Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_15687
• Subject: NM_001042496.2
• Aligned Length: 3455
• Identities: 2796
• Gaps: 658

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGGCTTCAGTTCGGTTCATGGTGACACCGACAAAGATCGATGACATTCCAGGTTTGTCAGACACCAGTCCGGA  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  CCTCAGCTCTCGATCTAGTTCCCGAGTAAGATTTAGCTCCCGGGAAAGCGTGCCTGAAACAAGCCGGAGTGAGC  148

Query    1  --ATGAGTGAGATGTCTGGGGCCACCACTTCGCTGGCAACTGTTGCACTGGATCCACCCAGTGACCGGACTTCT  72
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  CTATGAGTGAGATGTCTGGGGCCACCACTTCGCTGGCAACTGTTGCACTGGATCCACCCAGTGACCGGACTTCT  222

Query   73  CACCCCCAGGATGTCATCGAGGACCTGAGTCAGAACTCCATCACAGGGGAACACAGCCAACTGTTAGACGACGG  146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  CACCCCCAGGATGTCATCGAGGACCTGAGTCAGAACTCCATCACAGGGGAACACAGCCAACTGTTAGACGACGG  296

Query  147  ACATAAGAAAGCTCGAAATGCTTATCTCAATAATTCCAATTATGAAGAAGGAGATGAATATTTTGATAAAAATT  220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  ACATAAGAAAGCTCGAAATGCTTATCTCAATAATTCCAATTATGAAGAAGGAGATGAATATTTTGATAAAAATT  370

Query  221  TGGCACTCTTTGAGGAAGAAATGGACACCAGACCGAAGGTGTCTTCCCTCCTCAACCGCATGGCCAATTACACT  294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  TGGCACTCTTTGAGGAAGAAATGGACACCAGACCGAAGGTGTCTTCCCTCCTCAACCGCATGGCCAATTACACT  444

Query  295  AATCTGACTCAAGGAGCAAAGGAACATGAAGAGGCAGAAAACATCACTGAAGGGAAAAAGAAGCCCACCAAGAC  368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  AATCTGACTCAAGGAGCAAAGGAACATGAAGAGGCAGAAAACATCACTGAAGGGAAAAAGAAGCCCACCAAGAC  518

Query  369  CCCCCAAATGGGTACCTTCATGGGTGTCTACCTCCCATGTCTACAAAATATTTTTGGAGTGATCCTTTTTTTAC  442
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  CCCCCAAATGGGTACCTTCATGGGTGTCTACCTCCCATGTCTACAAAATATTTTTGGAGTGATCCTTTTTTTAC  592

Query  443  GCCTTACATGGGTGGTGGGCACAGCTGGAGTTCTTCAGGCTTTTGCAATTGTCCTTATCTGCTGCTGCTGTACA  516
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  GCCTTACATGGGTGGTGGGCACAGCTGGAGTTCTTCAGGCTTTTGCAATTGTCCTTATCTGCTGCTGCTGTACA  666

Query  517  ATGTTGACTGCTATCTCCATGAGTGCCATTGCCACTAATGGAGTGGTGCCAGCTGGGGGCTCATACTTTATGAT  590
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  ATGTTGACTGCTATCTCCATGAGTGCCATTGCCACTAATGGAGTGGTGCCAGCTGGGGGCTCATACTTTATGAT  740

Query  591  TTCCCGGGCACTGGGCCCAGAGTTTGGTGGGGCTGTTGGCCTCTGCTTTTATCTTGGTACCACATTTGCAGCAG  664
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  TTCCCGGGCACTGGGCCCAGAGTTTGGTGGGGCTGTTGGCCTCTGCTTTTATCTTGGTACCACATTTGCAGCAG  814

Query  665  CCATGTACATCCTTGGTGCCATTGAAATCTTTCTGGTCTATATCGTCCCCCGAGCTGCCATCTTTCACAGTGAT  738
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  CCATGTACATCCTTGGTGCCATTGAAATCTTTCTGGTCTATATCGTCCCCCGAGCTGCCATCTTTCACAGTGAT  888

Query  739  GACGCACTCAAGGAATCAGCAGCCATGCTAAATAACATGCGTGTCTACGGCACAGCTTTCTTGGTCCTTATGGT  812
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  GACGCACTCAAGGAATCAGCAGCCATGCTAAATAACATGCGTGTCTACGGCACAGCTTTCTTGGTCCTTATGGT  962

Query  813  ATTAGTGGTATTTATCGGCGTACGCTATGTGAACAAGTTTGCCTCACTTTTCCTGGCCTGTGTCATTGTGTCCA  886
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  ATTAGTGGTATTTATCGGCGTACGCTATGTGAACAAGTTTGCCTCACTTTTCCTGGCCTGTGTCATTGTGTCCA  1036

Query  887  TCTTGGCCATCTATGCTGGAGCCATCAAGTCTTCTTTTGCTCCTCCACACTTCCCGGTCTGCATGCTGGGTAAC  960
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  TCTTGGCCATCTATGCTGGAGCCATCAAGTCTTCTTTTGCTCCTCCACACTTCCCGGTCTGCATGCTGGGTAAC  1110

Query  961  CGCACCCTTTCATCAAGACACATTGACGTTTGCTCTAAGACCAAGGAAATTAACAACATGACAGTCCCATCAAA  1034
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  CGCACCCTTTCATCAAGACACATTGACGTTTGCTCTAAGACCAAGGAAATTAACAACATGACAGTCCCATCAAA  1184

Query 1035  GTTATGGGGATTCTTCTGTAACTCGAGTCAATTTTTCAATGCCACCTGTGATGAATACTTTGTTCACAATAACG  1108
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  GTTATGGGGATTCTTCTGTAACTCGAGTCAATTTTTCAATGCCACCTGTGATGAATACTTTGTTCACAATAACG  1258

Query 1109  TCACTTCAATCCAGGGCATTCCTGGATTGGCTAGTGGTATAATTACAGAGAATCTTTGGAGTAATTACCTACCC  1182
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  TCACTTCAATCCAGGGCATTCCTGGATTGGCTAGTGGTATAATTACAGAGAATCTTTGGAGTAATTACCTACCC  1332

Query 1183  AAGGGAGAGATCATCGAAAAGCCTTCAGCCAAATCTTCTGATGTCTTAGGCAGCTTAAACCATGAATATGTTCT  1256
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  AAGGGAGAGATCATCGAAAAGCCTTCAGCCAAATCTTCTGATGTCTTAGGCAGCTTAAACCATGAATATGTTCT  1406

Query 1257  TGTTGACATCACCACCTCCTTCACGCTTCTGGTGGGAATCTTCTTTCCCTCTGTTACAGGTATCATGGCTGGAT  1330
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  TGTTGACATCACCACCTCCTTCACGCTTCTGGTGGGAATCTTCTTTCCCTCTGTTACAGGTATCATGGCTGGAT  1480

Query 1331  CAAACAGATCTGGAGATCTGAAAGATGCTCAGAAGTCTATTCCGATTGGTACTATCCTTGCCATCCTGACCACC  1404
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  CAAACAGATCTGGAGATCTGAAAGATGCTCAGAAGTCTATTCCGATTGGTACTATCCTTGCCATCCTGACCACC  1554

Query 1405  TCCTTTGTTTTAGATTTAAGCAATGTTGTCCTTTTTGGTGCATGTATTGAAGGGGTTGTTCTCAGAGACAAGTT  1478
            ||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  TCCTTTGTTT---ATTTAAGCAATGTTGTCCTTTTTGGTGCATGTATTGAAGGGGTTGTTCTCAGAGACAAGTT  1625

Query 1479  CGGTGATGCTGTGAAAGGTAATTTGGTGGTAGGCACCTTATCTTGGCCATCCCCATGGGTGATTGTTATTGGCT  1552
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1626  CGGTGATGCTGTGAAAGGTAATTTGGTGGTAGGCACCTTATCTTGGCCATCCCCATGGGTGATTGTTATTGGCT  1699

Query 1553  CCTTCTTTTCAACATGTGGGGCTGGACTTCAGAGCCTCACAGGTGCACCGAGGCTGCTACAAGCTATTGCCAAG  1626
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1700  CCTTCTTTTCAACATGTGGGGCTGGACTTCAGAGCCTCACAGGTGCACCGAGGCTGCTACAAGCTATTGCCAAG  1773

Query 1627  GATAACATCATACCGTTTCTGAGGGTTTTTGGCCACAGCAAAGCCAATGGGGAACCTACCTGGGCTTTACTTCT  1700
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1774  GATAACATCATACCGTTTCTGAGGGTTTTTGGCCACAGCAAAGCCAATGGGGAACCTACCTGGGCTTTACTTCT  1847

Query 1701  AACTGCTGCCATTGCAGAGCTTGGAATACTCATTGCCTCCCTGGATCTTGTGGCCCCAATTCTTTCCATGTTTT  1774
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1848  AACTGCTGCCATTGCAGAGCTTGGAATACTCATTGCCTCCCTGGATCTTGTGGCCCCAATTCTTTCCATGTTTT  1921

Query 1775  TTCTCATGTGTTACCTCTTTGTAAACTTGGCATGTGCCTTGCAAACATTACTTCGAACACCCAACTGGAGACCC  1848
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1922  TTCTCATGTGTTACCTCTTTGTAAACTTGGCATGTGCCTTGCAAACATTACTTCGAACACCCAACTGGAGACCC  1995

Query 1849  CGATTCCGCTACTACCATTGGGCCCTTTCTTTCATGGGAATGAGTATCTGTCTGGCTCTGATGTTCATTTCTTC  1922
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1996  CGATTCCGCTACTACCATTGGGCCCTTTCTTTCATGGGAATGAGTATCTGTCTGGCTCTGATGTTCATTTCTTC  2069

Query 1923  CTGGTATTATGCCATTGTAGCCATGGTAATAGCTGGTATGATCTACAAGTACATTGAATACCAAGGAGCTGAGA  1996
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2070  CTGGTATTATGCCATTGTAGCCATGGTAATAGCTGGTATGATCTACAAGTACATTGAATACCAAGGAGCTGAGA  2143

Query 1997  AAGAATGGGGTGATGGTATCCGTGGGCTGTCCCTCAGTGCAGCCCGGTTTGCTTTGCTTCGATTGGAGGAAGGA  2070
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2144  AAGAATGGGGTGATGGTATCCGTGGGCTGTCCCTCAGTGCAGCCCGGTTTGCTTTGCTTCGATTGGAGGAAGGA  2217

Query 2071  CCTCCACACACTAAAAACTGGAGGCCTCAGTTGCTTGTATTACTGAAACTAGATGAAGACTTACATGTCAAGCA  2144
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2218  CCTCCACACACTAAAAACTGGAGGCCTCAGTTGCTTGTATTACTGAAACTAGATGAAGACTTACATGTCAAGCA  2291

Query 2145  TCCTCGCCTCCTCACCTTTGCCTCACAGCTCAAAGCAGGAAAAGGTCTCACTATTGTGGGCTCTGTCATCGTGG  2218
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2292  TCCTCGCCTCCTCACCTTTGCCTCACAGCTCAAAGCAGGAAAAGGTCTCACTATTGTGGGCTCTGTCATCGTGG  2365

Query 2219  GGAACTTCCTAGAGAACTACGGTGAAGCTTTAGCTGCTGAGCAGACCATAAAGCACCTAATGGAGGCAGAGAAG  2292
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2366  GGAACTTCCTAGAGAACTACGGTGAAGCTTTAGCTGCTGAGCAGACCATAAAGCACCTAATGGAGGCAGAGAAG  2439

Query 2293  GTAAAAGGATTCTGCCAGCTGGTGGTGGCCGCCAAGCTGAGGGAGGGCATTTCCCACCTCATCCAGTCATGTGG  2366
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2440  GTAAAAGGATTCTGCCAGCTGGTGGTGGCCGCCAAGCTGAGAGAGGGCATTTCCCACCTCATCCAGTCATGTGG  2513

Query 2367  CCTTGGGGGCATGAAGCACAACACGGTGGTGATGGGCTGGCCTAATGGCTGGCGTCAAAGCGAAGATGCCCGCG  2440
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2514  CCTTGGGGGCATGAAGCACAACACGGTGGTGATGGGCTGGCCTAATGGCTGGCGTCAAAGCGAAGATGCCCGCG  2587

Query 2441  CTTGGAAGACTTTTATTGGCACAGTTCGAGTGACAACTGCTGCCCATCTTGCACTGCTGGTGGCTAAAAACATC  2514
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2588  CTTGGAAGACTTTTATTGGCACAGTTCGAGTGACAACTGCTGCCCATCTTGCACTGCTGGTGGCTAAAAACATC  2661

Query 2515  TCCTTCTTTCCCAGCAATGTGGAGCAATTTTCTGAGGGCAACATTGATGTGTGGTGGATTGTGCATGATGGGGG  2588
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2662  TCCTTCTTTCCCAGCAATGTGGAGCAATTTTCTGAGGGCAACATTGATGTGTGGTGGATTGTGCATGATGGGGG  2735

Query 2589  GATGCTTATGCTACTACCATTCCTACTGAAACAGCACAAGGTGTGGCGAAAGTGCAGCATACGGATCTTCACAG  2662
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2736  GATGCTTATGCTACTACCATTCCTACTGAAACAGCACAAGGTGTGGCGAAAGTGCAGCATACGGATCTTCACAG  2809

Query 2663  TAGCCCAATTAGAAGACAACAGTATCCAAATGAAGAAGGACCTAGCCACCTTCCTATATCACTTACGCATTGAG  2736
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2810  TAGCCCAATTAGAAGACAACAGTATCCAAATGAAGAAGGACCTAGCCACCTTCCTATATCACTTACGCATTGAG  2883

Query 2737  GCGGAGGTAGAAGTGGTGGAGATGGTGAGAAAGCTGAGTTTGAGATACAAGAGCATGACAGTGATATATCAGCA  2810
            |||||||||||||||||||||||                             ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2884  GCGGAGGTAGAAGTGGTGGAGAT-----------------------------GCATGACAGTGATATATCAGCA  2928

Query 2811  TATACTTACGAGCGCACTT-------------------------------------------------------  2829
            |||||||||||||||||||                                                       
Sbjct 2929  TATACTTACGAGCGCACTTTGATGATGGAACAAAGGTCCCAGATGCTCCGGCACATGCGGCTATCCAAAACAGA  3002

Query 2830  --------------------------------------------------------------------------  2829
                                                                                      
Sbjct 3003  GCGAGACAGAGAGGCACAATTGGTGAAAGACCGAAACTCAATGCTACGATTGACCAGCATTGGCTCTGATGAGG  3076

Query 2830  --------------------------------------------------------------------------  2829
                                                                                      
Sbjct 3077  ACGAAGAGACAGAAACCTATCAGGAGAAGGTGCACATGACTTGGACAAAAGACAAGTACATGGCATCCCGGGGA  3150

Query 2830  --------------------------------------------------------------------------  2829
                                                                                      
Sbjct 3151  CAAAAAGCGAAGTCAATGGAAGGATTCCAGGACCTGCTTAACATGCGTCCGGACCAGTCCAATGTGAGGCGGAT  3224

Query 2830  --------------------------------------------------------------------------  2829
                                                                                      
Sbjct 3225  GCATACAGCAGTGAAACTCAACGAGGTTATAGTTAACAAGTCCCATGAAGCAAAGCTGGTTTTATTGAATATGC  3298

Query 2830  --------------------------------------------------------------------------  2829
                                                                                      
Sbjct 3299  CAGGGCCACCCCGAAACCCTGAGGGTGATGAAAACTACATGGAGTTCCTAGAGGTGCTTACCGAGGGACTAGAG  3372

Query 2830  ---------------------------------------------------  2829
                                                               
Sbjct 3373  CGAGTCCTACTTGTCCGGGGTGGTGGCAGTGAAGTGATCACCATTTATTCA  3423