Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_15236
• Subject: NM_144566.3
• Aligned Length: 2231
• Identities: 1602
• Gaps: 451

Alignment

Query    1  ------------------------------------------------------------ATGGACCCAGTGGC  14
                                                                        ||||||||||||||
Sbjct    1  ATGCCCTGCTGTAGTCACAGGAGCTGTAGAGAGGACCCCGGTACATCTGAAAGCCGGGAAATGGACCCAGTGGC  74

Query   15  TTTTAAGGATGTGGCTGTGAACTTCACCCAGGAGGAGTGGGCTTTGCTGGATATTTCCCAGAGGAAACTCTACA  88
            .|||.||||||||||||||||||||||||||||.||||||.|.|||||||||||||||||||.|||.||||.||
Sbjct   75  CTTTGAGGATGTGGCTGTGAACTTCACCCAGGAAGAGTGGACATTGCTGGATATTTCCCAGAAGAATCTCTTCA  148

Query   89  GGGAAGTGATGCTGGAAACTTTCAGGAACCTGACCTCTTTAGGAAAAAGGTGGAAAGACCAGAACATTGAATAT  162
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||..||||..||||||||||||||||||
Sbjct  149  GGGAAGTGATGCTGGAAACTTTCAGGAACCTGACCTCTATAGGAAAAAAATGGAGTGACCAGAACATTGAATAT  222

Query  163  GAGCACCAAAACCCCAGGAGAAACTTCAGGAGTCTCATAGAAGAAAAAGTCAATGAAATTAAAGATGACAGTCA  236
            |||.|||||||||||||.||||.|||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct  223  GAGTACCAAAACCCCAGAAGAAGCTTCAGGAGTCTCATAGAAGAGAAAGTCAATGAAATTAAAGAAGACAGTCA  296

Query  237  TTGTGGAGAAACTTTTACCCCAGTTCCAGATGACAGACTGAACTTCCAGGAGAAGAAAGCTTCTCCTGAAGTAA  310
            ||||||||||||||||||||..||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TTGTGGAGAAACTTTTACCCAGGTTCCAGATGACAGACTGAACTTCCAGGAGAAGAAAGCTTCTCCTGAAGTAA  370

Query  311  AATCATGTGAAAGCTTTGTGTGTGGAGAAGTTGGCCTAGGTAACTCATCTTTTAATATGAACATCAGAGGTGAC  384
            ||||||||||.|||||||||||||.||||||||||.||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||
Sbjct  371  AATCATGTGACAGCTTTGTGTGTGCAGAAGTTGGCATAGGTAACTCATCTTTTAATATGAGCATCAGAGGTGAC  444

Query  385  ATTGGACACAAGGCATATGAGTATCAGGAATATGGACCAAAGCCATGTAAGTGTCAACAACCTAAA------AA  452
            |.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||      ||
Sbjct  445  ACTGGACACAAGGCATATGAGTATCAGGAATATGGACCAAAGCCATATAAGTGTCAACAACCTAAAAATAAGAA  518

Query  453  AGCCTTCAGATACCGCCCCTCCTTTAGAACACAAGAAAGGGATCACACTGGAGAGAAACCCAATGCTTGTAAAG  526
            |||||||||.||.|||||.|||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
Sbjct  519  AGCCTTCAGGTATCGCCCATCCATTAGAACACAAGAAAGGGATCACACTGGAGAGAAACCCTATGCTTGTAAAG  592

Query  527  TATGTGGAAAAACCTTTATTTCCCATTCAAGTGTTCGAAGACACATGGTAATGCACAGTGGGGATGGACCTTAT  600
            |.|||||||||||||||||||.|||||||||..|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct  593  TCTGTGGAAAAACCTTTATTTTCCATTCAAGCATTCGAAGACACATGGTAATGCACAGTGGGGATGGAACTTAT  666

Query  601  AAATGTAAGTTTTGTGGGAAAGCATTCCATTGTCTCAGATTATATCTTATCCATGAAAGAATTCACACTGGAGA  674
            ||||||||.||||||||||||||.|||||||.|.||||.||||||||||||||||||||||.||||||||||||
Sbjct  667  AAATGTAAATTTTGTGGGAAAGCCTTCCATTCTTTCAGTTTATATCTTATCCATGAAAGAACTCACACTGGAGA  740

Query  675  GAAACCATGTGAATGTAAACAGTGTGGTAAATCCTTTAGTTATTCTGCTACCCATCGAATACATAAAAGAACTC  748
            ||||||||.||||||||||||.||||||||||||||||.||||||||||||||.||.|||||||.|||||||||
Sbjct  741  GAAACCATATGAATGTAAACAATGTGGTAAATCCTTTACTTATTCTGCTACCCTTCAAATACATGAAAGAACTC  814

Query  749  ACACTGGAGAAAAGCCTTATGAA--TATCAGGAGTGTGGGAAAGCATTTCATAGTCCCAGATCCTATCGTAGAC  820
            |||||||.||.|||||.||||||  ||.||  |.||||..|||||||||||||||.|.||.|||||||.|||||
Sbjct  815  ACACTGGGGAGAAGCCCTATGAATGTAGCA--AATGTGATAAAGCATTTCATAGTTCTAGTTCCTATCATAGAC  886

Query  821  ATGAAAGGATTCACATGGGAGAAAAGGCTTATCAATGTAAGGAATGTGGAAAAGCATTCACGTGTCCCCGTTAT  894
            |||||||.|.||||||||||||.|||.||||||||||.||.|||||||||||||||||..|.|.|.||.|||.|
Sbjct  887  ATGAAAGAAGTCACATGGGAGAGAAGCCTTATCAATGCAAAGAATGTGGAAAAGCATTTGCATATACCAGTTCT  960

Query  895  GTTCGTATACATGAAAGGACCCACTCTAGGAAAAATCTCTATGAATGTAAGCAGTGTGGGAAAGCATTATCCTC  968
            .||||||.|||||||||||||||||||.|||||||.|..||||||||||||||.|.||||.|||..|||||||.
Sbjct  961  CTTCGTAGACATGAAAGGACCCACTCTGGGAAAAAACCGTATGAATGTAAGCAATATGGGGAAGGCTTATCCTA  1034

Query  969  TCTTACAAGTTTTCAAACACACGTAAGATTGCACTCTGGAGAAAGACCTTATGAATGTAAGATATGTGGAAAAG  1042
            |||||.||||||||||||||||.|||||.||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||.||||
Sbjct 1035  TCTTATAAGTTTTCAAACACACATAAGAATGAACTCTGGAGAAAGACCTTATAAATGTAAGATATGTGGGAAAG  1108

Query 1043  ACTTTTGTTCTGTGAATTCATTTCAAAGACATGAAAAAATTCACAGTGGAGAGAAACCCTATAAATGTAAGCAG  1116
            .|||||.|||||..||.||||||||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||.|||||||||.|||||.
Sbjct 1109  GCTTTTATTCTGCCAAGTCATTTCAAACACATGAAAAAACTCACACTGGAGAGAAACGCTATAAATGCAAGCAA  1182

Query 1117  TGTGGTAAAGCCTTCCCTCATTCCAGTTCCCTTCGATATCATGAAAGGACTCACACTGGAGAGAAACCCTATGA  1190
            |||||||||||||||..||.||||||||||.||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1183  TGTGGTAAAGCCTTCAATCTTTCCAGTTCCTTTCGATATCATGAAAGGATTCACACTGGAGAGAAACCCTATGA  1256

Query 1191  GTGTAAGC------------------------------------------------------------------  1198
            ||||||||                                                                  
Sbjct 1257  GTGTAAGCAGTGTGGGAAAGCCTTCAGATCTGCCTCACAGCTTCGAGTGCACGGTGGGACTCACACTGGAGAGA  1330

Query 1199  ------------------AATGTGGGAAAGCCTTCAGATCTGCCTCACACCTTCGAGTGCATGGTAGGACTCAC  1254
                              |||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct 1331  AACCCTATGAATGTAAGGAATGTGGGAAAGCCTTCAGATCTACCTCACACCTTCGAGTGCATGGTAGGACTCAT  1404

Query 1255  ACTGGAGAGAAACCGTATGAATGTAAGGAATGTGGGAAAGCCTTCAGATATGTGAATAACCTTCAAAGTCATGA  1328
            ||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||..|||||||||.||||||
Sbjct 1405  ACTGGAGAGAAACCCTATGAATGTAAGGAATGTGGGAAAGCCTTCAGATATGTGAAGCACCTTCAAATTCATGA  1478

Query 1329  AAGGACACAAACACACATAAGAATACACTCTGGAGAAAGACGTTATAAATGTAAGATATGTGGGAAAGGCTTTT  1402
            |||||||.|||.||||||||||||.|.||||||||||||||.|||||||||||..|||||||.|||||||||||
Sbjct 1479  AAGGACAGAAAAACACATAAGAATGCCCTCTGGAGAAAGACCTTATAAATGTAGTATATGTGAGAAAGGCTTTT  1552

Query 1403  ATTGTCCCAAATCATTTCAAAGACATGAAAAAACTCACACTGGAGAGAAACTCTATGAATGCAAGCAACGTTCA  1476
            |||.|.||||.||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||.|||.||  .
Sbjct 1553  ATTCTGCCAAGTCATTTCAAACACATGAAAAAACTCACACTGGAGAGAAACCCTATGAATGCAACCAATGT--G  1624

Query 1477  GTAGTTCCTTCAGTAGTTCCAGTTCCTTTTGATATCATGAAAGGACTCACACTGGAGAGAAGCCCTATAAATGC  1550
            |||...|||||||..|||.||.||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||.||||||.|.||.
Sbjct 1625  GTAAAGCCTTCAGATGTTGCAATTCCCTTCGATATCATGAAAGGACTCACACTGGAGAGAAACCCTATGAGTGT  1698

Query 1551  GAGCAATGTGGGAAAGCCTTCAGAGCTGTGTCAATCCTTTGAATGCATGGTAGGACTCACCCTGAAGAGAAACC  1624
            .|||||||||||||||||||||||.|||..|||..||||.|||||||||..|||||||||.|||.|||||||||
Sbjct 1699  AAGCAATGTGGGAAAGCCTTCAGATCTGCCTCACACCTTCGAATGCATGAAAGGACTCACACTGGAGAGAAACC  1772

Query 1625  CTATGAGTGTGAGCAATGACGGAAAGCCTTCAGATCTGCCCCACACCTTTGAATACGTGGTAGGACACACAATG  1698
            ||||||||||.|||||||..|||||||||||||.|.||||.||.|||||.|||..|.|||||||||.||||.||
Sbjct 1773  CTATGAGTGTAAGCAATGTGGGAAAGCCTTCAGTTGTGCCTCAAACCTTCGAAAGCATGGTAGGACTCACACTG  1846

Query 1699  GAGAGAAGCCCTATGCATGTAAGGAATGTGGGAAACCCTTCGGATCTGCC-CATAACCTTCAAAGTCATGAAAG  1771
            |||||||.|||||||..||||||.|||||||||||.|||||.|||||||| || ||||||||.|..||||||||
Sbjct 1847  GAGAGAAACCCTATGAGTGTAAGCAATGTGGGAAAGCCTTCAGATCTGCCTCA-AACCTTCAGATGCATGAAAG  1919

Query 1772  GACACAAAC---ACACA---------------------------------------------------------  1785
            |||.||.||   |.|.|                                                         
Sbjct 1920  GACTCACACTGGAGAGAAACCCTATGAATGTAAGGAATGCGAAAAAGCATTCTGTAAATTCTCTTCTTTTCAAA  1993

Query 1786  --------------------------------------------------------------------------  1785
                                                                                      
Sbjct 1994  TACATGAAAGGAAGCACAGAGGAGAGAAGCCCTATGAATGTAAGCATTGTGGGAATGGATTCACATCTGCCAAG  2067

Query 1786  --------------------------------------------------------------------------  1785
                                                                                      
Sbjct 2068  ATTCTTCAAATACATGCAAGAACACACATTGGAGAGAAACACTATGAATGTAAGGAATGCGGAAAAGCATTCAA  2141

Query 1786  --------------------------------------------------------------------------  1785
                                                                                      
Sbjct 2142  TTATTTTTCTTCCTTGCATATACACGCAAGGACTCATATGGGAGAGAAGCCATATGAATGTAAGGATTGTGGGA  2215

Query 1786  -----------  1785
                       
Sbjct 2216  AAGCATTCAGC  2226