTCAATGAAATTAAAGA  227
            ||||||||||||.|||||||||||||.||||.|||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
Sbjct  223  ATTGAATATGAGTACCAAAACCCCAGAAGAAGCTTCAGGAGTCTCATAGAAGAGAAAGTCAATGAAATTAAAGA  296

Query  228  TGACAGTCATTGTGGAGAAACTTTTACCCCAGTTCCAGATGACAGACTGAACTTCCAGGAGAAGAAAGCTTCTC  301
            .||||||||||||||||||||||||||||..|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  AGACAGTCATTGTGGAGAAACTTTTACCCAGGTTCCAGATGACAGACTGAACTTCCAGGAGAAGAAAGCTTCTC  370

Query  302  CTGAAGTAAAATCATGTGAAAGCTTTGTGTGTGGAGAAGTTGGCCTAGGTAACTCATCTTTTAATATGAACATC  375
            |||||||||||||||||||.|||||||||||||.||||||||||.||||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct  371  CTGAAGTAAAATCATGTGACAGCTTTGTGTGTGCAGAAGTTGGCATAGGTAACTCATCTTTTAATATGAGCATC  444

Query  376  AGAGGTGACATTGGACACAAGGCATATGAGTATCAGGAATATGGACCAAAGCCATGTAAGTGTCAACAACCTAA  449
            ||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct  445  AGAGGTGACACTGGACACAAGGCATATGAGTATCAGGAATATGGACCAAAGCCATATAAGTGTCAACAACCTAA  518

Query  450  A------AAAGCCTTCAGATACCGCCCCTCCTTTAGAACACAAGAAAGGGATCACACTGGAGAGAAACCCAATG  517
            |      |||||||||||.||.|||||.|||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct  519  AAATAAGAAAGCCTTCAGGTATCGCCCATCCATTAGAACACAAGAAAGGGATCACACTGGAGAGAAACCCTATG  592

Query  518  CTTGTAAAGTATGTGGAAAAACCTTTATTTCCCATTCAAGTGTTCGAAGACACATGGTAATGCACAGTGGGGAT  591
            ||||||||||.|||||||||||||||||||.|||||||||..||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  CTTGTAAAGTCTGTGGAAAAACCTTTATTTTCCATTCAAGCATTCGAAGACACATGGTAATGCACAGTGGGGAT  666

Query  592  GGACCTTATAAATGTAAGTTTTGTGGGAAAGCATTCCATTGTCTCAGATTATATCTTATCCATGAAAGAATTCA  665
            |||.|||||||||||||.||||||||||||||.|||||||.|.||||.||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct  667  GGAACTTATAAATGTAAATTTTGTGGGAAAGCCTTCCATTCTTTCAGTTTATATCTTATCCATGAAAGAACTCA  740

Query  666  CACTGGAGAGAAACCATGTGAATGTAAACAGTGTGGTAAATCCTTTAGTTATTCTGCTACCCATCGAATACATA  739
            |||||||||||||||||.||||||||||||.||||||||||||||||.||||||||||||||.||.|||||||.
Sbjct  741  CACTGGAGAGAAACCATATGAATGTAAACAATGTGGTAAATCCTTTACTTATTCTGCTACCCTTCAAATACATG  814

Query  740  AAAGAACTCACACTGGAGAAAAGCCTTATGAA--TATCAGGAGTGTGGGAAAGCATTTCATAGTCCCAGATCCT  811
            ||||||||||||||||.||.|||||.||||||  ||.||  |.||||..|||||||||||||||.|.||.||||
Sbjct  815  AAAGAACTCACACTGGGGAGAAGCCCTATGAATGTAGCA--AATGTGATAAAGCATTTCATAGTTCTAGTTCCT  886

Query  812  ATCGTAGACATGAAAGGATTCACATGGGAGAAAAGGCTTATCAATGTAAGGAATGTGGAAAAGCATTCACGTGT  885
            |||.||||||||||||.|.||||||||||||.|||.||||||||||.||.|||||||||||||||||..|.|.|
Sbjct  887  ATCATAGACATGAAAGAAGTCACATGGGAGAGAAGCCTTATCAATGCAAAGAATGTGGAAAAGCATTTGCATAT  960

Query  886  CCCCGTTATGTTCGTATACATGAAAGGACCCACTCTAGGAAAAATCTCTATGAATGTAAGCAGTGTGGGAAAGC  959
            .||.|||.|.||||||.|||||||||||||||||||.|||||||.|..||||||||||||||.|.||||.|||.
Sbjct  961  ACCAGTTCTCTTCGTAGACATGAAAGGACCCACTCTGGGAAAAAACCGTATGAATGTAAGCAATATGGGGAAGG  1034

Query  960  ATTATCCTCTCTTACAAGTTTTCAAACACACGTAAGATTGCACTCTGGAGAAAGACCTTATGAATGTAAGATAT  1033
            .|||||||.|||||.||||||||||||||||.|||||.||.||||||||||||||||||||.||||||||||||
Sbjct 1035  CTTATCCTATCTTATAAGTTTTCAAACACACATAAGAATGAACTCTGGAGAAAGACCTTATAAATGTAAGATAT  1108

Query 1034  GTGGAAAAGACTTTTGTTCTGTGAATTCATTTCAAAGACATGAAAAAATTCACAGTGGAGAGAAACCCTATAAA  1107
            ||||.||||.|||||.|||||..||.||||||||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||.|||||||
Sbjct 1109  GTGGGAAAGGCTTTTATTCTGCCAAGTCATTTCAAACACATGAAAAAACTCACACTGGAGAGAAACGCTATAAA  1182

Query 1108  TGTAAGCAGTGTGGTAAAGCCTTCCCTCATTCCAGTTCCCTTCGATATCATGAAAGGACTCACACTGGAGAGAA  1181
            ||.|||||.|||||||||||||||..||.||||||||||.||||||||||||||||||.|||||||||||||||
Sbjct 1183  TGCAAGCAATGTGGTAAAGCCTTCAATCTTTCCAGTTCCTTTCGATATCATGAAAGGATTCACACTGGAGAGAA  1256

Query 1182  ACCCTATGAGTGTAAGC---------------------------------------------------------  1198
            |||||||||||||||||                                                         
Sbjct 1257  ACCCTATGAGTGTAAGCAGTGTGGGAAAGCCTTCAGATCTGCCTCACAGCTTCGAGTGCACGGTGGGACTCACA  1330

Query 1199  ---------------------------AATGTGGGAAAGCCTTCAGATCTGCCTCACACCTTCGAGTGCATGGT  1245
                                       |||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct 1331  CTGGAGAGAAACCCTATGAATGTAAGGAATGTGGGAAAGCCTTCAGATCTACCTCACACCTTCGAGTGCATGGT  1404

Query 1246  AGGACTCACACTGGAGAGAAACCGTATGAATGTAAGGAATGTGGGAAAGCCTTCAGATATGTGAATAACCTTCA  1319
            ||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||..|||||||
Sbjct 1405  AGGACTCATACTGGAGAGAAACCCTATGAATGTAAGGAATGTGGGAAAGCCTTCAGATATGTGAAGCACCTTCA  1478

Query 1320  AAGTCATGAAAGGACACAAACACACATAAGAATACACTCTGGAGAAAGACGTTATAAATGTAAGATATGTGGGA  1393
            ||.|||||||||||||.|||.||||||||||||.|.||||||||||||||.|||||||||||..|||||||.||
Sbjct 1479  AATTCATGAAAGGACAGAAAAACACATAAGAATGCCCTCTGGAGAAAGACCTTATAAATGTAGTATATGTGAGA  1552

Query 1394  AAGGCTTTTATTGTCCCAAATCATTTCAAAGACATGAAAAAACTCACACTGGAGAGAAACTCTATGAATGCAAG  1467
            ||||||||||||.|.||||.||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||.
Sbjct 1553  AAGGCTTTTATTCTGCCAAGTCATTTCAAACACATGAAAAAACTCACACTGGAGAGAAACCCTATGAATGCAAC  1626

Query 1468  CAACGTTCAGTAGTTCCTTCAGTAGTTCCAGTTCCTTTTGATATCATGAAAGGACTCACACTGGAGAGAAGCCC  1541
            |||.||  .|||...|||||||..|||.||.||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct 1627  CAATGT--GGTAAAGCCTTCAGATGTTGCAATTCCCTTCGATATCATGAAAGGACTCACACTGGAGAGAAACCC  1698

Query 1542  TATAAATGCGAGCAATGTGGGAAAGCCTTCAGAGCTGTGTCAATCCTTTGAATGCATGGTAGGACTCACCCTGA  1615
            |||.|.||..|||||||||||||||||||||||.|||..|||..||||.|||||||||..|||||||||.|||.
Sbjct 1699  TATGAGTGTAAGCAATGTGGGAAAGCCTTCAGATCTGCCTCACACCTTCGAATGCATGAAAGGACTCACACTGG  1772

Query 1616  AGAGAAACCCTATGAGTGTGAGCAATGACGGAAAGCCTTCAGATCTGCCCCACACCTTTGAATACGTGGTAGGA  1689
            |||||||||||||||||||.|||||||..|||||||||||||.|.||||.||.|||||.|||..|.||||||||
Sbjct 1773  AGAGAAACCCTATGAGTGTAAGCAATGTGGGAAAGCCTTCAGTTGTGCCTCAAACCTTCGAAAGCATGGTAGGA  1846

Query 1690  CACACAATGGAGAGAAGCCCTATGCATGTAAGGAATGTGGGAAACCCTTCGGATCTGCC-CATAACCTTCAAAG  1762
            |.||||.|||||||||.|||||||..||||||.|||||||||||.|||||.|||||||| || ||||||||.|.
Sbjct 1847  CTCACACTGGAGAGAAACCCTATGAGTGTAAGCAATGTGGGAAAGCCTTCAGATCTGCCTCA-AACCTTCAGAT  1919

Query 1763  TCATGAAAGGACACAAAC---ACACA------------------------------------------------  1785
            .|||||||||||.||.||   |.|.|                                                
Sbjct 1920  GCATGAAAGGACTCACACTGGAGAGAAACCCTATGAATGTAAGGAATGCGAAAAAGCATTCTGTAAATTCTCTT  1993

Query 1786  --------------------------------------------------------------------------  1785
                                                                                      
Sbjct 1994  CTTTTCAAATACATGAAAGGAAGCACAGAGGAGAGAAGCCCTATGAATGTAAGCATTGTGGGAATGGATTCACA  2067

Query 1786  --------------------------------------------------------------------------  1785
                                                                                      
Sbjct 2068  TCTGCCAAGATTCTTCAAATACATGCAAGAACACACATTGGAGAGAAACACTATGAATGTAAGGAATGCGGAAA  2141

Query 1786  --------------------------------------------------------------------------  1785
                                                                                      
Sbjct 2142  AGCATTCAATTATTTTTCTTCCTTGCATATACACGCAAGGACTCATATGGGAGAGAAGCCATATGAATGTAAGG  2215

Query 1786  --------------------  1785
                                
Sbjct 2216  ATTGTGGGAAAGCATTCAGC  2235