Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_15236
- Subject:
- NM_001348722.1
- Aligned Length:
- 1788
- Identities:
- 1249
- Gaps:
- 435
Alignment
Query 1 ATGGACCCAGTGGCTTTTAAGGATGTGGCTGTGAACTTCACCCAGGAGGAGTGGGCTTTGCTGGATATTTCCCA 74
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 75 GAGGAAACTCTACAGGGAAGTGATGCTGGAAACTTTCAGGAACCTGACCTCTTTAGGAAAAAGGTGGAAAGACC 148
|||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||.|||||||||||
Sbjct 1 ----------------------ATGCTGGAAACTTTCTGGAACCTGACCTCTATAGGAAAAAAGTGGAAAGACC 52
Query 149 AGAACATTGAATATGAGCACCAAAACCCCAGGAGAAACTTCAGGAGTCTCATAGAAGAAAAAGTCAATGAAATT 222
|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||.||||||.|||||||||||||||
Sbjct 53 AGAACATTGAATATGAGTACCAAAACCCCAGGAGAAACTTCAGGAGTGTCACAGAAGAGAAAGTCAATGAAATT 126
Query 223 AAAGATGACAGTCATTGTGGAGAAACTTTTACCCCAGTTCCAGATGACAGACTGAACTTCCAGGAGAAGAAAGC 296
|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||.||||||||||
Sbjct 127 AAAGAAGACAGTCATTGTGGAGAAACTTTTACCCCAGTTCCAGATGACAGGCTGAACTTCCAGAAGAAGAAAGC 200
Query 297 TTCTCCTGAAGTAAAATCATGTGAAAGCTTTGTGTGTGGAGAAGTTGGCCTAGGTAACTCATCTTTTAATATGA 370
||||||||||||||||||||||||.|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct 201 TTCTCCTGAAGTAAAATCATGTGACAGCTTTGTGTGT---GAAGTTGGCCTAGGTAACTCATCTTCTAATATGA 271
Query 371 ACATCAGAGGTGACATTGGACACAAGGCATATGAGTATCAGGAATATGGACCAAAGCCATGTAAGTGTCAACAA 444
|||||||||||||||.||||||||||||||.|||.|.||||||||||||||||||||||||.|||.||||||||
Sbjct 272 ACATCAGAGGTGACACTGGACACAAGGCATGTGAATGTCAGGAATATGGACCAAAGCCATGGAAGAGTCAACAA 345
Query 445 CCTAAAAAAGCCTTCAGATACCGCCCCTCCTTTAGAACACAAGAAAGGGATCACACTGGAGAGAAACCCAATGC 518
||||||||||||||||||||.|.|||||||||.|||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||
Sbjct 346 CCTAAAAAAGCCTTCAGATATCACCCCTCCTTGAGAACACAAGAAAGGGATCACACTGGAAAGAAACCCTATGC 419
Query 519 TTGTAAAGTATGTGGAAAAACCTTTATTTCCCATTCAAGTGTTCGAAGACACATGGTAATGCACAGTGGGGATG 592
||||||||.|||||||||||.|.||||||.|||||||||..|||.|||||||||||||.|||||||||||||||
Sbjct 420 TTGTAAAGAATGTGGAAAAAACATTATTTACCATTCAAGCATTCAAAGACACATGGTAGTGCACAGTGGGGATG 493
Query 593 GACCTTATAAATGTAAGTTTTGTGGGAAAGCATTCCATTGTCTCAGATTATATCTTATCCATGAAAGAATTCAC 666
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct 494 GACCTTATAAATGTAAGTTTTGTGGGAAAGCATTCCATTGTCTCAGTTTATATCTTATCCATGAAAGAACTCAC 567
Query 667 ACTGGAGAGAAACCATGTGAATGTAAACAGTGTGGTAAATCCTTTAGTTATTCTGCTACCCATCGAATACATAA 740
||||||||||||||.|.||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 568 ACTGGAGAGAAACCGTATGAATGTAAACAATGTGGTAAATCTTTTAGTTATTCTGCTACCCATCGAATACATGA 641
Query 741 AAGAACTCACACTGGAGAAAAGCCTTATGAATATCAGGAGTGTGGGAAAGCATTTCATAGTCCCAGATCCTATC 814
|||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||.||
Sbjct 642 AAGAACTCACATTGGAGAAAAGCCTTATGAATGTCAGGAATGTGGGAAAGCATTCCATAGTCCCAGATCCTGTC 715
Query 815 GTAGACATGAAAGGATTCACATGGGAGAAAAGGCTTATCAATGTAAGGAATGTGGAAAAGCATTCACGTGTCCC 888
..|||||||||||||.||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct 716 ACAGACATGAAAGGAGTCACATGGGAGAGAAGGCTTATCAATGTAAGGAATGTGGAAAAGCATTCATGTGTCCC 789
Query 889 CGTTATGTTCGTATACATGAAAGGACCCACTCTAGGAAAAATCTCTATGAATGTAAGCAGTGTGGGAAAGCATT 962
|||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 790 CGTTATGTTCGTAGACATGAAAGGACCCACTCTAGGAAAAAACTTTATGAATGTAAGCAGTGTGGGAAAGCATT 863
Query 963 ATCCTCTCTTACAAGTTTTCAAACACACGTAAGATTGCACTCTGGAGAAAGACCTTATGAATGTAAGATATGTG 1036
||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct 864 ATCCTCTCTTACAAGTTTTCAAACACACATAAGAATGCACTCTGGAGAAAGACCTTATGAATGTAAGACATGTG 937
Query 1037 GAAAAGACTTTTGTTCTGTGAATTCATTTCAAAGACATGAAAAAATTCACAGTGGAGAGAAACCCTATAAATGT 1110
|.||||.|||||.|||||..||.||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||.||||||||.
Sbjct 938 GGAAAGGCTTTTATTCTGCCAAGTCATTTCAAAGACATGAAAAAACTCACAGTGGAGAGAAACCGTATAAATGC 1011
Query 1111 AAGCAGTGTGGTAAAGCCTTCCCTCATTCCAGTTCCCTTCGATATCATGAAAGGACTCACACTGGAGAGAAACC 1184
|||||.|||||||||||||||.|||.||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1012 AAGCAATGTGGTAAAGCCTTCACTCGTTCCGGTTCCTTTCGATATCATGAAAGGACTCACACTGGAGAGAAACC 1085
Query 1185 CTATGAGTGTAAGCAATGTGGGAAAGCCTTCAGATCTGCCTCACACCTTCGAGTGCATGGTAGGACTCACACTG 1258
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|.||||.|.|||||||||||||||||||||
Sbjct 1086 CTATGAGTGTAAGCAATGTGGGAAAGCCTTCAGATCTGCCCCAAATCTTCAATTGCATGGTAGGACTCACACTG 1159
Query 1259 GAGAGAAACCGTATGAATGTAAGGAATGTGGGAAAGCCTTCAGATATGTGAATAACCTTCAAAGTCATGAAAGG 1332
||||||||||||||.||||||||||||||||||||||.|||||||.|| |||
Sbjct 1160 GAGAGAAACCGTATCAATGTAAGGAATGTGGGAAAGCTTTCAGATCTG-------CCT---------------- 1210
Query 1333 ACACAAACACACATAAGAATACACTCTGGAGAAAGACGTTATAAATGTAAGATATGTGGGAAAGGCTTTTATTG 1406
||||..|..||||.|| || |||.|||
Sbjct 1211 -------CACAACTTCGAATCCA-TC--------------------GTAGGAT--------------------- 1235
Query 1407 TCCCAAATCATTTCAAAGACATGAAAAAACTCACACTGGAGAGAAACTCTATGAATGCAAGCAACGTTCAGTAG 1480
|||||||||||||||||.|||||||||.|||.||.|| .|.|.
Sbjct 1236 ------------------------------TCACACTGGAGAGAAACCCTATGAATGTAAGAAATGT--GGGAA 1277
Query 1481 TTCCTTCAG-TAGTTCCAGTTCCTTTTGATATCATGAAAGGACTCACACTGGAGAGAAGCCCTATAAATGCGAG 1553
..||||||| ||..||||| ..||||.|||.||||||||||||.||.|| |.|.||| ||| |
Sbjct 1278 AGCCTTCAGATATGTCCAG-AACTTTCGATTTCATGAAAGGACACAAAC---ACATAAG-------AAT----G 1336
Query 1554 CAATGTGG-GAAAG-CCTTCAGAGCTGTGTCAATCCTTTGAATGCATGGTAGGACTCACCCTGAAGAGAAACCC 1625
||.|.||| ||||| ||||.
Sbjct 1337 CACTCTGGAGAAAGACCTTA------------------------------------------------------ 1356
Query 1626 TATGAGTGTGAGCAATGACGGAAAGCCTTCAGATCTGCCCCACACCTTTGAATACGTGGTAGGACACACAATGG 1699
Sbjct 1357 -------------------------------------------------------------------------- 1356
Query 1700 AGAGAAGCCCTATGCATGTAAGGAATGTGGGAAACCCTTCGGATCTGCCCATAACCTTCAAAGTCATGAAAGGA 1773
Sbjct 1357 -------------------------------------------------------------------------- 1356
Query 1774 CACAAACACACA 1785
Sbjct 1357 ------------ 1356
