Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_15236
• Subject: NM_001348721.1
• Aligned Length: 1794
• Identities: 1343
• Gaps: 345

Alignment

Query    1  AT------GGACCCAGTGGCTTTTAAGGATGTGGCTGTGAACTTCACCCAGGAGGAGTGGGCTTTGCTGGATAT  68
            ||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGTTTCAGGACCCAGTGGCTTTTAAGGATGTGGCTGTGAACTTCACCCAGGAGGAGTGGGCTTTGCTGGATAT  74

Query   69  TTCCCAGAGGAAACTCTACAGGGAAGTGATGCTGGAAACTTTCAGGAACCTGACCTCTTTAGGAAAAAGGTGGA  142
            ||||||||.|||.||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||.|||||
Sbjct   75  TTCCCAGAAGAATCTCTACAGGGAAGTGATGCTGGAAACTTTCTGGAACCTGACCTCTATAGGAAAAAAGTGGA  148

Query  143  AAGACCAGAACATTGAATATGAGCACCAAAACCCCAGGAGAAACTTCAGGAGTCTCATAGAAGAAAAAGTCAAT  216
            |||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||.||||||.|||||||||
Sbjct  149  AAGACCAGAACATTGAATATGAGTACCAAAACCCCAGGAGAAACTTCAGGAGTGTCACAGAAGAGAAAGTCAAT  222

Query  217  GAAATTAAAGATGACAGTCATTGTGGAGAAACTTTTACCCCAGTTCCAGATGACAGACTGAACTTCCAGGAGAA  290
            |||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||.||||
Sbjct  223  GAAATTAAAGAAGACAGTCATTGTGGAGAAACTTTTACCCCAGTTCCAGATGACAGGCTGAACTTCCAGAAGAA  296

Query  291  GAAAGCTTCTCCTGAAGTAAAATCATGTGAAAGCTTTGTGTGTGGAGAAGTTGGCCTAGGTAACTCATCTTTTA  364
            ||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct  297  GAAAGCTTCTCCTGAAGTAAAATCATGTGACAGCTTTGTGTGT---GAAGTTGGCCTAGGTAACTCATCTTCTA  367

Query  365  ATATGAACATCAGAGGTGACATTGGACACAAGGCATATGAGTATCAGGAATATGGACCAAAGCCATGTAAGTGT  438
            |||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||.|.||||||||||||||||||||||||.|||.||
Sbjct  368  ATATGAACATCAGAGGTGACACTGGACACAAGGCATGTGAATGTCAGGAATATGGACCAAAGCCATGGAAGAGT  441

Query  439  CAACAACCTAAAAAAGCCTTCAGATACCGCCCCTCCTTTAGAACACAAGAAAGGGATCACACTGGAGAGAAACC  512
            ||||||||||||||||||||||||||.|.|||||||||.|||||||||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct  442  CAACAACCTAAAAAAGCCTTCAGATATCACCCCTCCTTGAGAACACAAGAAAGGGATCACACTGGAAAGAAACC  515

Query  513  CAATGCTTGTAAAGTATGTGGAAAAACCTTTATTTCCCATTCAAGTGTTCGAAGACACATGGTAATGCACAGTG  586
            |.||||||||||||.|||||||||||.|.||||||.|||||||||..|||.|||||||||||||.|||||||||
Sbjct  516  CTATGCTTGTAAAGAATGTGGAAAAAACATTATTTACCATTCAAGCATTCAAAGACACATGGTAGTGCACAGTG  589

Query  587  GGGATGGACCTTATAAATGTAAGTTTTGTGGGAAAGCATTCCATTGTCTCAGATTATATCTTATCCATGAAAGA  660
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct  590  GGGATGGACCTTATAAATGTAAGTTTTGTGGGAAAGCATTCCATTGTCTCAGTTTATATCTTATCCATGAAAGA  663

Query  661  ATTCACACTGGAGAGAAACCATGTGAATGTAAACAGTGTGGTAAATCCTTTAGTTATTCTGCTACCCATCGAAT  734
            |.||||||||||||||||||.|.||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  664  ACTCACACTGGAGAGAAACCGTATGAATGTAAACAATGTGGTAAATCTTTTAGTTATTCTGCTACCCATCGAAT  737

Query  735  ACATAAAAGAACTCACACTGGAGAAAAGCCTTATGAATATCAGGAGTGTGGGAAAGCATTTCATAGTCCCAGAT  808
            ||||.||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||.||||||||||||||.|||||||||||||
Sbjct  738  ACATGAAAGAACTCACATTGGAGAAAAGCCTTATGAATGTCAGGAATGTGGGAAAGCATTCCATAGTCCCAGAT  811

Query  809  CCTATCGTAGACATGAAAGGATTCACATGGGAGAAAAGGCTTATCAATGTAAGGAATGTGGAAAAGCATTCACG  882
            |||.||..|||||||||||||.||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct  812  CCTGTCACAGACATGAAAGGAGTCACATGGGAGAGAAGGCTTATCAATGTAAGGAATGTGGAAAAGCATTCATG  885

Query  883  TGTCCCCGTTATGTTCGTATACATGAAAGGACCCACTCTAGGAAAAATCTCTATGAATGTAAGCAGTGTGGGAA  956
            |||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct  886  TGTCCCCGTTATGTTCGTAGACATGAAAGGACCCACTCTAGGAAAAAACTTTATGAATGTAAGCAGTGTGGGAA  959

Query  957  AGCATTATCCTCTCTTACAAGTTTTCAAACACACGTAAGATTGCACTCTGGAGAAAGACCTTATGAATGTAAGA  1030
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  960  AGCATTATCCTCTCTTACAAGTTTTCAAACACACATAAGAATGCACTCTGGAGAAAGACCTTATGAATGTAAGA  1033

Query 1031  TATGTGGAAAAGACTTTTGTTCTGTGAATTCATTTCAAAGACATGAAAAAATTCACAGTGGAGAGAAACCCTAT  1104
            .||||||.||||.|||||.|||||..||.||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||.|||
Sbjct 1034  CATGTGGGAAAGGCTTTTATTCTGCCAAGTCATTTCAAAGACATGAAAAAACTCACAGTGGAGAGAAACCGTAT  1107

Query 1105  AAATGTAAGCAGTGTGGTAAAGCCTTCCCTCATTCCAGTTCCCTTCGATATCATGAAAGGACTCACACTGGAGA  1178
            |||||.|||||.|||||||||||||||.|||.||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1108  AAATGCAAGCAATGTGGTAAAGCCTTCACTCGTTCCGGTTCCTTTCGATATCATGAAAGGACTCACACTGGAGA  1181

Query 1179  GAAACCCTATGAGTGTAAGCAATGTGGGAAAGCCTTCAGATCTGCCTCACACCTTCGAGTGCATGGTAGGACTC  1252
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|.||||.|.|||||||||||||||
Sbjct 1182  GAAACCCTATGAGTGTAAGCAATGTGGGAAAGCCTTCAGATCTGCCCCAAATCTTCAATTGCATGGTAGGACTC  1255

Query 1253  ACACTGGAGAGAAACCGTATGAATGTAAGGAATGTGGGAAAGCCTTCAGATATGTGAATAACCTTCAAAGTCAT  1326
            ||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||.|||||||.||       |||          
Sbjct 1256  ACACTGGAGAGAAACCGTATCAATGTAAGGAATGTGGGAAAGCTTTCAGATCTG-------CCT----------  1312

Query 1327  GAAAGGACACAAACACACATAAGAATACACTCTGGAGAAAGACGTTATAAATGTAAGATATGTGGGAAAGGCTT  1400
                         ||||..|..||||.|| ||                    |||.|||               
Sbjct 1313  -------------CACAACTTCGAATCCA-TC--------------------GTAGGAT---------------  1337

Query 1401  TTATTGTCCCAAATCATTTCAAAGACATGAAAAAACTCACACTGGAGAGAAACTCTATGAATGCAAGCAACGTT  1474
                                                |||||||||||||||||.|||||||||.|||.||.|| 
Sbjct 1338  ------------------------------------TCACACTGGAGAGAAACCCTATGAATGTAAGAAATGT-  1374

Query 1475  CAGTAGTTCCTTCAG-TAGTTCCAGTTCCTTTTGATATCATGAAAGGACTCACACTGGAGAGAAGCCCTATAAA  1547
             .|.|...||||||| ||..||||| ..||||.|||.||||||||||||.||.||   |.|.|||       ||
Sbjct 1375  -GGGAAAGCCTTCAGATATGTCCAG-AACTTTCGATTTCATGAAAGGACACAAAC---ACATAAG-------AA  1436

Query 1548  TGCGAGCAATGTGG-GAAAG-CCTTCAGAGCTGTGTCAATCCTTTGAATGCATGGTAGGACTCACCCTGAAGAG  1619
            |    |||.|.||| ||||| ||||.                                                
Sbjct 1437  T----GCACTCTGGAGAAAGACCTTA------------------------------------------------  1458

Query 1620  AAACCCTATGAGTGTGAGCAATGACGGAAAGCCTTCAGATCTGCCCCACACCTTTGAATACGTGGTAGGACACA  1693
                                                                                      
Sbjct 1459  --------------------------------------------------------------------------  1458

Query 1694  CAATGGAGAGAAGCCCTATGCATGTAAGGAATGTGGGAAACCCTTCGGATCTGCCCATAACCTTCAAAGTCATG  1767
                                                                                      
Sbjct 1459  --------------------------------------------------------------------------  1458

Query 1768  AAAGGACACAAACACACA  1785
                              
Sbjct 1459  ------------------  1458