Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_15687
• Subject: NM_001042495.2
• Aligned Length: 3305
• Identities: 2796
• Gaps: 508

Alignment

Query    1  ATGAGTGAGATGTCTGGGGCCACCACTTCGCTGGCAACTGTTGCACTGGATCCACCCAGTGACCGGACTTCTCA  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGAGTGAGATGTCTGGGGCCACCACTTCGCTGGCAACTGTTGCACTGGATCCACCCAGTGACCGGACTTCTCA  74

Query   75  CCCCCAGGATGTCATCGAGGACCTGAGTCAGAACTCCATCACAGGGGAACACAGCCAACTGTTAGACGACGGAC  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  CCCCCAGGATGTCATCGAGGACCTGAGTCAGAACTCCATCACAGGGGAACACAGCCAACTGTTAGACGACGGAC  148

Query  149  ATAAGAAAGCTCGAAATGCTTATCTCAATAATTCCAATTATGAAGAAGGAGATGAATATTTTGATAAAAATTTG  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  ATAAGAAAGCTCGAAATGCTTATCTCAATAATTCCAATTATGAAGAAGGAGATGAATATTTTGATAAAAATTTG  222

Query  223  GCACTCTTTGAGGAAGAAATGGACACCAGACCGAAGGTGTCTTCCCTCCTCAACCGCATGGCCAATTACACTAA  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GCACTCTTTGAGGAAGAAATGGACACCAGACCGAAGGTGTCTTCCCTCCTCAACCGCATGGCCAATTACACTAA  296

Query  297  TCTGACTCAAGGAGCAAAGGAACATGAAGAGGCAGAAAACATCACTGAAGGGAAAAAGAAGCCCACCAAGACCC  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TCTGACTCAAGGAGCAAAGGAACATGAAGAGGCAGAAAACATCACTGAAGGGAAAAAGAAGCCCACCAAGACCC  370

Query  371  CCCAAATGGGTACCTTCATGGGTGTCTACCTCCCATGTCTACAAAATATTTTTGGAGTGATCCTTTTTTTACGC  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  CCCAAATGGGTACCTTCATGGGTGTCTACCTCCCATGTCTACAAAATATTTTTGGAGTGATCCTTTTTTTACGC  444

Query  445  CTTACATGGGTGGTGGGCACAGCTGGAGTTCTTCAGGCTTTTGCAATTGTCCTTATCTGCTGCTGCTGTACAAT  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  CTTACATGGGTGGTGGGCACAGCTGGAGTTCTTCAGGCTTTTGCAATTGTCCTTATCTGCTGCTGCTGTACAAT  518

Query  519  GTTGACTGCTATCTCCATGAGTGCCATTGCCACTAATGGAGTGGTGCCAGCTGGGGGCTCATACTTTATGATTT  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GTTGACTGCTATCTCCATGAGTGCCATTGCCACTAATGGAGTGGTGCCAGCTGGGGGCTCATACTTTATGATTT  592

Query  593  CCCGGGCACTGGGCCCAGAGTTTGGTGGGGCTGTTGGCCTCTGCTTTTATCTTGGTACCACATTTGCAGCAGCC  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  CCCGGGCACTGGGCCCAGAGTTTGGTGGGGCTGTTGGCCTCTGCTTTTATCTTGGTACCACATTTGCAGCAGCC  666

Query  667  ATGTACATCCTTGGTGCCATTGAAATCTTTCTGGTCTATATCGTCCCCCGAGCTGCCATCTTTCACAGTGATGA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  ATGTACATCCTTGGTGCCATTGAAATCTTTCTGGTCTATATCGTCCCCCGAGCTGCCATCTTTCACAGTGATGA  740

Query  741  CGCACTCAAGGAATCAGCAGCCATGCTAAATAACATGCGTGTCTACGGCACAGCTTTCTTGGTCCTTATGGTAT  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  CGCACTCAAGGAATCAGCAGCCATGCTAAATAACATGCGTGTCTACGGCACAGCTTTCTTGGTCCTTATGGTAT  814

Query  815  TAGTGGTATTTATCGGCGTACGCTATGTGAACAAGTTTGCCTCACTTTTCCTGGCCTGTGTCATTGTGTCCATC  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  TAGTGGTATTTATCGGCGTACGCTATGTGAACAAGTTTGCCTCACTTTTCCTGGCCTGTGTCATTGTGTCCATC  888

Query  889  TTGGCCATCTATGCTGGAGCCATCAAGTCTTCTTTTGCTCCTCCACACTTCCCGGTCTGCATGCTGGGTAACCG  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  TTGGCCATCTATGCTGGAGCCATCAAGTCTTCTTTTGCTCCTCCACACTTCCCGGTCTGCATGCTGGGTAACCG  962

Query  963  CACCCTTTCATCAAGACACATTGACGTTTGCTCTAAGACCAAGGAAATTAACAACATGACAGTCCCATCAAAGT  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  CACCCTTTCATCAAGACACATTGACGTTTGCTCTAAGACCAAGGAAATTAACAACATGACAGTCCCATCAAAGT  1036

Query 1037  TATGGGGATTCTTCTGTAACTCGAGTCAATTTTTCAATGCCACCTGTGATGAATACTTTGTTCACAATAACGTC  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  TATGGGGATTCTTCTGTAACTCGAGTCAATTTTTCAATGCCACCTGTGATGAATACTTTGTTCACAATAACGTC  1110

Query 1111  ACTTCAATCCAGGGCATTCCTGGATTGGCTAGTGGTATAATTACAGAGAATCTTTGGAGTAATTACCTACCCAA  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  ACTTCAATCCAGGGCATTCCTGGATTGGCTAGTGGTATAATTACAGAGAATCTTTGGAGTAATTACCTACCCAA  1184

Query 1185  GGGAGAGATCATCGAAAAGCCTTCAGCCAAATCTTCTGATGTCTTAGGCAGCTTAAACCATGAATATGTTCTTG  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  GGGAGAGATCATCGAAAAGCCTTCAGCCAAATCTTCTGATGTCTTAGGCAGCTTAAACCATGAATATGTTCTTG  1258

Query 1259  TTGACATCACCACCTCCTTCACGCTTCTGGTGGGAATCTTCTTTCCCTCTGTTACAGGTATCATGGCTGGATCA  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  TTGACATCACCACCTCCTTCACGCTTCTGGTGGGAATCTTCTTTCCCTCTGTTACAGGTATCATGGCTGGATCA  1332

Query 1333  AACAGATCTGGAGATCTGAAAGATGCTCAGAAGTCTATTCCGATTGGTACTATCCTTGCCATCCTGACCACCTC  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  AACAGATCTGGAGATCTGAAAGATGCTCAGAAGTCTATTCCGATTGGTACTATCCTTGCCATCCTGACCACCTC  1406

Query 1407  CTTTGTTTTAGATTTAAGCAATGTTGTCCTTTTTGGTGCATGTATTGAAGGGGTTGTTCTCAGAGACAAGTTCG  1480
            ||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  CTTTGTTT---ATTTAAGCAATGTTGTCCTTTTTGGTGCATGTATTGAAGGGGTTGTTCTCAGAGACAAGTTCG  1477

Query 1481  GTGATGCTGTGAAAGGTAATTTGGTGGTAGGCACCTTATCTTGGCCATCCCCATGGGTGATTGTTATTGGCTCC  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1478  GTGATGCTGTGAAAGGTAATTTGGTGGTAGGCACCTTATCTTGGCCATCCCCATGGGTGATTGTTATTGGCTCC  1551

Query 1555  TTCTTTTCAACATGTGGGGCTGGACTTCAGAGCCTCACAGGTGCACCGAGGCTGCTACAAGCTATTGCCAAGGA  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1552  TTCTTTTCAACATGTGGGGCTGGACTTCAGAGCCTCACAGGTGCACCGAGGCTGCTACAAGCTATTGCCAAGGA  1625

Query 1629  TAACATCATACCGTTTCTGAGGGTTTTTGGCCACAGCAAAGCCAATGGGGAACCTACCTGGGCTTTACTTCTAA  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1626  TAACATCATACCGTTTCTGAGGGTTTTTGGCCACAGCAAAGCCAATGGGGAACCTACCTGGGCTTTACTTCTAA  1699

Query 1703  CTGCTGCCATTGCAGAGCTTGGAATACTCATTGCCTCCCTGGATCTTGTGGCCCCAATTCTTTCCATGTTTTTT  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1700  CTGCTGCCATTGCAGAGCTTGGAATACTCATTGCCTCCCTGGATCTTGTGGCCCCAATTCTTTCCATGTTTTTT  1773

Query 1777  CTCATGTGTTACCTCTTTGTAAACTTGGCATGTGCCTTGCAAACATTACTTCGAACACCCAACTGGAGACCCCG  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1774  CTCATGTGTTACCTCTTTGTAAACTTGGCATGTGCCTTGCAAACATTACTTCGAACACCCAACTGGAGACCCCG  1847

Query 1851  ATTCCGCTACTACCATTGGGCCCTTTCTTTCATGGGAATGAGTATCTGTCTGGCTCTGATGTTCATTTCTTCCT  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1848  ATTCCGCTACTACCATTGGGCCCTTTCTTTCATGGGAATGAGTATCTGTCTGGCTCTGATGTTCATTTCTTCCT  1921

Query 1925  GGTATTATGCCATTGTAGCCATGGTAATAGCTGGTATGATCTACAAGTACATTGAATACCAAGGAGCTGAGAAA  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1922  GGTATTATGCCATTGTAGCCATGGTAATAGCTGGTATGATCTACAAGTACATTGAATACCAAGGAGCTGAGAAA  1995

Query 1999  GAATGGGGTGATGGTATCCGTGGGCTGTCCCTCAGTGCAGCCCGGTTTGCTTTGCTTCGATTGGAGGAAGGACC  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1996  GAATGGGGTGATGGTATCCGTGGGCTGTCCCTCAGTGCAGCCCGGTTTGCTTTGCTTCGATTGGAGGAAGGACC  2069

Query 2073  TCCACACACTAAAAACTGGAGGCCTCAGTTGCTTGTATTACTGAAACTAGATGAAGACTTACATGTCAAGCATC  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2070  TCCACACACTAAAAACTGGAGGCCTCAGTTGCTTGTATTACTGAAACTAGATGAAGACTTACATGTCAAGCATC  2143

Query 2147  CTCGCCTCCTCACCTTTGCCTCACAGCTCAAAGCAGGAAAAGGTCTCACTATTGTGGGCTCTGTCATCGTGGGG  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2144  CTCGCCTCCTCACCTTTGCCTCACAGCTCAAAGCAGGAAAAGGTCTCACTATTGTGGGCTCTGTCATCGTGGGG  2217

Query 2221  AACTTCCTAGAGAACTACGGTGAAGCTTTAGCTGCTGAGCAGACCATAAAGCACCTAATGGAGGCAGAGAAGGT  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2218  AACTTCCTAGAGAACTACGGTGAAGCTTTAGCTGCTGAGCAGACCATAAAGCACCTAATGGAGGCAGAGAAGGT  2291

Query 2295  AAAAGGATTCTGCCAGCTGGTGGTGGCCGCCAAGCTGAGGGAGGGCATTTCCCACCTCATCCAGTCATGTGGCC  2368
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2292  AAAAGGATTCTGCCAGCTGGTGGTGGCCGCCAAGCTGAGAGAGGGCATTTCCCACCTCATCCAGTCATGTGGCC  2365

Query 2369  TTGGGGGCATGAAGCACAACACGGTGGTGATGGGCTGGCCTAATGGCTGGCGTCAAAGCGAAGATGCCCGCGCT  2442
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2366  TTGGGGGCATGAAGCACAACACGGTGGTGATGGGCTGGCCTAATGGCTGGCGTCAAAGCGAAGATGCCCGCGCT  2439

Query 2443  TGGAAGACTTTTATTGGCACAGTTCGAGTGACAACTGCTGCCCATCTTGCACTGCTGGTGGCTAAAAACATCTC  2516
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2440  TGGAAGACTTTTATTGGCACAGTTCGAGTGACAACTGCTGCCCATCTTGCACTGCTGGTGGCTAAAAACATCTC  2513

Query 2517  CTTCTTTCCCAGCAATGTGGAGCAATTTTCTGAGGGCAACATTGATGTGTGGTGGATTGTGCATGATGGGGGGA  2590
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2514  CTTCTTTCCCAGCAATGTGGAGCAATTTTCTGAGGGCAACATTGATGTGTGGTGGATTGTGCATGATGGGGGGA  2587

Query 2591  TGCTTATGCTACTACCATTCCTACTGAAACAGCACAAGGTGTGGCGAAAGTGCAGCATACGGATCTTCACAGTA  2664
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2588  TGCTTATGCTACTACCATTCCTACTGAAACAGCACAAGGTGTGGCGAAAGTGCAGCATACGGATCTTCACAGTA  2661

Query 2665  GCCCAATTAGAAGACAACAGTATCCAAATGAAGAAGGACCTAGCCACCTTCCTATATCACTTACGCATTGAGGC  2738
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2662  GCCCAATTAGAAGACAACAGTATCCAAATGAAGAAGGACCTAGCCACCTTCCTATATCACTTACGCATTGAGGC  2735

Query 2739  GGAGGTAGAAGTGGTGGAGATGGTGAGAAAGCTGAGTTTGAGATACAAGAGCATGACAGTGATATATCAGCATA  2812
            |||||||||||||||||||||                             ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2736  GGAGGTAGAAGTGGTGGAGAT-----------------------------GCATGACAGTGATATATCAGCATA  2780

Query 2813  TACTTACGAGCGCACTT---------------------------------------------------------  2829
            |||||||||||||||||                                                         
Sbjct 2781  TACTTACGAGCGCACTTTGATGATGGAACAAAGGTCCCAGATGCTCCGGCACATGCGGCTATCCAAAACAGAGC  2854

Query 2830  --------------------------------------------------------------------------  2829
                                                                                      
Sbjct 2855  GAGACAGAGAGGCACAATTGGTGAAAGACCGAAACTCAATGCTACGATTGACCAGCATTGGCTCTGATGAGGAC  2928

Query 2830  --------------------------------------------------------------------------  2829
                                                                                      
Sbjct 2929  GAAGAGACAGAAACCTATCAGGAGAAGGTGCACATGACTTGGACAAAAGACAAGTACATGGCATCCCGGGGACA  3002

Query 2830  --------------------------------------------------------------------------  2829
                                                                                      
Sbjct 3003  AAAAGCGAAGTCAATGGAAGGATTCCAGGACCTGCTTAACATGCGTCCGGACCAGTCCAATGTGAGGCGGATGC  3076

Query 2830  --------------------------------------------------------------------------  2829
                                                                                      
Sbjct 3077  ATACAGCAGTGAAACTCAACGAGGTTATAGTTAACAAGTCCCATGAAGCAAAGCTGGTTTTATTGAATATGCCA  3150

Query 2830  --------------------------------------------------------------------------  2829
                                                                                      
Sbjct 3151  GGGCCACCCCGAAACCCTGAGGGTGATGAAAACTACATGGAGTTCCTAGAGGTGCTTACCGAGGGACTAGAGCG  3224

Query 2830  -------------------------------------------------  2829
                                                             
Sbjct 3225  AGTCCTACTTGTCCGGGGTGGTGGCAGTGAAGTGATCACCATTTATTCA  3273