Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_15236
- Subject:
- NM_001364730.1
- Aligned Length:
- 1845
- Identities:
- 1549
- Gaps:
- 207
Alignment
Query 1 ------------------------------------------------------------ATGGACCCAGTGGC 14
||||||||||||||
Sbjct 1 ATGCCCTGCTGTAGTCACAGGAGGTGTAGAGAGGACCCCGGGACATCTGAAAGCCAGGAAATGGACCCAGTGGC 74
Query 15 TTTTAAGGATGTGGCTGTGAACTTCACCCAGGAGGAGTGGGCTTTGCTGGATATTTCCCAGAGGAAACTCTACA 88
.|||.|.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 75 CTTTGATGATGTTGCTGTGAACTTCACCCAGGAGGAGTGGGCTTTGCTGGATATTTCCCAGAGGAAACTCTACA 148
Query 89 GGGAAGTGATGCTGGAAACTTTCAGGAACCTGACCTCTTTAGGAAAAAGGTGGAAAGACCAGAACATTGAATAT 162
.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||.||||||||||||||||||||||||
Sbjct 149 AGGAAGTGATGCTGGAAACTTTCAGGAACCTGACCTCTGTAGGAAAAAGTTGGAAAGACCAGAACATTGAATAT 222
Query 163 GAGCACCAAAACCCCAGGAGAAACTTCAGGAGTCTCATAGAAGAAAAAGTCAATGAAATTAAAGATGACAGTCA 236
|||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|.|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 223 GAGTACCAAAACCCCAGGAGAAACTTCAGGAGTCTCATAGAAAAGAAAGTCAATGAAATTAAAGATGACAGTCA 296
Query 237 TTGTGGAGAAACTTTTACCCCAGTTCCAGATGACAGACTGAACTTCCAGGAGAAGAAAGCTTCTCCTGAAGTAA 310
||||||||||||||||||||..||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct 297 TTGTGGAGAAACTTTTACCCAGGTTCCAGATGACAGGCTGAACTTCCAGGAGAAGAAAGCTTCTCCTGAAATAA 370
Query 311 AATCATGTGAAAGCTTTGTGTGTGGAGAAGTTGGCCTAGGTAACTCATCTTTTAATATGAACATCAGAGGTGAC 384
||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 371 AATCATGTGACAGCTTTGTGTGTGGAGAAGTTGGCCTAGGTAACTCATCTTTTAATATGAACATCAGAGGTGAC 444
Query 385 ATTGGACACAAGGCATATGAGTATCAGGAATATGGACCAAAGCCATGTAAGTGTCAACAACCTAAAAAAGCCTT 458
||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 445 ATTGGACACAAGGCCTATGAGTATCAGGAATATGGACCGAAGCCATGTAAGTGTCAACAACCTAAAAAAGCCTT 518
Query 459 CAGATACCGCCCCTCCTTTAGAACACAAGAAAGGGATCACACTGGAGAGAAACCCAATGCTTGTAAAGTATGTG 532
||||||.|.|||||||||||||||||.|.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||.|||||
Sbjct 519 CAGATATCACCCCTCCTTTAGAACACCACAAAGGGATCACACTGGAGAGAAACCCTATGCTTGTAAAGAATGTG 592
Query 533 GAAAAACCTTTATTTCCCATTCAAGTGTTCGAAGACACATGGTAATGCACAGTGGGGATGGACCTTATAAATGT 606
|||||||.|||||||||||||||||..|||.|||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 593 GAAAAACTTTTATTTCCCATTCAAGCATTCAAAGACACGTGGTAATGCACAGTGGGGATGGACCTTATAAATGT 666
Query 607 AAGTTTTGTGGGAAAGCATTCCATTGTCTCAGATTATATCTTATCCATGAAAGAATTCACACTGGAGAGAAACC 680
||.||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 667 AAATTTTGTGGGAAAGCCTTCCATTGTCTCAGTTTATATCTTATCCATGAAAGAATTCACACTGGAGAGAAACC 740
Query 681 ATGTGAATGTAAACAGTGTGGTAAATCCTTTAGTTATTCTGCTACCCATCGAATACATAAAAGAACTCACACTG 754
||.||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||..|||||||||||||||
Sbjct 741 ATATGAATGTAAACAATGTGGTAAATCCTTTAGTTATTCTGCTACCCTTCGAATACACGAAAGAACTCACACTG 814
Query 755 GAGAAAAGCCTTATGAATATCAGGAGTGTGGGAAAGCATTTCATAGTCCCAGATCCTATCGTAGACATGAAAGG 828
||||||||||||||||||.||||.|.||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
Sbjct 815 GAGAAAAGCCTTATGAATGTCAGCAATGTGGGAAAGCATTTCATAGTCCCAGATGCTATCGTAGACATGAAAGG 888
Query 829 ATTCACATGGGAGAAAAGGCTTATCAATGTAAGGAATGTGGAAAAGCATTCACGTGTCCCCGTTATGTTCGTAT 902
|||||||.||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||..|||||||||||
Sbjct 889 ATTCACACGGGAGAGAAGGCTTATCAATGTAAGGAATGTGGAAAAGCATTCACGTGTCCCCAGTATGTTCGTAT 962
Query 903 ACATGAAAGGACCCACTCTAGGAAAAATCTCTATGAATGTAAGCAGTGTGGGAAAGCATTATCCTCTCTTACAA 976
|||||||||||||||||||||||||||.|.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 963 ACATGAAAGGACCCACTCTAGGAAAAAACCCTATGAATGTACGCAGTGTGGGAAAGCATTATCCTCTCTTACAA 1036
Query 977 GTTTTCAAACACACGTAAGATTGCACTCTGGAGAAAGACCTTATGAATGTAAGATATGTGGAAAAGACTTTTGT 1050
||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||.|||||||
Sbjct 1037 GTTTTCAAACACACATAAGAATGCACTCTGGAGAAAGACCTTATGAATGTAAGATATGTGGGAAAGGCTTTTGT 1110
Query 1051 TCTGTGAATTCATTTCAAAGACATGAAAAAATTCACAGTGGAGAGAAACCCTATAAATGTAAGCAGTGTGGTAA 1124
||||..|||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||
Sbjct 1111 TCTGCCAATTCATTTCAAAGACATGAAAAAACTCACAGTGGAGAGAAACCCTATAAATGCAAGCAATGTGGTAA 1184
Query 1125 AGCCTTCCCTCATTCCAGTTCCCTTCGATATCATGAAAGGACTCACACTGGAGAGAAACCCTATGAGTGTAAGC 1198
|||||||..||||||||||||||||||.|||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185 AGCCTTCATTCATTCCAGTTCCCTTCGTTATCATGAAAGGATTCACACTGGAGAGAAACCCTATGAGTGTAAGC 1258
Query 1199 AATGTGGGAAAGCCTTCAGATCTGCCTCACACCTTCGAGTGCATGGTAGGACTCACACTGGAGAGAAACCGTAT 1272
||||||||||.||||||||||||.||||||||||||.|.||||||||||||||||||||||||||||.||.|||
Sbjct 1259 AATGTGGGAAGGCCTTCAGATCTTCCTCACACCTTCAATTGCATGGTAGGACTCACACTGGAGAGAAGCCCTAT 1332
Query 1273 GAATGTAAGGAATGTGGGAAAGCCTTCAGATATGTGAATAACCTTCAAAGTCATGAAAGGACACAAACACACAT 1346
||||||.||||||||||||||||||||||||.|.||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 1333 GAATGTCAGGAATGTGGGAAAGCCTTCAGATCTATGAAGAACCTTCAAAGTCATGAAAGGACACAAACACACGT 1406
Query 1347 AAGAATACACTCTGGAGAAAGACGTTATAAATGTAAGATATGTGGGAAAGGCTTTTATTGTCCCAAATCATTTC 1420
|||||||||||||||||||||||.|||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 1407 AAGAATACACTCTGGAGAAAGACCTTATAAATGTAAGCTATGTGGGAAAGGCTTTTATTGTCCCAAATCATTGC 1480
Query 1421 AAAGACATGAAAAAACTCACACTGGAGAGAAACTCTATGAATGCAAGCAACGTTCAGTAGTTCCTTCAGTAGTT 1494
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||...|.|| ||||||||||||
Sbjct 1481 AAAGACATGAAAAAACTCACACTGGAGAGAAACTCTATGAATGCAAGCAATGTGGTGAAG--CCTTCAGTAGTT 1552
Query 1495 CCAGTTCCTTTTGATATCATGAAAGGACTCACACTGGAGAGAAGCCCTATAAATGCGAGCAATGTGGGAAAGCC 1568
|||||||||||.||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct 1553 CCAGTTCCTTTCGATACCATGAAAGGACTCACACTGGAGAGAAACCCTATAAATGCAAGCAATGTGGGAAAGCC 1626
Query 1569 TTCAGAGCTGTGTCAATCCTTTGAATGCATGGTAGGACTCACCCTGAAGAGAAACCCTATGAGTGTGAGCAATG 1642
||||||||||..|||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||.|||||
Sbjct 1627 TTCAGAGCTGCCTCAGTCCTTCGAATGCATGGTAGGACTCACCCTGAAGATAAACCCTATGAGTGTAAGCAA-- 1698
Query 1643 ACGGAAAGCCTTCAGATCTGCCCCACACCTTTGAATACGTGGTAGGACACACAATGGAGAGAAGCCCTATGCAT 1716
Sbjct 1699 -------------------------------------------------------------------------- 1698
Query 1717 GTAAGGAATGTGGGAAACCCTTCGGATCTGCCCATAACCTTCAAAGTCATGAAAGGACACAAACACACA 1785
Sbjct 1699 --------------------------------------------------------------------- 1698